通信情报处破译的密码表明，护航运输船队只有14艘船舰。这一事实提醒了空军参谋部（这些人被马歇尔戏称为“一帮子高中生”）的一位情报官，他询问了麦克阿瑟对这次交战情况的估计，并把此事编写的备忘录发到作战处，很快引起了马歇尔的注意。就在俾斯麦海战役后的六个月，麦克阿瑟陷入巨大的压力之中，因为他必须对其公报中发表的申明做出说明。
他义愤填膺，而且有足够的理由愤愤不平。战地指挥官并不需要对他们的高级指挥官提高的报告进行亲自调查，这样做的话就意味着这位指挥员做错了什么，在这种情况下那最好就是解除他的职位，然后找到可以更加信赖的人。举个例子，第8航空队一再宣称击落德军飞机多少多少架，而这个数字是不可能的，“厄尔特拉”情报也表明他们的说法言过其实。即使这样，艾森豪威尔从没有因为公布了这些数字受到陆军部的指责，也没有解除他第8航空队的司令官。对于陆军部关于俾斯麦海事件的质疑肯尼的反应是警告他们，如果再进一步深究此事，那他就会让军事法庭给他伸张正义。事实上，他说，他们对他的指责是说他故意提交错误报告。
阿诺德认为整个事件令人十分为难。他非常歉意地告诉肯尼，提出有关俾斯麦海事件时他正在欧洲访问。要是他知道他们这样做，他会立即制止的。在他回到五角大楼前，这件事由作战部主管，而作战部不由他控制。他向肯尼保证，不会再发生这样的事，并让他相信，他，哈普·阿诺德，从不怀疑他的报告的准确性。
同时，马歇尔要求麦克阿瑟发布修订的公报，其中特别要求把所报日军船舰沉没的数字降下来。麦克阿瑟回复道，他还是坚持公报上最初的数字，马歇尔只能让步。
麦克阿瑟不是简单的固执已见或傲慢无理，他坚信美国方面没有人知道日军在俾斯麦海战中确切的损失。他有一次曾说，“只有百分之五的情报是准确的，一个好的指挥官的诀窍是应该能把这百分之五区别开来。”
战后，日军记录研究结果表明，日军实际损失是8艘运输舰，4艘驱逐舰和3000人。然而，重要的并不是有多少船舰被击沉或多少敌军葬身海底，而是第5航空队在24小时内消灭护航运输船队的事实扭转了新几内亚的军事战局。
战略主动权已毫无疑问地转向了麦克阿瑟，正如他在俾斯麦海战公报上欢欣鼓舞地宣布那样，“我们决定性的胜利必然对敌军战略和战术上计划产生最重要的影响，至少现在看来这场战役彻底瓦解了日军的军事行动。”日军放弃了攻占瓦乌村的计划。从此之后，他们再没有在新几内亚或向新几内亚发动过进攻，而只能构筑工事，等待着麦克阿瑟的军队向他们发动的攻击。
布纳战役让麦克阿瑟对布莱梅失望至极。他的这位陆军司令的忠诚无可挑剔，但这无法弥补他在激烈战斗时在战地策略上的平庸表现。另外，麦克阿瑟坚信，暂且不问是对是错，布莱梅有在战后大显身手的政治野心，总巴结那些有权有势的澳大利亚政客，对他们溜须拍马拍马。同时，对于澳大利亚军队试图控制新几内亚的指挥工作，也让麦克阿瑟很是气愤，他们把那些和美军一起工作的澳大利亚军官的军衔都提升到比他们的美国伙伴还高一级别。
从新几内亚回到布里斯班两天后，麦克阿瑟给马歇尔发去电报，“这里的作战经验表明，需要将这里的美军组成一个美国集团军。澳大利亚武装已经组建了一个集团军，基于这个原因，美国也应该建立相应的组织，这是一个明智的选择。我提议让克鲁格将军率领第3集团军转移到澳大利亚。我迫切需要克鲁格，原因是我们有着长期而亲密的交往。尽管艾克尔伯格是一位称职的军长，但他目前尚不能胜任集团军司令一职。
马歇尔收到这个请求感到很惊讶。他自己并没有把沃尔特·克鲁格看作是战斗指挥官。事实上，克鲁格一点作战经验都没有。他固执己见，动作迟缓，只会纸上谈兵，而且还缺乏社交技巧，到处惹是生非。1941年，马歇尔任命克鲁格为中将时，他就顾虑重重，但克鲁格训练军队的能力是毫无疑问的，这也是第3集团军的主要任务。对于克鲁格能否胜任战地指挥官一职，尽管马歇尔有些疑惑，但他是不会拒绝麦克阿瑟的请求的。如果有什么原因的话，那就是他不打算让克鲁格发挥重要作用。三周后，克鲁格带着第3集团军司令部的16位参谋飞往澳大利亚。
和威洛比一样，他也出生在德国。也和威洛比一样，他参军就是为了成为一个美国人。他17岁入伍，升为军士后又晋升为军官。1904年，他第一次遇到麦克阿瑟，那时候，他们都在菲律宾担任中尉。1907年在利文沃斯堡的陆军参谋学院，他们再次相遇。
1911年，克鲁格首次将布来克的步兵战术条令翻译成英文，为此，他受到了参谋长伦纳德·伍德的高度评价。第一次世界大战期间，他在法国几个高级司令部担任参谋，为自己创造了骄人的功绩，因此，荣获服役优异奖章，并在战争结束后升为上校。20世纪20年代，陆军航空兵空曾想聘用他，尽管他很想学习飞行，但对于45岁的他来说，要达到陆军航空兵的苛刻的飞行要求，显然是个巨大的挑战。此后，他上了陆军军事学院和海军军事学院，并顺利从这两个学校毕业。海军非常喜欢，克鲁格就从1927年到1931年在海军军事学院担任教官。
为培养海军军官执教了5年后，克鲁格在密苏里州的杰斐逊兵营担任第6步兵团团长。1933年美军实施指挥与控制中心时，他建立了全国最好的指挥与控制中心户。一年后，麦克阿瑟让克鲁格到总参谋部担任作战计划部部长。6年后，马歇尔又让克鲁格指挥第3集团军。1941年秋，在路易斯安那州的对抗演习中，克鲁格的部队用步兵成功地阻止了第2集团军的装甲兵攻击，这是料想不到的胜利。然而，这次胜利的幕后策划人并不是克鲁格，而是第3集团军的参谋长德怀特·艾森豪威尔。
不管马歇尔对于克鲁格的看法如何，让他担任麦克阿瑟手下的指挥官对其还是有利的。一方面，他们交情颇深。另一方面，克鲁格是陆军中学识最渊博的，被公认的是战略家。同时，他和陆军部长亨利·L·史汀生的关系非同一般，第一次世界大战的时，他曾在美国远征军参谋学院担任过史汀生的老师。最后就是克鲁格精通海上作战战术。而麦克阿瑟正准备发动十几次海陆两栖作战行动。1943年2月8日，克鲁格到达布里斯班后，麦克阿瑟热情地迎接他，不仅仅是因为他们之间的旧交情，更重要的是他能解决各种现存的问题。
正如克鲁格不久后便发现的那样，澳大利亚的指挥结构很复杂。麦克阿瑟统管西南太平洋战区总司令部。这是盟军司令部，其中不仅有美国人和澳大利亚人，还有英国人和荷兰人。总司令部全盘负责军事行动工作。在其内部，麦克阿瑟手下有盟军陆军司令（布莱梅），盟军空军司令（肯尼）和盟军海军司令（阿瑟·S·卡彭特中将，美国海军），他们都直接向他汇报。
他还指挥着远东美国陆军，该部队只包括他在战区内的美国陆军部队。还有就是美国陆军供应勤务部队，它是麦克阿瑟的管理和供应机构。现在还将再设一个司令部，就是由沃尔特·克鲁格中将指挥的第6集团军司令部，。
根据组建西南太平洋战区总司令部的协议，麦克阿瑟有权创建和指挥特遣部队。拟订这一条款的基本想法是有时可能会遇到某种情况，即需要组建一支结构特殊的特遣部队，以便完成一些重要的小规模的任务。一旦任务完成，特遣部队的成员就会回归到他们正式的建制。然而，麦克阿瑟想把第6集团军称为特遣部队，这样就可以在美国战地作战时不受布莱梅的指挥。这个小伎俩却瞒不过任何人。
克鲁格的到来给了艾克尔伯格当头一棒。艾克尔伯格认为自己在布纳战役那种几乎不可能的情况下仍然表现优异，没有获得荣誉勋章已经很受挫了，现在还不能当上集团军司令，而且要眼睁睁地看着这个从没指挥部队打过仗的家伙抢走这个职位，无异于是在他的伤口上撒盐。就在克鲁格抵达后不久，艾克尔伯格便前去见麦克阿瑟，问他现在打算怎么安排第1军。
麦克阿瑟告诉他第1军交由克鲁格的第6集团军司令部指挥。“克鲁格是唯一一个决定你如何以及何时出战的人。”
由于没有第6集团军的指挥权引起的愤怒，以及对克鲁格刻骨铭心的厌恶，艾克尔伯格打算调回美国。他的老朋友和导师，前参谋长马林·克雷格建议艾克尔伯格指挥第1集团军。并问麦克阿瑟是否允许艾克尔伯格离开西南太平洋战区。麦克阿瑟力劝艾克尔伯格不要这样做，但他又说，如果艾克尔伯格执意这样做的话，他会批准他的请求。但后来，他却给马歇尔发了一封截然不同的电报：“他在这里的工作比他打算在美国做的任何工作都更有价值。”
这就是麦克阿瑟，集操纵和利用于一身。他曾对艾克尔伯格在布纳发动的正面进攻感到失望，而且认为他可能要对那骇人听闻的伤亡人数负一定责任。战地记者E.Z.迪米特曼曾和麦克阿瑟谈到艾克尔伯格和斯梅德利·巴特勒将军两人在体格上有着惊人的相似之处。巴特勒是美国海军家喻户晓的传奇式人物，曾两次获得荣誉勋章。迪米特曼认为艾克尔伯格有可能成为第二个巴特勒。麦克阿瑟对此不以为然，“一百万年也不会有这样的事。巴特勒是位真正伟大的将军。”
即使这样，他还是有种种理由抓紧艾克尔伯格不放，艾克尔伯格在训练军队方面能力出众。另外，如果克鲁格失败或者身体欠佳，艾克尔伯格还是可以插手，并接管第6集团军。假设他真的让艾克尔伯格离开，谁又能取代他的职位呢？可能是像亚历山大·帕奇这样的人，他曾在瓜达尔卡纳尔岛指挥陆军作战，但表现平平，以至于马歇尔把他调回了美国，不但不给他提升为三星中将，反而让他去训练部队任职。
