韦氏冷眼旁观，看清形势后，便劝李显尽量亲近讨好太平公主，以增强自己的实力和资本。太平公主本来就是李显的亲妹妹，这对李显来说倒还不算困难。
在极力讨好太平公主的同时，韦氏还主动与武氏兄弟结成姻亲，她将长女永泰公主嫁给武承嗣的儿子魏王武延基，幼女安乐公主嫁给武三思的儿子武崇训。如此一来，就同武氏兄弟成为了一家人。
但不久又发生了一件令李显和韦氏悲痛的事。李显与韦氏所生的儿子邵王李重润风神俊朗，孝友好书，与妹夫武延基性情相投，引为知己。两个年青人经常在一起议论朝政，很看不起张易之、张昌宗兄弟以男色侍奉武则天，在外趁机招权纳贿的行为，说到激愤之时，还说总有一天要杀死这两个人。结果，这些话被张氏兄弟知道了。其实，李重润和武延基任何一方，都代表着不可小觑的势力，如果张氏兄弟会做人，应该主动去与其结盟，这样才能为将来武则天死后留下保命的资本。但这两个面首毫无政治头脑，恐慌之下，便向武则天告状，诬陷李重润与武延基想谋反。武则天也不问青红皂白，下令将李重润、武延基以及永泰公主杖死。李显、韦氏亲眼看着一对儿女被活活打死，却不敢求一句情，内心的痛苦和恐惧可想而知。武承嗣因儿子惨死，不久抑郁病死。一样醉心于权力的韦氏，虽然恨武则天入骨，但内心深处却相当佩服婆婆的手段和才干。她经常想：“武则天能做的事，我为什么不能做呢？”她相信自己的聪明才智，当然，她更希望像婆婆那样，有朝一日能成为君临天下的女皇。
韦皇后效仿武则天
到了公元705年正月，武则天的病情加重，而这时在身边常陪侍她的是男宠张易之、张昌宗兄弟俩。就是宰相们和太子也很难见到武则天。宰相们害怕武则天一旦病逝，张易之兄弟借机作乱。于是，宰相张柬之联合其他大臣和京城的将军，领兵五百前去请太子、即原来的中宗李显即位。李显害怕得要命，不敢去，最后是属下将他抱到了马鞍上。
政变因为谋划得好，又有军队支持，取得了全胜。张易之兄弟被杀，然后，张柬之对武则天说张易之兄弟要谋反，已经被诛杀，请求她让位给中宗李显。年迈的武则天只好同意了。她让出了皇宫，自己搬到皇城西南的上阳宫养病。李显再次即位后，给母亲上了尊号“则天大圣皇帝”。
二月初四日，中宗正式恢复了大唐的国号，武则天建立达十五年的“周”王朝到此结束。旗的颜色也从大红色改回到唐朝原来的黄色。将长安重新定为首都，洛阳去掉了“神都”的名号，还是陪都。
武则天的行为、至高无上的权势让韦皇后这个儿媳妇羡慕不已，她也常想着有一天也像武则天那样做个高高在上的女皇帝。长时间的软禁式生活养成了她坚毅的性格，加上对中宗的有效的控制，这都是她的优势。所以，等中宗再次即位后，权力便很自然地就转入了韦皇后的手中。多年的苦媳妇熬成了婆，韦氏终于登上了皇后之位。韦氏先是学武则天的样子，中宗上朝时，她就坐在帝座斜后方的帐幕中垂帘听政。中宗一向对她敬爱有加，当然言听计从。大臣桓彦范上书反对，奏道：“伏见陛下每临朝听政，皇后必施帷幔，坐于殿上，参闻政事。愚臣历选列辟，详求往代，帝王有与妇人谋及政事者，无不破国亡家，倾朝继路。以阴干阳，违天也；以妇凌夫，违人也。违天不祥，违人不义。《书》称‘牝鸡之晨，惟家之索’。《易》曰‘无攸遂，在中馈’。言妇人不得干政也。伏愿陛下览古人之言，以苍生为念，不宜令皇后往正殿干外朝，专在中宫，聿修阴教，则坤仪式叙，鼎命惟新矣。”（《大唐新语?卷二》）意思是说，自古以来，凡是有让女人参与政事的帝王，无不破国亡家。中宗感念韦氏患难情意，对韦氏言听计从，当然不肯听从桓彦范的劝谏。桓彦范后被武三思害死。
武则天死后，形势急转直下，武三思失势。但他极有心计，通过上官婉儿搭上了韦后。韦后为了自己的利益，竭力向中宗建议重用武三思。于是，中宗下诏，拜武三思为司空，同中书门下三品，成为名副其实的宰相。这对张柬之等拥立中宗的定鼎功臣不啻是个重大打击。张柬之等人秘密求见中宗，劝中宗不要养虎为患，应时时想到恢复李氏江山来之不易。这话不但没有说动中宗，反而惹动中宗的怒意，认为张柬之自恃拥戴有功，有要挟之意。张柬之从此失宠。事实上，中宗也不可能听从张柬之的劝谏，违背韦后的意思。在长期的幽禁生活中，他与韦氏患难与共，相濡以沫，感情相当深厚，甚至许下“幸复见天日，当惟卿所欲”的诺言。现在他重新坐上天子龙椅，拥有了天子的权威，怎么能不对妻子施报呢？
在韦皇后的安排下，韦氏家族的人进入了中央的政府机构，堂兄韦温是礼部尚书，其他的人也有的做了将军。为了巩固地位，韦皇后还和武三思勾搭成奸，武三思最后成了控制政权的实际上的天子。
武三思为了确保中宗和韦皇后的信任，和他们极为信任的秘书上官婉儿勾搭在了一起，促使后宫淫乱之风再起。后来，上官婉儿得到同意，在外边修建了自己的私宅，和大臣们上朝一样，早上去侍奉皇后，晚上回自己府上。这个恶例开了以后，在当时竟成了一种风气。中宗对武三思毫不介意，和韦皇后一同听政回到后宫后，便看着武三思和韦皇后在床上下棋，自己在一边观看，没有了君臣之礼，中宗的可怜地位可见一斑。
中宗时期，公主们像得到解放一样，活动和权势都超过了皇子们，这也是武则天示范作用的结果。她们利用中宗的信任，纷纷卖官鬻爵，竟相建造豪华宅第，还像男子拥有众多妻妾一样，广纳男宠淫乱。
公元706年（神龙二年）十月，洛阳流言四起，说“当今皇后与武三思有通奸行为”，中宗因谣言不息，觉得有失颜面，决定迁回西京长安。这一年秋，中宗立第三子李重俊为太子。韦氏因李重俊不是自己亲生，劝阻过中宗，但中宗在这件事上没有听从韦氏的意见。
武三思的儿媳、中宗和韦后最宠爱的女儿安乐公主李裹儿骄横，而且她有着同母亲一样的性格——争强好胜，野心勃勃。她竟然异想天开地想做“皇太女”，这样将来就能继承皇位做女皇帝。她常常说：“连侍妾出身的阿武尚能做皇帝，我是公主，为什么不能当皇太女？”
然而，中宗虽历来对女儿百依百顺，却唯独不肯答应她这个离奇的要求，还是坚持立李重俊为太子。中宗是好丈夫，好父亲，但他却有他最后的尺度，他再溺爱妻子和女儿，却不敢在违背礼法和祖制的路上走得太远。
不过，形势却因安乐公主而起了意想不到的变化。安乐公主对庶出的哥哥李重俊很看不起，她和丈夫武崇训经常辱骂太子，背后都称其为“奴”。李重俊听说安乐公主与武崇训背后骂他小子或是“奴儿”时，怒火中烧，决心也像当年他的祖宗李世民发动玄武门之变一样，诛灭武三思，逼中宗退位。他经过仔细分析，觉得满朝文武中唯有辽阳郡王李多祚（即斩杀武则天内宠张昌宗、张易之的那位）忠诚爽直，值得信赖，便去向李多祚寻求帮助。李多祚为皇室宗族，对武三思的擅权也很愤慨，此时见太子流泪向他倾心诉说，很受感动，决定帮助太子起事。李多祚还联络了部将李思冲、李承况、独狐之等人协助太子。
公元707年（神龙三年）七月某一天的半夜，太子李重俊和李多祚、李思冲等人假称奉皇帝紧急诏令，率羽林军300多人袭击武三思的府第。武三思此时正拥着侍妾饮酒作乐，儿子武崇训也陪坐一旁，安乐公主进宫去还没有回来。羽林军一拥而入，见一个杀一个，把武三思父子牵到太子李重俊马前。太子李重俊骂了几声，拔出佩剑刺死二人，又下令杀尽武三思全家。随即命左金吾大将军成王李千里及其儿子天水王李禧分兵把守各处宫门，自己同李多祚一起杀入肃章门，直奔中宗、韦后的寝殿。
中宗与韦后、上官婉儿以及安乐公主等人夜宴方罢，忽见右羽林大将军刘景仁飞奔前来报告，说太子李重俊谋反，已带兵杀入肃章宫。中宗吓得浑身发抖，韦后大骂：“我早说过你这儿子不是个东西，不听我的话，死路一条！”还是上官婉儿镇静，她说：“玄武门坚固可守，请皇上皇后立即登上玄武门楼，一来可暂避杀身之祸，二来可宣布紧急诏命，征调兵马讨逆。”
中宗、韦后便跟着上官婉儿慌慌张张来到玄武门，上了门楼。中宗和韦后都没了主意，上官婉儿老谋深算，便以中宗的名义令刘景仁立即率领在玄武门值夜的一队飞骑百余人，严密守在门楼下，抵御叛兵。这时，李多祚已经领兵来到玄武门，见中宗在门楼上，又有飞骑守卫，不敢贸然行动。
此次事变中，李多祚为人耿直，不敢轻易对中宗无礼，导致目的不坚定明确，当断不断，已经注定了将要失败的结局。
中宗在门楼上斥责李多祚说：“朕待你不薄，为何助太子谋反？”李多祚回答说：“武三思淫乱宫闱，臣等奉太子令，已将武三思父子正法，太子与臣等并无谋反之意，只是请求陛下准许肃清宫闱之乱，臣立即退兵，再向陛下请罪。”一听武三思父子已被杀，韦后、上官婉儿以及安乐公主都大哭起来（野史记载说韦后、上官婉儿都与武三思长期有染）。李多祚又高呼：“上官婕妤勾引武三思入宫，是第一等罪犯，请陛下速速将她交出来！”中宗还没有答话，上官婉儿已是泪水满面，跪在中宗脚下，说道：“臣妾并无这等事，请陛下明察。臣妾死不足惜，只恐叛贼们先是索要臣妾，再索要皇后，最后索要陛下。”中宗一时没有了主意。上官婉儿上前指点了几句，中宗这才向城下大声宣道：“叛军们听着，你们原是朕的亲信宿卫，为何跟从李多祚谋反？若能立时反正，杀死多祚，朕不但不计前罪，还另加封赏，保证你们的荣华富贵！”
羽林军本来以为太子和李多祚是奉诏令起事的，现听到中宗的亲口宣告，方知自己跟着李多祚成了叛逆。各人都有老小家口，未免动心，大家一时沉默。当时，宦官宫闱令杨思勖主动请求出战，先斩杀了李多祚女婿羽林中郎将野呼利，羽林军随即一齐拥向李多祚，将他乱刀砍死。李思冲、李承况等将领也被杀死在乱军中。杨思勖从此以宦官身份为将，以嗜杀善战出名。
太子李重俊带领几十名侍从突围而出，逃向终南山。兵部尚书宗楚客调动兵马，迅速平息了这场叛乱。太子李重俊在终南山树林中休息时，被手下士兵刺死，割下首级献给了朝廷。中宗闻报后，毫不痛惜，反将儿子的首级献入太庙，并奠祭武三思和武崇训的灵柩，甚至还把儿子的首级挂在朝堂示众。对于中宗的这种做法，大臣们既气愤又寒心，但谁也不敢多说什么。李隆基后来的崛起，在很大程度上是受益于堂兄李重俊的失败。
官职卑微的永和县丞宁嘉勖路过长安，见到被悬挂示众的太子李重俊首级，立即脱下自己的衣服，包住首级，伤心得号啕大哭。他哭的不是素昧平生的太子，而是痛心大唐骨肉相残的血腥，伤感动荡不安的局势。此事被武三思的门人宗楚客知道后，立即要求中宗把宁嘉勖流放到岭南。宁嘉勖后在岭南病死。睿宗即位后，追念他“忠义而重名节”。
被亲人毒杀的可怜皇帝
太子李重俊死后，安乐公主想当皇太女的愿望越发强烈了。她恃宠骄恣，开府置官，“皆出屠贩，纳赀售官”，“侯王柄臣多出其门”。甚至伪造诏敕，掩住文字，让中宗“署可”。
