波格尔动身之前，哈斯汀斯特别指示他，“你出使的主要目的是开辟从（不丹夏都）扎西曲宗到拉萨以及西藏最远方的商业联系”；争取前往拉萨，与西藏地方政府建立“联系”；搜集与西藏有关的政治、经济、物产、风物等方面的情报；携带英国货物清单，试探英国商品在西藏的销售可能，并在沿途收集牦牛、核桃、人参等英国人感兴趣的货物样本，搜集中国内地、西伯利亚、克什米尔等地的交通贸易和政治情报。至于波格尔滞留西藏的具体时间，哈斯汀斯没有具体规定，只要求尽量拖长停留时间。
1774年5月13日，波格尔一行离开启程离开加尔各答，沿途古代商路一路北上。就在波格尔一行满心欢喜到达扎西曲宗之时，见到了在此恭候的六世****的特使。****的特使交给了波格尔一封用波斯文写的言语得体的信，明确告知:西藏是大清领土，禁止任何外国人进入，这也是大清皇帝的意思。还没进入西藏领土的波格尔碰了个软钉子，仍旧不甘心，遂动员当地土王德布王游说****。德布王早就对英国人在南亚次大陆横行霸道痛恨于心，劝波格尔放弃这次行动。但波格尔仍不死心，派已被东印度公司收买的印度僧人普南吉到日喀则活动，声称公司已按****的请求从不丹撤了军，缔结了和约。如果****拒绝了公司的“友好”表示，公司将考虑对不丹重新使用武力。权衡再三，****最终同意波格尔到日喀则。
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11月2日，长途半年多的波格尔一行终于抵达了日喀则。几天后，波格尔在日喀则郊外的南木林觐见了正在这里避痘的六世****。但无论此时的波格尔是如何的巧舌如簧，始终没有得到****对通商一事的允诺。为了赢得六世****的信任，更为了他们不可告人的秘密使命，在日喀则逗留期间，波格尔一伙穿藏袍、学藏语、喝酥油茶、吃糌粑，并利用各种机会深入藏民家中，观察藏民的生活习俗、家庭组织，乃至婚丧嫁娶等等习俗，并加以详细记录研究。虽然打开中国后门的最终目标没有达到，但他根据一手资料撰写的有关西藏情况的书，成了日后欧洲殖民者研究西藏的最早的标准教科书。在给东印度公司的报告中，波格尔表示:“拉萨政府认为派我来是探测他们的地方。这样，英国的野心很可能推动侵略，而英国人的武器之精良将得以成功！”
