（四）已经暴露和被人追逐的干部和党员，必须迅速从原来工作的地方调开，纵使工作一时会受到损失，亦当痛下决心。
（五）建立完全秘密的接头、会议、交通、通讯等机关，严禁无直接工作关系的同志进出这些机关，训练秘密的交通，加强对他们的工作的领导，提高其责任心，应视这一工作是极负责的党的工作。
（六）在最近时期中组织工作的重心，应放在巩固和改造党的组织上面，凡在党员数量上相当巨大的地方，应以考查、整理、巩固组织及以新的工作方法的精神教育党员为其主要工作，宁可少发展党员。
（七）一切组织和每个党员应绝对遵守最近南方局所发的秘密工作通知，并责成各级组织部经常监督与考查秘密工作的情况，凡违反与破坏秘密工作条例的组织与党员，必须受到处罚，直至把整个组织解散（重新改组）和开除党员出党。
（八）加强秘密工作的教育……（九）各级干部尽可能职业化，至少应在社会上获得一个合法地位，以掩护自己的工作。
（十）同志被捕后不许轻易承认自己是党员……
7月3日至8月25日，中共中央政治局举行扩大会议，研究了巩固国民党统治区党组织的问题。周恩来在会上作了长篇报告，博古也在会上作了《南方工作》报告。
在报告中，他们汇报南方党的状况和工作中存在的问题后指出：必须严密党的组织，公开工作和秘密工作必须分开，决不能只依靠公开机关进行党的工作，在工作方式上，要依据实际情况灵活采用。
根据形势变化，8月，中共中央发出《关于巩固党的决定》，随后，毛泽东同志提出在国统区实行“隐蔽精干，长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的方针。根据中央指示和南方局的具体部署，川东各级党组织将工作重点转入整顿、巩固组织上来。
9月，江津县特支书记王世焕被捕叛变，造成江津县党组织的破坏，这是抗战以来川东地区第一个被破坏的县以上党组织。
10月，川东特委召开扩大会议。出席会议的特委委员和中心县委书记有廖志高、李应吉、林蒙、王致中、荣高棠、陈奇雪、李维、李亚群、李莫止等10余人，南方局负责人博古、凯丰出席会议。会议根据南方局指示，着重讨论了巩固党的问题。会议决定：加强党内思想工作，教育党员提高党的基本知识，并对党员进行秘密工作训练，纪律和气节教育；审查干部，停止组织发展；彻底转变抗战初期大搞群众运动的工作方法和工作作风，扎扎实实地做深入细致的个别工作；隐蔽撤退已经暴露的党员和干部。
中共中央南方局机关所在地-曾家岩50号周公馆1940年南方局将四川省委、川东特委负责人先后召来重庆，周恩来、博古及组织部负责人在同他们个别谈话中，要求各地按照党中央的指示，一级审查一级地彻底审查干部和开展肃清内奸的工作。为了适应形势发展的需要，川东特委决定重新建立重庆市委，川东特委王致中担任市委书记，组织部长郭汶、宣传部长赵利锋、妇委书记汪敏、委员兼城区区委书记甘丹。重庆市委建立后，继续加强党员教育，进行巩固党的工作，党的发展基本停止。
3月，国民党在成都制造了“抢米事件”，川东地区先后发生南充中心县委、梁大中心县委以及5县工委所属组织遭破坏事件，一些共产党员被逮捕，环境日益恶劣。
党领导的公开的群众运动基本停止。
7月，南方局召开常委会讨论川东党的工作。廖志高在会上报告了半年来川东和重庆的工作。叶剑英、博古、邓颖超、孔原、刘晓在会上发言，周恩来就川东党的工作，在时局、工作估计、斗争策略、群众工作和统战、组织、审查干部、肃清内奸、秘密工作等问题作了指示，并规定了川东特委与南方局联系方法：一是由特委负责人亲自到红岩村接受指示，二是由南方局派交通员传递指示或接受报告。
1941年1月，国民党顽固派制造了震惊中外的“皖南事变”。1月19日，贵州省工委委员黄大陆、李策被国民党当局秘密杀害。20日，八路军驻桂林办事处被迫撤销。同日，中共鄂西特委遭受严重破坏，400多名共产党员和进步人士被捕，特委书记何功伟被捕后英勇牺牲。同时，国民党顽固派纠集2000多人的反动军队，突然袭击闽西特委、龙岩、永定县委机关和基点村，逮捕干部和革命群众700多人，杀害200多人。次日，八路军贵阳交通站被封闭。23日，八路军广东韶关办事处被迫撤销。
从1940年至1941年，川东特委党员由3000余人锐减到1900余人。
“皖南事变”后，周恩来在南方局机关工作人员大会上明确指出：黑暗是暂时的，光明一定会到来，时局的发展有两种可能：一种是国共合作完全破裂，二是国民党还不敢全面反共。
1941年4月25日至5月22日，南方局根据党中央的有关指示，召开会议，检查和总结各项工作。周恩来在会上说：国民党的政策日益走向法西斯化，即特务化，它的组织政策是实现党化全国的路线。
1941年底至次年1月，南方局在重庆再次召开会议。周恩来在会上发表讲话，要求把西南党建设成为更加坚强、更能战斗的党。
“皖南事变”后，国统区的政治环境更加恶劣，周恩来总结一年多来贯彻执行中央指示的实践经验，提出共产党员和党所联系的积极分子要实行“三勤”、“三化”，即“勤业、勤学、勤交友”的“三勤”和“职业化、社会化、群众化（即合法化）”
的“三化”斗争方针，将抗日运动高潮期间那种轰轰烈烈的方式转为各单位内部的群众工作，以利用公开合法为主，把公开工作与秘密工作更好地结合起来，深入群众，进行点滴细致的工作，埋头苦干，在隐蔽中积蓄革命力量，为在国统区深入群众工作指明了前进的方向，提供了科学的工作方法，这是一次艰巨的、战略性的重要转变。
1947年9月27日，周恩来同志在与廖志高、于江震、杨超三同志谈话中专门讲了关于“三勤”政策的问题：
问题一，形势决定策略。“三勤”系一个时期、一个地区、一种情况下党的组织形式和斗争形式。其主要根据系决定于当时（1941年至1943年）的蒋管区政治形势，即新四军事变后蒋管区由于消极抗战、积极反共出现民主低潮。因此，这一地区的政治形势既不能与抗日民主高潮的解放区类比，也不能与抗日运动并未消沉的敌伪统治区上海类比。因此，这一低潮时期也不与后一时期-民主高潮时期（1944年至1946年）的政治形势相比。形势既不同，组织形式、斗争形式当然不同。
问题二，历史发展的需要。蒋管区的党经过武汉时期的路线错误，全部暴露无遗。
经过1939、1940年的疏散、撤退和隐蔽都还未奏效，而皖南事变又起，当时党中央的方针是“长期隐蔽，积蓄力量，等待时机”，而具体指示是尽量疏散和不要动作与割断关系。我们在当时情况下，力求实现这一指示，还能起某些积极作用；故乃于职业化一项以外，加上学习、交朋友两项；经中央批准定为勤业、勤学、勤交友三项任务，实际上就是“长期隐蔽，积蓄力量，等待时机”方针的具体化。故从历史的发展上来看，当时采此策略方针是完全正确和必要的。且在指示时，说到甚至不作声息也是需要的，等待两三年形势就会变的，到那时斗争高潮一到，就可起积蓄力量的作用。交朋友就是如此，这也是对的。
（据《中共党史资料》第18辑）
川东特委根据南方局指示，确定了整套工作方法：
党的各级组织之间，上下级之间实行单线联系，建立平行组织，严禁发生横的关系；实行精干政策，减少各级委员会，必要时只一人负责，不成立委员会；公开工作与秘密工作、从事上层活动与下层活动的干部严格分开，即专职做党的工作的干部，不能在公开的群众运动中抛头露面地去做群众的领袖，或担任工会主席、学联主席等职务，党员的外表形象一定要符合其社会身份，做上层工作的党员，比如社会职业是经理的不要与做下层活动的党员联系，以免引起特务怀疑；及时转移有暴露危险的同志，党员转移后，实行转地不转党，即转移出去的同志，除了去延安和交南方局联系的以外，人转走后，关系不转，让其在新的地方独立作战，以免发生新的联系后增加新的危险；党员和干部要执行“三化”、“三勤”的办法。
这其中最重要的就是职业化，有了职业就可以报上户口，更利于隐蔽，同时可深入社会，增加社会经验，提高技能。许多共产党员和进步骨干，经过党组织的安排、调动和利用各自的社会关系找到了职业：一些人当了公务员或合法团体的工作人员；一些人进入工矿企业或公司、商店当了职员、工人或店员；更多的人深入城乡当了中小学教师，好些乡镇中心小学和保国民学校成了我们占领的阵地；也有一些人考入大专院校当了学生。当时荣高棠在电力公司任抄表员，李应吉在中央信托局当会计，廖志高在直接税局当文书。大家根据勤学勤业的原则，兢兢业业，恪尽职守，总之，一切表现都同自己的职业和社会身份相称，首先巩固职业岗位，在社会上站住脚。
在越来越严重的反共高潮中，部分组织被破坏，党员叛变，大发展时期组织工作上的一些问题逐渐暴露出来。川东特委加强了政治思想工作，对党员进行气节教育和被捕后的口供教育。抗战前后重建的川东党组织，大部分党员还没有经历过白色恐怖的锻炼，因此进行坚持无产阶级气节教育，和万一被捕后应付敌人审问的口供技巧方面的教育是十分必要的。要求党员在敌人面前不变节、不投降、不背叛自己的信仰。
若被捕，只要没有人证、物证，没有叛徒指认，就要坚决不承认党员身份，争取以一般的罪名判刑，将来刑满释放后，还有为党工作的可能。若被捕后有人证、物证，比如搜出党的文件或有叛徒指认的情况下，可以承认自己的共产党员身份，但绝不能供出党内任何一个同志和党的任何一级组织，无论是法庭上还是刑讯中都要经得起考验，保持革命气节。在供词内容上，党内的事，一个字也不能讲，对于个人情况要说得合情合理，天衣无缝，经得起推敲和调查，这样就可以大事化小，小事化了，既可减轻对被捕者的判刑处理，又不至于使事件扩大，牵连其他人。
1940年10月，川东特委决定成立巴县中心县委，下辖巴县、綦江、南川、长寿、永川、隆昌、荣昌、江津等县以及重庆市内部分党组织，与重庆市委平行开展工作。
川东特委在1940、1941年，用了两年时间对干部和党员进行了重新审查，上一级审查下一级，把所有党员特别是干部都重新审查了一遍，包括工作能力、工作表现、政治坚定性、暴露情况和社会关系等。审查以后，分别情况，采取不同的办法，暴露严重的，一律调离原地，有的送去延安，有的另调他地工作；有的暴露严重又不服从调动的，则按自动脱党处理。从1940年至1943年，撤退出去的干部约700人。通过这次审查，理清了组织关系，发现了好干部，清除了部分动摇、投机分子。
1942年初，由于重庆市委领导成员均已先后调离，市委再次改组，王璞任书记，彭咏梧、何文逵为委员。在这一届市委时期，重庆市内党的各级委员会大都不存在，只保留一些单线联系的关系。散处各地各单位的党员通过定期的接头或通信与组织保持联系，积极执行“三勤”任务，站稳脚跟；在社会职业掩护下，努力学习，充实自己，个别联系群众，结交朋友，开展工作。
1943年9月，国民党发动了第三次反共高潮。为了适应形势需要，川东特委撤销，川东特委书记廖志高被调回南方局，待机返延安参加即将召开的中共“七大”。
在川东地区设立上川东特委和下川东特委，书记分别为孙敬文和曾惇，重庆市委和北碚中心县委由上川东特委领导，巴县中心县委由下川东特委领导。第二年，上下川东特委均撤销。
1944年底，日军攻占贵州独山，消息传到重庆后引起震动。南方局为了防备一旦日寇进攻，就地发动游击战争，先后派遣一批党员和青年积极分子到上下川东的广安、大竹、渠县、达县、宣汉、南川、石柱、万县、云阳、奉节、巫溪、巫山等地，与当地党组织结合开辟和发展工作。虽然以后日军撤退，并未打游击战，但党组织和党领导的工作组并没有撤回城市，他们在当地扎下根来，为解放战争期间的武装斗争奠定了最初基础。
川东地下党在这一时期，由于在南方局的直接领导下，坚决贯彻了中央的隐蔽方针，加强了各方面、各层次的统战工作，切实把轰轰烈烈的救亡运动转变为各单位内部的深入细致的群众工作，以利用合法为主，实行隐蔽发展，争取人心，积蓄力量的群众工作方针，创造了许多新的群众工作的方式方法，并在当时当地条件下，进行了一些保卫群众切身利益和民主权利的斗争，不仅使地下党组织得到了更好的隐蔽，渡过了难关，而且使群众工作更加扎实更加深入了，在各界都培养和积极积聚了一大批有一定群众工作经验的积极分子和骨干力量，在国民党发动的几次反共高潮中，组织未受到严重破坏，主要领导机关和骨干力量基本上得到保存。从而为抗战后期民主运动的兴起、许多外围组织的建立和党组织的发展作好了思想、组织准备。
抗战期间，重庆的电力供应十分紧张，只好采取轮流停电的办法来进行缓解，偷电的情况非常严重，引起老百姓强烈不满。1945年1月，位于邹容路的中韩文化协会饮食部，将电线私接在都邮街的变压器上，强行用电。2月19日，重庆电力公司派工人前往取缔，因有特务田凯作后台，该饮食部不听劝阻，还毒打工人。20日上午，电力公司再次派工人胡世合等前去剪线，该餐厅早有数百武装警察人员在此“保护”，工人再次遭到辱骂和毒打，该餐厅经理仗恃有特务作后台，竟狂叫：“打死人有我负责”，气焰十分嚣张。于是暴徒们不由分说，抓住工人就打。该餐厅“外交经理”特务田凯也持枪赶来，准备行凶。工人们不畏强暴，奋力反击，并夺了田凯的枪。但工人中早就和特务有来往的黄寿臣却将枪还给了田凯，并保护他冲出了人群。工人们被暴打后又被强行扭送警察总队，工人们一边走一边反抗。一行人拉拉扯扯走到民国路口，田凯赶来，一边骂一边掏出手枪，对准走在最后的胡世合就是一枪，胡世合赶忙往下一蹲，子弹刚好打中下腹。胡世合惨叫一声，鲜血从腹部汩汩流出，染红了衣裤。
毫无人性的特务对此全不理会，继续把胡世合等人押到官井巷警察总队。胡世合的鲜血从民国路一直淌到官井巷，勉强拖拢警察总队门口时，他已经浑身是血，昏迷不醒。
工人们赶快叫了一辆黄包车，把奄奄一息的胡世合送住医院，还在去医院的路上，胡世合的心脏已停止了跳动。
