随着战争胜利在望，秦始皇首先大批迁徙内地民众到岭南地区屯戍垦殖。据《汉书·晁错传》记载，最早被迁徙的是有罪逃亡的人、奴隶，出赘于妇家的男人、商人；之后是父辈、祖辈犯罪受牵连的人；再之后就是像陈胜、吴广一样居于里门左侧的平民。在对岭南的战争全面结束时，即到了秦始皇三十四年（前213），他就把那些执法不当的狱吏直接发配到岭南了。
值得一提的是，作为南征主将之一的赵佗，这时候也提出需要从中原往南迁徙民众。他上书秦始皇，指出进驻岭南的秦军士卒需要缝补衣裤，请求派遣三万名无夫女子进赴岭南。秦始皇批准了一万五千名。后来的史家认为，此时的赵佗已看出秦之将亡，已有长期留驻岭南，不准备北归的意图了。
这些不同身份、不同等级、不同族群的内地民众大规模南迁，对于开发岭南、促进民族间的交往以及推动岭南地区的文明发展进程，无疑有着积极的意义。这也是中国南方的第一次大的民族融合。
在民族和文化融合过程中，同时要解决的是岭南地区的管理问题。秦始皇随即在岭南推行郡县制，在统一六国建立三十六郡的基础上，又在岭南设置了南海郡（今广东大部分地区）、桂林郡（今广西大部分地区）、象郡（今越南北部和广西一部分地区）三郡，把岭南地区正式纳入一个国家的管理体系之中，以郡县制为基础推行中央集权制，郡设守、尉、监御史等，分别掌管政务、军事和监察，县设令或长管理各郡县。
岭南置三郡后，由南海郡尉统制三郡，同时设郡一级最高长官郡守。由于三郡初置，官制并不完备；岭南地僻，与中央联系又相对困难；此外，岭南新归于秦，当地的反抗意识十分强烈，所以，秦始皇赋予南海尉任嚣有相对独立和专断的权力，并集军、政、财权力于一体。赵佗此时被任命为南海郡属下的龙川县令。根据史料记载，目前我们可知的南海郡下辖的县至少有番禺、龙川、博罗、揭阳四县。
番禺是南海郡的郡治，位置在今天的广州，是秦代岭南三郡的政治中心，其核心区在今天北京路原儿童公园一带。
赵佗，河北真定（今河北省正定县）人，是龙川置县后的第一位令长。龙川的得名，据说是该地曾有龙穿地而出，龙穴流出泉水，因此称龙川。其地望比今天的龙川县要大得多，可能涵盖了如今的整个河源地区。赵佗任龙川令之后，即在此筑城。其佗城旧址，在今龙川县佗城镇。佗城镇内至今还有一口“越王井”，相传就是赵佗所凿。附近还有用以纪念赵佗的越王庙，附近有山至今还被称作越王山，足见赵佗影响之深。
