开平一老同学也来依吴，想过“知县”瘾，上了个条陈自称“文武兼资尤富于政治常识，大帅不信，请令河南省长张凤台以优缺见委，必有莫大贡献”。吴亲批“豫民何辜”四个字，原件发还。他又请委充混成旅长：“愿提一旅之众讨平两广，将来班师回洛后，释甲归田，以种树自娱。”吴批“先种树再说”。
首次入湘止于岳州
民国成立后，第三师调驻南苑，曹锟仍为师长，曾演“南苑兵变”之一幕。其时革命党人为避免流血起见，推举袁世凯为总统，派员迎之南下，袁恐南下后将受制于党人，而口头上又无恋守老巢之理，乃密令曹等耍了一套“奉令兵变”的戏法，然后假口以北方治安为重，婉拒南下之请。时吴已升任炮兵团长，由娘子关移驻长辛店古庙中。[民国元年（1912年）一月十三日第三镇炮团刘团长所部在娘子关哗变，刘奉令撤职，以吴继任。]二年（1913年）二次革命后，袁削除民党势力，以海军中将汤芗铭督湘（袁呼为中将汤），令曹锟以长江上游总司令名义率第三师驻岳州为之声援。吴以团长左迁为师部副官长，气得几次想走。副官长一席其地位虽颇重要，可是军营中往往把它当做马弁头儿，任职者以巧言令色为必要条件。呼之为牛，不敢应之为马。像吴这个气概洸洸的奇男子，其个性与其地位恰恰相反，不但他自己想不干，他的长官也觉得他是个“不称职”的副官长。
天下事往往在极端绝望中闪出堆花叠锦的新希望来。一天，长沙某团体开会，汤督与各军将领均出席。吴代表第三师师长致词，汤听了大加称赏。不久曹到长沙来拜会汤督，汤向曹说：“三哥，你手下有个出类拔萃的人才，请你介绍给我，我学借将的故事何如？”曹问：“谁？”汤说：“就是你的副官长吴子玉。”曹“哦”了一声含含糊糊地应着。他平日深佩汤铸新（芗铭）眼力过人，回到岳州后马上把吴叫过来谈了一会，看不出他是个出类拔萃的人物，可是他觉得汤的赏识是不会错的，与其楚材晋用，何如楚弓楚得？曹生平的妩媚处在此，用人不求甚解，一口气竟保荐吴升任第六旅旅长，事无巨细，必以咨询。第五旅旅长张学颜怫然不悦，以为：“子玉区区马弁头耳，今竟与我分庭抗礼，将来难保不爬在我头上。”这是后来张与第三师脱离关系的一道伏线。
吴以汤一言之力受曹特达之知，更以湘绅一席话奠定了问鼎中原的霸业。岳州绅士某进言于吴：“外传湘人富于排外性，实则湘人重气节而轻死生，倘北人以征服者态度高压湘人，则楚虽三户，亡秦必楚；反之如以合作手段延揽三湘豪杰，约束士兵毋许动民间一草一木，《书》谓抚我则后，湘人必翕然归之矣。”吴听了这番话，不觉肃然起谢。
民国四年（1915年）筹安会起，袁世凯僭号称帝，蔡松坡起义云南。袁恐川督陈宧不可恃，令曹以“援川”名义驻重庆监视陈的行动。陈部有三混成旅，旅长为冯玉祥、伍祥祯、李炳之等。当时陈与湘督汤芗铭为势所迫，对袁宣布独立，袁怒，免其成武将军之职（其时都督改称将军，陈驻成都故授为成武将军），以重庆镇守使周骏为重武将军，实即以周代陈之意。五年（1916年）六月六日袁气死在新华宫，黎黄陂以副总统依法正位。陈与黄陂同为鄂人，首先取消独立，他却不曾想到取消独立后，既失其都督名号（起义各省均恢复都督名号），又不能恢复将军的地位，所以周骏打着重武将军旗号演“取成都”之一幕。冯玉祥迎战不利，李炳之在重庆被曹扣留，陈只得率部仓皇出走。因重庆有曹、周两部扼守，遂取道绵阳，又以道路险仄，人马困顿异常。曹、陈虽处于对敌的地位，但陈既决心离川，曹有意送个顺水人情，劝他改取水道出川，陈遂下令由绵阳转趋重庆。他的部属都出来谏阻说：“不要中他的计，切莫自投虎口。”陈坚决地说：“岂有忍人曹仲珊？”他放心大胆地通过了重庆，曹果然按兵不动，绝无“落井下石”之举，只有冯玉祥仍由绵阳取道剑阁北上，从此与陈脱离关系。陈部到宜昌后自动解散。
二次入湘止于衡州
帝制失败，五年（1916年）七月第三师班师保定，曹授直隶督军，为段阁健将之一，主张对德宣战甚力。不料黎、段府院之争酿成了民六解散国会及张勋复辟的大怪剧，曹在段领导下与段芝贵、李长泰等起兵平乱，迎副总统冯国璋继黎之后。段性最褊窄，接着又有冯段之争，惶惶不可终日。段内阁欲贯彻其“武力统一”政策，六年（1917年）九月令湘督谭延闿改任省长，简其戚傅良佐（时任陆军次长）督湘，谭部将林修梅、刘建藩遂在零陵宣布独立。不久桂军谭浩明大举援湘，傅被驱走。段赫然震怒，派曹锟、张怀芝为两路司令，分由鄂赣攻湘。曹以湘、赣、川、粤四省经略使名义驻汉口，命吴代理第三师师长兼任前敌指挥，率一师三混成旅南下。一师即第三师两旅（第五旅旅长张学颜、第六旅旅长吴佩孚），三混成旅旅长为王承斌、萧耀南、阎相文等。
前面说吴是“第五纵队”的老前辈，他又是“闪电战”的开山老祖，誉之为“用兵如神”诚未免言过其实，但“不怕死”是他的最大本领。早年临阵时往往头裹青布，骑着一匹骏马，马蹄得得，身先士卒，这是他战胜攻取的唯一因素。他的个子越长越瘦，眼睛越显得大而有神。当七年（1918年）“春季攻势”发动后北军冲进长沙时（四月一日），他一马当先，较之当年穷途落魄的酸秀才神气自不可同日而语。他越打胜仗进兵越快，不使对方有集合整理的机会，所以他下岳州、入长沙、直趋衡阳一路势如破竹，为期不及三个月。加以湘桂将领内讧，岳阳既挫，月波联帅（谭浩明字月波，时号称湘桂联军总司令）引兵回桂，湘军益无斗志，造成了吴一举成名的良机。
第五旅长张学颜的资格较吴为高，吴以第六旅长代理师长，张不禁为之眼热。张入湘潭时以旅长名义遍贴安民布告，吴召张听训，张推说抱病，吴自往旅部责张不应以旅长名义出示安民。张忿然说：“难道你代理师长不出面，就不许我正式旅长出示安民吗？”吴一怒而走，打电报给曹锟说张不听约束。曹调张赴汉另候差遣，以团长董政国升任第五旅长，张福来为第六旅长，此外三混成旅第一旅长为王承斌，第二旅长为阎相文，第三旅长为萧耀南，吴则由“代理师长”改为“署理师长”。
曹以为论功行赏，湘督非吴莫属，不料段把这一席畀予未建寸功的皖人第七师长张敬尧，这是段不善将将及缺乏政治手腕的明证。张纵兵殃民，湘人谥之为“民贼”；吴则凛于岳绅“湘人可抚而不可虐”之戒，以治军严肃称。同系北军，同处湘境，而一暴一仁，两两对照，暴者乃愈形其暴，仁者愈见其仁。吴到衡阳后忽顿兵不进，与湘军谭、赵诸将为羊陆之欢，信使往还，别有天地。吴以区区师长立于举足轻重之地，大为国人所推重，这是民国史上罕有的奇迹。段疑其有异志，实授为第三师长兼锡孚威将军之名以资笼络，授意“讨伐”两广后将以粤督一席为酬。吴的主见则有三点：第一，持盈保泰的做法。他明知北人不服南中水土，离乡愈远则思归更切，苦征不已则军心涣散，不但驱湘军作困兽之斗，尤虑粤桂痛感切肤，西南联为一体，那么北军不败则已，一败将颓然不可复振，所以他主张军事上“适可而止”。第二，他看到段阁受群小包围，北洋诸将骄奢淫逸，他视第三师为北洋正统，隐然以移风易俗及复兴北洋系为其职责。第三，他看到外交问题之严重，不愿续有同室操戈之举。他在衡州赋诗饮酒之余，偶然谈及时政，以官吏不卖国、武人不争地盘及召集国民大会为解决国是的三大条件。
国民自救运动
七年（1918年）段召集安福国会，九月四日选举徐世昌为总统，自居太上政府之地位。他假名参战与日本签订若干密约，大借外债编练参战军，他在北洋三杰中原有刚正不阿之美誉，其令名自是而衰。其时冯国璋以长江诸督为其羽翼，北洋派分裂为直、皖两系，段欲练新军造成其“迪克推多”（英文：dictator，独裁者）的地位，故去冯而以徐为傀儡，哪知徐亦不甘以傀儡自居，暗中恶段而亲直系。七年（1918年）八月二十一日，前敌师长吴佩孚发表“息争御侮”的电报，西南闻风响应。徐借此机会于七年十一月下令停战，与军政府合组南北和会于上海。北方总代表朱启钤、南方总代表唐绍仪等于八年（1919年）二月二十日召开第一次会议，乃以陕西问题（陕督陈树藩不听约束，仍与靖国军作战）及参战借款问题（南方主张停止假口对外而系用以对内的参战借款）。和会仅开六次，至五月十四日南代表提出：（一）不承认巴黎和会关于山东问题之决议案；（二）不承认中日一切密约；（三）惩办签订密约者；（四）不承认民国六年（1917年）六月十三日的解散国会令；（五）承认徐世昌为临时总统至国会正式选举总统之日止等等条件。北代表不允接受，于是南北代表宣布总辞职而和会竟告流产。
这当中穿插有民国历史上惊心夺目之一事：一方外交失败，一方则内争不息。当局迄无悔祸之诚意，对外委曲求全，而对内残民以逞，激起了八年（1919年）五月四日北京学生殴打曹（汝霖）、章（宗祥）、陆（宗舆）的大风潮。这风潮马上蔓延全国成为“国民自救运动”，而北廷斥之为“学阀操纵，学匪干政，不啻另一义和团之出现”。那时远戍衡阳的吴受了救国热情的驱使，一面援救被捕学生，痛数曹、章、陆等之卖国行动（该电直接打给徐），一面愿负弩前驱，移师对外，其电中有云：“以有用之兵置诸无用之地，玩岁愒日，壮志全消……”他的电报越打越多，一次比一次激烈，主张取消《中日密约》、召开国民大会、反对签字和约（指巴黎和会对胶州之决议案）、敦促南北代表赓续谈判等等。总之，他的主张完全站在民众之前，其动机纯由救国救乡之一念（他是山东人），所以国人视之为“民族救星”，而段的眼光中则认为“北洋系之一叛徒”。
徐在段的高压下进退失据，不得已于八年（1919年）六月十三日向国会宣布辞职，并解除其心腹钱能训的国务总理一职，以财长龚心湛代理阁务。当然，徐无求去之决心，但段早亦不满于此老之“忘恩反噬”（徐主持南北和议非段所喜），遂以王揖唐继朱启钤之后为北方议和总代表，一面改参战督办之名为边防督办。十二月二十九日冯国璋病逝津门，段以为他从此成了北洋系唯一领袖了。
电战
民国八年（1919年）五四运动是中国新时代的浪花，侵蚀了军阀政治的堤岸。当时鲁案未解决，《中日军事协定》未废止，段政府擅借日款成立边防军，以徐树铮为西北筹边使。边防军内有日本军官教导团，同时安福系欲包办南北和议，以该系首领王揖唐为北方议和总代表。这些事凑合起来使向来安天乐命、顺“帝”之则的中国人不能再容忍下去，从绝望眼光中发出一片怒吼。以学潮为急先锋，继之以各界请愿团在新华门死守不去，这风气由北京波及津沪，推而至于全国。各省推派总代表联合北上请愿，纷纷组织学生联合会、各界联合会等团体进行抵货、罢工、罢市、****运动。北政府忙于逮捕请愿代表，禁载请愿新闻，造成了空前的不宁局势。
段以“督军团”为工具向黎、冯采取攻势，军人干政由是开其端。当时报纸满载军人干政电，伐异党同，徒逞私臆，而置国家利害于不顾。吴处此氛围下虽屡有建议，却完全站在国家立场，戛然不同流俗，所以事实上他是革命者，仅未高张革命军之旗帜耳。八年八月卅一****警告北政府：“自王揖唐任议和总代表以来，恶声不绝。天下耳目非一手所能掩，全国心理非一人所能制，双方和议非一人所能专。佩孚等鉴于时机危迫，未歃撑持重任，特此奉告。”该电明明有以“罢战”为抵制之意，与罢市、罢工、****异曲同工。此后他发表任何主张马上风行全国，这因为他的主张是全国所欲言而未敢言或言之而无效的，他俄然成为时局动荡中的核心人物。
反对王的第一炮由北洋军一个前敌师长发出，而敌方反做了他的应声虫-西南军政府迟至九月五日才发表同样主张，这是民国历史上的一个奇迹。自然，北政府复电予以申斥，可是不申斥则已，一经申斥后激起了他再接再厉的勇气，九月一日竟与当时对敌的湘军将领谭、赵等会衔通电，九日又与湘、粤、桂将领谭延闿、谭浩明、莫荣新等会衔发表佳电。北廷为之大震：“他竟投降了南军吗？”
倒运的是代人受过的龚代阁，他是段的代言人，吴就把一口毒气呵在他的身上，一次、两次、三次，把他骂得狗血淋头。龚与之打笔墨官司，越打越打不清。他始而只骂王，继而骂安福系，终至无所不骂，直把龚代阁骂倒为止。北政府每做一件事他无不极口反对，而对南则露着伸手待握的姿态。
