废棉不及棉籽壳新鲜，且有瘪籽和少量未去仁的棉籽，若采用生料栽培，则棉蚜等害虫及杂菌猖獗，常遭失败。所以，应将其堆积发酵以后再用。发酵料温在50℃～60℃下保持2～3天，可杀死料中的大部分有害杂菌和虫卵，从而能有效地控制菌、虫危害，提高栽培成功率。发酵还可以使原料中的复杂成分分解成平菇菌丝易吸收的简单物质，菌丝吃料快，生长旺盛，很快铺满料面形成优势。
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