讨袁第一枪
1913年3月，国民党代理理事长宋教仁遇刺身亡，引发了民初政局的极大动荡：
国民党方面，黄兴等人认为已经抓到凶手，可以启动国会，弹劾幕后指使、临时总理赵秉钧；孙中山认为赵秉钧不过是袁世凯的爪牙，不如武力讨袁。两派一时争执不下。
袁世凯担心南方会起事，一面拉拢湖北共进会和浙江光复会，一面对国民党控制的安徽、江西、广东等省施压。
江西都督李烈钧早就看出了袁世凯的野心，在1912年2月孙中山辞去临时大总统时，李就感叹：“国家从此多事矣”，并与其同乡挚友杨赓笙相约：“一旦有事，当以贵县湖口为抗拒袁世凯的大本营。”不幸言中。
李烈钧担任江西都督不久，就邀孙中山赴江西巡视，袁世凯派人来赣游说：“李都督如果赴北京与大总统一晤，当以二百万元为酬，并晋勋一位。”李拒绝道：“余思建勋业于国家，岂丑类所诱耳？”袁世凯见李不上钩，就想安插亲信做江西民政长，用以牵制。李以“省议会坚决反对”为由，将来人给踢了回去，袁恼羞成怒，将李视作异己。
宋教仁遇刺后，袁世凯担心江西会闹事，干脆于1913年6月下令免除李烈钧江西都督职务，接着又免除安徽柏文蔚、广东胡汉民、湖南谭延闿三省国民党籍都督。
江西省政府议会请李烈钧起义，李不同意，说：“中央免除吾职，吾即起义，是反也，非义举也，若袁世凯违法，重袭帝制，以民意伐之，吾赴听命。”决定先去上海，拜访孙中山再作计较。
当时国民党已陷入被动，孙中山、黄兴终于达成一致认识“袁氏将拨专制之死灰，而负民国之付托”，必须兴起二次革命。国民党重要成员在上海开会商讨讨袁事宜，却分歧很大，因力量分散，很难一时发难。
李烈钧见大家莫衷一是，表示愿意回江西首先发难：“汉贼不两立，吾侪和袁贼不能并存，有袁无我，有我无袁，讨袁义举，万死不辞。”孙中山深为感动，说：“知我者，协和（李烈钧字）也。”
早在赴上海开会之前，李烈钧就委派干将杨赓笙回湖口做讨袁准备。会议一结束，李便兼程赶回湖口。
1913年7月12日，李烈钧在江西湖口就任“江西讨袁总司令”，发布檄文通电全国：“乘时窃柄，帝制自为，意图破坏共和，为全国之公敌。”另有《江西讨袁军总司令檄文》、《江西讨袁军对外通电》和《江西讨袁军对党团公启》三大文献，昭示中外，与人民约法三章：1、誓诛民贼袁世凯，2、巩固共和政体，3、保障中外人民财产。
袁世凯即派驻防湖北的北洋第六师李纯部入赣，江西新任都督欧阳武担心战乱祸及百姓，要求湖北都督、副总统黎元洪把将军队调回湖北。黎元洪电令李纯撤兵，李纯置之不理，更将前锋推进，同李烈钧义军的防地仅距数里之遥，战争一触即发。
欧阳武对李烈钧也不断劝导：“此间皆不主战，请君速速返沪。否则，本人即会同北军夹攻湖口。”允诺只要李烈钧离境，表示愿出3万元作为出洋考察经费。李烈钧大义凛然道：“烈钧亦知欧阳兄素主和平，但烈钧已到此，决无返沪之理。请为欧阳言，好则回头见，否则来生见可也。”
欧阳武企图调动两团兵力进攻湖口，但江西军中多是李烈钧的旧部，他指挥不动，只好宣布辞职，声称：“今既无调遣军队之能力，武何颜任此重职。”
李烈钧起义兵力并不多，当时江西驻有陆军两个师和1个混成旅，共计10个团，由于袁世凯收买分化，第1师师长倒向袁世凯；第2师师长动摇不定。完全服从李烈钧的只有林虎的第1师第1旅（两个团），方声涛的新编旅，李明扬的第10团，周璧阶的第9团以及一个机关枪大队。
面对北洋大军压境，李烈钧兵分三路迎战，他自己指挥中路，方声涛为右翼军司令，林虎为左翼军司令。激战数日后，李纯抵挡不住后撤，讨袁军连连获胜。
袁世凯见状不妙，又调动驻孝感的王占元第二师配合李纯；同时任命段芝贵为第1军军长兼“江西宣抚使”，统一指挥前线作战部队；海军次长汤芗铭也随舰队配合北洋军进攻。
北洋军大肆前来，讨袁军顿时不支，退往南昌。
本已“辞职隐居”欧阳武见李烈钧回来，便逃到吉安青源山剪了个光头，自称“止戈和尚”，奉劝双方罢手。北洋军当然不干，很快逼近南昌城，李烈钧孤军难支。湘督谭延闿来电劝他赴湖南，部下等也劝他先行撤退，无奈之下，李只得去了长沙。
安徽、上海、福建等地的讨袁义军也很快失败，谭延闿担心北洋军乘机打到湖南，通电取消独立。李烈钧9月2日到达长沙时，谭延闿不好公开接待，特安排一乘大轿将李抬到日本驻长沙领事馆，在那里同李会晤。在谭的安排下，李烈钧由日本领事馆掩护，经上海去了日本。江西义军则由谭延闿电请袁世凯同意，由湖南收缴枪械，以“退伍”之名出资遣散。
这年9月，四川最后一支反袁义军被剿灭，二次革命失败。袁世凯命下令通缉战犯，以黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊五人为首，孙中山、李烈钧、柏文蔚、陈炯明亦在通缉之列。
二次革命是民国建立后的首次南北战争，后果却很为恶劣：
北洋军源源进入南方各省，除了广西、贵州、云南、四川四省外，其他都成为了北洋军的征服地；
国民党方面，孙中山认为内部涣散，决定重建“中华革命党”，规定入党者都要盖指模、立誓约，绝对服从总理。黄兴、李烈钧等许多革命元老认为此举过于荒谬，拒绝参加，黄兴后来去了美国，李烈钧则赴欧洲考察各国政情，国民党显然出现分化。
江西都督，非李莫属
李烈钧字协和，1881年2月生于江西武宁，他是孙中山麾下能文能武的全才，孙曾称赞云：“协和先生上马能武，下马能文，诚不可多得之当代儒将。”曾任孙中山秘书长的杨赓笙回忆：“总理每语党员，言及先生，常称之为协和先生，先生往谒总理，总理必起而迎之，是可知总理重视先生矣。”
提到李的身世，得先讲太平天国，因其父李骏兴曾是忠王李秀成部下。起义失败后，李骏兴返回故里，反清壮志不移，手臂上针刺“太平天国”四字。李烈钧自幼受父辈熏陶，以反清为人生信条，曾在自传中回忆：“先严兄弟四人太平天国时均弃儒从军，事败返回故里……稍长，见先严与诸伯叔面部或手臂均有针刺‘太平天国’四字，叩问其故，心怦怦欲动焉。及年十二，闻父辈述甲午战争，国军挫败，余虽幼，憬然若有所悟，思雪斯耻，始蓄投笔从戎之志。”
1902年，李烈钧考入江西武备学堂，两年后被清廷保送日本士官学校习炮科。当时孙中山在日本宣传革命，李烈钧钦佩不已，加入了同盟会，自此为民主革命奔走几十年。
在日本学成回国后，李烈钧进入江西新军中担任管带，负责训练新军。他在新军中宣扬革命，深受下层士兵欢迎，也让上司颇为忌惮。后云南总督李经羲重聘有为青年，李烈钧被聘任云南讲武堂教官和陆军小学堂总办（校长），协助同盟会云南支部在学堂和军队中宣传反清活动。
1911年秋，李烈钧奉命北上参观清政府在天津马厂举行的秋操，就在这段日子内，湖北爆发了起义。他迅速折回江西联系故旧，意欲起兵响应。
适时在云南新军中工作的九江人蒋群也赶到了江西，蒋与驻九江的新军第53标标统（团长）马毓宝是旧交，与九江炮台总台官徐公度是老友，后二人早秘密加入了同盟会。10月23日，九江宣布独立，马毓宝、蒋群、徐公度等在道台衙门召集各界召开大会，选举马毓宝为“九江军政府”都督，蒋群为帮办军务兼参谋长，徐公度为炮台总司令，吴铁城为总参议等等。
等九江的领导班子基本确定，李烈钧才到，这下便难堪了——李在江西新军中具有“偶像”地位，不给他一个名分，军中不服；在云南的时候，蒋群便是在李烈钧的协助下才能顺利展开活动，现在故友一来，他也十分为难，以总参谋长想让，李烈钧推辞不过，勉强上任。
当时南昌尚未光复，李烈钧部署军队占领长江要塞金鸡坡炮台和马当炮台，将长江防线拦腰截断，清廷由武汉顺水东驶上海的十一艘军舰和两艘鱼雷艇行到江西不敢触雷池，李得知海军中有老友，便派人前去游说，大清海军居然宣布起义。
李烈钧在九江大出风头，被江西军界推举为“海陆军总司令”，军政府中的都督马毓宝反而不为人重视了。
再说南昌，九江光复后，南昌新军闻风而动，10月30日晚发动起义。江西巡抚逃走，南昌独立。在推选军政府领导人时，军队方面推举第27混成协协统吴介璋为都督。吴上任后弄了一堆立宪派组织军政府，江西各界纷纷表示不满，吴自觉能力不够，通电辞职，去了上海。吴走后，南昌吵成一团，几派争执不下，只得让人到九江迎接马毓宝来省城做都督。
九江有李烈钧抢风头，马毓宝乐得离开，喜滋滋去了南昌。
其实李烈钧在九江也没呆多久。1911年11月，安徽安庆革命党起义，敦请李烈钧支援，李亲率大军前往。安庆各界召开盛大欢迎会，推李烈钧为安徽都督。
李烈钧任安徽都督不久，冯国璋重兵进攻武昌，黎元洪一日五次急电向李烈钧求援。安徽内部尚有很多人不满江西人李烈钧当都督，李也知道安徽不是用武之所，便决意援鄂，他将皖督大印交付给战友胡万泰后，立即下令海陆军集合率舰西上。抵武昌后，李部署海陆两军控制武昌要地，黎元洪任命其为“五省联军”总司令。
等到孙中山回国，袁世凯重新出山，南北慢慢有了议和趋势。
南京临时政府成立后，江西省临时参议会向孙中山电控马毓宝，认为马实在不能控制江西局势，请李烈钧担任江西都督。
几番周折，李烈钧于1912年3月19日就任江西都督。
李烈钧主赣期间，大力进行改革：军事上整编新军，裁减旧军，提高军队战斗力；政治上改组都督府，精减人员，选贤任能；同时创办军事学校，培养干部。
无论做啥事都需要大笔银子，江西短短三个月换了三个都督，军政府府内人事变动频繁，不少人乘机贪污。李烈钧上任时，盐封、厘封、官银钱号就早被劫一空。另外江西各地均将款项截为己有，导致军政府财政极为困难。
为摆脱困境，李烈钧下令取消江西其它地方“分府”，又聘请一干能人抓经济：先是开办银行发行地方纸币，又抓盐运盐税，还极力发展交通运输，借款改组“南浔铁路有限公司”。李烈钧认为，“此项借款成立，除拨还息金旧欠，以之购备材料，克日开工。一年之后，全路通行，商务运输，营业必旺，三四年之后，积存公司所入之赢余，备还本息，不致无著，且该公司既归公家监督，弊端可以剔除，借款归还，较易为力”——不得不佩服李的战略眼光。为发展农业，李烈钧采还下令拨款兴修水利和修筑圩堤。
在李烈钧的治理下，江西经济逐渐好转。
当时江西境内治安很不好，存在着广泛的“黑社会”势力。其中洪门分支洪江会最为活跃，反清时洪江会曾多次参与起义，辛亥后一些大佬以功臣自居，大肆开堂收弟子。李烈钧采取“歼厥渠魁，胁从罔治”的分化分治的方针，将嚣张的首领抓获枪毙，强行解散各社团——不过此举也大大伤害了洪门兄弟，在二次革命反袁的时候，帮会就站在了袁世凯那边，如何协调革命党与帮会之间的关系，在民国初年是个很难的议题。
为了建设好江西，李烈钧很重视扶植青年才俊，他选拔本省优秀青年，官费派往日本、欧美求学，造就专门人才。其中陈寅恪、程孝刚等人后来成为世界知名学者。
护国三杰
李烈钧本想好好治理江西，但宋教仁遇刺引发政坛动荡，接着二次革命失败，国民党一干大员纷纷逃亡日本。孙中山认为此次革命失败是因为国民党部分党员不听调令，要树立党魁绝对权威。李烈钧认为“发誓效忠”违背了民主初衷，拒绝入党，从而离日赴欧考察宪政。
袁世凯以武力镇压了国民党后，得意洋洋“被”国会选为正式大总统，随即解散国民党，踢开国会，做起了当皇帝的美梦。1915年初，袁世凯宣布复辟帝制，5月9日，又公然接受日本提出的“二十一条”，激起全国人民反对，李烈钧适时在南洋，闻讯后异常气愤，决意回国召集旧部反袁，又感革命不能离开组织，便毅然加入了中华革命党。
孙中山知道李烈钧在云南有很深的基础，云南军政人物唐继尧、李根源、罗佩金、黄毓成等均是他的同事，便委托他到云南策反滇督唐继尧。
12月底，李烈钧借道越南，电劝唐继尧举起义旗。唐继尧十分犹豫：反袁吧，又担心北洋大军打过来；不反吧，李烈钧一号召，云南肯定大乱！李烈钧等候多日毫无动静，电促唐说：“此来为国亦为兄，今到越南多日矣，三日内即闯关入滇，虽兄将余枪决，送袁逆报功，亦不敢计也。”
唐继尧深知李烈钧说到做到，如若不通电反袁，李回云南后一定会让自己难堪；另一方面，革命党也不断敦促，唐权衡得失，决心反袁，并派其弟唐继虞迎接李烈钧到昆明；云南前都督蔡锷在侠妓小凤仙的帮助下逃脱袁世凯的监视，离开北京回到云南。
唐继尧的云南都督之位本是蔡锷推荐，蔡一回来，唐反袁意志更为坚定。于是唐继尧、李烈钧和蔡锷三人歃血为盟，成立“护国军政府”，宣布云南独立，三人因此也被称为“护国三杰”。
三人署名发布护国军政府讨袁檄文，历数袁世凯20条罪状，号召全国人民：“修我矛戟，盍赋同仇……共扶社稷。誓与民国同生死，誓与四万万同胞共生死，拥护共和，反对帝制，中华民国万岁。”
云南“护国军政府”成立后，大家决定仿照辛亥革命时的武昌军政府形式，推举一位都督，又推举一位总司令（那时候黎元洪是都督，黄兴是总司令）。蔡、唐二人互相推让，最后由于蔡锷的坚持，唐继尧为都督，“总司令”选了三个：第一军由蔡锷任总司令，出师四川；第二军由李烈钧任总司令，向两广进发；第三军由唐继尧任总司令，坐镇云南。
护国军择日北上，蔡锷第一军连战皆捷，四川、贵州相继独立。
李烈钧率第二军向滇桂边境进发，先在广西百色击溃北洋军，顺得入广西。接着经南宁沿江直下广东肇庆，然后沿粤江北上攻打韶关，对方闻炮声逃走，军中有“李烈钧三炮定韶关”之美谈。当时陈炯明的“共和军”在广州也占领数县，徐勤的“广东护国军”、林虎的反袁部队、李福林的民军等各种反袁力量遍布广东，广东都督龙济光被迫宣布独立。
接着湖南、湖北、陕西、山西、浙江先后独立，袁世凯彻底失了人心，连北洋大军也指挥不动，不久忧惧而死。
袁世凯死后，副总统黎元洪继任，段祺瑞担任内阁总理。黎元洪手无兵权，便想着为了拉拢各地实力人物，最值得笼络的便是李烈钧——当年武昌首义被北洋围攻时，李曾带着江西子弟兵协防武昌，而且李是辛亥元老，在军界地位颇高。黎元洪派人给李封官授勋，授予“嘉禾大勋章”一枚，李对北洋政府无甚好感，根本不领情，将所授的大勋章挂在自家养的一条狗脖子上。
有人问李烈钧，护国三杰谁的功劳最大？李只是笑笑：“我是革命者，没啥功劳。如果非要评价的话，护国起义，唐继尧起的作用最大，唐掌握云南军政大权，没有他，护国起义发动不起来。”袁世凯死后，李烈钧通电各界辞职，将军权还给唐继尧。朋友劝他留一点子弟兵，他根本不在乎，说“我不要地盘、不要军队，只愿天下太平。如若再有人践踏共和，我李烈钧一样反他！”
话还真被李将军说对了，黎元洪当总统后与内阁总理段祺瑞不合，两人请盘踞徐州的辫帅张勋到北京来调停，结果张勋把溥仪请出来“复辟”——辫帅玩了12天就被打得鼻青脸肿开溜。段祺瑞回到北京城赶走黎元洪，将北洋大哥冯国璋请出来当“代总统”，同时绕过国会，直接安排人马组成中央政府。
段祺瑞以军代政，大举借外债准备武力统一全国，引起西南军阀们的极大不安。广西陆荣廷、云南唐继尧请孙中山到南方“护法”，召集国会议员南下成立“合法中央”与北洋对抗。孙中山与汪精卫、胡汉民等赶到广州，同时电邀各界，李烈钧再起征程。
武安邦，文治国
1917年9月1日，南下的国会议员召开“非常会议”，孙中山以84票当选为“护法军政府”大元帅，唐继尧、陆荣廷为元帅，各部部长依次是：外交伍廷芳，财政唐绍仪，陆军张开儒，海军程璧光，内政孙洪伊，交通胡汉民；军政府这边，秘书长章太炎，总参谋长李烈钧，军政府第一军总司令陈炯明，“高等顾问”吴景濂等。
李烈钧再次与孙中山站在了一起，从此悉心相随，一直到孙中山逝世。
西南军阀们根本没打算与北洋动武，孙中山眼见南北为一丘之貉，离开广州赴上海，第一次护法运动失败。
1918年8月，国民党陈炯明控制的军队赶走桂系军阀，再请孙中山南下重组军政府，继续进行护法斗争。
孙中山到达广州后，觉得要解决中国的根本问题，仅靠“护法”的旗帜断断不行。他在国会议员的支持下，决定另组“中华民国政府”。可陈炯明只是想广东自保，并不支持，军政府中既有拥孙派，也有拥陈派，矛盾重重。李烈钧一直在前线，率领召集的滇军与陆荣廷的桂军开战，李精于用兵，两年后居然将部队打入广西桂林，两广连成一片。
李烈钧在军事上的成功，为孙中山奠定了政治基础。孙建议启动国会，选举产生正式政府，并指出“洋人不肯交付关税给军政府，北方徐世昌又以总统名义向外借款。因此，广东应迅速成立正式政府，选出总统以谋对抗。如果国会不同意，我将离开广州。”陈炯明虽不愿意，却不敢违背众人意愿，李烈钧手上的滇军、许崇智控制的第二军、李福林的民军均能对其构成威胁。
1921年4月7日，“非常国会”由参议院院长林森主持召开两院联合会议，会议通过了《中华民国政府组织大纲》，接着进行大总统选举，出席会议的议员222人，孙中山以218票当选。
5月5日，孙中山宣誓就任“中华民国非常大总统”，发布对内、对外宣言，随后又任命了正式政府军政要职：李烈钧为参谋总长，胡汉民为秘书长，马君武为总统府秘书长，陈炯明为内务总长兼陆军总长，汤廷光为海军总长，唐绍仪为财政总长，徐绍桢为总统府参军长，徐谦为大理院院长。
南方政权建立后，孙中山以“总统”名义举起“护法”旗帜，后世称之为“第二次护法运动”。
陈炯明不甘心，秘密与北洋联络倒孙。1922年5月间，李烈钧率北伐前锋已经打倒江西吉安，即将攻取南昌。陈炯明却在广州围攻总统府，孙中山上“永丰”舰避难，令李烈钧迅速回师平乱。可惜等李烈钧赶到广东边境，孙中山已经去了上海，第二次护法运动失败。
孙中山离开后，广东的局面却更为复杂。陈炯明控制不住局面，很快被赶到潮汕一带。李烈钧电请孙中山再到广州，孙于上海通电：自己未回广州以前，由李代行职权。
这时，在直皖战争后下台的段祺瑞企图东山再起，他见李烈钧在广东声势煊赫，便派人携大洋100万元赠李，意图拉拢。李烈钧如数收下，放到总部的一间办公室里，并将这间屋命名为“藏金室”，一是作为革命经费，二是接济经济困难的故友。
每当有朋友来访，李烈钧就带他们到“藏金室”参观，笑着介绍：“这是段祺瑞送来的礼物，见者有份，你们可以随时取用。”湖南有一位老同盟会员覃振，与李烈钧是莫逆之交，也是李最穷的一位朋友。覃来看李，李烈钧带其到“藏金室”，要他随意取用。覃振便用包裹包了1000块大洋，但走到门口就提不动了，最后还是李烈钧派人替他拿到旅馆。有人笑李太傻，如果把这笔钱装进自己腰包，下半生就不用愁了。李烈钧听后置之一笑：“钱乃身外之物，生不带来死不带去，何必看得那么重要呢！”孙中山得知也是哈哈大笑：“李率性得可爱。”
1923年2月，孙中山返回广州。当时控制北洋的曹锟、吴佩孚打出“恢复法统，恢复国会”的旗帜，以众议院议长吴景濂牵头，吸引不少国会议员北上，孙中山的“护法”失去了名义，便宣布进入讨贼时期，所谓的“贼”，就是各自为政的军阀。为了在“法理”上说得过去，孙中山在广州组成“大元帅府”，自己任“大元帅”，胡汉民为大本营总参议，廖仲恺为财政部长，谭延闿为内政部长，伍朝枢为外交部长，朱培德为参军长等。
李烈钧为选为“闽赣边防督办”，驻军汕头对付陈炯明残部。李在汕头旗开得胜，致电孙中山：“此间情况日来甚有进步……现计划将全力离开潮梅，而凶寇方面进行详情，确定续报”。
广州讨贼军北伐逐显成效，曹锟却在北京贿选，“正式”被选为大总统，孙中山痛感民国成立只有国号，而无民国之实，“革命的失败在于没有建立革命的武力”。李烈钧也觉得要铲除军阀割据，必须建立一支革命武装，于是向孙中山提出创办军校，他在自传中说：“余向总理建议，为了健全本党，急应培储党军干部，总理然之，乃创办军官学校于黄埔。廖仲恺时长财政，乃请其充分筹款，冀收速效。开学之日，余及谭延闿随总理莅该校，参加典礼。余奉总理命，说明本党建军之旨。”黄埔军校横空出世。
1924年1月24日，孙中山以大元帅身份任命蒋中正为黄埔军校“筹备委员会会长”，选定距离广州市40里的黄埔岛为校址。
孙中山也看出国民党内弊端重重，决定采取“联苏、联共、扶助农工三大政策”，联合共产党人北伐。不久，广州召开了国民党第一次全国代表大会，李烈钧被选为中央委员。
北洋方面，张作霖入关击垮直系曹锟、吴佩孚，与冯玉祥共同把持了北京政权，两人推举段祺瑞和孙中山共同出面统一南北。1924年10月，孙中山应段祺瑞邀请北上。李烈钧以大元帅府参谋总长的身份随行，同行者还有孙科、戴季陶、汪精卫等人。
拟定的行程是取道日本，再到天津，然后到北京，孙中山当时已经重病在身，途中孙肝病复发，李烈钧建议在日本小作停留治病，孙说：“国事当头，无暇顾此，俟到津后再议。”到天津后，孙中山特意造访张作霖，对张说：“此次奉直之战，赖贵军之力，击破吴佩孚，实可为奉军贺。”张答：“自家人打自家人，何足为贺。”一副满不在乎的样子，傲而无礼。
李烈钧见此立即站起身来：“话别这样说，如果不将国家之障碍，如曹锟吴佩孚这类人铲除，那么想求国之进步与人民幸福，终属无望。总理孙公之贺，实有价值，也就是您张大师能当之。”
张作霖听后大笑：“李参谋长武能安邦，文能治国，张某不才，总理谬赞了。”李烈钧正色道：“张大帅响应共和，李某佩服得紧。”气氛为之缓和。
孙中山接着说：“协和之言是也，自民国成立以来，得我之贺词者，亦惟兄一人耳。”张作霖出身草莽，瞧不起汪精卫、胡汉民等文人，对军人出身的李烈钧却是相当佩服：“孙总理有李将军这样的能人，看来咱只能选择合作了，我可不想与李将军为敌。”
羞与蒋介石为伍
可惜孙中山到了北京后病情更重，而冯玉祥也被挤兑去了西北，南北和谈一事再次搁浅。1925年3月12日上午9时，孙中山病逝，举国震惊，万民哀痛。宋庆龄、汪精卫等人联名请李烈钧主持治丧事宜。
众人认为在社稷坛为总理停灵和举行治丧仪式最为合适，于是通知临时执政段祺瑞。段派代表与汪精卫接洽，趾高气扬道：“只能在西山碧云寺公祭，在社稷坛治丧不行。”汪不知所措，急告李烈钧。李勃然大怒，将来者狠狠教训了顿：“孙总理德高望重，劳苦功高，这次抱病北上，不幸病逝，理应在社稷坛举行国葬公祭，社稷坛为国家所有，非段祺瑞的私人财产，他有什么理由不同意……”
这些消息第二天便见诸报端，段祺瑞迫于舆论压力，只好同意李烈钧的要求，还假惺惺地表示：自己要亲临致祭，然而到了公祭那一天，段又借口有病拒绝前往，改派内务总长代表致祭。李烈钧对段祺瑞这种言而无信的行为非常气愤：“段祺瑞人昏庸老朽，焉能主持国事。”
公祭时，李烈钧亲拟挽联：“才逾汤武，功盖桓文，九万里震威名，天授如斯！前无古人，后无来者；出秉节钺，入赞戎机，二十年共患难，山颓安仰！上为国恸，下为私哀。”并发表演说讽刺段祺瑞：“……从今天的事实看来，总理遗容易见，段大执政的身影却难一睹……那些昏庸腐朽的败类，是绝难担当起国家、民族振兴的重任的，他们与帝国主义都暗恨总理，怕见先生的面，总理活着的时候他们害怕，死后还是害怕……”
段祺瑞奈何不了李烈钧，又担心放虎归山，就聘请李为政府“参谋总长”，李拒不赴任，当时广州政府由胡汉民代理大元帅，李烈钧觉得胡心胸狭隘，而且属于革命后辈，也没回广州。“西北边防督办”冯玉祥早听闻李大名，特意请其去张家口担任西北军总监。西北军从北洋军中演化而来，不属于国名党控制之列，李烈钧觉得冯玉祥可以熏染，自己到西北军中推动官兵思想转化，也能为国民党在北方培养一只军事力量，于是欣然前往。
冯玉祥对李烈钧一直很钦佩，称赞其“集大仁、大智、大勇于一身”，“今之奇才也”。李烈钧利用合作共事机会，积极向冯玉祥及其官兵灌输孙中山民主革命思想，在李烈钧影响下，冯及其所率队伍发生积极变化。不久，冯玉祥致电国民党中央，声明“全军20万将士一律加入国民党”。
控制北京政权的张作霖显然不愿意北方出现一支“国民党军队”，很快调集大军朝冯玉祥压来，1926年8月，冯玉祥在张作霖、阎锡山、吴佩孚的三路夹击之下战败下野，李烈钧只得回到家乡。
10月，蒋介石带领的北伐军进入江西，并以“北伐总司令”的名义电请李烈钧“代理”江西省政府主席。李再次主持赣政，江西人民敲锣打鼓欢迎“都督重回故里”。
在管理地方政务中，李烈钧执法严格，是非分明，深孚众望。在江西流传着很多李主席治赣的故事，话说某天李烈钧外出巡视，见卫队抓来一“土匪”，准备押送官府问罪。李见被抓者器宇轩昂，便上前询问，得知其是因生活所迫才铤而走险，于是讲其训导一番，让手下人把他放走，还送了一些钱粮。第二天那人就带着十几个同伙来归，说感谢都督（其实应该叫主席了）不杀之恩，愿鞍前马后跟随，旁人怀疑有诈，劝李烈钧加以戒备。李说：“我至诚待人，从不妄杀一无辜，彼怀德畏威，何诈之有。”将其全部收编，妥善安置，从此“远近来归者日众”，李烈钧将这些民间力量编入北伐队伍——孙传芳经营江西数年，拉拢不少帮会为其服务，如果这些民间零散势力与北伐军捣乱，也会造成不小麻烦，李烈钧以德服人，江西海清河晏。
李烈钧的义子杨仲子先生在《回忆义父李烈钧》一文中写道：“义父执法虽严，但从不妄杀一无辜，他常说‘我所杀之人皆系人人曰可杀，如民国初年督赣期间肃清匪患，将害民最酷的龙正文、陈细鬼等正法，乃是彼等罪大恶极，不杀不足以平民愤。凡是可杀可不杀之人，我是不杀的。求其生而不得，则死者与我皆无憾也。’仁者之心，溢于言表。”
1927年春，蒋介石攻下南京后另立“国民政府”，推胡汉民为主席，与武汉国民政府对抗，史称“宁汉分裂”。武汉政府主席汪精卫派人来江西拉拢李烈钧，李未表态，汪很是不满，任命朱培德为江西省政府主席，同时煽动江西部分人倒李。李烈钧相当愤慨：“我若不是害怕糜乱桑梓，便要挥军打它个落花流水。”随后，李烈钧把省政交给朱培德，自己离赣入浙，并赋诗表明心迹：“哂矣无能我去也，留将心迹待公平”。
南京蒋介石为了拉拢李烈钧，特意派人请其去南京担任“国民政府常务委员”，兼“军委会常务委员”。李烈钧不愿上任，对人说“羞与蒋介石之流为伍”。果然，蒋介石很快受到桂系李宗仁、武汉汪精卫联合压制，被迫下野。武汉政府于8月19日宣布迁都往南京，汪精卫亦于9月初抵南京，宁汉复合。
就在南京政权交接之际，孙传芳乘机反扑。南京方面各派不服，桂军、粤军、滇军、赣军很难精诚合作，李烈钧闻之迅速赶往南京，因李的地位尊崇，各路将领方团结起来，在其指挥下打败孙军，使南京政权得以站稳。
蒋介石虽下野，却暗中致使心腹捣乱，汪精卫、李宗仁、孙科控制不了政局，汉、沪、宁三派在“赞同清党反共”的基础上取得和解，组织“中央特别委员会”，并联合发表宣言拥护蒋介石复职，通知国民党全体中央委员在上海举行会议，李烈钧拒不参加。蒋介石复职后，想请李烈钧当参谋总长，李鄙薄其人，离开南京，自此告别中枢。
致力抗战
1931年，“九·一八”事变爆发，小日本在短短几个月时间内侵占了我东北三省。民族危机之下，全国掀起抗日浪潮。李烈钧一再致电蒋介石，要求“改良政治、尊重言论自由，以维系人心，一致御侮”，并奔走南北，呼吁团结抗日。他先往泰山访隐居的冯玉祥，劝其“并力扶危”，赠诗：“并力扶危志待伸，抚怀天地亦艰辛，匡庐归去东山远，五老峰头望故人。”还在蓬菜阁手书一联抒怀：“攻错若石，同具丹心扶社稷；江山如画，全凭赤手挽乾坤。”随即又赴山西，劝阎锡山一同抗日。
只是国民党新军阀均不愿实力受损，蒋介石甚至喊出“攘外必须安内”的口号，李烈钧义愤填膺，在《过金陵舟中晚眺》中写道：“叹息故园多鹤唳，懒从沧海看龙争。阋墙毕竟缘何事，孰挽银河洗甲兵。”讽刺蒋介石这时候还不顾名族大义围剿工农红军，尽干些兄弟阋墙的事儿。
1933年，冯玉祥在张家口召集旧部组织抗日同盟军，应者云集，不到一个月将日伪军全部赶出察哈尔。蒋介石担心冯玉祥坐大后对自己不利，既不承认抗日同盟军的合法性，又不给予物资支援。李烈钧致电国民党中央，为冯玉祥说项，认力赞冯“举义张胆，志在收复失地”，并提出“请授大权，俾当大任”。还带病多次往返于南京、上海、张家口、庐山等地，但始终未能说动蒋介石，失望之余，他只能赋诗讥讽蒋介石的愚傲：“回望茫天际，狂涛滚滚来，盲人操巨舰，犹自逞雄材。”把蒋介石当做政治上的盲人，治国不当，不知要把中国这艘巨舰引向何方？
卢沟桥战争爆发后，李烈钧已年过五旬，且重病缠身，便把五个儿子全送到军队——其中有两个正在大学读书，也动员他们中断学业奔赴疆场。为勉励儿辈英勇杀敌，他写诗相赠：“我送儿辈出乡关，杀尽倭寇方回还。埋骨何须桑梓地，人间到处有青山。”后来，李的大儿子李赣鹏在中条山战役中牺牲。
1937年12月，李烈钧抱病来到武汉，以当面奉劝蒋介石。在某会议上蒋介石见到这位辛亥元老，赶忙起身让座，问：“先生有话要说吗？”李说：“我来就是想说话的。不过我说的话蒋先生可能不会听的，还是不说算了……”
蒋介石明知李会讽刺自己，但他是国民党元老，又碍于众人的情面，只得请其上座。于是李烈钧慷慨陈辞：“对蒋先生我只有四句话奉告：一、团结抗日莫动摇；二、赶走身边投降派；三、去请苏联来帮忙；四、时刻想着老百姓……”蒋介石十分恭敬地听着，不住点着头，说道：“这个……这个……好的……好的”。李烈钧说完便走。
周恩来当时在国民政府内担任军事委员会政治部副部长，李烈钧与其在黄埔军校时便已相识，他打听到周的驻地后，专程上门拜访。房中室内光线很暗，周连忙表示歉意：“这房子太暗了，只好请先生随意坐坐，实在对不起……”李烈钧风趣地说：“莫关系，莫关系，周先生，我们都是习惯在黑暗里讲光明话的人，我们都不怕黑暗啊！”
抗战胜利后，李烈钧积极呼吁早日成立联合政府，写道：“民国二十六年七月七日，卢沟桥战事爆发，全国一致抗日，流血牺牲，盟邦助我，终获胜利，不平等条约一律废除，已跻于四强国之一，诚盛事也。惟总理创造之三民主义，允为建国之本，切盼全国贤达，推诚相与，期其早日实现。”
可惜蒋介石悍然发动内战，疾病缠身的李烈钧已经不可能再为国事奔走了。
1946年2月22日，辛亥元老李烈钧因高血压心肌梗塞病在重庆逝世，终年64岁，消息传出，举国悲痛。中共中央除发来唁电外，周恩来和董必武等还亲临吊唁，国民政府明令国葬，归葬于将军故乡江西省武宁县。
