世宗鼓励有胆识，敢于直言而正直的大臣，力图树新风，力诫阿谀奉承，不说真话的恶劣习气。世宗刚即位，时任检讨官的孙嘉淦上疏，言三事：亲骨肉、停捐纳、罢西兵（指青海用兵）。世宗召集大臣，出示此疏，严厉责备翰林院掌院学士道：“你翰林能容忍这个狂士吗？”这位学士叩头谢罪。大学士朱轼在场，慢慢地说道：“此生诚狂，但臣佩服其胆量。”过了一会儿，世宗不禁大笑：“朕也不能不佩服他的胆量！”世宗立刻召见他，经谈话，即授以国子监司业。过了几天，有一次，世宗用手指了指孙嘉淦，对群臣说：“朕即位以来，孙嘉淦每事直言极谏，朕不但不怒，而且还感到高兴，你们应当效法他。”
世宗大力表彰清官，树立榜样，以正吏风；同时，他动员各级官员揭发贪黩不法、侵吞公帑、勒索百姓、行贿受贿等贪官，一经核定属实，就马上处理，尤其是抓住大案、要案，从重定罪，起到震慑人心，贪官敛迹的作用。
世宗处理年羹尧、隆科多，就是在全国引起巨大政治震动的案件。年羹尧以平定青海的功劳，受封为一等功。世宗赏给他金黄服饰、三眼花翎、四团龙补；其子年富封为一等男爵，其家奴魏之耀赏四品顶戴。这些崇高的荣誉和宠幸，是前所未有的！宠极生骄，他变得骄横，目空一切，例如，他进京时，公卿大臣在广宁门外跪接，他骑马而过，“毫不动容”，王公有下马问候的，他也只点点头而已。朝中大臣给一个外省总督下跪迎接，既无前例，也从无此项规定。及至见世宗时，他在“御前箕坐，无人臣礼”。年氏原属世宗即位前雍府的人，关系密切，世宗即位，他有拥戴之功，受命赴甘肃，以钳制抚远大将军允褪。所以，他特别受到世宗的宠信，被委任为川、陕总督，又兼掌甘肃的军政大权。他自恃受宠，陕、甘、川三省军政大权在握，目无朝廷和法纪，任意乱来。还在雍正二年时，世宗即已看出年羹尧、隆科多“大露作威福、揽权势光景”，已授意朝中部分大臣“皆当疏远之”，使之觉醒，否则，“此二臣将来必至不能保全”。
雍正三年（1725）三月，年羹尧的问题开始公开败露。他在“日月合璧、五星联珠”的奏贺本中，误将“朝乾夕惕”写作“夕阳朝乾”，而且奏本“字画潦草”，世宗不禁大怒，斥责他：“自恃己功，显露不敬之意，其谬误之处，断非无心！”四月，世宗向大学士们公布已掌握在手的年的过犯：妄行推举庸劣的胡期恒为山西巡抚，妄参道员金南瑛等人；青海蒙古饥馑，隐匿不报，等等。世宗说：年“从前不至于此，或系自恃己功，故为怠玩……如此之人，安可仍居川陕总督之任！”便将他调离陕西，补授杭州将军。但年得此令，迟迟不动身，亦不愿交出大将军印，希图留任。被迫赴杭州途中，在河南仪征，逗留不走，幻想世宗回心转意，把他再调回来。这又激怒了世宗，严令其不得逗留，速赴杭州。世宗见他无改悔之意，几次命他回奏，对已揭发的问题作出解释，他却是支吾掩饰，前后矛盾，不肯认错。世宗遂通知有关部门对年的问题展开调查。至十二月，议政王大臣与刑部正式提交年羹尧的罪证，称：“年羹尧反逆不道，欺罔贪残，罪迹昭彰。”据报，弹劾及提供罪证的案牍，如“邱山之积，罪恶逾溪壑之深！”其罪状计有：大逆之罪5、欺罔之罪9、僭越之罪16、狂悖之罪13、专擅之罪6、忌刻之罪6、残忍之罪4、贪黩之罪18、侵蚀之罪15，总计为92款大罪。
年羹尧获罪如此之多，实属惊人。在此之前，在所有犯罪人之中，他该居于首位！政治上触犯皇权，可以按皇帝的旨意定罪，自不必细说，惟其经济方面犯罪，有实物或贪占银两为证，远比政治犯罪更有其实在性。这里，只列举贪黩18罪款中几项数字也就足够了。如，接受经他题补官员的感谢银为40余万两，勒索捐纳人员额外银24万两，私占咸宁等十八处盐窝，勒令四省效力人员每人帮银4000两，在浦州截获私盐值银1万两入己；其侵蚀之罪15，其中，冒销四川军需160余万两，又加派银56万两，侵用康熙六十年至雍正三年俸工银14.9万余两，抄没塔儿寺（今青海境内）内之物私自变价1.4万余两，砍取桌子山木材，借称公用，存贮入己，等等。年羹尧以贪污、挪用、侵占、受贿、强夺、巧取等手段，已积累赃私巨万，还经营房地产、典当、贩卖马匹、木材，所得不义之财又不知凡几！称他为贪得无厌的大贪污犯，一点也不过分，这只有乾隆朝的贪污巨犯和坤可以与之相比。他借用手中的封疆大权，自行其是，形同割据，如一独立王国。这些事，自然不是他一人所为，他的部属、家仆都参与了不法活动。所以，这是一个以年为首的贪污大集团！
就其经济贪赃，确已构成死罪！有一条法令规定：侵盗钱粮入己满300两的，斩。按此计算，年不知要死多少次！刑部据此不可赦免的罪状，判处年死刑，其家属也都从严处理。
世宗裁决的最后结果是：念及年有青海之功，不忍加以极刑，交给步军统领阿齐图，令年“自裁”，即由他结束自己的生命。其父年遐龄、兄年希尧，“皆属忠厚安分之人”，革职，免死；所有赏给年的御笔及衣物等一并收回；年的儿子甚多，惟年富恶劣，立即斩首，其余15岁以上之子，都发往广西、云南、贵州极边的烟瘴之地充军；年之妻系宗室之女，遣还母家；年与其子的财产全部抄没入官，其现得之赃银120万两发往西安，以补年在川陕各项的贪银数；年的族人有现任及候补文武官均革职；年的嫡亲子孙将来长到15岁者，都陆续发遣，不许赦回，永不许为官；有匿养年之子孙者，“以党附叛逆例治罪”。
年羹尧最得宠时，满门皆官，权倾朝野，是除了皇族之外最为显赫的家族。由他一人犯罪，累及整个家族，昔日的辉煌，顿时化为乌有，其子孙永居边地，永不得为官，再无翻身之日！处分是够残酷的，是对年的罪行的极端惩罚。年够得上雍正朝的第一号贪官。世宗把一个强大的人物连同他的同伙一起打倒，在全国所产生的震动，是不言而喻的！
在处理了年羹尧之后，又揭露了隆科多的不法案件，再次震惊了朝野。隆科多是个非同凡响的人，他的妹妹系世宗嫡母，世宗即位，其母则位居皇太后，隆科多被世宗称为“舅舅”，在廷臣奏本中凡涉及他，都须书写“舅舅隆科多”，以示尊崇。特别是圣祖临终前，留下遗嘱时，朝廷大臣惟有隆科多一人在场，对世宗承继大位起了关键作用。世宗对这位舅舅抱有感激之情，一接管政权，马上任命他为总理事务大臣。即位之初，世宗对年百般推重，加官晋爵、赏赐不断，一再表彰。雍正二年六月，他盛赞隆科多为“圣祖皇帝忠臣，朕之功臣，国家良臣，真正当代第一超群拔类之稀有大臣。”隆科多荣崇至极，无以复加。是时，隆科多主内，年羹尧主外，两人并驾齐驱，同为世宗所倚重。
很不幸，两人几乎同时铸成了一个致命的大错：他们得志便狂妄，擅权作威福，恰与世宗欲加强皇权相冲突；他们贪赃枉法，徇私舞弊等行为，又与世宗严加整顿吏治背道而驰。世宗已非幼稚少年，凡事看得明白，况且又极精明，岂容把大权落在他们之手，任意妄为，败坏国家体制！隆科多获宠未久，如前已叙及，世宗就已发出警告，此后，也屡加提示，公开批评，隆科多并不知改正。
雍正五年（1727）十月，在充分查证事实后，由顺承郡王锡保等出面，给隆科多定罪41款，包括大不敬之罪5、欺罔之罪4、紊乱朝政之罪3、奸党之罪6、不法之罪7、贪污之罪16。前四项罪，大抵都属擅权作威福，与君权抗衡，结党营私的性质。最后二项是不法与贪污罪共二十三款，所占比重最大，已超过全部罪行的一半，均属经济犯罪，如贪污、受贿，以及敲诈勒索，仅举以下几项：
勒索诈取安图银38万两，收受赵世显银1.2万两，收受满保黄金300两，收受苏克济银3.6万余两，收受甘国玺黄金500两，收受六格格（皇室之女）猫睛暎红宝石，收受李树德银2.1万余两，收受菩萨保银5000两，等等，兹不一一引述。当罪行将要全部暴露时，隆科多将贪占勒索的金银寄藏在菩萨保家。
无论年羹尧，隆科多，都在经济上大肆搜刮，构成了他们犯罪的主要内容，也是官场中普遍存在的问题，基层官员尤其严重。他们远离朝廷，难得见天子一面，所犯“大不敬”罪甚少，几乎不存在这类问题，但经济掠夺、贪赃枉法却是普遍的。隆科多随侍皇帝跟前，自恃荣宠，忘乎所以，犯不敬、不法、僭越等罪，不足为奇。如选任官员，都须经皇帝批准。而他竟敢包揽，所选官员“皆自称为佟选”（隆科多姓佟）。所谓经世宗批准，不过例行公事，走走形式而已。年羹尧在陕西，私选官员也自称“年选”。仅此一条，即是皇帝世宗所不能容忍的！所以，隆科多与年羹尧身败名裂是必然的。
锡保等判隆科多斩首，立即执行。世宗召集议政王大臣、内阁、九卿等官员，宣布对隆科多的处理。他说，按罪行论，隆科多罪重，“实不容诛”，但念及圣祖临终授命，大臣中惟隆科多一人，如将他处死，于心不忍，改为监禁，在畅春园外附近空地，造屋三间，永远禁锢。家产不必抄没，即使抄没，也不足抵赔赃银数十万两之数，交他本旗照数追完。他的儿子岳兴阿革职，玉柱发往黑龙江当差。
论罪条款，隆科多没有年羹尧那么多，但其性质却是一样的，都构成了死罪。隆科多毕竟是世宗的亲舅舅，世宗还是网开一面，没将其处死，家也没抄，比起年氏家族的毁灭，真是幸运多了！
年羹尧、隆科多其兴也暴，其败也速，主要还是他们自身的问题：他们各自结党营私，主要罪过还是贪赃枉法，腐败堕落，是作为贪官被清除掉的。在处理年、隆问题时，原四川巡抚蔡埏，也以贪污、受贿、冒销藩库银共十余万两、黄金九百两等十七款罪行被参劾，处以死刑，待秋后处决。
世宗即位之初，针对圣祖晚年吏治松弛，匡正吏风，雷厉风行，不惜以重刑，打击贪官污吏，开了杀戒，处决了一些罪大恶极的贪官，他对于“贪婪不法”者，尤为痛恨，“不可宽宥”，还要“加倍惩治”。所谓矫枉过正，也是必要的。实际上，处决的只是极少数，大多是革职、降级、调离重要职务，也有的被流放充军。我们看到，世宗并不轻易使用刑法，也不完全依赖行政手段，相反，更多的是教育、训诫，使之弃旧向善。他说：“朕治天下，惟有教养兼施，劝善惩恶，此外非朕之所知也。”他这番表白，并非虚语。雍正十二年（1734）正月，他对内阁、诸王大臣说：“朕十二年来，恳切至诚，时时训诫尔诸王大臣，所颁谕旨不下数千万言。”《雍正朱批谕旨》及《清世宗实录》中所记他的谕旨、讲话，确有数千万言。他手批口谕，议论纵横，洋洋洒洒，每每不下千百言，有不少则达万言。在《清实录》中，每页都有他的谕旨，比之圣祖都要长。就说批示，一般没什么要说的，就写上“知道了”三个字。但他对每事都有长短不一的批示，阐述他的政见，给诸大臣以启示。他所讲的，都是关于治道，教化各级官员公忠体国，反对贪黩不法。可以认为，他的所有谕旨、批示，以及谈话，都是绝好的思想与政治教材。读到这些文件，仿佛昕到他对臣下滔滔不绝地讲话，一气呵成，流畅无比。他用自己的思想和行为既影响也教育了从中央到地方的各级官吏。不仅如此，他一再强调：“朕治天下之道，首重用人。”选用人才，他都亲自“把关”，举凡“大小文武官员，俱亲加看验、考试、补用，至降革罚俸等项处分，必再三详审，务使情罪允当，不令稍有屈抑。”事实上，他都是在屡经训诫后，见其不改，或收效不大时，才施以处分的。约自雍正三年后，吏治渐有起色，如他说：“各省吏治，今渐可观”，惟四川、陕西两省“劣员甚多”，皆因年羹尧“任用私人，举劾不公所致。”后经吏部整顿，问题也就很快得到解决了。雍正八年（1730）四月，世宗说：“近年以来，朕留心体察内外文武大小官员，虽不尽大法小廉，而奉公守法，各勤职业者多，朕心深为嘉悦。”显然，他对八年以来澄清吏治所取得的效果是满意的。这时，他又采取一项措施：对过去被参罚的官员，内外有数百人，于当年秋冬之间，予以“开恩宽免，以示奖励。”包括满汉大小官员被革职、降级、留任及罚俸、停升的，“悉行宽免”，但前已下“特旨，永停俸禄者”不得宽免。世宗说，他这样做，是给这些受处分的官员“予以自新迁善之路”。吏治已清，事实正是如此。自年、隆问题处理之后，官员受处分的渐少，特别是雍正八年后，直到世宗去世，官员犯赃行贿之事明显减少，好官、清官不断涌现出来。
经过数年雷厉风行的整顿，一改圣祖晚年颓废的吏风，国家各级官吏能够奉公守法，基本做到了廉洁自持，百姓少受其害，社会安堵如故。吏风好转，社会风气随之好转。仅举一例：雍正六年（1728）四月，河南孟津县民翟世有在路上拾到170两银，经寻找，如数还给了失主陕西人秦太，翟“并不受谢”。河南总督田文镜送匾嘉奖翟，并向朝廷申报请奖。世宗立即批示：“朕心深为嘉悦，著给七品顶戴，仍赏银一百两。”以后各处奏拾金不取者很多，“不能悉载”。封建史家常用“夜不闭户，道不拾遗”，来形容太平盛世。雍正时，社会上已出现这种景象，正是整顿吏治所带来的一个积极结果。
明朝亡国的惨痛教训之一，就是吏治腐败，政治黑暗，百姓不得活，被逼上绝路，铤而走险，终将明朝彻底埋葬。清入关伊始，首重吏治，剔除明末苛政，惩治贪官，初见成效。圣祖继其后，再加整顿，以六十年的培育，一改明末吏治颓风，社会风气随之一新。但在晚年，以天下太平，吏治松弛，圣祖以宽仁为怀，不予究治，贪污、侵冒、贿赂、怠职之风日炽，吏治有每况愈下之势。世宗即位，以政治家的远见和气魄，雷厉风行，从严从重整顿吏治，对犯赃违法的官员，不论职位高低，不论亲属故旧，均绳之以法，不惜施以重刑重判，同时大力表彰循吏清官，吏风迅速改观。事实证明，世宗的做法是完全必要的，为经济的发展和社会的稳定，重新注入了活力。清至乾隆朝达于鼎盛，恰是世宗承圣祖之余烈，承前启后，为未来的发展铸造了坚实的基础。
