这时北洋政府通知他留学费用停发，他面临着中途辍学的危险。天无绝人之路，他的导师——著名的财政学家赛利格曼教授伸出了援助之手，使他顺利完成了学业。
1916年，马寅初怀着富国强民的抱负回到祖国。到京后，一向清静的住所竟然车水马龙，门庭若市，来访者络绎不绝。一位老学友奉承说：“后清以来，中国素有西洋一品，东洋二品，国内三品的惯例，恐怕你很快就要高升了，日后必能飞黄腾达，光宗耀祖啊！……”
“我马寅初出国留学不是为了回来谋求高官显位，而是学以致用，富国强民。”郑重地表明自己坚定不移的立场。此后一些人轮流来游说、邀揽，使马寅初非常反感，他深忍了几天，最后一律拒绝了军阀政客的邀揽，公开宣称“一不做官，二不发财”，自己要走治学救国的道路，他要将毕生的精力都用于培养中国的经济学人才和研究国民经济的发展问题。
1939年初，马寅初任重庆大学教授兼商学院院长。在重庆大学的实验剧院他举行了一次讲演：“同学们，我们都是炎黄子孙，为了国家兴盛、民族复兴，我们大家都应该有钱的出钱，有力的出力，支援前线将士浴血奋战、英勇杀敌。我们广大有良心的中华子民也都是这样做。然而那些达官贵人却浑水摸鱼，趁机大发不义的国难财，靠卑劣手段积累起万贯家财，过着与国难当头大不相宜的灯红酒绿、纸醉金迷的奢侈放荡生活……前方抗战流血，后方歌舞升平。真是丧尽天良，天良丧尽啊！”这一爆炸式的开场白，使得会场中的所有听众全都聚精会神地聆听着，场内静得出奇。
马寅初的演讲因为有理有据，击中要害，获得了雷鸣般的掌声。每个有良心的中国人，有谁不为马寅初在国民党独裁的白色恐怖时期舍身请命的精神而感动呢？马寅初正是这样不畏强权，大力抨击“蒋、宋、孔、陈”四大家庭的“经济专政”。而他“言人之所欲言，言人之所不敢言”的倔犟性格引起统治集团的仇恨，遭受到人生的浩劫。
1940年12月，马寅初在身着便装的宪兵团长“陪同”下被一群装扮成大学生模样的便衣簇拥着到重庆大学商学院办理院长卸职的移交手续。
商学院的师生得知马寅初回来的消息，强烈要马寅初对广大师生作一次临别讲演。刹那间，重庆大学礼堂挤满了人。
师生们望着愈讲愈激动的马寅初，眼里充满了晶莹的泪水，一再报以热烈的掌声。宪兵团长见此情景犹如被黄蜂螫了似的，抓耳挠腮，团团乱转，非常惊慌，立即制止了马寅初慷慨激昂的讲话。他说：“马先生这次是奉命调往前方去考察经济，时间急迫，还是动身要紧！”
马寅初被迫缓缓走出礼堂时，全校两千多名师生，夹道相送他到沙坪坝。同学们悲愤交加，泣不成声。
当时路过重庆大学的英、美、苏记者恰逢这一历史性的场面，对重庆大学师生挚爱之情非常惊讶，当得知原来是著名的经济学家、爱国战士马寅初教授被迫离校时，急忙下车停步示敬，并写下了《马寅初教授挥泪别重大》等文章，对此事作了详尽的报道。最后说：“马寅初此种仗义执言，临难不惧，为争取言论思想自由而奋斗之勇气，为争取民族解放胜利而牺牲之精神，刚直不阿的倔犟性格本色实令中国同胞振奋！而今马寅初竟因触怒发国难财的‘几个大官’而被捕，各界人士对此种轻视人权，以国法殉私之举，莫不同声愤怒，一致抗议，坚决要求恢复马寅初自由。我们坚决拥护人民的这种正义抗议，并对马寅初寄以无限敬意与慰问之忱。”
当马寅初又准备演讲时，他收到了一封夹带两粒子弹的匿名恐吓信。他并没有苟且让步，反而和妻子儿女一起高挺胸膛昂首进入重庆大学礼堂。
在讲演中，他怒不可遏地望着台下说：“我知道，在人群里有走狗特务，他们的枪口也许正对着我呢。要开枪，你们尽管朝着我的胸膛开吧！我已快60岁了，今天我倒下，也不算是短命鬼。曾记得谭嗣同说过，‘未有变法而不流血的，今日请自嗣同始’。我马寅初愿效谭嗣同，‘我自横刀向天笑！丹心赤诚为国民’。”马寅初用他滚烫的热血作燃料点燃了愤怒之火。
1940年12月6日，国民党宪兵悍然逮捕马寅初，并将他投入贵州息烽集中营。是年8月马寅初被转押江西上饶集中营。1942年8月在周恩来和民主人士的营救以及舆论的压力下，国民党不得不释放马寅初，但旋即将马寅初软禁在重庆歌乐山的住所，并规定马寅初：不准任公职，包括在公立学校任教；不准演讲；不准发表文章。面对国民党高压马寅初则表示：“我宁可头断，也不与他们合作。”马寅初直到抗战胜利才恢复人身自由。
马寅初对北大怀有深厚的感情，第二次登上北大的三尺讲台是1951年他接到中央人民政府的调令去北大任校长，距离第一次整整隔了35年。
重返北大，马寅初说不出的高兴，此时的马寅初虽已70高龄，但他步履十分矫健，好像有使不完的劲儿。虽然他兼职很多，社会工作繁重，但他总要尽量多挤出时间来北大办公。他经常在北大校区内出现，深入到师生中间，他虽是中外闻名的著名学者，一校之长，但他不摆架子，平易近人，与师生亲密无间。
1953年，中国大陆进行了历史上第一次人口普查，结果表明，中国人口总数突破了六个亿，增殖率为千分之二十。
这次人口普查引起马寅初的注意，他对人口普查的结果表示怀疑。尔后马寅初经过三年的调查研究发现，中国人口的增长率实在是太高了。如此发展下去，五十年后，中国将有二十六亿人口。由于人多地少，恐怕连吃饭都成问题。于是，他将自己的研究成果写成“控制人口与科学研究”一文，静待时机成熟后提出来。
1957年春天。毛泽东、周恩来、刘少奇等党和国家领导人正在主持召开最高国务会议。与会的各位代表正襟端坐，聚精会神地倾听着马寅初关于“控制人口”问题的发言……
忽然房内传来了热烈的掌声。不久，浓重的湖南乡音又传到窗外，“马寅初先生今天讲得很好！中国的人口问题值得注意了，我毛泽东赞同支持这种看法……”
1957年7月5日，《人民日报》第十一版整版刊出一篇文章：《新人口论》，作者马寅初。
就在马寅初准备进一步研究、加工，使之更加系统和完善的时候，中国爆发了一场“反右派”斗争。在“反右派”斗争中，有人传出要批判马寅初的风声，报刊上有些文章已经不点名地对马寅初进行批判。1957年10月14日《人民日报》发表了一篇署名文章，标题就是《不许右派利用人口问题进行政治阴谋》。
1958年5月4日，北大举行六十周年校庆。全校热闹非凡，马寅初也兴高采烈。在庆祝大会上，参加大会的中共中央代表陈伯达突然点了马寅初的名，说什么“马老要作检讨”。当时，主席台上和会场内鸦雀无声，同年7月1日，号称党内“理论权威”的康生到北大去做报告，他睨视着坐在主席台上的马寅初，皮笑肉不笑地对台下的师生们说：“听说你们北大出了个《新人口论》作者也姓马。这是哪家的马啊？是马克思的马吗？是马尔萨斯的马吗？我看是马尔萨斯的马！”一锤定音。康生以为他这一压，足可置马寅初于死地。谁知马寅初不吃这一套，前面话音刚落，他后面就当声顶撞：
“我马寅初是马克思的‘马’！”总共十一个字，斩钉截铁，长啸而出，九鼎大吕，震烁古今。
由于极端阴险毒辣的康生直接插手亲自领导指挥了对马寅初的批判运动，全国各大报刊陆续发表了近60篇批评文章，随着形势的恶化，文章的调门越来越高，简直形成了一个全国性的讨伐马寅初的运动了，面对着“理论权威”的压力，马寅初气愤地说：“有人称我是马尔萨斯主义者，我则称他们为教条主义者，反列宁主义者！”
“我虽年近八十，明知寡不敌众，自单身匹马，出来应战，直到战死为止，决不向专以压服不以理说服的那种批判者们投降。”“我个人被批判是小事，没什么，不过我想的是国家和民族的大事，我相信几十年以后，事实会证明我是对的。”学术不是政治，学术贵乎争论，真理越辩越明。批判愈是升级，马寅初愈发倔犟。
中共十一届三中全会后，拨乱反正，实事求是，马寅初的《新人口论》获得了很高的评价，计划生育被定为基本国策。
马寅初到了晚年，一刻也没有放弃他所坚持的利国利民的真理，仍然志在千里。作为一名杰出的经济学家，马寅初深知学以致用的道理，治学而不能致用，这个学的价值也是妄谈了。
1972年，他得了直肠癌。当时医院在选择治疗方案时，曾发生了激烈的争论。大多数人说：查遍世界医学史，最高的手术年龄是86岁，马寅初当时已是91岁高龄，能够承受这样大的手术吗？但马寅初坚定地说：“我不怕开刀！我虽九十多了，但身体素质好，我要与病魔作坚决斗争！”动手术后，两条腿都瘫痪了，他躺在床上或靠在沙发上，坚持上肢的锻炼。只要精神稍好，他仍然要握拳伸臂，有节奏地活动自己的筋骨，马老坚持锻炼身体的毅力，真像他决不向命运低头的倔犟性格，寸步不让。
马寅初一生坎坷，充满传奇色彩。101岁时与世长辞。1979年9月，中共中央批准了北京大学党委为他平反的决定，任命他为北大名誉校长。1981年2月，中国人口学会成立，他被推举为名誉会长。6月，祝贺他百岁寿辰的庆贺会，在他曾任教的各地大学隆重举行。北京大学出版了《马寅初经济论文选集》，重庆大学修复了已经倒塌的“寅初亭”。10月，亚洲人口发展会议在北京召开，会议向他发出了热情洋溢的表彰信，使他深感欣慰。“粉身碎骨浑不怕，只留清白在人间”正是他一生倔犟性格的真实写照。
