到了清圣祖康熙当政的中期，天下太平，国力强盛，为了加强对各级官员的控制，及时了解地方情况，康熙帝特别命令他的亲信官员用密折方式奏报情况。开始出现了清代特有的奏折制度。它是由皇帝特别指定的官员，将上奏事件亲手书写密封，直接派人送到御前再由皇帝启封、批示（后来或与军机大臣等批阅）后，再直接发与具奏者执行。这种制度，简化了明代以来繁琐的文书处理制度，提高了清朝政府的行政效率。
中国王朝自古以来，臣工报告的方式很多，如章、奏、表、议、疏、启、书、记、封事等。以奏折为正式公文的名称，始于清代的顺治年间。在康熙朝，密折作为一种实际的政治工具有了进一步的发展。不过，密折形成一套完整的制度运作，还得从雍正朝开始算起。
清代君臣之间的“言路系统”大致是这样的：臣子们上的主要是“题本”和“奏本”，后来又添上了“密折”。
题本：凡是弹劾、钱粮、兵马、捕盗、刑名这些事情，均用题本，上面加盖公印，才算有效。
奏本：凡是到任、升迁、转任、代属官谢恩、讲述本身私事的，都用奏本，上面不盖印。题本有两个不利于君臣沟通的缺点：
第一，手续很繁琐。
第二，题本要由通政司这个机构来转送内阁，最终才上呈天子，过目的人多，也容易泄密。
奏本比题本稍好些，虽然没有那么繁琐的手续，但也得过通政司浏览这一关，所以保密性还是不强。
密折就不一样了：它不拘格式，可以自由书写，也不用做裱褙、提要、副本这些纯属形式上没有任何实际作用的事情，当然快捷很多。而且它直接交到皇帝那里，不用通过通政司、内阁，由皇帝亲自来拆阅，保密度十分高。这一条君臣互动的快速通道，对中国历经多个朝代形成的形式繁杂的文官言事制度，是一个具有强烈震动性的改革。
康熙处理密折的方式很小心，他曾经说：凡是朱笔批阅的御旨，都是朕亲手所写，没有代笔的人。这次出巡，朕因为右手生了病不能写字，就用左手拿笔写字，绝不会让别人代替写。所以所有一切上奏的事情，只有朕和原上奏的人知道。
不过康熙为人坦诚，他对于经过批阅的密折，在批阅后就发还本人，因此官员们“都有朕亲手写的证据在他们手中，而没有在朕这里”。因此臣子不必担心写给皇帝的密折被曝光，或在某些时候变成挨整引用的材料。
但雍正的作风和他的父亲不同。康熙驾崩第十四天，刚刚继位的雍正就定下上缴朱批的规定，谕文写得十分严厉：“所有先皇康熙爷朱笔批阅的御旨，全部认真恭敬地封起来呈上来。如果有人敢抄写私下留放，收藏起来不交，焚烧丢弃的，以后被发现，一定不会宽恕，一定要从严处置。”
雍正规定，不但前朝的奏折要收回宫中，今后本朝的朱批在本人捧读后，也要缴呈，不能自己私下保留，如果违反就要追究责任。
在康熙统治的61年里，给皇帝写密折的总共只有100多人。而在雍正统治的短短13年中，写密折的人竟有1100多人。雍正对密折政治的热心由此可见一斑。
雍正元年（1723年），雍正就下令各省督抚密上奏折，于是封疆大吏都有了这个权利。只是如果在这些人中有人遭到处分，那么他上密折的权利也就被停止了。
以后，雍正又把上密折的权利扩大到提督、总兵官、布政使和学政等上层官员。
另外，一些小官如知府、同知也得到了雍正的特许，可以直接上密折。
总之，通过对上密折特许权的认可，雍正在从高层到低层的官员间都安插了他的心腹，撒开了一张个人的信息网。而这些耳目除了上奏密折外没有其他特权，也没有特定组织，所以很难为非作歹，也很难形成明代的厂卫那样危害国家的政治毒瘤。
雍正大力实施的这种前所未有的“密折政治”，并不只是一种单纯的控制臣下的手段，虽然这是十分重要的一项内容。从雍正的密折政治里，我们还发现，君臣之间商讨军国大事，仍是其最重要的内容。
在推行一项重大的改革政策之前，在密折里，君臣之间对这些政策进行商讨研究，不草率的贸然行事，这种谨慎地行政做法在历史上也具有进步意义。
往往对待一件具体的政事，决策者和执行者都有各自的顾虑和隐衷，在一般的公文里很难进行说明。这样既不利于保持上级决策行为的正确性，也不利于下级的全力贯彻执行。密折的上递及批复则使上下两方面都公开观点，经过充分交流再付诸决策实施，使政策出台前有了一定的缓冲。
“密折制度”表面看来是加强君主专制的做法，是历史的退步，但在一定程度上它却推动了君臣间在政务上的交流协商，使出台的措施更符合实际，更具有可操作性，减小了实施中的阻力，提高了行政的效率，推动了雍正初期改革的进行。
雍正一朝的许多重大改革，都先通过“密折”讨论过。
如摊丁入亩、改土归流、疏浚运河等重大政策，就是雍正同官员通过密折反复协商斟酌才定下的。
凡推行改革政策，都应该雷厉风行，讲求高效。奏折制度使大臣官员们的奏事很快就送到了皇帝面前，这就省去了中间环节。奏折送到勤于政事的雍正皇帝手中，他马上抓紧时间阅读批示，该执行的立即付诸实施，因此大大提高了行政效率，促进了政治改革的实现。
治水是中国各个朝代存在的最大问题，它甚至成为老百姓鉴别统治者是否符合天命的标志，这就是人们常说的“如果世间出了圣明的君主，黄河水就会变清”。
但河清又是十分难盼来的，所以又有“等河水变清，人的年龄都不知会等到多么大”的感叹。对待治水，雍正也曾通过河臣的奏折进行研究。
雍正二年（1724年），大臣李绂曾向雍正当面提出疏通淮扬运河的建议，雍正觉得有道理，就命他与河道总督齐苏勒商议，齐苏勒认为疏通淮扬运河的工程量非常大，不能轻易作决定，他准备先进行实地考察，再提出具体意见。
齐苏勒的奏折上呈后，雍正有这样的一番朱批：“朕命令李绂到你那里传谕旨，只是让你知道有这么一种建议，可以仔仔细细地加以思考，并不是认为他所奏的建议就一定能够实行。一般来说，管理江河的官员都希望有工程上马，可你的下属官员又多数不能让人信服。更何况这种事关系很大，不能草率行事，如果白白地浪费人力物力却没有收到好处，并产生了害处，不但白白地耗费了钱财、粮食，还可能成为历史上流传的笑话。但如果确实对国家百姓的生活有利，也不要因为害怕困难就中途停止，总需要你详细周密地计划妥切，将最终的利益全部搞清楚，准备详细地一件件上报给我。这件事不是眼前急需要办的事情，尤其不是轻举妄动的事。”
这番话通情达理，将事情的正反面、利弊都进行了剖析，指出治水关系非同小可，官员们一方面好大喜功，一方面畏缩怕难，要根本消除这两方面，就要根据实际的整体情况来作决定。
说这一番话的目的并不是为了事成功归自己，事败过属他人做铺垫，而是要求大家谨慎地进行思考论证，他则从中协调。这样就不会让臣下带着成见想问题，为了揣摩迎和上司的意思而妨碍正确的决策，把“治水”搞成了“乱水”，劳民伤财又遗害无穷。这种施政思想才是成熟的政治家处理问题时应把握好的。
雍正四年（1726年），有一位官员上奏折，指出在治水工程中准备材料时所存在的弊病，雍正隐去上折人的姓名，把它下发给了河道总督齐苏勒，让他“尽心尽力地进行准备计划”。
齐苏勒针对皇帝转下的折子中的说法，具体解释了事情的原委。
雍正阅览后，对齐苏勒的解释十分满意，批道：“你所陈述的事实非常恰当，朕本来就不很同意他的说法，但既然有这种议论，其中或许会有些可以汲取的借鉴之处，所以向你打听一下，就是这个意思。现在看了你的汇报，朕彻底明白了。”
河工是十分复杂的事情，一般如果不是专家是承担不了这件任务的。又因为治河工程资金耗费巨大，往往被贪官污吏利用来发财，这使治河工程不但有治水的困难，还兼有了管理官员不贪污的困难。
