马其顿与希腊因法萨拉斯之战而失。不错，伽图（在得知法萨拉斯战败以后，立刻撤出德拉丘姆）仍保有科西拉，鲁提利阿斯·鲁帕斯仍保有比罗奔尼撒。暂时看来，庞培部仍可在比罗奔尼撒的帕特雷站住脚跟，但卡林纳斯进军的消息足以使他们从这一区域畏退。科西拉亦无久守之意。在德拉丘姆战胜后派往意大利与西西里沿岸的庞培部队完成了不小的任务，他们攻克了布隆底西安、麦隆纳和维勒，在麦隆纳烧毁为凯撒造就的整支舰队。然而原先各国加入庞培部的战船一大部分来自小亚细亚与叙利亚——却在法萨拉斯之战以后被各国召回，因此远征军的成果全被抵消。
此时，在小亚细亚与叙利亚尚无双方军队。只有法纳西斯的波斯波伦部，以凯撒之名占领了其敌人的许多地区。在埃及，由伽宾尼阿斯留下的部队所组成的罗马军还为数颇多，因为他们又招了意大利的流浪汉与叙利亚或西西里的盗匪从军；但埃及舰队不久召回，因亚历山大利亚宫廷无意站在败方一边，甚至不肯将其部队任败部使用之意亦昭然若揭。
西方的远景略佳。在西班牙，人民对庞培的同情心非常强烈，以致凯撒派只得放弃进攻非洲的计划，而只要西班牙半岛上出现知名的领导人物，变乱几乎无可避免。在非洲，庞培的同盟——其实只有纽米底亚的朱巴王，他是该地真正摄政王——则自从公元前49年就备战完成而未受骚扰。
因此，整个东方虽因法萨拉斯之战而全盘尽失，在西班牙则仍可能继续象样的战争，而在非洲则几乎必可有辉煌战果。因为，纽米底西亚人既为罗马属民，要他反抗叛乱的罗马人不能算是叛国罪。但做此要求，无疑终属极犬屈辱。那些在这次的绝望战争中放弃了权利与荣誉的人，已经可以不再顾及法律了，他们可以像盗匪一样随意转变态度。他们可以跟独立的邻邦联盟，也可以诱使公敌加入内战。最后，他们可以口上赞成君主政体，却用暗杀的短剑来企图恢复合法的共和国。
战败者撤退并谴责新的君主政体、至少是在他们那绝望的处境下自然的表现。山与海自古以来就是避难所，不但所有罪犯，就是一切不幸遭遇者，一切受压迫者，也都在那些地方找寻栖身之所。庞培及共和派从山与海向凯撒君主权发动抵抗乃是自然之事，更自然的是他们以庞大的组织，有确定的目标而行大规模的海盗行为。即使在东方各国船队被召回以后，他们仍旧拥有相当庞大的舰队，而凯撒则实际上仍旧等于没有战船。他们跟达尔玛泰的联合——后者为其自己的利益而反对凯撒——加上他们对大部份海域与海港的制御，使他们站在极有力的立场，得以发动一次小型海战。苏拉为了搜寻民主派，曾导致塞托利亚之战，这个战争先由海盗发动，次由陆盗，结果变成一场相当严重的战争。因此。如果伽图的贵族派或庞培的拥护者表现出马利亚民主派的精神与火烈，如果在他们之中真能找到一个海上之王，则一个独立于凯撒君主国的共和国并非不可能在无可征服的大海上建立。
更可鄙的是为了达成反革命而试图把独立的邻国拖入罗马内战的念头。法律与良心对叛离者的责罚都甚于对盗匪的；一帮战胜的盗匪要返回本国易被接受，但跟公敌一同回国的移民却很难为人民接受。再者，若想以此途径复辟几乎是不可能的。共和派惟一能求得支持的国家是帖提亚，然而该国是否会赞助共和主义本身就成问题，而它是否会为此主义而与凯撒作战更成问题。
共和派夺权的时机尚未到来。
当战败的一派被命运所驱赶、而即使那些决心继续奋战的人也不知何从下手之际，一向果决的凯撒已决定放下一切来追捕庞培了——因为庞培是他的对手，他惟一看做是将才的人物，追捕到他，就可能令他一半的对手（或许是最危险的一半）瘫痪。他带着少数人越过海莉斯庞蒂，在那里遇到一支前往黑海的敌人舰队，舰队的人因法撒拉斯的消息大惊失色，悉数缴械。在他把必要的准备工作备妥之后，便赶往东方追捕庞培。
庞培则从法撒拉斯战场前往勒斯波斯，从那里携同他的太太与次子赛克西塔斯，乘船绕过小亚细亚自西里西亚，再至塞浦路斯。他本可在科西拉或非洲与他的本派会合，但他厌拒他那些贵族同盟，而在他的法撒拉斯惨败与他不光荣的逃走之后，想到在那些地方可能受到的接待，他便宁可去见帕提亚王而不愿见伽图。当他在塞浦路斯向罗马裔的农商收钱并装备一支两千名的奴隶部队时，得悉安提欧克已公言倒向凯撒，因而阻断了他前往帕提亚的去路。于是他转航埃及，在那里，有他若干老战士服务于军中，那里的情势与丰富的兵源也可以允许他有时间有机会重拾战争。
在埃及，屠伦美·奥勒特去世后，他的两个孩子，十六岁的克丽佩特拉和十岁的屠伦美·戴奥尼苏斯，依照父亲的遗嘱联合登基。但不久弟弟——或宁说是他的监护人波辛纳斯——把姊姊赶出埃及，逼得她在叙利亚寻求庇护，并在此处做返国的准备。当庞培在卡西亚岬角抛锚，要求登陆许可的时候，屠伦美和波辛纳斯正率埃及全军驻守于普勒西安，保卫东方前线以防克丽佩特拉。埃及朝廷早已获悉庞培在法撒拉斯的惨败，此时本拟拒绝，但国王的教师特奥多尔塔斯则指出，若此，庞培可能运用他在埃及军中的关系唆动叛乱，不如利用这个机会把庞培除掉，比较安全，对凯撒也易于拉好政治关系。在希腊世界的政治家中，这一类的政治推论是相当有力的。
皇军将领阿其拉斯，几个庞培往日的老战士乘一只小船到他舰上，邀请他去与国王会晤，由于水浅，请他乘用他们的驳船。当他踏上岸的时候，军事护民官鲁西阿斯·赛卜提缪斯从背后将他戳死，而他的太太和儿子则在他们的船上眼睁睁看着这场谋杀，无力拯救或报复。如此，公元前48年9月28日，他的一生告终，而十年前的这一天，正是他战胜密斯拉达斯，光芒万丈进入首都的日子。这个人，整个一世被人称为“伟大”，统治罗马有年，却在不好客的卡西亚海边死于他的老战士之手。
一个好军官，但智力与心胸均属有限，30年的时间，命运以超人的一致性允许他因解决一连串易于解决的问题而光辉夺目。所有由别人培植的桂叶，命运都任他摘取，并给他一切机会，使他取得至高的权柄——只为给人一个例子，说明伟大可以是虚假的。在一切的可叹事物中，最可叹的莫过于人家所认为的你比实际的你要好得多，因为真正有资格称得上王的，一千年超不出一个。设若不是庞培的外观与实质这般的不相符，则我们甚至可以认为他乃是罗马一连串的君主中的第一个。
当凯撒追踪庞培到达亚历山大利亚的锚地，一切都已过去。当谋杀者将他往日岳父，多年同事的首级带到他的船上时，他激动的把头转开；他来埃及是为活捉他的。那莽撞的暗杀者之剑消除了凯撒如何对待被俘的庞培之问题。在凯撒的大灵魂中，除却雄心之外，尚有同情心的余地，这同情心可以使他饶赦他以前的朋友的性命。此外，就他个人的利害而言，他也不会采用处死庞培的方式，而会用其它办法来消除他的力量。20年的时间，庞培被公认为罗马的统治者，他的统治权已如此的根深蒂固，以致不能随着他的死而消失。庞培的死并未使庞培派系解体，只是用他儿子来取代了那年老而无能的领袖。他的两个儿子都年轻而有活力，次子塞克西塔斯更是断然有能力的人。因此，那刚刚成立的君主世袭政体立刻就由谋位世袭政体寄生了，如绦虫一般；因而庞培的死对凯撒而言究竟是得是失很难断定。
现在，凯撒在埃及无事可做了，罗马人与埃及人都料想他立刻会着手征服非洲，处理胜利后的整顿重任。但凯撒忠于他就地解决一切事务的习惯。由于他确信罗马卫戍部队与埃及朝廷都不会对他有所抵抗，又由于深陷经济困境，他乃调两个混合军团（三千二百人，八百名塞尔特与日耳曼骑兵），以埃及皇宫为司令部，开始收集必需的基金，安排埃及王位继承问题——而不顾波辛纳斯莽撞的言词——“凯撒不当为了这种琐事而疏忽了他自己的要事。”
但一场风暴却在秘密酝酿。亚历山大利亚像罗马一样也是一个大都会，人口几不少于罗马，而在商业精神、手工技巧和科学与艺术风格上比罗马高出许多。它的公民深觉他们国家在世间地位的重要；而即使他们没有政治情感，至少也有一种骚动的精神，使他们像今日的巴黎人一样常常全心全意地在街头暴动。因此，当他们看到那罗马将军在他们的皇宫中发号施令，他们的王接受他的裁判时，他们的感觉是可以想见的。波辛纳斯与幼王愤怒于他为了旧有的恩惠而行的武断索取，愤恨他对王位的干涉（这当然只可能对克丽佩特拉有益），愤恨他搜刮神殿的宝藏和国王的金器，在制币厂熔化，以满足罗马的需要。埃及人——他们用虔敬得近乎迷信的程度，欣喜于他们世界出名的豪华宫廷，把它当做是他们自己私人的宝物一般——看着他们的神殿墙壁空了，他们国王的桌上杯子变成了木制的，他们的愤怒越来越难以抑制了。
罗马的占领军在长期驻守埃及之后，尤其是在许多官兵已与埃及妇女通婚的情况下，基本上已经等于归化了埃及，何况军中还有许多以前庞培的旧部，逃跑的意大利犯人与奴隶。他们也愤恨凯撒，因为他使他们搁置了叙利亚前线的行动。他们愤恨凯撒那一小撮军团的官兵，因为他们摆出傲慢的样子。当罗马的斧头带入埃及老王宫的时候，埃及人甚为骚动，而他的士兵在城里亦常遭暗杀。这些事情都向凯撒显示他那小撮兵力在恨之入骨的大敌之间处境何等危险。但在那时节离开是困难的，因为盛行的是西北风，何况此时登船很可能导致变乱的爆发。再者，事情未完即行离去，不合凯撒本性。
因之，他立刻下令从亚洲派兵增援，同时表现出极度的自恃。他的军营从没有像在亚历山大时这般欢乐过的，那美丽而又聪明的克丽佩特拉固然尽展妩媚——尤其是对她的鉴赏者凯撒——而凯撒也明示其胜果中最令他珍惜的便是美丽的女人。这乃是即将来临的灾难之欢乐的前奏。罗马占领军，由阿其拉斯率领——日后证明，系受埃及王及其监护人的秘密指令——出其不意地出现在亚历山大利亚。当公民看到军队攻击凯撒，立即参与共同行动。
凯撒临危不乱，迅速召集其分散的兵员，抓住埃及王及诸大臣，占据宫廷及隔邻的剧场。紧接剧场前方主港中的舰队已无时间挽救，他下令烧毁，用小船占领灯塔所在地法罗斯小岛。如此，至少一个有限的防卫范围是保住了，也保持住了供应品与增援部队的通路。同时，传令至小亚细亚司令及最近的属国叙利亚人，纳巴泰人，克里特人与罗德人，急速派兵及船只至埃及。
而同时，叛乱现由公主阿欣诺艾及其心腹宦官甘尼梅底斯率领，扫遍全国，尤以首都为甚。在首都街道上天天在战斗，凯撒想争取更大一点的活动范围，想攻至城后的新鲜水源玛瑞湖，以便从那里获取水源并搜掠粮食，却不得逞。而亚历山大利亚人亦无法完全断绝被围者的水源，因为他们把凯撒占领区的尼罗河输水道倒入盐水破坏后，凯撒部下却在海边挖井而出乎意料地取得可饮之水。
由于无法由陆地取胜凯撒，包围者乃焚毁他的舰队，切断他海路供应的途径。灯塔岛与陆地以堤防相连，此岛与堤防把港口分为两边，港口两边又以堤防上的两个开口相通。凯撒制御东边港口及灯塔岛，堤防与西边港口则被民众占领；由于亚历山大利亚舰队被毁，凯撒的船只乃可自由进出。亚历山大利亚人力图用火攻船从西边港口进入东边港口，不成，乃用他们的军火库中的剩余部分配备了一个小船队，企图阻挠由小亚细亚抵达的一个军团之运输船队，但凯撒的罗德人海员战术精良，敌人计不得逞。
然而，不久公民取下灯塔岛，从这里非常接近泊栖大型船只的东边港岩石狭口。因此，凯撒的船队被迫留在东边港口之外的海面上，他跟海洋的联系变得非常单薄。凯撒的舰队在锚地被优势的敌人海军连连攻击，既不能避入港口——因为灯塔已失，使内港落在敌人制御之下——也不能撤，因为锚地若失则将切断凯撒与海的通路。由罗德水手的精良技术，勇武的军团战士虽然总是战胜，但亚历山大利亚人却一再增援，顽攻不息。被围者完全处于守势，任围攻者选择攻击时刻，而只要战败一次，凯撒就可能被封在港中，甚至可能全军覆没。
灯塔岛的收复势在必行。凯撒乃发动双重攻势，一从港口，由小船攻击，一从海面，由战船攻击，因而重取该岛及堤防的前半部。当攻克堤防的第二个洞口时，凯撒下令停止，在此筑起横墙，与城市阻隔。但在挖沟者周围产生猛烈冲突战时，罗马部队放下了灯塔岛近处的堤防驰援，这时，一支埃及部队突然来袭，登上该段堤防，从后面攻击聚集在横墙附近的罗马士兵与水手，将之在狂乱中群驱入海。罗马船只救起若干，但大部分——包括约士兵四百，水手更多——则遭溺毙。将军本人也不得不入船中避难，但该船复因荷载过重而沉，凯撒乃游泳至另一艘。损失惨重，但灯塔岛终于收复，堤防至第一洞口处亦掌握于凯撒手中。
援军终于抵达。抵达的是庞塔斯的密斯拉达斯王一系的能将，泊甘蒙的密斯拉达斯（他自称是前者的私生子），率领一支混合部队——李班纳斯王的伊提利亚人，詹布利丘斯的贝度英人，安提佩特领导下的犹太人，以及西里西亚与叙利亚的社团所提供的部队。密斯拉达斯抵达当日，即幸运地占领了贝勒西安，由此处，他循公路驱军孟菲斯，意在于尼罗河尚未成多歧分岔的三角洲之部位渡河。在这次行军过程中，他的部队不断受到栖居于这一带的犹太人的资助。
埃及人在小王屠伦美的率领下（凯撒释放他，为图熄灭叛乱之火，但归徒然）派遣一支部队，试图在尼罗河彼岸阻挡密斯拉达斯。在孟菲斯过去，两军在所谓的犹太营相遇。但受过罗马式战术训练的密斯拉达斯却终在孟菲斯渡河。而凯撒，在得到援军抵达的消息后，用船将部分部队运至亚历山大利亚西边的玛瑞湖之端，绕湖沿尼罗河逆向而上，跟沿尼罗河顺向而下的密斯拉达斯会师。
