4月26日，在帝国会议还在为如何处理路德争吵不休之际，路德一行人踏上了归途。一路相当顺利，他们受到了沿途人民和亲友的热情接待，并因为盛情难却，路德还做了几次讲道。5月4日下午，当他们一行人在密林小道上赶路时，突然闯出一伙蒙面骑士，他们询问车上的哪位是路德。当路德承认自己就是时，这伙人不由分说，强行将他架上了马，给他披上骑士罩袍，可怜的路德在关键时刻手里还紧紧地拽着《圣经》，然后他们飞驰而去。
路德被绑架了！这个消息一下子就传遍了整个德意志。各种版本的传说纷至沓来，有的人说看见了他的尸体，有的人据此猜测说罗马教廷杀害了他，也有人说济金根（Franz von Sickingen）派他的骑士劫持了路德，将他送到他的城堡保护起来。听到这个消息，路德的敌人起初幸灾乐祸，不过，因为教廷暗杀了路德的传言非常流行，这使得一些教廷人士及其支持者担心他们背上了谋害路德的黑锅，一旦人们认定他们无法公开驳倒路德，却暗地里谋害他，他们会失去道义和民心，因而他们也希望找到路德，澄清谣言，然后公开惩处他。当然，还有很多人出于同情和理解，对路德的去向和命运深表关切，譬如在荷兰的德国画家丢勒（Albrecht Dürer）在日记中写道：“上帝啊！如果路德死了，今后还有谁给我们讲解福音呢？”
其实这一切不过是萨克森选侯“智者”腓特烈的计谋，他不能公开违反帝国会议的决议，包庇成了帝国通缉犯的路德，于是想法将路德“绑架”，藏起来，这样，教皇和皇帝就都找不到他，而惩罚也就成了一纸空文。事实上，当人们正为路德失踪的事情做出各种不同的反应时，路德已经于当晚11点到达瓦特堡，在那里隐居起来。他蓄起了胡子，脱下修士袍，装扮成骑士，并且改名叫乔治贵族，以免人们认出他。
不过，隐居瓦特堡对渴望战斗的路德来说本身就是一种严厉的惩罚。他由一个公民变成了帝国的通缉犯，由一名虔诚的修士变成了所谓的异端，与罗马教廷彻底决裂，这些惊天动地的事情都在最近发生了。现在远离了喧嚣的、激烈的论争，远离了他的热情的朋友和支持者，路德有太多的时间可以打发，进行思考。他说：“我灵魂中的问题并没有停止，灵性和信心固有的软弱不断浮现。”当他思考这些事情时，他不是没有犹豫和怀疑：难道唯独他有智慧，而基督教错了一千年，如果他错了，那么多跟从他的人是不是都要和他一起灭亡吗？想想这，他都感到后怕。但是他有时又会自信满满，斗志昂扬，认为自己抓住了真理，他没有错。这样的思想斗争是很伤神的，何况他还患有严重便秘和失眠症，这些搅和在一起就足以令他垮掉。他说：“我宁愿在燃着的煤上燃烧，而不愿在这里烂掉。”
为了不至于烂掉，摆脱精神上的沮丧和痛苦，路德找到了一个好方法，那就是工作。工作“使我在我的拔摩岛上不致懒惰”。事实上也是如此，隐居的这段时间也是路德创作的高峰期。他撰写了一打有关《启示录》的书。他自己还向朋友汇报说：他已经完成了对他的论敌加大利（Ambrosius Catharinus）和勒土马斯（Latomus）的答辩、“一本用德语写的论认罪的著作，《诗篇》六十七篇和三十六篇的注释、一本尊主颂的注释和一本梅兰希顿答复巴黎大学的译本。我正着手使徒书信和福音书的讲章集。我抨击美因茨的红衣主教并且讲解那十个麻风病人”。
路德在这里并没有提到给他带来巨大名声的《圣经》翻译工作。他一直不满于被罗马教廷奉为圭臬的武加大版拉丁文《圣经》，因为正如前述，他发现该译本有很多错误。此前，诸多德文《圣经》都是依据此拉丁文版《圣经》翻译的，因而在路德看来就是以讹传讹，谬种流传。更为重要的是，路德强调“唯独《圣经》”，要依据他的“因信称义”理论和十字架神学译经和解经，而不是让荣耀神学和因行为称义理论掌控译经和解经，同时贯彻他的“信徒皆祭司”的原则，让信徒直接读到上帝的话语，与他沟通，而不需要通过教廷设立的神职人员。因此，路德决定亲自动手翻译《圣经》。
在翻译它时，他力求糅合德意志各地的方言，用恰当流畅、简易明了的语言表达《圣经》中的上帝之言和深邃的神学思想，使走卒贩夫之辈都能读经解经，不需要仰赖掌握了古典语言的神职人员。路德如此之高的翻译要求是在极其简陋的条件下完成的。在翻译时，他并没有其他参考资料和辞典，只有他在被“劫持”之时紧紧抓住不放的事先准备好的希腊文《新约》，那是经伊拉斯谟校订过的版本。路德日以继夜地工作，历经11周，终于将《新约》全部翻译完毕。这是路德版《圣经》的初稿。随后，他在希腊文专家梅兰希顿等人的帮助下修改和完善他在瓦特堡翻译的《新约圣经》，并继续翻译《旧约圣经》。历经多年的努力，他终于在1534年完成了全部《圣经》的翻译。不过，路德并不满足于此，在有生之年还不断修改翻译，加以完善。
路德在翻译时并不主张死板的直译，而是结合自己的宗教体验和德意志本土的文化习俗，注意贴近德国的生活，力求将经文的意义活灵活现地再现出来。他极其认真，为了弄清犹太祭礼所涉及的山羊和牛的名称，他多次登门请教屠夫。即使如此，他还是认为有些言辞不能完全表达经文的意义，为此，他在译文中加入一些插图。他的努力获得了人们的认可，他的《新约》译本初版三千多册，一个月就销售一空，到1533年就已经再版了五十次。
虽然路德对《圣经》的重要性和权威地位强调到了无以复加的程度，说它是“皇后”，所有人人都应该臣服于她，教皇、奥古斯丁和保罗都只是《圣经》的见证者和认信者，令后人牢牢记住了“唯独《圣经》”这一信条，但是他对《圣经》中的内容并非一视同仁，等量齐观。他宣称基督已经启示在《约翰福音》、《约翰一书》和保罗的书信，特别是其中的《罗马书》、《加拉太书》和《以弗所书》以及《彼得前书》中，它们是正典中的正典，而其余的经卷即使永远不看都无关紧要。他还建议人们不要看《雅各书》，因为它是“稻草书信”，里面完全没有福音，毫无价值。他认为启示应该是清楚明晰的，但是《启示录》混乱不清，因而不应该信任它。路德对因信称义的学说的重视有时也导致他的翻译过于主观化。譬如，尽管经文中写的是“因信称义”，但是他非要在前面加上“唯独”两字，即使别人指责他，他依然我行我素。他多次修改译文，但是始终都不肯去掉这两个字。
尽管一些人认为路德的《圣经》存在着主观偏好和随意意译等问题，但是它的确纠正了拉丁文版《圣经》的很多错误，它对宗教改革和德国语言文化的影响和意义，人们给出再高的评价也不过分。路德的《圣经》借着印刷术的进步进入到平信徒的家中，它的形象生动的本色化语言使得文化程度不高、不通晓拉丁文的普通人都能够在家阅读和聆听到上帝的话语和福音，发表自己对信仰的看法，而不用像过去一样完全依赖神职人员，“信徒皆祭司”的理论得到了具体体现和落实。路德的《圣经》以萨克森公文体语言为基础，糅合德国各地的方言，其语言通俗易懂，生动形象，词汇丰富，句型规范，建立了标准的德语体系，塑造和规范了正在形成的现代德语。因此，路德有时被人们称作德语之父。德国诗人海涅（Heinrich Heine）高度评价路德翻译《圣经》的工作，说他的这本书是德语不断更新的源泉，甚至夸大其词地说他“创造了德语”。
