议废明王，理清大计
至正十九年（1359年），朱元璋统帅的一支红巾军，先后占领了诸暨、衡州和处州，随后又次第拔除了东南一带元军的一些孤立据点，元朝在浙东的军事力量已被清扫，浙东地区大部获得平定。雄心勃勃的朱元璋，极力搜求各地知识分子、知名人士，希望他们出来辅助自己的事业，帮自己扩充地盘，稳定社会秩序。刘基，字伯温，在浙东很有名望，自然被列入邀请之列。但朱元璋几次派人礼请他出山，他都是好言推托。当胡大海攻下处州，再次厚币礼聘时，刘基仍是婉言谢绝，不肯依附。后来，处州总制孙炎写了一封几千字的长信，反复申明利害，讲明对他们不算旧账，只要他肯出山，不但可以保全身家性命，还可做官办事，一齐治理天下。与此同时，刘基的亲朋好友也写信催促，劝他应聘。
在严峻的形势面前，至正二十年（1360）三月，刘基终于决定去应天府（今南京），观察朱元璋对自己的真实态度。
刘基到应天不久，就受到朱元璋的接见。朱元璋用上宾之礼接待了他，又命有司修礼贤馆让他住进去。刘基见朱元璋诚心诚意，自认为遇到了明主，马上呈上时务18策，内析内外形势，详陈灭元兴邦、扫除僭乱的大计方针。朱元璋听后大喜过望，当即把他留在身边参与机密谋划，尊称他为“老先生”、“汉之张良”。
刘基长期以来的愿望终于实现，他的政治军事才干也得以施展。于是他运筹帷幄，出谋划策，帮助朱元璋征东平西，走南闯北，逐鹿中原，干出了一番震天动地的事业，成了朱元璋智囊中的中心人物和忠心耿耿的谋士。
1361年正月，朱元璋在金陵中书省设座，遥拜小明王，刘基独傲立不拜。朱元璋问其故，刘基说：“韩林儿虽是韩山童（红巾军重要首领）之子，但自身并无建树，只是一个牧童罢了，且他姓韩不姓赵，却诡称宋裔。宋亡已久，人心不归，何必要假借前代年号？大丈夫要成就一番事业，必须摆脱别人的牵制。如果继续尊他的名号，将无以自立。”朱元璋当时未作什么表示，但他已深受刘基的影响。后来因救韩林儿而差点被陈友谅趁虚打入，才越加相信刘基的话。最后，朱元璋干脆杀了韩林儿，自树一帜。
元末，农民起义军群雄并起，虽各怀异志，但在表面上，都以侍奉起义先驱韩山童之子韩林儿（即小明王）为号。朱元璋在羽翼未丰之期，接受韩林儿的封爵，奉其为主，其目的是为了不招人眼，从而把元兵的矛头都指向了韩林儿、陈友谅等人。他这样做，确实为自己赢得了发展的时间。但随着形势的推移变化，朱元璋已具备了夺取天下的实力后，再尊奉韩林儿，显然只会束缚手脚，对自己有害而无利。
作为一个政治家，刘基虽然也知道朱元璋尊奉小明王乃虚伪之举，此时他已敏锐地认识到，现在已是踢开小明王的时候了。因此，他果断地先于他人向朱元璋挑明此事，让朱元璋尽快决断。
当然，朱元璋也早有此意，只不过因各种原因引而未发。此时，他自然很乐意地接受了这一建议。这样，朱元璋在群雄之中，率先摆脱了小明王的牵制，完成了独立。这对他彻底成就大业，具有很重要的意义。
仁政严法，稳定国势
至正二十八年（1368年），朱元璋称帝正式建立明朝，改元洪武，定都南京。李善长、徐达由相国改任左右丞相，刘基被任命为御史中丞兼太史令。在朱元璋登基大典上，太史令刘基代替大明皇帝宣读祝文；在策封勋臣时，刘基奉册宝宣布皇帝命令。
经过几十年群雄角逐的战乱，生民涂炭，国家凋蔽，百姓困顿，急需休养生息。为了迅速安抚民众，朱元璋又向刘基询问为政治平之道。刘基说：“霜雪之后，必有阳春。如今国威已经树立，宜渐渐济之以宽大。因为生民之道，在于仁爱，在于以仁心行仁政。宋元以来，法制名存实亡，宽纵日久。现今应当首先整顿纪纲，颁示法典，然后仁政才可付诸实施。”他帮助朱元璋审理开释了一批积年未决的冤案，给这些人平反昭雪。一次，太祖由于晚上作了一个梦而要借梦杀人，刘基问明原因后说：“刑，威令也，其法止于杀，而生人之道存焉。皇上晚上的那个梦，是国家将得士得众的征兆，应该停刑以待。”刘基借说梦而制止太祖滥杀无辜。但也真巧，三日后，海宁宣布归降朱元璋。太祖闻讯后大喜，认为刘基的招数真灵验。从此以后，朱元璋将重大囚犯都交由刘基审理，刘基尽量从宽处理，以笼络、安定民心。
另一方面，他请求振肃法纪，立法定制，既制止纵罪，又严禁乱捕监杀。朱元璋下令实施他的提议。很快，刘基拟定明律令，成了明朝后来立法的基本依据。洪武三十年所颁布的《大明律》就是在它的基础上修订完善的。
洪武元年（1368年）夏历四月，在北伐中原获得占领山东、河南的胜利之后，朱元璋由应天（南京）去汴梁（开封），大会北伐诸将，研究战局和部署攻下元大都的步骤，留刘基和李善长做南京留守。刘基这时的官职是御史中丞，负责纠劾各级官吏中的非法违禁行为。刘基认为宋、元两朝末期，由于纲纪不严以致丢失天下，因此，要求各御史官对违禁行为，要仔细查处，不管犯禁的人权势多大、官职多高。那些宿卫朝廷的宦侍近臣如果犯法，他总是先报告皇太子然后绳之以法。他的严格执法令众臣属谨小慎微。恰在这时，李善长的亲信、中书省都事李彬犯法当斩，李善长出面为他求情通融，刘基铁面无私，冒着风险，没有理睬李善长的说情。由于事关重大，刘基按照正常规定向朱元璋做了书面报告，等批准后马上就把李彬杀了。但是，这件事却带来了李善长的嫉恨。李善长原是朱元璋举事不久收用的幕府书记，元璋称吴时的左相国，称帝后的左丞相，在朝廷中一直位列第一。杀李彬后，李善长蓄意报复。后来，刘基终于架不住李善长的百般陷害，主动告老还乡。
如果说刘基因于严格执法而得罪左丞相李善长是“失策”的话，那么他这种“失”，也是为国势稳定和黎民得利之“大得”而“失”的。为大得而不计小失，正是一种大智的表现。刘基的这种行为，是值得赞赏和肯定的。
固辞相位，归隐青田
李善长在明朝开国之后，因其功劳被任为左丞相，封韩国公，位居群臣之首。但随着权势的日重，李善长渐渐大权独揽，大有架空朱元璋之势。
朱元璋深恶李善长之专权，意欲废其相位，询问刘基相位人选。刘基对朱元璋说：“善长是对建国有大功的元勋，德高望重，深得众将爱戴，他能调和诸将，故不宜更换。”
朱元璋说：“他几次要谋害你，你为何还替他说话？我看还是你来当丞相吧。”
刘基知道在李善长的淮西集团当权的状况下，他是站不住脚的，所以，连连辞谢说：“换顶梁柱须要用大木，如用捆起的若干细木代替，要不了多久，就会被房子压垮的。”
朱元璋又问杨宪、汪广洋和胡惟庸等人如何？虽然刘基与杨宪交情很好，却没有因此说好话。他评论说：“杨宪虽有相才，但器量不够，当宰相者要‘持心如水，以义理为权衡’，万万不可义气用事。”至于汪广洋，刘基说他心胸偏狭怕比杨宪还厉害。他评论胡惟庸，说胡若为相，好比驾车，他非但驾不好车，甚至会弄坏辕木。
品来论去，朱元璋最后说只好由刘基任相了。但刘基却一再说明自己的缺点，说他嫉恶如仇、性格偏激、脾气急躁，受不惯繁文缛节，深恐辜负了皇上的恩典。并说目前这几个人，实在没有很合适的丞相人选，但天下之大，何患无才，只要下功夫寻找，就一定能找到合适的人选。
朱元璋最终还是觉得刘基过于苛求，求全责备，没有听从他的劝告，任用了杨宪、汪广洋、胡帷庸为相，结果正如刘基所料，都出了问题。
洪武三年（1370年），刘基任弘文馆学士，历史上弘文馆是藏有众多文献图书的地方，弘文馆学士掌管校正图籍，教授皇家贵族子集经史。在朱元璋给刘基的诰命中，朱元璋回顾刘基建国前的业绩时说：“朕亲临浙右之初，你等响应朕之正义之举，及至朕归京师，你等即亲来辅佐。当此之时，括苍（处州）之民尚未完全归顺，及至先生一至，浙东形势便彻底平定下来。”言之下意，希望刘基在弘文馆中进一步发挥政治影响。
同年十一月，统一中国北方之后，朱元璋论功行赏，大封功臣。刘基被封为诚意伯，授开国翊运守正文臣、资政大夫、上护军。
但此时，由于刘基在严格执法中杀掉了李善长的亲信李彬后，在朝中颇受李善长一派势力的排挤。他自感在朝中无法自在立足，并且也感到自己也很难再有什么大的作为了，遂再次向朱元璋上告退书，决意归隐家乡青田。
刘基回到家乡，每天除游山玩水，谈情说性，吟诗作文，抒发感受外，还喜欢与乡人饮酒弈棋，评品字画，与儿童谈天说地，嘻笑玩耍，完全忘记了自己的身份，把自己放在普通百姓的位置。享受着逍遥出世，超然物外，摒除世间荣辱，超脱尘世的情致。
有时，他与樵夫渔父聊天，谈论山中的趣事，水中的雅兴。有时他又与野老桑农一同散步，大谈养生之道。但从来不讲自己以前的功名与战绩，也不喜欢别人提及。如果有人想阿谀几句，肯定要遭到他的冷遇，甚至被拒之门外。因此，认识他的人都不呼其职位名，不认识他的人还以为他不过是一位不闻世事的普通隐士。
青田县令早已仰慕刘基的才学，听说他回乡了，多次求见，刘基或干脆不见他，或婉言谢绝，对县令提供的种种照顾也不接受。
刘基与达官贵人断绝往来，自甘淡泊，在乡间平静地过了一段自由自在的隐士生活。
刘基的归隐显示他的非凡睿智。在其后，朱元璋遍杀功臣，以庆功为名，在庆功楼上火烧大臣，另外，在胡惟庸案、蓝玉案中也大开杀戒，大小功臣被戮者不计其数。这证明了他防患于未然的先见之明。虽然刘基也在后来被胡惟庸毒死，但毕竟是死于无法预料的小人的卑鄙伎俩中，而并没蹈于那种“兔死狗烹”的命运。
