马林解释说：有几篇批评国民党消极被动的文章是出自他的手笔。他还说，援助问题与共产党人能否留在国民党内毫无关系。但孙文当着马林的面，多次厉声训斥：“共产党既加入国民党，便应服从党纪，不应该公开批评国民党。共产党若不服从国民党，我便要开除他们；苏俄若袒护共产党，我便要反对苏俄。”以至于马林强烈地感到：孙文更希望留在广东，而不乐意与他们（中共党人）接近。
中共中央委员彭述之后来指出：“孙（文）的解释是清清楚楚的：他所需要的一切就是俄国的‘同情’，即苏联的军事和经济援助。这就表明了他准备随时把陈独秀的中共撵出去。因而，这就预示了蒋介石和汪精卫后来采取的清党措施。”
陈独秀是新文化运动的旗手，手握动摇山河之笔，胸怀改天换地之志，是万千青年崇拜的偶像，在党内一向以老头子自居，评论同志时，常把“这孩儿不错”、“那孩儿还行”挂在嘴边，动辄拍桌子、摔茶杯，如今要他在孙文面前低声下气，如何受得了？孙文生陈独秀的气，陈独秀也生孙文的气。双方立场，如是悬殊，合作之中，各有打算。要走好钢丝，岂是容易的事情。马林泄气地承认，他对孙文已经“毫无办法”。
陈独秀不屑于长久寄人篱下，7月19日晚上，中央开会，作了两点决定：一、以后对国民党的批评，措辞要温和一点；二、为了避免和国民党搞僵关系，中央撤离广州。既然合作不愉快，不如“一切工作归国民党”算了。
马林原打算在广州长住下去，事到如此，也只得长叹一声“不如归去”了。会后陈独秀等人便收拾行装，有如飞鸟投林一般，纷纷回到他们熟悉的上海去了。
孙文一向当中共不过是“自以为是的少年学生”，小小波澜，并没有导致孙文和陈独秀公开翻脸，联俄政策也未受影响。但马林费尽心思，任务仍未能圆满完成，只好奉命卷了铺盖，意兴阑珊，踏上归途，结束了短短两年的在华使命。他不是无能，只是欠缺了一点时也运也，以致心在天山，身老沧州。
马林前脚刚走，由苏联顾问鲍罗廷和加伦率领的“驻广东代表团”，便在秋高气爽的10月，抵达穗垣。苏俄政府驻中国全权代表加拉罕热情洋溢地向孙文推荐说：“请您不仅把鲍罗廷同志看做是政府的代表，而且也把他看做是我个人的代表，您可以像同我谈话一样，坦率地同他交谈。” 尤其重要的是，用陈独秀的话来说，鲍罗廷的皮包里，带有“苏俄对国民党巨量物质的帮助”。“巨量”二字，足以鼓舞人心。
“指导中国革命”的接力棒，至此，由马林传到了鲍罗廷手里。
鲍罗廷，祖籍犹太人，年轻时即加入布尔什维克派，开始地下工作。曾在美国波士顿和芝加哥生活，创办《美国工人》杂志，协助建立墨西哥共产党，1922年在英国被捕下狱，出狱后即由莫斯科赴广州。加伦本名瓦西里·康斯坦丁诺维奇·布留赫尔，1890年生于俄罗斯雅罗斯拉夫省一个贫苦农家，只读过几年书，便到彼得堡当工人，1921年任远东共和国人民革命军总司令，翌年任军长。
斯大林让鲍罗廷担任孙文的政治顾问，并责成他：一、遵循中国民族解放运动的利益，不要迷恋在中国培植共产主义；二、与苏联驻北京全权代表协调工作；三、定期向莫斯科汇报工作。其中没有一项是关于中共的。
直到很多年以后，斯大林仍觉得，中共不是一个正统的无产阶级政党。中国没有真正的无产阶级政党，既然如此，从现实的角度考虑，当然投资在人多势众的国民党身上比较划算了。
途经上海时，鲍罗廷与陈独秀见了一面。陈独秀对国共合作，还是想玉成其事。既然开了头，就让它结个善果。
事实证明，鲍罗廷的操作能力比马林高明得多。他到广州后，没有喋喋不休地劝孙文放弃军事，一心一意搞政治宣传，而是立即陪同孙文视察东江前线，很认真地倾听孙文的军事计划，尽管他内心觉得这些计划大都是纸上谈兵。在惠州前线，他躬蹈矢石，亲自布置飞鹅岭炮兵阵地，轰击敌阵。孙文对这个于硝烟之中毫无惧色的俄国犹太人，顿生好感，回到广州后即聘他为国民党组织训练员。
孙文与鲍罗廷深谈几次之后，大有相见恨晚之意，对他的见解更是钦佩之至，衷心叹服：“观之俄国，吾人殊有愧色！俄国革命六年，其成绩既如此伟大；吾国革命十二年，成绩无甚可述。故此后欲以党治国，应效法俄人。”鲍罗廷的一言之辩，胜于九鼎之宝，才几天时间，就把马林办了两年都没办成的事情，轻易办妥了。
自从认识鲍罗廷后，孙文在各种场合，开始大谈党治——先由党造出一个国来，然后将党放在国之上，完全实行党治，党外不再有他党。这种观念，已深深在孙文的脑子里扎根了。
鲍罗廷履任之际，孙文的密使，正在赶赴洛阳途中。尽管孙文痛斥陈炯明勾结吴佩孚，但他自己亦未尝不抱与洛吴和解的希望。
当年，陈炯明与吴佩孚联络，是破坏孙文的武力统一大计的罪证；现在，孙文与吴佩孚联络，则是孙文从未放弃和平统一的努力的证明。然洛吴态度鲜明，一口拒绝。吴佩孚声称，他的政治是一种道德，孙的政治是一种技术，二者在根本观念上，相距甚远，故无合作的空间。讵料，话音未落，北京发生曹锟贿选总统丑闻，吴佩孚的“政治道德”，被他的恩师曹锟一朝丧尽。全国声讨的浪潮，有如百川沸腾，孙文也连下两令，声罪致讨。孙文与直系的关系，至此彻底断绝。
孙文继续加紧与反吴的段祺瑞、张作霖联络。汪精卫作为使者，奔走于天津与东北之间，向段、张转达孙文建议，军事方面，由南方政府下令讨伐直系军阀，广东出兵北伐，牵制长江以南的直系军队，而奉军由东北直捣北京，以收南北夹击之效。政治方面，在打倒直系以后，召开国民大会，解决国家统一和建设问题。
当时舆论普遍认为，孙文最终不是陈炯明对手，他无钱、无粮、无兵、无民心，可以说，无任何筹码。他的处境，已是孤篷漏舟，滩高水急，恶浪滔天，危在旦夕，但说话的语气，却永远是胸有成竹，决胜千里。这就是他“大”的性格特征，即使失败，也只是因为知音乏人，弦断无人听之故。
这时，陈炯明正对广州发动自孙、陈决裂以来最大规模的反攻。“有一分钱，打一分仗”的滇桂军，毫无斗志，不听号令，一触即溃，全线解体。11月13日，孙文在石龙被潮水般的溃兵裹挟着，狼狈退回广州，一千七百年前刘备败走新野一幕，竟在石龙重演。孙文誓言与广州城同生死，他要求广州市民有钱出钱，尽力输将军饷，“军饷有着，不忧无法反攻。”最令广州人心惊的，是最后一句：“苟市民仍不输将，则吾辈亦不患无法令其出钱。”
粤军兵分四路，迤逦追赶，掩杀过来，从石龙一口气打到广州石牌、龙眼洞、瘦狗岭，省城眼看已成其囊中之物。
11月18日，城东浓烟滚滚，炮声隆隆。元帅府的人纷纷收拾细软，商议往哪里跑为好。孙文和鲍罗廷匆匆见面，讨论他的流亡问题。孙文希望到苏联政治避难，请鲍罗廷替他安排。鲍罗廷说，到莫斯科避难，当然没有问题，但事态还没到完全绝望的时候。
粤军由于一路追奔逐北，势如摧枯拉朽，便萌生了轻敌之心，在石龙时已感到弹药不继，以为取广州如食生菜，便继续穷追不舍。讵料，这时一支豫军和湘军突然赶到，滇桂军的散兵游勇也重新纠合，全力反扑。粤军弹援两绝，生菜没吃成，十万军声半夜潮，最终在离省城只有一步之遥的地方，化作千堆雪。
广州警报解除，转危为安，孙文惊出了一身冷汗。经此一役，鲍罗廷觉得，孙文充其量不过是一个“开明的古波斯总督”，谈不上是什么革命者，“党同党员没有任何联系，没有在他们当中散发书刊，没有举行会议，没有说明在各个战线上的斗争目标，特别是同陈炯明的斗争目标。”孙文也不看报纸，所有时间都花在和无数的将军谈话上。
但事实并非如此。陈炯明的四路进攻甫被击退，孙文便召见广东高等师范学校校长邹鲁，委派他筹办国立广东大学，合并国立广东高等师范学校、广东公立法政专门学校和农业学校，改组为国立广东大学，即中山大学的前身。置身于危桥断崖之上，刚刚才逃过流亡一劫的孙文，马上便从容商议举办大学，不能不令人佩服他超凡的意志。
鲍罗廷继而批评，由于陈炯明也是国民党人，在人民看来，现在不过是一个党的两个成员之间的战争。“广东人民对孙的政府持强烈的反对态度”，他们不仅拒绝纳税，不卖粮食给军队，还从背后袭击军队。最后，这位来广州才短短两个月的政治顾问断言：
国民党作为一支有组织的力量，已经完全不存在。
当然，鲍罗廷不会对孙文明言，把孙文惹恼了并没有什么好处，相反，在公开场合，他不断向群众大声疾呼：“你们自己现在做什么？你们打球么？闲游么？整天在那里乱叫：陈炯明来了！陈炯明来了！你们做什么？你们必须加入国民党，你们必须使国民党扩大，你们必须使国民党有力！”
鲍罗廷很快就说服已经走投无路的孙文，学习苏联的方法、组织和训练，才是革命成功的出路。10月25日，廖仲恺主持，国民党改组特别会议在广州举行，讨论改组的必要性与计划；起草宣言、党纲、党章草案。
孙文任命胡汉民、邓泽如、林森、廖仲恺、谭平山、陈树人、孙科、吴铁城、杨庶堪为国民党临时中央执行委员；汪精卫、李大钊、谢英伯、古应芬、许崇清为修补执行委员，组织国民党临时中央执行委员会，着手筹备国民党的改组工作。
在28日的中执会第一次会议上，决议派胡汉民、汪精卫、张继、叶楚伧、戴季陶五人，组织上海执行部，办理上海地区党务的改组。
当时决定设立的执行部，还有北京、汉口、哈尔滨三处。上海执行部管辖江苏、浙江、安徽、江西；北京执行部管辖北方各省；汉口执行部管辖湖南、湖北、四川；哈尔滨执行部管辖东北各省。西南各省则由广州的中央直接指导。但四个执行部中，最后只有上海、北京两处，是真正成立的（汉口执行部成立才一个月就停止运作了）。
11月11日，国民党广州市党员召开讨论改组问题的大会。11月12日，国民党临时中执会发表《中国国民党改组宣言》。
经过长时间争论、酝酿，国民党改组的车轮，终于鸣笛启程，缓缓转动了。
