近代开端后一直到19世纪中叶为止，政治上的分裂与经济上的落后是德意志的两大历史特点。
从11世纪以后，神圣罗马帝国的疆域逐渐缩小，到1500年只限于德意志领土了。而且15世纪以后，当英、法诸国逐步形成中央集权的统一国家的时候，神圣罗马帝国仍处于分崩离析的状态。所谓神圣罗马皇帝不过是徒有其名的国家元首，帝国境内的封建诸侯各自为政，他们的领地实际上等于独立的王国。以皇帝为代表的中央政府毫无实权，不能干预诸侯领地的内政。皇帝是由选举产生的终身职，他是由几个特定的选帝侯选出来的。最初一共有八个选帝侯，从1692年起，又出现了第九个——汉诺威选帝侯。但是自从1273年以来，哈布斯堡王朝的代表一成不变地被选为皇帝，这是因为这个王朝在帝国境内领有奥地利这样强大的领地，当时德意志时常遭到土耳其的侵略威胁，奥地利的强大及其地理位置起了抵制土耳其侵略的前哨作用。
这种政治上的分裂，到16世纪进一步加深，这是宗教战争所促成的。在宗教改革的过程中，帝国境内有许多天主教教会的土地被没收了，封建诸侯乘机抢到大块教会土地，并且使新成立的路德派教会服从自己的支配。这便增大了他们的力量，从而更加强了他们的独立性。
但是，皇帝是不甘心自己所处的无权地位的，他渴望加强帝国中央的权力，而诸侯却力求维持自己的独立自主的地位。于是便发生了皇帝与德意志诸侯之间的斗争，这个斗争演变为三十年战争。
1618年捷克反对哈布斯堡王朝的起义，是三十年战争的导火线。神圣罗马帝国皇帝为在捷克(波希米亚)恢复天主教，指定斐迪南二世为捷克国王。斐迪南二世下令禁止新教活动，拆毁其教堂。1618年5月23日，布拉格民众冲入王宫，把几个官吏从王宫窗口掷了出去，史称“掷出窗外事件”。这一事件引发了三十年战争。
三十年战争从1618年至1648年，历时30年，共分为四个阶段：
①捷克——普法尔茨时期(1618—1624)：“掷出窗外事件”发生后，捷克摆脱了哈布斯堡王朝的统治。1619年捷克议会选举普法尔茨选帝侯弗里德里希为国王。1620年，神圣罗马帝国皇帝斐迪南二世(1619—1637在位)依靠德意志天主教同盟军，入侵捷克。为援助蒂利伯爵J·采尔克莱斯率领的天主教同盟军，西班牙出兵普法尔茨。1620年底，捷克和普法尔茨联军在白山为天主教同盟军所败，弗里德里希逃亡荷兰，捷克重归奥地利统治。同期，休战12年的西班牙和荷兰于1621年战事再起。
②丹麦阶段(1625—1629)：神圣罗马帝国皇帝的胜利，引起外国参战。丹麦得到英国和法国的资助，于1625年在北德意志新教诸侯支持下攻入帝国境内。捷克贵族A．E．W．von瓦伦斯坦率雇佣军协同蒂利伯爵打败丹麦军队。丹麦王国同皇帝于1629年5月签订《吕贝克和约》，保证不再干涉德意志事务。皇帝的势力伸展到波罗的海。
③瑞典阶段(1630—1635)：神圣罗马帝国皇帝和天主教同盟势力北进，促使瑞典加速军事行动，与法国结成同盟。瑞典国王古斯塔夫二世·阿道夫率军于1630年7月进入波美拉尼亚，同勃兰登堡和萨克森选帝侯联合，在德意志西部和南部接连取胜。1632年，蒂利伯爵在累赫河战败身亡。吕岑会战中，瓦伦斯坦战败，后被暗杀。古斯塔夫二世·阿道夫也在会战中阵亡。1634年皇帝联合西班牙打败瑞典军队，返回波罗的海沿岸。萨克森和勃兰登堡于1635年5月同皇帝缔结《布拉格和约》。
④法兰西——瑞典阶段(1635—1648)：瑞典军队战败，促使法国直接出兵，与瑞典联合对哈布斯堡王朝作战。1635年5月，法国又联合荷兰进入莱茵地区，瑞典军队在莱比锡附近的布赖滕费尔德取胜，并继续南进。法国军队大败西班牙军。瑞典的胜利，又引起丹麦的不满，1643—1645年丹麦同瑞典开战，结果，战败求和。此后法、瑞两国军队进入德意志南部。长期战争使双方都有极大的消耗，帝国方面的困难更为突出。皇帝斐迪南三世(1637—1657在位)被迫求和，得到法国和瑞典的赞同。战争结束。
1648年10月24日，参战各方代表齐集明斯特市政厅签署《奥斯纳布吕克条约》和《明斯特和约》。奥斯纳布吕克和明斯特两个城市都在威斯特伐利亚境内，故两个和约统称《威斯特伐利亚和约》。《威斯特伐利亚和约》规定：法国得到3个主教区(梅林、图尔、凡尔登)和整个阿尔萨斯(斯特拉斯堡除外)。瑞典取得西波美拉尼亚及东波美拉尼亚的一部分、维斯马城和不来梅、维尔登两个主教区，从而得到波罗的海和北海诸港口。正式承认荷兰、瑞士独立；帝国境内勃兰登堡、萨克森、巴伐利亚等邦诸侯领地恢复到战前状况，诸侯在领地内享有内政、外交上的自主权。
这场战争使德意志损失了1／3的人口，300多座城市，2000多个村庄毁于一旦。封建主利用战争造成的破坏，大肆霸占土地，许多自由农变成了农奴，13世纪已被废止的农奴制得以复活。在易北河东岸地区，自由农就“像白色的乌鸦一样罕见”。
三十年战争和《威斯特伐利亚和约》削弱了哈布斯堡王朝的统治，加深了德意志境内的分裂割据局面。当时的德意志地区，出现了大大小小360多个独立邦国，以及4万个世俗领地和4万个教会领地。一年有多少天，德意志就有多少个邦国。例如，威斯特伐利亚面积仅1200平方英里，却存在着52个邦国。领地如此狭小，使邦君不敢轻易进行军事演习，害怕稍不留神炮弹掉入领邦而引出祸端。
政治上的分裂割据也导致了关税壁垒。易北河上，从皮尔纳到莱比锡要通过32道税卡。从柏林到瑞士，要经过10个邦国，办10次手续，换10次货币，交10次关税。度量衡和货币十分复杂，仅货币就有6000种。皇帝的最后一点权威已荡然无存，帝国各种机构形同虚设，德意志民族的神圣罗马帝国已名存实亡。
恩格斯指出：三十年战争所造成的严重后果，“使德国有200年不见于政治积极的欧洲国家之列”。直到18世纪末19世纪初，在外力的作用下，德意志才重又步入欧洲资本主义发展的轨道。这个外力就是法国大革命和拿破仑战争。
