1526年6月，神圣罗马帝国在斯派尔召开了帝国会议，商讨国内大事，并讨论贯彻实施沃尔姆斯敕令。此时，农民起义基本平息，社会秩序慢慢恢复。社会舆论指责支持罗马教会的贵族诸侯的贪婪暴敛造成了此次大规模的流血冲突，很多人看见形势不妙，没有出席此次会议。支持宗教改革的诸侯贵族占据了绝大多数，所以会议做出了有利于路德的决定：在下一次宗教会议召开之前，不用强制执行沃尔姆斯敕令，各个领主可以自行决定是否允许路德及其信徒在领地内传道。但是到了1529年4月，支持罗马教会的诸侯贵族都来参加斯派尔帝国会议，他们在人数上占据了优势，于是趁机推翻了上次会议的决议，要求执行沃尔姆斯敕令。支持宗教改革的诸侯以及自由城市的代表联名提交了抗议书，宣称不惜一切代价维持上次会议的决议，于是人们将这些代表称之为“抗议者”，而将其所持的宗教立场称之为“抗议宗”、“抗罗宗”（抗议罗马教廷）或者“新教”。新教或抗议宗的名称由此产生。
在沃尔姆斯帝国会议之后，作为帝国皇帝的查理五世十年内都没有回到德国，也没有要求强制执行沃尔姆斯敕令，武力镇压宗教改革运动。正如前面已经论述的，神圣罗马帝国四分五裂，皇帝并不能有效控制帝国，做到令行禁止。此外，当时的国际政治形势也非常严峻，查理五世一直在与昔日同他争夺帝国皇位的法国国王弗朗索瓦一世（Francois I）及其盟友教皇克莱门特七世（Clement VII）争夺意大利，在十六世纪二十年代发动了多次战争，并在1527年洗劫了罗马。老谋深算的他将容忍宗教改革势力发展当作一种政治策略，既可以以此笼络一部分支持改革的诸侯，又可以打击教皇的势力，并且获得与其进一步讨价还价的筹码。从1526年起，他还要应付信仰伊斯兰教的奥斯曼帝国苏丹苏莱曼一世（Kanuni Sultan Süleyman）发起的进攻。1529年，奥斯曼帝国军队甚至越过多瑙河，兵临维也纳城下。查理五世以及支持他的贵族诸侯不愿意树敌太多，影响了对抗异教徒的战争。因此，他决定于1530年4月8日在奥格斯堡举行帝国会议并亲临会场，结束德国因宗教分歧而造成的分裂状态，团结一致对抗土耳其人。
为此，萨克森选侯“坚定者”约翰通知维滕堡的路德、梅兰希顿等人，要求他们就其信仰起草一份清楚而又详尽的声明，逐条论述他们对崇拜仪式、教会组织方式和神职人员的性质等问题的主张。路德等人不久就按要求向选候递交了一份信仰宣言。随后，他们准备动身前往奥格斯堡参加会议。因为路德是教皇裁定的异端和帝国的通缉犯，没有安全通行证，所以，他没法亲临此次会议。但是选侯还是决定带他前往，将他安排在选侯管辖地最靠近奥格斯堡但也有几天路程的科堡，以便商讨对策。
4月24日，路德在科堡安顿下来。这次帝国会议开了半年，他不得不在这段时间隐居在那里。他厌恶这种生活，喜欢为捍卫福音的真理而论战，不过远离喧嚣和论争也有利于他进行思考和从事创作。在此期间，他专心研读《圣经》，翻译了《伊索寓言》，还写了几本小书。除此之外，他与奥格斯堡的同仁保持密切的通信，了解会议的进展，鼓励他们坚定信心，并为他们出谋划策。在《致在奥格斯堡集会的神职人员的信》中，他保持了尖锐批判的风格，说罗马教廷关注赎罪券之类的微不足道的事情更胜于福音、信仰和恩典这些更根本的事情，抱怨教皇使他缄口不言就是不让福音传播开来，并且他要求与会的神职人员公正地对待宗教改革，说新教坚持自养，不会给教廷带来任何负担，最后他警告他们，如果不采纳他的合理建议，他会继续抨击他们，他们的一意孤行会导致比农民战争更糟糕的流血冲突和动乱。
除了著述写作，路德还要面对很多精神和肉体的折磨，与往常发生重大事件时一样，他不但要忍受诸如头疼、晕眩、耳鸣等身体疾病的折磨，还要忍受灵魂的试炼和争战之苦。更糟糕的是，他得到了老汉斯去世的噩耗，他抓起《诗篇》，独自待在房中痛哭，两天都不能做任何事情，前所未有地厌恶死亡。他焦躁不安，总是渴望了解帝国会议的最新消息，他并不怀疑约翰选侯对新教事业的忠诚和梅兰希顿的能力，但总是担心他们会妥协。
在奥格斯堡，梅兰希顿起草了包含二十八条声明的《奥格斯堡信条》，他以温和的语气简明地陈述了以路德为首的维滕堡神学家所认信的教义，宣称他们也承认三大信经，反对与之相悖的各种异端学说，并且解释了对信仰、恩典、善工和圣礼等核心主题的看法。他也提到了那些引起争议的条目，不过，他强调新教徒愿意以《圣经》为根据，与反对者对话协商，消除分歧。路德收到初稿后发现他的担心是多余的，非常满意，说自己都不知道如何修改完善它，因为谦逊温和不是他的风格。确实如此，他擅长的是嘲讽和辛辣地批判对手，哪怕对手是可以团结和联合的。
6月25日，得到了七位支持新教的选候和亲王签名的《奥格斯堡信条》在帝国会议上被宣读。但是正如改教家在圣餐问题上各执一词，互不相让一样，其他改教家纷纷提出了自己的信条，斯特拉斯堡的布塞联合其他三个城市提出了自己的信条，而瑞士的茨温利派也送来了题为《信仰与理性》的信条。当然，宗教改革的极端派重洗派根本没有机会发表自己的信条。
但是路德的高兴并没有持续多久，他的老对手埃克联合罗马教廷的红衣主教积极游说皇帝继续支持教皇。7月12日，埃克将他的《驳奥格斯堡信条》呈交给皇帝，而梅兰希顿也向皇帝呈交了《为奥格斯堡信条辩护》，但是皇帝拒绝接受辩护，裁定执行沃尔姆斯敕令，要求所有新教徒听命罗马教会，并给予他们六个月臣服投降的期限，如果他们过此期限还不顺服，就将受到武力制裁，这就是著名的奥格斯堡敕令。约翰选侯和维滕堡代表团愤而离去。这样，西欧统一的基督教世界分裂了，而《奥格斯堡信条》标志着路德宗或信义宗的形成，它不久之后成为路德宗的权威信仰纲领，人们通常以它被宣读的那日为天主教和基督新教分道扬镳之日。
当然，这对双方主张谈判和和解的温和派来说都是一个沉重的打击，梅兰希顿等人的美好愿望破灭了。但是对于这个结局，双方的明智之士早就知道了，黑森侯爵腓力一世甚至都没有向皇帝辞行就在8月6日离开了会议。双方开始磨刀霍霍，准备战争。
其实早在斯派尔帝国会议要求执行沃尔姆斯敕令之前，支持新教的诸侯就敏感地意识到危险的来临，他们试图组成联盟，用武力捍卫信仰，对抗皇帝与教皇可能发动的进攻。但是他们需要劝说他们的精神领袖路德博士赞同此事。他们费了很多心力将组织联盟武力反抗的必要性向他做了陈述，说法律上允许以暴制暴。但是路德对于这个提议持反对态度，一如往常，他从《圣经》出发，说《圣经》要求人们对掌权者忠诚，不能发动叛乱，以暴制暴只适用于平级的人，而不适合被统治者与掌权者，诸侯用武力对抗皇帝就是僭越，这必然导致内战和大屠杀，生灵涂炭。诸侯们一直没法说服路德。不过，因为皇帝在奥格斯堡会议上倒行逆施，天主教势力与新教诸侯的关系再度紧张起来，结盟反抗又提上了议事日程。萨克森选侯约翰和黑森侯爵腓力一世又开始劝说路德，甚至给在政治上比较天真的路德普及法律知识，指出德国宪法的特点以及诸侯的权利和义务，诸侯拥有很大的自由和权利，皇帝与诸侯的关系并非上下级的关系，《圣经》教导基督徒要顺服掌权者的命令并不适用于德国的基督徒诸侯。这样，路德最终勉强同意结盟对抗，他强调帝国法律赋予了诸侯反抗皇帝的合法性，不能因为福音而破坏法律，剥夺基督徒诸侯进行武力对抗的权利。在此期间，他还写了《评所谓的帝国的〈奥格斯堡敕令〉》和《对亲爱的德意志同胞的警告》，指责罗马教廷的支持者是杀人犯和嗜血狗，希望发动战争，进行屠杀，他们已经沦为撒旦的工具，并且宣称还击他们是自卫，而非叛乱。在以后的战争中，新教诸侯总是拿他的这两部著作为自己辩护，鼓励新教徒反抗天主教势力的进攻。
1531年，萨克森选侯等诸侯签署文件，组成保护新教和领土的施马加登联盟，应对皇帝和支持天主教的诸侯可能发动的攻击。事实证明这样的结盟是有效的。面对新教的强大军事同盟，皇帝无可奈何，并且他们还需要新教诸侯提供经济和军事上的帮助以对付土耳其人的进攻，而逼迫他们改教不但不能获得他们的帮助，反而还会导致内乱和分裂，给敌人以可乘之机，因而查理五世不得不放弃他在奥格斯堡会议上要求所有诸侯臣服于罗马教会的强硬主张，与新教诸侯达成妥协，签订了《纽伦堡和约》：只要新教诸侯提供财力支持帮助对付土耳其人，那么，在下一次大公会议召开和做出最终裁定之前，他们可以享受完全的宗教自由。查理五世于1532年离开德国，与上次一样多年都没有踏进德意志境内。战争的风险被大大降低了，而新教诸侯则借此机会扩充地盘，增强实力。越来越多的贵族诸侯改信新教，这可能是为了追求虔诚纯正的信仰，但更重要的是出于经济和政治原因，改教事业成了攫取财富和获取权力的良机。只要他们宣布改信新教，就不用再向教廷纳税，就可以像教廷过去掠夺德意志人民一样，肆意侵占教产，获得大量的财富；同时，他们也可以摆脱罗马教廷及其任命的主教的控制，并且新教主张顺服世俗掌权者，渴求他们领导改革，所以他们就可以堂而皇之地成为自己领地的宗教领袖，集尘世和精神之统治权于一身。这样，新教本来从反抗独断专制的罗马教皇开始，却在各地培育出众多权力更大的小教皇，而德意志的分裂也进一步加深了。
上个世纪召开过康斯坦茨宗教会议，不过它却判定改教家胡斯为异端，将他烧死。尽管路德在奥格斯堡会谈时说会上诉大公会议，但是在莱比锡论争中他说大公会议也会犯错，胡斯案就是例证。不过，路德和支持他的诸侯仍然对大公会议有期待，希望为自己的信仰的合法性辩护。1530年，新教领袖在《奥格斯堡信条》序言的结尾宣称他们愿意参加真正自由的宗教会议，为自己的信仰辩护，并且要求在此会议召开之前允许他们有宗教信仰的自由。尽管查理五世在1532年与新教诸侯签署了《纽伦堡和约》，但是他也只是将它当作权宜之计，希望次年就召开宗教会议，结束德意志境内的宗教分裂状态。面临各地方兴未艾的宗教改革浪潮，支持罗马教会的人也呼吁召开宗教会议，处理宗教改革提出的挑战，澄清信仰，抵制异端的冲击。
尽管各方都有召开大公会议的要求，但是会议却一直被耽误和拖延，这使得路德更加怀疑被他称为“巴比伦淫妇”的罗马教廷的诚意，似乎用诱饵来戏弄饥饿的动物。直到保罗三世（Paul III）继承了克莱门特七世的教皇之位，事情才出现了转机。1535年2月，他派遣特使到达德意志，拜访政要，试图获取他们的支持，并且在次年6月宣布在1537年5月在曼土阿召开宗教会议。施马加登联盟提出了参加大公会议的条件，宣称会议必须在德意志境内召开，必须是一次不受教皇控制的自由会议，与会的新教徒必须享有平等地位，不被视作异端，并且会议作出裁决的标准是《圣经》，而不是教皇的权威。但是特使告诉他们，会议不会在德意志境内召开，议题也不会局限于他们所关注的事情。因此，新教诸侯认为这次会议与他们毫不相关，持消极抵制态度。不过，新教诸侯为了应对可能召开的大公会议，委托路德起草一份信纲，陈述他们在任何时候都必须持守，不能与罗马教廷妥协的信条，并且将在施马加登会议上通过。
路德对与罗马教廷和解并不抱希望，不过他乐于澄清由他发起的新教与罗马教廷在信仰上的尖锐对立和差异，并且也有意将撰写的这样一个信条作为他的遗嘱和最终的信仰宣告，让后人明白他的立场。在该《信条》中，路德指出教会信经的核心是相信基督，除了陈述尊荣至高的上帝，他还论述了耶稣基督的职司和我们的得救，其中包括论述因信称义、弥撒、小礼拜堂、修道院和教皇制度等的信条。虽然路德起草的这个《信条》后来叫《施马加登信条》，但是在施马加登会议上，因为它对圣餐的看法与茨温理派的看法相左，而为了团结新教力量，新教诸侯和神学家将它搁置起来，而采纳了梅兰希顿起草的《奥格斯堡信条》及其辩护。1538年，路德出版了经过修订的《施马加登信条》。在以后的宗教争辩中，它的重要性超过了《奥格斯堡信条》及其辩护，因为它清楚地陈述了路德与梅兰希顿的立场的差异，集路德教义之大成。今天的路德宗教会把它列为他们遵奉的信条之一。
大公会议还是被一再推迟，而外部的威胁令查理五世难以一直等待下去。虽然弗朗索瓦一世是罗马教会的信徒，但是他为了与查理五世争霸，在1536年不惜与信仰伊斯兰教的土耳其人结成联盟，这样，神圣罗马帝国就腹背受敌，非常被动。查理五世呼吁新教诸侯提供帮助以阻止土耳其人入侵，而新教诸侯明白皇帝迫切需要他们的支持，于是与他讨价还价，要求他给予他们信仰自由，以此换取他们的支持。为此，查理五世在1540-41年召开数次会议，试图消除天主教与新教的分歧和冲突。在雷根斯堡帝国会议上，新教神学家和罗马教廷的代表都与会，路德没有参加上述会议。或许正因为此，他们在意志自由、罪的起源等一些关键问题上达成了广泛共识，并且容忍双方存在一些差异。但是当双方的代表将文件带回给各自的领袖审批时，教皇和路德都不满意其中有关称义的条款，认为做出了过多的让步。那个条款试图调和天主教和新教的立场，主张双重称义：一方面，因为上帝的恩典，罪人藉着对耶稣基督的信心而称义，罪得赦免，获得救恩，但是另一方面，对基督的信心必须体现在爱邻居的外在行为中。路德非常警惕，意识到这个信条的危险，因为它暗示信仰依赖外在的行为和别人的评价，而这又回到了因行为和善工称义的老路上去了。调和的努力宣告失败。
这个结局令查理五世失望，不过令他感到意外的是，他的要求得到了满足，因为路德号召新教诸侯不要与皇帝讨教还价，应该无条件地支持他。当然这并不是因为路德具有政治头脑，希望达到某个目的，而是因为他认为形势危急，土耳其的穆斯林会对基督徒施加暴行，新教徒应该与天主教势力团结起来，对抗穆斯林。不过，他也从信仰出发解释这种威胁，说土耳其人的威胁是上帝对德意志新教徒的惩罚，因为他们犯了太多干犯上帝的罪。因此，他劝说新教徒悔改认罪，而不要仅从军事上解决威胁。
经过一再拖延，大公会议最终于1545年在意大利的特伦托召开，而新教诸侯和神学家因为拒绝由罗马教皇主导的会议，所以没有受到邀请。这次会议前后举行了二十五场讨论，断断续续地开了差不多十八年，签署了诸多谕令，以至于当时的一位枢机主教说：“在教会史上，没有任何大会决定过如此多的问题，确立过如此多的教义，或者制定过如此多的法规。”这次大公会议本意在于针对路德发起的宗教改革提出“反改革”的决议和谕令，但是因为它清晰地确立了被新教批判的罗马教会的信仰，在信仰的权威、罪和称义等关键问题上做出了与新教泾渭分明的论述，并且由于宗教改革的外在的强大压力而纠正了一些为人诟病的弊端，譬如兜售赎罪券的闹剧，所以这次会议成了罗马天主教会的自我改革运动。由此，新教和天主教的对立阵营最终确立。
在此期间，西欧的政治形势也发生了变化。尽管弗朗索瓦一世与奥斯曼帝国结盟，但是查理五世还是占据了上风。1544年，他迫使弗朗索瓦一世缔结了城下之盟，并且与此时正与波斯开战、无暇西顾的奥斯曼帝国达成了妥协。这样，在解决了旷日持久的外患之后，作为天主教徒的查理五世对自己的实力充满了自信，便改变了他过去为了寻求新教诸侯支持他的对外战争而一直与他们妥协，容忍新教发展的主张，将对付法国和奥斯曼帝国的军队集结起来对付德意志境内的新教势力，打着捍卫天主教的大旗，企图一劳永逸地铲除日渐做大的新教势力，并乘机加强自己的皇权。1546年，他发动了对施马加登联盟的战争，采取分化瓦解、各个击破的策略，全力对付萨克森选侯和黑森侯爵腓力一世的联军。次年4月24日，在易北河边的米尔堡战役中，他的军队击败了新教联军，俘虏了作为联盟领袖之一的萨克森选侯约翰·腓特烈。查理五世剥夺了其选侯资格，将其终身监禁起来，并将选侯头衔赐给了在这次战役中支持他的莫里茨（Moritz）公爵。此人正是过去一直顽强反抗宗教改革的萨克森公爵乔治的侄子和继承人。作为宗教改革策源地的维滕堡也沦陷了，落入天主教徒手中。
但是查理五世与新教的战争并没有结束。他颁布了“血腥法令”，全面恢复罗马教会的体制，试图借统一的天主教来强化自己的皇权。这几乎使新教势力陷入灭顶之灾，使他们产生了强烈的危机感，甚至连教皇和支持天主教的一些诸侯贵族都对皇权的膨胀感到恐慌，他们起来反对皇帝。1552年，新教诸侯偷偷与法国国王结盟，法国军队入侵洛林，并连下数城。莫里茨选侯虽然靠支持皇帝而获得了今日之地位，但是他发现他所辖的萨克森选侯区的人民都信仰新教，如果他要统治好它，自己就必须支持新教，于是倒戈支持新教，并充任新教联军的统帅，率军突袭皇城。已经宣布解散军队，准备做太平皇帝的查理五世不得不仓皇出逃，险些丧命，最终不得不与新教诸侯议和。1555年，他与该联盟签订了《奧格斯堡帝国及宗教和约》，确立“在谁的领地，信谁的宗教”（cuius regio eius religio），即“教随国定”的原则，确认帝国境内的诸侯有宗教信仰的自由，承认了路德宗在帝国的合法地位。这样，德意志境内的宗教矛盾得以暂时平息。但是新教其他派别的合法地位并未被确立起来，这为以后的宗教冲突埋下了种子。而路德所描述的自由信仰和自治的教会并没有出现，反倒是新教诸侯变得自由、自治了。他们不但掌握了世俗权力，而且还成为教会的领袖，变得比帝国的皇帝和罗马的主教，甚至教皇都更有权力，路德宗的教会完全听命于诸侯或国家，变成了应声虫或沉默不语者。
不过这些都是路德去世之后的事情，他的时代还没有结束。
