在一些小型的作品上，功劳分配问题则变得更加细致、复杂。这些作品习惯上被归为拉斐尔最亲密的伙伴或拉斐尔与他们合作的结晶。现在一些评论家越来越倾向于将某些传统上认定主要或全部由拉斐尔伙伴创作的作品全部归功于拉斐尔个人。这些作品当中，较为著名的有：收藏在罗马国家艺术馆的《赫兹圣母》，卢浮宫收藏的《圣母子与幼年的圣施洗约翰》和《小圣家族》，收藏在那不勒斯卡波迪蒙特画廊的《圣爱圣母》，还有收藏在佛罗伦萨学院的《圣约翰孩童时在沙漠中的洗礼》。还有一些作品，如乌菲兹美术馆保存的《圣母子》，普拉多（Plado）保存的《橡树下的圣家族》（The Holy Family with Oak ）和罗马圣卢卡学院（Accademia di San Luca）保存的《圣卢卡为圣母画像》（St. Luke Paintingthe Portrait of the Virgin ），据推测拉斐尔开始了创作，但至拉斐尔逝世之前没有完成，随后由他的学徒代其完成。传统上，人们广泛认同这些作品，尤其是教皇凉廊的圣经场景部分，是由朋尼和朱利奥·罗曼诺创作的。直到最近，人们才开始肯定拉斐尔在这些作品的创作中所做的贡献。
无论哪位评论家做出署有艺术家个人签名的作品是由他的伙伴创作的论断时，通常会异常谨慎。针对拉斐尔的作品而言，评论家在鉴定显而易见是在其逝世之后完成的作品的归属问题时，也会再三思忖。有必要将这样一个事实纳入考虑范围内。首先，如果拉斐尔没有接收到众多的作品邀请或预定，没有任何任务可以指派给助手或没有任何作品需要与创作伙伴合作，他维持一个大型画室没有任何意义。其次，拉斐尔的画室里不仅仅只有“garzoni”（担当副手角色的助手），还吸收了不少才华横溢、个性突出的艺术家。某些艺术家，如乔瓦尼·达·乌迪内，称之为“大师”毫不为过；另外一些艺术家，如朋尼、朱利奥·罗曼诺，长年累月与拉斐尔共同创作。他们对拉斐尔的艺术理念及技巧的理解和掌握非常到位，对“拉斐尔的艺术接班人”的称号当之无愧。他们也是继续拉斐尔生前没有完成的作品的不二人选。所以，认定所有或绝大部分流传于世的拉斐尔作品均由拉斐尔单独完成不合逻辑，有悖情理。
西尔维娅?费利罗-帕登（Sylvia Ferino-Pagden）对此争辩最为激烈和强硬。
她指出：要鉴定出与拉斐尔创作完成拉斐尔后期作品的确切伙伴，几乎不可能。
据她推测，“朱利奥·罗曼诺和朋尼可能只是偶尔接到拉斐尔的指派参与特定作品的绘制工作。换言之，作品佣金可能是只交付到拉斐尔一个人手中；随后，拉斐尔会评估各位助手的才华，挑选出相对艺术造诣高一些的助手参与或承担作品的创作”。她得出的结论是：“在某些特定情况下”，拉斐尔可能提供作品详细的构想与设计，然后由助手完成；也存在这样的情形，拉斐尔只给出草图，然后委托伙伴“进行具体的构思与创作或在以前的草图上进行创新”。
拉斐尔的画室内部分工协作的方式不尽相同，取决于画室的繁忙程度，接到的委托类型，赞助人的社会地位及作品最终送达的目的地。据此推论，拉斐尔可以仅仅与助手讨论一下整体构思，制订作品的整体创作规划，也可以从作品的构思开始到作品的最终诞生的每一个阶段根据自己安排，决定投入多少精力。
在日常工作中，拉斐尔每天都会与那些密切合作的画室成员进行较为深入的交流，因为这毕竟是自然而然的事情。在一定程度上，将“拉斐尔的作品”看做是拉斐尔、他的助手及其伙伴合作的一个动态过程的产物，可能更为准确，因为作品整个创作过程通常都是在所有者的严格监控下进行的。人们倾向将所有的功劳和贡献都直接给予拉斐尔，甚至低估了他的助手和伙伴的艺术造诣。但要谨记在心的是，在一个有名且繁忙的画室里面，一幅作品的诞生是集合了各个成员的想法与创意，创作过程是极为复杂的，经常会有修改与变化；而作为一位英明的画室主人，他必须随时准备去发掘助手和伙伴的独特才华与技巧，以确保画室产出的产品达到最好的艺术效果。
康斯坦丁大厅是进入教皇宫殿的第一个大厅，直接连通着主殿和凉廊，专门为大型宴会和正式场合而设计，包括教会大学的集合仪式和接见外交使团。1519年10月，脚手架已经搭建完成，可能是在墙上涂了一层底漆，以便在上面绘制油画作品。
拉斐尔去世之前，最晚是1521年，康斯坦丁大厅的两面墙的壁画已经完成。
同年12月初，教皇利奥十世逝世。阿德里安六世（Adrian Ⅵ）接任教皇之位，康斯坦丁大厅的装饰工程随之短暂搁置（1522—1523）。直到1523年11月，教皇克莱门特七世继位，装饰工程才重新启动。康斯坦丁大厅的所有装饰工程在次年秋天完成。不久，朱利奥·罗曼诺离开，接手曼图亚的冈萨加工程。
瓦萨里在《生活》中，对拉斐尔、朱利奥·罗曼诺和朋尼生活的记载为我们了解这个圈子的兴衰提供了参考。他在《拉斐尔的生活》中记录：利奥十世委托拉斐尔“负责梵蒂冈宫殿上层装有《康斯坦丁大帝的胜利》的大厅的装饰工程。”
拉斐尔亲自主持了这个工程。”在《朋尼的生活》中，瓦萨里证实朋尼和朱利奥·罗曼诺在拉斐尔死后接手了这个工程，还说“这件作品的设计与基本轮廓部分是拉斐尔的杰作”。最后，他在《朱利奥·罗曼诺的生活》中声称：“朋尼和朱利奥·罗曼诺完成了拉斐尔的一些作品，为拉斐尔的一些作品做了前期准备工作，以进行梵蒂冈宫殿大厅的装饰。拉斐尔在去世之前已经为大厅开始了四幅作品的创作。这四幅作品就是著名的《康斯坦丁大帝的丰功伟绩》系列组画。拉斐尔在去世之前，已经准备在一面墙上整个都用油画装饰。”他还写道：“这个工程的底层大厅是拉斐尔精心设计的。”保罗?乔维奥在其所著的拉斐尔生平摘要中断言，这位大师（拉斐尔）最后的作品：“是《米尔维奥桥战役》（即《康斯坦丁大帝的胜利》）。但是，这幅梵蒂冈宫殿大厅的作品拉斐尔只进行了前面的创作，最后由拉斐尔的学徒完成。”瓦萨里和乔维奥提供的信息与其他一些证据可以相互佐证，特别是1520年4月到12月期间，塞巴斯蒂亚诺·德·皮文博和列奥纳多·塞拉伊奥写给米开朗基罗的几封信中所包含的信息。拉斐尔去世后仅仅六天，塞巴斯蒂亚诺就为争取顶替圣彼得大教堂的工程总监的空缺寻求米开朗基罗的帮助，以保证自己获得完成大厅装饰工程的委托。米开朗基罗立刻行动，在红衣主教比恩纳面前着实为塞巴斯蒂亚诺美言了几句。红衣主教比恩纳在回复塞巴斯蒂亚诺的信中转告他：“教皇对拉斐尔助手已经完成的工作非常不满意。他已经下了通牒，声称如果‘拉斐尔的人’不能证明他们可以做得更好，他就会委托其他有造诣的人来做。”9月6日，塞巴斯蒂亚诺排演了预先确定的绘画主题。除了《米尔维奥桥战役》和《康斯坦丁的抱负》，原定还应该有一幅名为《囚犯包围着的康斯坦丁大帝》的肖像画和一幅表现“为了填充康斯坦丁大帝的浴池，在众多母亲的注视下，准备放火烧煮被杀儿童的鲜血”。这个残忍、血腥的场景可以追溯到《金色传奇》当中的一段描述。《金色传奇》是一本记录圣人生活的合集，由13世纪的歌诺安（Genoan）收集，杰克布斯?沃拉吉纳编纂。在这个场景里，康斯坦丁大帝感染麻风病，医生建议他用儿童的鲜血洗澡来治愈疾病。康斯坦丁大帝最终不忍杀害这些无辜的儿童，释放了他们。不久，康斯坦丁大帝看到了圣彼得和圣保罗的幻象，遇见教皇西尔维斯特一世（Pope Sylvester Ⅰ），接受洗礼，成为罗马帝国第一位成为基督徒的皇帝。
《被囚犯包围着的康斯坦丁大帝》场景的寓意很明显，就是为了展现康斯坦丁大帝的权力；而康斯坦丁大帝与母亲和孩子的场景想要展现的是康斯坦丁大帝的仁慈。后来，这两个场景都没有采用。取而代之的是《康斯坦丁大帝的捐赠》和《康斯坦丁大帝的洗礼》。这些改动是在克莱门特七世当选为教皇之后进行的。在绘有这两幅壁画的墙上，还绘有教皇克莱门特七世的证章和他所信奉的格言。罗马教堂礼赞传达的首要信息就是随后路德改革中涌现出的对康斯坦丁大帝及其他所谓的“捐赠”的评价的强烈争议（有人声称，康斯坦丁大帝在位期间对罗马及其教会教义都实施了专制统治）。
尽管社会环境发生了上述变化，但是许多人依然支持与推崇康斯坦丁大厅的装饰，近百年来，被历代艺术家尊为艺术草图作为创作参考。拉斐尔的整体装饰方案大体上完整保存了下来。在人们的设想中，原本位于四面墙上的中心位置四幅主要壁画应该是巨幅挂毯画：周边修饰的是大量交替出现的叶子与美第奇所持武器；角上是细致、精美的“壁龛”，描绘的是八个教皇在向早期的基督徒国王传授教义；紧挨着的是“基本道德”（Cardinal Virtues）的人格化阐释。仿大理石和青铜效果的山形墙上面描绘的是康斯坦丁大帝（在位时间为公元306—307年）的生活片段，间隔着顶部雕刻有美第奇饰章的女神像石柱。
一些绘画草图（现由英国牛津阿什莫林博物馆收藏的一张对开大小的稿纸上的草图表明拉斐尔对战争场景做了人体研究）证实，拉斐尔不仅亲自指挥了这个工程，而且还直接参与到前两幅油画的创作之中——《康斯坦丁大帝的抱负》和《米尔维奥桥战役》。后一幅壁画的宏伟视角反映出列奥纳多及其作品《安吉里亚里战役》对拉斐尔的深远影响。
两幅壁画中随处可见拉斐尔对古典草图的参照，包括图拉真石柱（图拉真为罗马皇帝，在位时间是公元98—117年），康斯坦丁凯旋门和古罗马雕像及石棺。壁画背景描绘的是奥古斯塔斯大帝和哈德良大帝的庙宇，阿里略大桥和罗穆卢斯（战神之子）石柱，不仅让人构想古罗马帝国的辉煌。然而，壁画中对蒙特马力欧斜坡上的场景的描绘则很突出地反映了玛达玛庄园是由拉斐尔设计的，蒙特马力欧斜坡是康斯坦丁大帝的军队与马克提森军队交战的地方。
拉斐尔对细节的高度重视和细致描绘博得瓦萨里的高度赞扬。瓦萨里这样描述《米尔维奥桥战役》：“这幅作品之所以具有极高的艺术价值，是因为艺术家对伤者、死者、战马上和地面上的战士，各种各样的姿势与手势等这些细节极为细致而到位的刻画。他是每一个试图描绘战争场景的艺术家的草图。他（拉斐尔）从《图拉真故事集》和《安东尼故事集》（Anthony Column ）中获取灵感来描绘战士的着装、武器和徽章，各种各样的堡垒、栅栏、攻城武器等。”事实上，《米尔维奥桥战役》对“古典主义”的传承的主要体现并不是对战争细节的准确刻画，而是这幅画的创作立足于历史细节，但是它表现出超越历史细节的超乎寻常的想象力。也正是这样一种创造力使壁画获得艺术家长久以来的推崇。尽管这幅画上有朱利奥·罗曼诺留下的一个重重的手印，但是我们依旧应该承认拉斐尔的艺术见地，是他当初决定采用油画。拉斐尔做出这样的决定可能是因为早先达·芬奇创作的艺术效果不理想。为了达到比传统壁画技艺更高的彩色效果和更强的现实主义气息，拉斐尔才决定采用油画。更重要的是，油画更易做修改与润色。在此装饰工程中，这一做法随后就被拒绝采用。尽管如此，至少先前绘的两个带有寓意的人物形象（“正义女神”和“节制女神”）被保留了下来。这两个带有寓意的人物形象的刻画显然要高于其他代表“道德”的人物形象，这也是后人反复将功劳赋予拉斐尔的原因。然而，有些艺术历史学家对此提出了异议，他们的主要依据就是拉斐尔的“继承者”显然拥有遵循拉斐尔的指导并熟练继承他创作风格的能力。
1520年4月7日，拉斐尔在罗马病逝，年仅37岁。他的身后留下了尚未完成的《圣容显现》等画作以及梵蒂冈宫殿的装饰工作。然而，大师死后一百年里，他的艺术作品越过阿尔卑斯山脉，跨过浩瀚的地中海，影响了整个欧洲的艺术风气。
从拉斐尔留下的数封罕见的书信中，我们得以更进一步地了解大师的性格。从后人对他的追随和批判中，我们得以更深入地了解拉斐尔的一生对世界艺术的贡献与影响。而在大师的诗作中，我们更能领会他对生命的感悟：
“ 日夜轮转，太阳总在西沉之后重新升起，而在无言之中，我的死亡悄然降临。”
