两个神一般的生物就这样同归于尽，倭岛人上下都爆发出欢呼声，唯有朱媺娖、朱慈烺、徐长今她们默然神伤。这时候，日暮玲子说道：“没时间庆祝和悲伤了，现在残存的黑暗生物失去了控制，马上就要逃跑了，咱们得快点消灭它们。”果然，奈落和魔龙之前留下的黑暗生物们已经暴走了，它们各自为战，向着一切活物进攻，尤其是江户城里的德川父子军队，它们开始向着残存的人类部队进军。倭岛大名和武士们骂着脏话，被迫拿起火枪刀剑迎敌。白皇的兽人手下此时收拾行李，他们强行向北方开路，离开了这里。德川父子没了人形，吞噬着弱小的黑暗，它们带着手下包围了向西撤退的维新军。没等它们开口，一阵炮击声从海面上传来，炮弹落在德川军阵地里，战火随之吞没了妖怪们的身体。这次轮到德川军被打的毫无还手之力，远处五艘战舰靠近，一个熟悉的身影出现在中央的旗舰上。
“赵总管！这些怪物已经被我们的舰队压制了，现在要驻扎在哪里？”一个穿着海军指挥官服装的青年男子向身后的人指示道。这个赵总管模样是年老的赵平面貌，但是声音还是年轻的：“各舰舰长听令，全军靠岸，占领海湾，然后炮击江户城！”传令兵打着旗语给分散开的舰队，五艘铁甲战舰直接撞开阻拦的德川江户妖怪军，纷纷发炮，炮弹倾泻在海岸和不远处的江户城里。等炮火停止，江户城已经是平地一样了，倭岛维新者们一开始还不敢靠近舰队。等舰队派出的先头部队和残存的大名们见面后说明了来意：“我等乃大陆雅典城海军，特来迎接雅典女王，并且决定和贵国联合打击反动势力，比如妖魔化的德川幕府，希望诸位上报给贵国的国主。”
维新军很快接受了提议，并且开进残破的江户城里，找到了德川父子的下落，朱媺娖和朱慈烺用光明力量净化此地。德川父子还要作妖，一个老者直接进来，破军枪从雪女体内出现，它自己找到了老者。老者面对宝座上的德川父子，拿起破军枪，恢复了年轻模样的赵平，喝道：“你们的时代落幕了，安心的去吧，日本列岛即将解开和大陆之间的结界，就由处刑你们作为新时代的开端吧。”破军枪一记烈焰直接让德川父子连同幕府政权的象征大将军宝座一起灰飞烟灭。赵平收起破军枪，变成了老人，他看着朱媺娖说道：“你辛苦了，我回来了。”朱媺娖和朱慈烺忍不住又哭又笑：“赵大哥，我就知道你没有死，可是我们很担心······”
赵平安慰着两人，召集先前一起奋战的伙伴们：“诸位，从现在起，我们要马上建设一个新的城市，这里将会是联通列岛东西南北和大陆的中心，新时代的城市。”此战残存的人开始在原江户城上驻扎，并且收拾残壁断垣，埋葬死者。跟舰队而来的还有朱木然，他带着墨家子弟测量周围，用工具帮助倭岛的人开荒屯垦。袁世凯手下曹锟悄悄问赵平：“赵总管，咱们这么帮倭寇，他们一向是狼子野心啊。”赵平对舰队内部人员们说道：“新的生产技术需要试验，大陆目前只有原天津卫地区和隔海的南朝鲜，目前还无法去反攻满清，这里还蛮大的。而且我马上就要和他们进行谈判，把列岛拉入同盟之中，至于他们的野心，只能说文明的碰撞是避免不了的，可是完全孤立就真的好吗。战争和商业都是交流的手段，选择哪一个，都要承受相应的代价。之前列岛入侵大陆，哪一次有好下场，他们选择战争就是选择和整个大陆为敌，你不能指望每个民族都和睦相处，只有通过不断的交流来融合人类的思想和所谓的种族。人类本来就不该用种族来区分彼此，都是一个脑袋四个肢体，又没有生殖隔离。算了，慢慢学吧。”赵平看他们不甚理解，觉得自己说多了，还是直接下达命令。
经过一个月的时间，江户城消失了，一座崭新的巨大城区从海岸边出现。京都的天皇移驾到此，看见现代化的城市，他眼睛都直了。“这是朕的国家？朕的国家里居然有这么雄伟的地方？朕决定了，将此地作为日本的新首都，它在京都以西，就叫做东京吧！”之前赵平已经前去和安倍晴明还有佐为大师交流过了，他们和诸大臣还有大名们讨论了几天，最后决定政权中心转移到列岛东边比较好。这位少年天皇，在赵平舰队的帮助下，于东京市召开了全国大会，期间发布了一系列法律和政令：倭岛正式名为日本国，和雅典城、南朝鲜组成同盟；土地革命，规定个人名下拥有土地有限制，多余的收归政府，分配给无产者；组建政府军，全部由维新派训练；武士特权取消，个人可以带武器，但是不能开刃和带大量金属，必须大部分是竹木材料；组建警察，由新选组领导，组建情报机构，由原来忍家培训。
各地陆续有不服从中央政权的大名和个人暴乱，赵平让舰队沿着海岸线展示火炮和陆战队的登陆作战。几周之后，全部日本国土安定下来，皇室让中央政府给自己一个名号，几番考量之后，佐为皇室辅佐官选择了“明治”作为天皇的年号。赵平期间去过一次北海冰国，和白皇交流之后，给了雪女一个身体，这个身体和自己女性化差不多一样。雪女开心地进入实体里，赵平对她说：“这是我原来的身体，已经变不回男性了，现在交给你使用，你就是我的妹妹‘赵雪’。”朱慈烺疑惑道：“赵大哥你现在是什么？妖怪还是神明？”赵平给朱媺娖展示自己的身体：“这是我从杰克魔树上培养的替身，就是植物人体，好处是可以不断吸收外来能量恢复自己，坏处是衰老很快，需要不断补充植物，补充以后还需要重现练级。”赵平向伙伴们讲述了自己让袁世凯在朝鲜事变后加紧组建海军舰队。海军舰队在外日本岛附近寻找进入结界的地方，在不断大战中，结界的封印让赵平可以召唤舰船里的杰克魔豆，通过它来传输自己的意识，直到进入富士神山之后，舰队向东京湾这里开拔。
这时候，东京的中心皇宫里，一个不速之客潜入了，连强大的阴阳师安倍晴明都没有察觉，隔壁的佐为大师急匆匆打开了明治天皇的寝室，发现他起身，手里拿着一个绿色的笑脸面具。佐为大师还未开口，天皇收起面具，正色道：“大师，朕只是有点起夜，你不必担心。”佐为还想说什么，天皇仿佛一夜间长大了似的，不理会侍者们，单独躺下了，这次，天皇没有尿床和惊啼，而是笑着入眠了。
日本列岛开放以后，周围的琉球国、朝鲜国、满清国纷纷派出使者前来。东京每天都涌入着各地的人来办事和定居，赵平要了一块区域，这里以前是德川幕府做银币的地方，名字叫银座。赵平在这里建起了一座大剧院，还唤醒了沉睡状态的玉藻前和酒吞童子，他们听从赵平的吩咐，在门口当收银员和门童。大剧院贴出公告，招揽女性做话剧演员，大批失业失家的女子上门，赵雪做了训练她们的老师，日暮玲子负责地下设施。她们找出有灵力的女子，让她们操纵墨家开发出来的灵铠，学习阵法。赵平向她们说明：大战过后，妖怪纷纷暗中活动，里面有安分守己的也有不时捣乱的，赵平他们马上就要离开列岛，所以留下这处据点，对抗传说中逃跑的德川家势力残余天海僧正。之所以选择女性是因为如果征召男人，政府会怀疑他们要造反，女性因为感知力强，明面上也可以做银座这里的商业人员。这里被帝都人们称为华击大剧院，里面的女孩子们被称为花组。
朱媺娖作为雅典城女王收到了列岛人民的欢迎，她根据赵平的提议，访问京都和四国、九州两岛。朱媺娖把雅典城里的法律还有各种民主资料介绍给当地的新青年，他们渴望摆脱地主和武士的束缚，向着更自由的商业发展。朱媺娖和朱慈烺还有徐长今选择离大陆最近的九州岛长崎地区开设教馆，因为身穿兰花样子的服饰，朱媺娖被学子们称为“兰夫人”，她所传播的学说也被称为“兰学”。赵平躲在幕后，他从上次大战之后就很少出面，而是给伙伴们提供资料，让他们活动。在天皇见了他几次以后，明治天皇对于他传播的资本文明很不感兴趣，这个少年开始对黑船舰队感兴趣，要赵平担任大元帅来组建联合舰队，赵平则向他讲述君主独裁的危害：“陛下应该尽早信任议会，把决策权交给议员们，皇室要尽快缩减，直至变成公民。”明治天皇的皇亲国戚斥责赵平：“日本皇家万世一系，怎能当平民百姓？”赵平拿出白皇给的典籍说道：“列岛上古是没有人类活动的，直到大陆那边的人发展到东边的时候，陆续有人流浪到这里，这才建立了列岛的文明，而且直到现在用的还是汉字，就是发音也是大陆那边南方人的口音。”
“既然大陆那边战乱纷起，朕欲派人进军，援助明国，这样日本列岛也能成为大陆上的存在。”明治天皇最近成长很快，已经有些威严的面容了。“岛国不可直接干涉大陆，你们前几次入侵大陆的事情真的以为我不知道吗？”赵平从袁世凯等人的介绍下，对这个世界不断加深认识。“日本岛小人多，现在还没什么，等国民开发完东边以后，势必要出去开疆拓土。赵平君虽然是朕的讲师，但是朕迟早要亲政，希望你能留在这里，总有一天你会认同朕的想法。”明治天皇耐着性子说出自己的想法。“我答应了女王，我们要回到大陆去救明国，我在这里留下维新思想和维新志士们，希望你们能好好建设列岛，而不是整天想着去大陆。等大陆上的战乱停止了，希望你们已经是最先进的国家，到时候大陆的建设少不得日本的帮助。”赵平见多说无益，已经有了离开的心思，他向天皇告辞，回到驻扎的地方。
几天后，赵平一行人走在四国岛南边的一处海湾里，等访问完这里的风土人情就准备回大陆了。偶然看见一群孩子围着一个老人家在做什么，走进了看见老人家从口袋里拿出很多亮闪闪的钻石分给孩子们。赵平有点吃惊，毕竟大量钻石是要很高科技才能造出来的，老人手里明显不是天然的。赵平走近老人，发现他的肉体年龄和精神年龄不符，仿佛是被做了手术，这个人内在是一个青年，外面却表现出老迈来。赵平找到了某个控制器，就是他耳朵里的飞虫。在赵平处理掉后，老人渐渐挺直了腰板，身体急速强壮起来，他的眼睛明亮了，问道：“我是，这里是，你是。”赵平询问他的遭遇，他自称浦岛太郎，在源平大战期间当渔民，有天救助了一条金色鱼，鱼化身成女孩子，后来女孩子的家人找上门，他们一起去往东边的大海深处。
浦岛太郎到了海中央，里面有一大片陆地，上面都是白色的石头做成的房子，上面的人称这里为亚特兰蒂斯。做客了几天后，这里发生了叛乱，浦岛太郎被鱼人女孩子推到一个船里，还给了他一盒宝箱，让他回到日本岛再打开。等漂流到四国这里以后，浦岛太郎发现这里已经是德川幕府时代，他打开了箱子，然后就变成老人，失去了记忆，只会和附近的小孩子玩耍。赵平可惜自己没有精力再去探险那个所谓的亚特兰蒂斯，他拜托雪女，此时雪女已经进入赵平原来的身体当做模板制作出来的肉身，她自称赵雪，是赵平的妹妹。赵雪要和浦岛太郎一起去寻找亚特兰蒂斯文明，过了几天他们遇到了结伴出行的桃太郎和金太郎，佐佐木小次郎和宫本武藏。赵平拜托他们护送浦岛太郎和赵雪，于是昔日的伙伴开始各奔东西，赵平他们也开始搭乘着黑船舰队往西边回雅典城。
