李宗仁要荐白崇禧出任国防部长一事虽然被阻，但阎锡山却未能 阻止李宗仁、白崇禧调集两广军队全力保卫广州。而蒋介石要选调各方精锐，坚守东南沿海。一个背着国防部，一个超越国防部，阎锡山虽然心中大为不悦，但却也无可奈何。因为他知道自己手无军权，这也是他早就料到的，所以，他并不烦恼，而是继续在写他的各种“方案”。
由于福州、赣州的相继解放，国民党在东南沿海的阵地受到严重威胁，而人民解放军又迅速向西北挺进。蒋介石遂于8月23日中午由台北飞抵广州，他事先也未向李宗仁、阎锡山打招呼，下了飞机就驱车到兰园迎宾馆去找李宗仁，并让蒋经国去向阎锡山打招呼。谁知阎锡山中午回他的庙前直街官邸休息去了。蒋介石以为阎一定在午睡，便亲自去找。岂料 他一进阎氏官邸，却见阎锡山正埋首书案写什么东西。蒋即问阎写什么？阎答曰：“是根据以前提出的《扭转时局方案》，按非常委员会的决定，让行政院有关部会制定细则，但原案是原则性的提法，不易厘定细则，只得分门别类分制方案”。蒋介石接过这个话题，便将其掌握的李宗仁召集陈济棠、余汉谋、薛岳、白崇禧等在总统府开会，决定任命余汉谋为华南军政长官，统一指挥广东及其周围的海陆空三军，全力保卫广州，并把广州由院辖市改为省辖市，以便交余汉谋统一指挥等情况告诉阎锡山，问阎“对此有何看法”？阎回答说：“对此事刚才听到这些传闻，尚未接到总统府正式通知，不明真相”。蒋介石知道阎锡山未参与其事，并且又拒绝了李宗仁要让白崇禧任国防部长的要求，颇为满意，对阎说：“你集中精力，为党国的全面和长久打算，确是深谋远虑，对保卫华南和保卫广州的实战指挥，就让顾祝同多负些责任去搞”（《阎锡山全传》（下），第1190页）。当天黄昏时，蒋介石在国防部召开军事会议，参加会议的有阎锡山、顾祝同、还有郑介民、胡宗南、白崇禧、陈济棠。会上，蒋介石部署胡宗南固守川、陕边境，白崇禧固守湘赣边境，最后又宣布“国府”要准备离开广州，西迁重庆。显然，蒋介石是不仅不主张全力保卫广州，反而要放弃广州了，并且为了保障即将西迁至重庆“国府”的安全，要胡、白二人固守川陕、湘赣边境。24日，蒋介石便飞往重庆。
按照蒋介石的部署，从华中南逃的白崇禧军队虽然在衡（阳）宝（庆）地区部署重兵，企图组织抵抗，防止解放军进军两广。但是，在解放军四野部队的凶猛攻势下，很快土崩瓦解。9月13日，四野部队中路和西路两兵团发起衡宝战役，至10月13日胜利结束，歼灭白崇禧部主力4.7万多人。与此同时，东路兵团在陈赓的统一指挥下，也向广东进军。10月2日发起广东战役，10月10日，迫近新街，广州已岌岌可危。于是，阎锡山于10月11日偕财政部长关吉玉飞赴台湾，找蒋介石想办法。10月12日，广州动摇，李宗仁在总统府宣布“国府”迁往重庆办公后，即飞回桂林老家。行政院副院长朱家骅，秘书长贾景德、政务委员徐永昌则率领广州守军跑往重庆。10月14日，广州解放。15日，阎锡山偕关吉玉由台飞往重庆。
阎锡山到重庆的第二天，就召开行政院会议，并向会议提出了《作战时期加大地方权责争取胜利案》和《财政部委托各省市收支赋税暂办法案》。会前，他还专访了国民党西南军政长官张群，重庆市市长杨森，四川省省主席王陵荃，以求取得地方的支持。面对无可收拾的残局，阎锡山已经看到国民党在大陆的统治已近灭亡，他在18日的日记中就写到：“历代国家危急之际，有六种现象：一个是甘心灭亡， 甘心灭亡有二义，一是幸其灭亡，一是利其消灭，总之一切所为皆为敌人所希求者，当然灭亡。一个是束手无策，坐以待毙，虽不甘心灭亡，但亦无法不灭亡。一个是一筹莫展，有计划打不开环境，这也是免不了灭亡的。一个是知其不可为而为之，在无可如何的情势下，了自己责任的做法。一个是尽人事听天命，这也不过是成与败，总能交代了历史而已。一个是人定胜天，即是旋转乾坤的做法，旋转即是旋转甘心灭亡的危势，转而为万众一心的挽救危亡”（《阎锡山年谱》（六），第2352——2353页）。当然，阎锡山是不“甘心灭亡”的，可是他却“一筹莫展”，在此情势下，只好“知其不可为而为之”，“了自己的责任”了。所以，他在当天出席重庆各界举行的“庆祝政府迁渝及欢迎李代总统大会”上，在致词中除检讨自己“就职四月，不只未能扭转时局，反失掉了许多土地，实觉对不起代总统，对不起立法院，对不起国人，对不起党，并对不起自己”外，仍提出“确定以寸土必争为目标”，要“走民众路线”，“实行总动员”。“完成总体战”。说“单四川一省，即有七千万人，尚较一个世界大国的人口为多，再加上云南、贵州、西康、广西及鄂西 、湘西、陕西，只要一致努力，大有可为”（台湾国民党行政院印：《阎院长博采众议录》第2页）。之后不久，他为实行“总体作战”，又出台了一个《保卫西南中心四川部分案》，并核准张群成立新军5至10个师，同时加紧部署川陕军事，令川、黔、桂肃清“散匪”，为挽救已是风雨飘摇的国民党蒋家王朝做最大的努力。
对于阎锡山这种“知其不可为而为之”的愚蠢之举，连追随他多年的亲信贾景德、徐永昌也无可奈何，在1949年10月29日他俩为祝贺阎锡山67岁寿辰而在重庆化龙桥商震旧寓举行的便宴上，徐永昌说阎锡山是“知其不可为而为，其愚不可及也”，阎锡山说：“我的愚，正与宁武子的愚相反，他是假愚，我是真愚”。徐永昌说：“我向来主进不主退，院长知其不可为而为是仁的道理，行其所是可也。佛说：我不入地狱谁入地狱，应无不安”。阎锡山说：“既入地狱，只好安于入地狱”。阎的意见十分明白，即他既然要“了自己的责任”，就应当负责到底，决不后缩，他是决心一愚到底，为气数已尽的国民党统治作最后的拼搏，并准备舍身成仁，入地狱了。
11月 1日，人民解放军第二野战军第18兵团等部从南北两线进军西南，围歼胡宗南集团残部。就在当天，李宗仁偕张群由重庆赴昆明巡视，中枢阁揆，全由阎锡山掌舵。11月2日，巴东国民党军队失守，川东形势也十分危急，但阎锡山仍委任杨森为重庆市卫戍司令，并任命董霖为外交部次长，王平为财政部常务次长，高信为内政部常务次长，赵子立为河南省政府主席。可是，当在香港的中央、中国两航空公司负责人率客机12架飞往北京，宣布起义后，阎锡山真有点沉不住气了，觉得自己已难以“承负时任”，于是，他一面责成交通部派员处理在香港的中央、中国两航空公司70架飞机，一面于11月11日电请蒋介石出山，说“渝东、黔东军事虽有布置，尚无把握，非钧座莅渝，难期挽救”（《阎锡山年谱》（六），第2357页）。恰在此时，已无意再撑危局的李宗仁离开昆明飞回桂林老家，阎锡山眼看自己就要成为国民党大陆失败的替罪羊，因而他急忙动员在渝国民党立法委员70余人，分电蒋介石、李宗仁，“即日来渝，共挽危局”。
蒋介石也已看到西南形势的严重性，遂于11月14日飞来重庆，一落脚，他即致电李宗仁返渝，“共商全局”。可是李宗仁最烦的正是蒋的背后操纵，今日蒋莅重庆，他这个代总统就更无法工作了，一气之下，称病飞到南宁，离重庆更远了。阎锡山也两次致电李宗仁返渝“迅决大计，共挽危局”，但均未回音。11月20日，李宗仁由南宁飞香港，入太和医院，并发表声明：“治病期间，中枢军政事宜，已电阎院长负责照常进行，总统府日常公务由秘书长邱昌渭、参军长刘士毅代行处理”（《阎锡山年谱》（六），第2359页）。蒋介石对李宗仁此举虽暗中高兴，但仍派居正、朱家骅等携其亲笔信飞赴香港，对李慰问，让其安心养病。11月22日，人民解放军第四野战军第四兵团解放桂林。11月25日，李宗仁托居正等人带回书信， 表示暂不返渝，看来他是另有打算了。
这时，人民解放军二野主力已开至大西南，二野三兵团及四野一部在湘鄂川边以神速突然的动作一举歼灭宋希濂部主力。11月16日解放四川彭水，直逼重庆。就在这种危局下，阎锡山仍于11月23日召集行政院会议，他提议并决定“政府实行战斗体制，缩编人员，随军行动”，后来阎锡山将此称为“战斗内阁”。战斗内阁由各部会人员组成。可是，阎锡山的“战斗内阁”尚未完全组成，解放军已逼近重庆。11月28日，国民政府宣布由重庆迁至成都办公，阎锡山只好偕张群及部会官员飞抵成都。
到成都后，阎锡山首先召集总体战执行委员会，决定各处具体负责人，以便迅速组成“战斗内阁”。任命谷正钢为政治作战处长，秦德纯为军事作战处长，黄季陆为民众作战处长，杨爱源为敌后作战处长，李汉魂为兵农合一作战处长，邓文仪为干部训练处长。这样“战斗内阁”就算成立了。并于12月1日会见川、康籍国大代表、立法委员和监察委员时予以宣布。
但是，阎锡山的内阁在成都立足未稳，解放军二野第三兵团及四野一部于11月30日解放重庆。此时，蒋介石急令胡宗南集团速从秦岭以南撤至成都地区。解放军华北第十八兵团和一野第7军，在贺龙、李井泉率领下，尾追胡宗南部进军川北，在连克成都周围的隆西、内江、资中后，又与解放了贵阳、遵义的二野五兵团于12月7日分三路攻向成都，成都已然不保。
当天，阎锡山主持行政院会议，这也是他在大陆主持召开的最后一次行政院会议。会上，通过了“国民政府迁设台北，在西昌设大本营指挥作战案”，并任命顾祝同为西南军政长官。12月8日，阎锡山便偕副院长朱家骅、部会官员关吉玉、杭立武、陈立夫、万鸿图，总统府秘书长邱昌渭、参军长刘士毅等14人乘专机飞台。飞抵台北后，受到陈诚、周至柔、黄朝琴、李友邦的迎接。当天下午7时，阎锡山在寓所招待记者时，正式宣布国民政府自即日起移台办公，这实际上宣布了国民党在大陆的统治从此彻底结束。9日，贾景德率各院部会官员80余人也由成都飞抵台北。
阎锡山离开成都后不到20天，12月27日成都解放，蒋介石最后一支主力胡宗南集团和退集成都地区的其他数十万部队除起义者外，悉数就歼。
阎锡山自出任国民政府行政院院长兼国防部长以来的半年中，为保卫华南、西北，动辄出“案”，奔波操劳，可谓呕心沥血，殚精竭虑，也可谓尽职尽责，尽心尽力。他明知国民党的统治气数已尽，看到了国民党灭亡之“死相”，也清楚自己已无任何实力，又处在蒋、李明争暗斗的夹缝中间，因而往往是“一筹莫展，有计划打不开局面”。可是，他为了实现国民党的“中兴”，仍“知其不可为而为之”，苦煎苦熬，苦苦支撑，企图“旋转甘心灭亡的危势”，维持破败不堪的残局。阎锡山这样执迷不悟，这样愚不可及，自然有其强烈的功利主义因素，但最根本的原因则是他对共产党、共产主义的极端仇恨，因而，他只要有一息尚存，就要与共产党、共产主义斗争到底。可以说，阎锡山的阶级立场是坚定不移的，他对国民党也是无比忠诚的。然而，历史终究是无情的，人民民主革命的潮流是任何人也阻挡不住的。阎锡山即便是有实力，即便是可以专断独行，指挥一切，也是难以将国民党这艘行将沉没的破船，驶向“中兴”的彼岸的，这到底是阎锡山的悲哀，还是国民党的悲哀？
3、三个月惨淡经营，终知“计划难行”，只好“迎”蒋复出，卸任归隐
阎锡山飞抵台北的第二天，又像国府迁至重庆、成都时那样，在台北宾馆举行迁台首次行政院会议，迅速布置了各院部委迁台后的办公地点，以使国民政府这架残旧的机器马上运转起来。
蒋介石本来还想留在成都，亲自指挥再抵挡一阵，但由于12月9日云南省主席卢汉，西康省主席刘文辉，西南行政长官公署副长官邓锡侯、潘文华等人宣布起义，滇、康两省和平解放，蒋介石见状也不敢久留，于12月10日乘飞机抵达台北。
台湾国土面积小，人口少，虽然自然资源丰富，被称之为“宝岛”，但由于日本帝国主义的长期统治掠夺，日本投降后，国民党台湾当局又对台湾实行了绝对独裁统治，并因此而于1946年爆发了以“2·28”事件为导火线的全岛性大规模起义，未有何生息之机，因此，经济相当落后，政局也很不稳。如今随着国府迁台，国民党控制区的200万党政军人员也纷纷退至台湾，致使人口激增，并由此而导致日用消费品奇缺，物价暴涨。同时，蒋介石残余势力与台湾地方势力之间相互争斗，矛盾日深，而军队又是“败兵残卒，乌合之众”，“虚张声势有余，英勇拒敌不足”（江南：《蒋经国传》，中国友谊出版公司出版，第225页），如此一个破烂局面，若不加以整治，对于已是气息奄奄的国民党而言，其后果真是不堪设想。
国民党在大陆溃败时，尚有台湾可退，那么，若在台湾也溃败的话，那只有葬身大海了。因此，阎锡山在12月21日致“革命实践研究院”（院长蒋介石）研究员的答词中就说：“今天我们国家最迫切的需要，是确保台湾与恢复大陆的准备”（《阎锡山年谱》（六），第2365页）。而蒋介石对国民党目前的处境似乎更为清楚，特别是美国总统杜鲁门于1950年1月4日公开宣布要抛弃国民党残余势力后，蒋介石对其部下的讲话中便哀叹道：“我们……到了大祸临头的最后关头，试问大家退到了这样一个孤岛以后，还有何处是我们的退路？我们每个人今日的环境是一个天涯沦落，海角飘零，这样一个凄怆悲惨、四顾茫茫的身世，真所谓‘命悬旦夕，死亡无日’的时期”（李敖：《蒋介石研究》第1集，台北·李敖出版社1986年版，第237页）。
也许，正是因为国民党再无退路可退，所以，阎锡山要把确保台湾作为最迫切的需要，甚至还要以台湾作为恢复大陆的根据地。此时的蒋介石虽然在台湾，虽然也暗中操纵，但毕竟还是“在野”，况且正忙于收罗残部，并部署海南岛军事，李宗仁虽然出国，去纽约治病，但仍是代总统，因此，阎锡山便责无旁贷地又忙碌起来。
