可是，阎锡山报效党国的满腔热忱，刚刚迸发，就被蒋介石迎头泼了一盆冷水。他组阁时，提出了让白崇禧任国防部长，张发奎任侨务委员会委员长，但都被蒋介石刷了下来。他想拉徐永昌长国防，徐又不干，只得作罢。到6月12日，李宗仁征得阎锡山同意，以代总统名义， 宣布了阎锡山内阁成员名单：行政院院长阎锡山，副院长朱家骅，内政部长李汉魂，国防部长阎锡山（兼），参谋总长顾祝同，外交部长叶公超，财政部长徐湛，交通部长端木杰，教育部长杭立武、经济部长刘航深，司法行政部长张知本，蒙藏委员会委员长白云梯，侨务委员会委员长戴隗生，三名不管部阁员是国民党的徐永昌，民社党的万鸿图，青年党的王谋，行政院秘书长贾景德。
从内阁的组成人员来看，除了外交、经济两部换了新部长外，其余都是旧内阁蝉联下来的，而叶公超原来又是旧内阁代理未到任的外交部长胡适的代部长，因此，新内阁实际只增加了一名新经济部长。阎锡山特意从台湾带到广州来的王平和刘绍庭只分别担任了财政部和交通部的次长。行政院院长办公室除阎锡山的旧部卢学礼为随从参事，夏风为简任秘书外，大多数办公人员也都是旧内阁留下的原班人马。副院长朱家骅另带着副秘书长倪文亚单搞一套，具体办些什么，连阎锡山也不知道。贾景德带入秘书长办公室的只有其旧部贾昭德一人，其余也是旧阁人员。其余跟随来穗的阎锡山旧部郭澄、阴毓兰、王怀义等在行政院挂名为参事，吴毅安、马德骥、贾文波等在国防部挂名为部员，别的部里，阎锡山连根针也没插进去。这样的内阁，只不过是新瓶装陈酒。阎锡山旧部虽有几个人入阁，但都不是主官，阎锡山虽为行政院院长兼国防部长，但他能用得动的没有几个人，因此，他要想使这个国家机器正常运转，并发挥其效能，必然是阻碍重重，困难多多了。
不管怎么说，新内阁总算是组成了。6月13日，阎锡山在广州市励志社行政院礼堂宣誓就任行政院院长兼国防部长职，其他阁员也同时就职。照例，阎锡山要发表就职典礼词，但无任何新意，仅仅是“惟当前措施，以争取胜利为第一要着。争取胜利，政府必须有能，公务员必须廉洁”云云，而会毕他发表的就职通电，更是老生常谈，什么政治上“必须平民心，养民生，用民力”，军事上“必须动员全国人力、物力，支援前线”，财政上“必须量入为出，收支适合”，外交上“必须在反侵略战争前哨，争取反侵略国家同情与援助”（《阎锡山年谱》（六），第2318—2319页）。
这也难怪阎锡山显得如此无精打采，因为他清楚，如此内阁， 他绝难能指挥如意，有所作为，也根本谈不上什么威信和效率。要解决问题，还是得请蒋介石莅穗主政。所以，上任没几天，6月16日，他就拿着一份预先准备好的电镐去见李宗仁，说道：“岭南局势危若累卵，若非德公亲自提名，我决不肯出面组阁，可是根据组阁过程所见，深知总裁仍在幕后独揽全权，他日事至不堪，我俩徒负罪责，对党国将有何益？不如主动请他来穗，或将有益于时局”。可能李宗仁觉得事已至此，只好这样，于是在阎氏预拟的由他俩联名邀请蒋介石“莅穗主政”的电报上签了名，当日发往台湾。当时住在广州的立委，在CC派策动下，也发起签名，联名请蒋介石复职。有个晋籍立委征求阎锡山的意见，问他该不该签名，阎告诉他“当今扭转国运非蒋莫属”。
阎锡山要李宗仁与他联名请蒋介石“莅穗主政”，又支持立委的签名，从他本人而言，是为了表明他对蒋介石的耿耿忠心，他主持的行政院和国防部是听命于蒋的，同时也向蒋显示了他对李宗仁的巨大影响力。但从行政院所处的困境，以及国民党的日趋腐败和不可挽救的颓势上来看，阎锡山也只有请蒋莅穗这一既得罪桂系和其他反蒋派，又可能危及到自己权位的“上策”了。6月18日，当李宗仁问及阎锡山这几天处理的国事如何时，阎毫无顾忌地直言以对曰：“‘束手无策，坐以待毙’八字”，他罗列了许多难以容忍之事：“一切无数字，一切无专责，认识分歧，主张各异”，“中央地方一切脱节，指挥不灵”，“军队命令不行，作战无法部署，整理无法执行”（《阎锡山年谱》（六），第2319页）等等。6月24日，阎锡山在日记中更写道：“到穗以来，始知国事日非，由于党内有派系争，有小组织争，有地域争，地域有南北争，东北争，东南争。有学派争，有留国派争。争起来无理的说人坏，无理的说己好，不说事怎样做，只说人怎样用，掌权之后，不惜无理的违法，擅自批款要款”，“自私上眼小如豆，妄为上胆大如天”，“对共党造乱，部分高级人员成了保命护财，无耻的心理，以早接新朝冀幸免，因此共党乘机要求‘立功赎罪’，北平之投降，南京之弃守，上海之失败，均由于此”。政府所派代表“卖国求荣”，省区负责大员 “主张单独求和，暗与共匪送秋波者，社会中历历可数，整个成了‘乐其所以亡’的局面”，“虽有善者，亦无如之何矣，以致造成今日不可收拾之境地，‘知其不可为而为之’，深感痛苦”（《阎锡山年谱》（六），第2320——2321页）。
可是，如此残破不堪的局势，蒋介石“莅穗主持”后就能收拾得了？作为行政院长兼国防部长的阎锡山，又能有何为之？
2、以“中兴”为己任，力撑残局，回天无力，无奈飞往台湾
人民解放军百万雄师渡过长江后，在其凌厉的攻势下，国民党十几万军队节节败退。与此同时，随着国民党统治区的急剧缩小，赋税收入大减，而国民党各级军政官员又贪污奢靡，走私活动猖狂，再加上蒋介石将大批金银运往台湾后，每月仅允许拨给广州的国民政府1000多万元，当时政府总收入才1000万元，而每月的军政费用就需要4500万元，因此政府财政亏空巨大，十分拮据。政治上更是派系纷争迭起，民众的反抗斗争不断，广州国民政府已然是危难重重，处于风雨飘摇之中。
面对如此残局，阎锡山并未畏缩，仍是“知其不可为而为之”，煞费心机，想缝补国民党这艘已是千疮百孔的破船，把它驰向“中兴”的彼岸。
一向重视财经的阎锡山，从“军事影响财政，财政累倒金融，金融减低收入，财政又影响军事及庶政”（《阎锡山年谱》（六），第2319页）这一连环套中，清楚地看到了财政与军事、金融及庶政的关系，因此，为了克服政府的财政困难，他首先决定从进行货币改革入手，以解开这个连环套。这就是他提出的发行“银元券”的主张。6月24日，阎锡山在一次监委会的茶话会上讲道：“依日前的情况说，最困难的就是财政，现在已经到了山穷水尽的关头”，“军事的前提还是钱，所以求胜利之前，还是先求社会金融的稳定和政府财政的有办法。过去政府发行的金元券，已经失去了货币的能力，已经是非变不可，但我以为变的先决条件，仍先须政府财政做到收支适合，政府才能有金融的或即发行货币的信用”（《阎锡山年谱》（六），第2321——2324页）。然而，新货币的发行并且能使之维护政府的经济信用，必须要有足够的硬通货币来兑换才行，但当时的国民党政府根本无此能力，于是只好借助金元券的先例，发行“银元券”了。经过一番紧张筹备，7月2日，决定发行“银元券”，为此，阎锡山还签署发布了《行政院改革币制令》，规定：“今后国币以银元券为本位，并发行银元券。定自4日实施”，同时，还公布了《银元及银元兑换券发行办法》，“办法”中规定：“中华民国国币以银元为单位”，“为便利行使起见，中央银行发行兑换券及银元辅助券”，“银元券兑换之面额为一元、五元、十元、五十元、一百元五种”，“银元券辅币之面额为五分、一角、二角、五角四种”。“自本办法公布之日起，所有公私收付一律以银元为计算单位，各级政府税收及公营事业收费应一律收银元或兑换券”。7月5日，行政院会议决议发行爱国公债。可是，“银元券”发行尚不到一个月，就因硬币储运不足，从7月27日起，即采取“限制兑现”措施。挤兑风潮骤起，“银元券”很快就又蹈“金元券”之覆辙，只昙花一现，就凋谢了。
财政上一筹莫展，军事上也是危机重重。由于在蒋介石的亲自部署和决定下，西安的胡宗南部、宋希濂部都撤往四川，上海撤守的汤恩伯部调去福建，青岛撤守的刘安琪部又远调海南岛，致使从湘南到粤北近千里的防线上只剩下白崇禧的3个军，因而，作为国民党首府的广州，明显地出现了防守力量不足的问题。有鉴于此，阎锡山想改由白崇禧任国防部长，李宗仁自然同意，但不管李宗仁怎样公开抗议、单独商量或是恳切要求，均被蒋介石拒绝。在此情况下，阎锡山为了向蒋表明他仍在尽国防部长之责，很快拟定了一个《保卫华南、西北案》，准备提交国民党中常委。这时，7月14日，蒋介石突然来到广州，第二天便在国民党中常委会议上，正式宣布《国民党中央非常委员会组织条例》，并自任主席，李宗仁为副主席，委员为居正、于右任、何应钦、张群、阎锡山、吴铁城、朱家骅、吴忠信、陈立夫，秘书长洪兰友，副秘书长程思远。蒋介石在杭州会晤时所要达到的目的终于达到了。这次会议上，蒋介石还提交成立西南、东南两个分会，分别指定张群、陈诚为分会主席。
在这次会议上，阎锡山提出他早已拟定好的《扭转时局方案》，被“原则上通过”，而其《保卫华南、西北案》则没有提出，倒是提出了《固守台湾案》，说国民党政府“要保存有生力量，必先固守台湾；要固守台湾，必先固守马祖、金门”。阎锡山所以临时改变主意，不提出《保卫华南、西北案》而提出《保卫台湾案》，是因为他怕惹起蒋介石不满，事情明摆着，总裁在台湾，自然是保卫台湾要紧了。此举蒋介石虽未表态，但从随蒋而来的陈诚所说：“阎百公的内阁算是做到了家，身在大陆，心想台湾，能为固守台湾提出卓见，想好办法，可谓老谋深算”，可知蒋介石是相当满意的。得到陈诚的夸奖，阎锡山遂将《保卫台湾案》（由《固守台湾案》改名而成）和《海南岛保卫案》呈蒋介石，7月21日，蒋由穗至厦门时，明确表示此二案“切中时效”（《阎锡山年谱》（六），第2327页）。由此也不难看出当时蒋介石的军事部署其着重点是什么了，而这恰恰也反映了蒋对固守华南、西北已然失去了信心。
但实际上，阎锡山所关注的，还是《保卫华南、西北案》，因为它是与《扭转时局案》相配套的，尤其是《扭转时局方案》，阎锡山花费的心血更大，所以，蒋介石走后不久，他几经努力，8月3日，他向国民党非常委员会第二次会议提出的《保卫华南西北案》终被原则通过，只是将他的提案改为了《反共救国实施方案》。在此之前，阎锡山即加紧了华南与西北的军事部署。还在7月初，阎锡山即派人把马步芳接到广州，许给他西北行政长官兼甘肃省主席，让他在陕甘宁青四省境内拥有自行筹饷征粮的权力，把原来的甘肃省主席郭寄峤调离。7月27日，阎锡山通过行政院会议，任命马步芳为西北军政长官，马鸿逵为甘肃省主席，董其武兼西北军政副长官及包头指挥所主任。《反共救国实施方案》通过修正后，8月21日，阎锡山决定，为统一并加强西北防务，设立国防部部长西北边区指挥所，派前国防部长徐永昌任指挥。并且通过王乾元的关系，拉拢绥西屯垦军，以空运提供武器装备和经费为条件，将他们编成一支5万人的军队，以河套为中心，建立“大西北反共根据地”。8月24日，行政院会议通过，特派孙震兼川、鄂边区绥靖公署主任，胡宗南兼川、陕、甘边区绥靖公署主任。9月，当阎锡山听说傅作义派人去绥远策划和平起义时，即派徐永昌带上他的亲笔信和几箱礼金，去绥远游说董其武勿受傅作义蛊惑，令其坚守国民党阵地，并相机策反。但徐永昌飞抵归绥，在机场上就接到通知，董其武正跟北平代表在省府进行谈判，接着，董其武也通知他，说北平洽议已有眉目，你们以不来见面为好，以免另生枝节。徐永昌只好将阎锡山的亲笔信与礼金留下，飞离绥境。徐回到广州的第三天，即9月19日，北平就发布了董其武起义，绥远和平解放的消息。接着，西北“三马”（马步芳、马鸿逵、马鸿宾）在人民解放军第一野战军的强大攻势下，也迅速溃不成军。马鸿宾宣布起义，兰州、银川相继解放，不久，9月24日，陶峙岳也在新疆率部起义，阎锡山苦心经营的“大西北反共根据地”土崩瓦解。
在保卫华南上，阎锡山虽也花了不少心血，但也是徒费枉然。7月中旬，阎锡山得到湖南的程潜和陈明仁准备起义的消息后，便派行政院秘书长贾景德携带两箱银元去长沙谒程。贾景德的飞机降落到长沙后，虽然贾被陈明仁的军队用汽车送到了湖南省政府，由陈明仁接见，可是陈却对贾说：“颂公（程潜字颂云）身体欠佳，在绿野堂养病，拒不会客”。贾一再请求，连电话也不给通，只得留下信笺与银元返穗。阎锡山并不甘心，亲笔给程潜写信，说是蒋、李两公一致提请颂公出任考试院长，希即日来穗就职，并派国防部次长黄杰和政工局长邓文仪携信前往，但他俩到长沙后，就觉情况异常，陈明仁说是颂公去了邵阳，无法见面。俩人未敢久留，匆匆搭机返航。当天下午，即8月4日，北平新华社广播：程潜、陈明仁率部起义，长沙和平解放。8月17日、20日，福州、赣州也相继解放。阎锡山保卫华南的计划正走向破产。
就在这时，李宗仁要阎锡山主动辞去国防部长一职，由白崇禧接替。尽管阎锡山兼国防部长的国防部，形同虚设，一般军事部署由顾祝同请示蒋介石决定，有特殊情况时，蒋介石或李宗仁径自调兵遣将，但李宗仁总觉得不如让白崇禧出掌国防部，比较放心。可是，阎锡山就是不让。8月间，李宗仁就拟定一份由他与阎锡山共同署名，致蒋介石的电文，迳荐由白崇禧接任国防部长，并已签“宗仁”二字，专函送阎锡山，请签名拍发，但阎锡山却扣压了十几天不发。李宗仁等得不耐烦，让时任国民党中央党部秘书长的郑彦棻转达阎锡山：“如阎院长不应允，代总统就要将他免职”。阎锡山则回话说：“我不辞国防部长兼职，如代总统令免，我行政院长不副署”（《阎锡山年谱》（六），第2338页），而行政院长不副署，代总统就不能发布任何命令。后来李宗仁又托贾景德转告阎锡山，为了争取美援，希望阎自动辞去国防部长的兼职，并迳荐白崇禧自代，阎则当即让贾回报说：“我兼国防部长是蒋总裁的意旨，如果要我辞去，也必须先经蒋介石认可”，硬是没答应李宗仁。其实，即使阎锡山答应了，蒋介石也不会同意，否则，阎锡山组阁时早就同意白崇禧出任国防部长了。
