在认识魏成之前，申玉菲就早已开始研究三体问题。虽然在十九世纪时，法国数学家庞加莱就提出三体问题在数学上不可解，但申玉菲心中的信念使她坚信，总有办法能解决主面临的困境。
申玉菲出生在日本，父亲是中国人，有着军人背景，早年在日本经商并成立了自己的公司，之后由于政治原因便定居在日本，同申玉菲的母亲结婚后生下了她。一场突如其来的事故使得年幼申玉菲早早的成为了孤儿，那是在寒冷冬天的一个周末，一家人驾车前往长野县滑雪，突发的缆车事故带走了申玉菲的父母。从此申玉菲便由舅舅酒井一郎抚养。失去父母的申玉菲性格大变，原本外向的她变得封闭含蓄，整天将自己麻痹在自己搭建的小世界之中。数学专业出身的她大学院毕业后本想凭借父亲遗留的资产浪迹天涯，却在旅行的途中机缘巧合的认识了伊文思并了解了物种共产主义这一学说，并依靠三体人发来的资料在地球三体组织内部带头开发了《三体》游戏，为日后降临派的壮大提供了基础。随后便在日本同几人专心于研究三体运动模型的事业中。
也是一次偶然的机会，申玉菲在寺庙中与魏成结缘，随后便像饲养宠物一般将魏成饲养在北京的一套房子中，魏成因此拥有了一台拥有强劲算力的小型机，并时不时同申玉菲出国去使用超级计算机。在那套房子中，魏成衣来伸手饭来张口，唯一需要付出劳动的就是不停的研究三体模型。在申玉菲等人的巨大投资下，三体问题进展迅速，没过几年便推翻了庞加莱的观点，在第一个稳定的三体模型出现后，第二个第三个乃至更多稳定的三体模型也接连得出，在信息时代巨大的算力支持下，三体问题似乎有解了。但这并不是申玉菲的目标，申玉菲最终渴望的是建立一种数学模型，使得三体在任何一个时间断面的初始运动矢量已知时，能够精确预测三体系统以后的所有运动状态。即准确的预测恒纪元与乱纪元。因此她一直没有使魏成停止研究。
在拯救派和降临派内战爆发之后，申玉菲便警告过魏成不得中止三体问题的研究。组织内部都知道，申玉菲是一个坚定的拯救派，同降临派的头领潘寒一直冲突不断，其实拯救派的内核是与地球三体组织成立的目的相矛盾的，包括伊文思与叶文洁在内的组织内部大部分高层人员也都是坚定的降临派。事实上，拯救派更类似于一个宗教团体，但与其他宗教相反，处于危难中的是主，而教徒负有对主的拯救责任。
申玉菲对魏成说：“如果三体问题研究成功，你将成为救世主；如果现在停止，你就是个罪人。如果有个人拯救了人类或毁灭了人类，那你可能的功绩和罪恶，都将正好是他的一倍。”魏成不明白这句话的意思，好在他并没有细究，只是专心于自己的研究中。
那天晚上，潘寒驱车前往申玉菲家中，这一次潘寒是带着终结拯救派的目的来的，他驱车来到申玉菲的家后，在黑夜中摸索着前进，戴着手套的手紧紧的握着怀中的枪，在一片寂静中不动声色的潜入申玉菲的房间，而申玉菲似乎早已料到潘寒的到来，近段时间在组织内部两人不断升级的冲突中，申玉菲已早已为某日到来的了断做好了准备，她那把上了膛的手枪就放在枕头底下，似乎是意识到潘寒今晚的到访，她将手指放在了扳机上。
此时的潘寒已站在了申玉菲房间门外，在伸手不见五指的黑暗中，潘寒轻轻的拧开房门把手，同时拿枪顶着门缝，听到开门声的申玉菲立马从床上弹射而起，拿起手枪对准暗处的潘寒，潘寒先发制人抬手射出一发子弹，打歪在了床头的墙上，申玉菲立即反击，连开两枪，却被潘寒灵巧的躲过了。潘寒又冷静的射出四发子弹，申玉菲的身体随着枪声摆动了三下，胸口两枪中弹头部一枪致命，受击的申玉菲没有感觉到疼痛，甚至什么都没有来得及感受到便失去了知觉，倒在了血泊中。
谋杀成功的潘寒听到了楼下史强一行人赶来的声响，立即跑进了对面房间，一把拉开窗户，跳出窗外，发动车子，消失在了夜色中，随后赶来的大史一行人只看到了他远去的尾灯。
最终，申玉菲也没有听魏成的劝，将生活过的简单一点。窗外响起一阵雷声，随后开始淅淅沥沥的下起了小雨，在这雨夜里，魏成站在申玉菲死去的房间，内心一片空白，这是魏成在开始研究三体问题之后，第一次放空思绪停止思考。
