正雪之父弥右卫门与其叔父太郎右卫门被捕后送至江户，在毫不知情的情况下，就与丸桥忠弥一起先后被处以极刑。其母则在此之前就已投水自尽而亡。
而熊谷三郎兵卫则既没有在旅馆梅屋被捕，也没有发现其尸体。不过很快，就在七月二十九日于芝西久保的取土场发现他的尸体，了结了此事。
金井半兵卫潜藏于大坂，想着应设法将所谓事情的真相留下后再死。他自尽于大坂的天王寺，遗书上的日期为八月十三日。
根据进士庆秆氏的《由井正雪》（人物丛书），其内容如下：
一、根据加之于由井正雪的罪行，严厉盘查其族人是理所当然的。但是，其族人根本毫不知情，且大部分相隔甚远，便是紧急之事也无法联络。加之，也不可能将如此大事告知妇女孩童。
二、对我而言，自我年少时便尊正雪为吾师。师傅将如此重大之事告之于我，彻夜商谈，作为弟子，我又怎能推辞呢？我本已然作好觉悟，伺机而行，以完成吾师遗志。然事到如今，甚至连我之养父母及其他被通缉之人父母等毫不知情的人也将遭受残酷盘查，但望我的自尽，可抵消数冤屈之罪罚。
三、正雪并非为图谋一己私欲而策划此次事件。先君（家光将军）辞世后，政道失仁，武家、出家人、农商业者皆感愁苦不堪。吾辈皆望能申诉此事，才召集了浪人。因此，即便是自取灭亡，只要是为了天下善政，又何惜我一人之命，此计划并非无道也。
四、家父市左卫门对此计划丝毫不知情。丸桥忠弥被捕之时的骚乱中，我未曾告诉父亲任何事由，只因想救他一命而带至此地。但家父却因伤心于族人无故遭受牵连，而投身于长柄之川自尽了结，实在是不孝之至。
五、家父并不知此计划，但仍投水自尽。父母之于子女的关心系不分贵贱之大爱。若家父知情，将会作何感想？会准我助正雪一臂之力否？我若不助正雪，是为不义。因此，未曾告知父亲。另，如此般重大之事情，纵然是至亲也不能与之明说啊。
六、家仆六藏年仅十七，因是佣人，也不曾告知。
七、我之所以剃掉鬓发和发髻，皆因不变容貌则无法成功遁匿。
上述一番表白，是希冀与能够救助养父母一族，和在不知情的情况下曾共事之众人，以及六藏和其父母等人。只有行仁慈而赏罚分明之政道，一同守护御旨，才可长治久安。
八月十三日 正教（印）
江户
御奉行
大坂
该遗书也和正雪的一样，采用了未提一字真相却处处隐含真相的巧妙写法，强调了逮捕一方对于丸桥忠弥的误解。正雪指明是因严谨居士酒井讃岐守施恶政，为使他反省才起事的；而金井半兵卫则说，因为这是身为自己恩师的正雪所提出的事情，所以就参加了，“师傅将如此重大之事告之于我，彻夜商谈，作为弟子，我又怎能推辞呢”。非常简单明了，而又很奇妙地有其义理在其中，之后又为正雪进行辩护。
“正雪并非为图谋一己私欲而策划此次事件。先君（家光将军）辞世后，政道失仁，武家、出家人、农商业者皆感愁苦不堪。”半兵卫在这里已把话题岔开了。
这之后，他又讲述了父亲投身长柄川的痛苦回忆，而关于纪州赖宣则一丝不苟地固守原则，未曾泄露只语片言。
这其实是最令幕府不知如何处理而为难至极之处。
幕府于三十日将目付石河三右卫门利政遣往骏府，然后把正雪的遗骸运往江户处以磔刑。与此同时，通过周旋，把磔刑的日子与忠弥处刑同样安排在八月十日。这在《德川实纪》中有清楚的记载。然而，七月二十六日清晨切腹自尽的遗骸，是无法毫无损坏地保存到八月十日的。
有这样一种传闻，说目付石河三右卫门只把溃烂的首级用盐腌过之后带回了江户，勉强以首级进行了磔刑。另一种传闻则说，连首级也已完全损毁无法运送了，因而丸桥忠弥处刑时的磔刑，只存在于《德川实纪》中。
总之，此事告一段落之后，不久又在江户城进行了赖宣的传讯。有人说是在纪州家进行的，也有人说是在大老忠胜那里进行的。根据《德川实纪》，那时，酒井忠胜拿出不知何人送来的正雪所持的判物[判物，室町时代之后，将军、大名等人给属下的文书中，有花押的总称为“判物”。
]给赖宣看，而那上面盖的是赖宣的印章。
“这无疑是赝品，这样的东西还是烧掉为好。”
说着，就把它当场撕破，毫不犹豫地烧了。烧完之后，忠胜表情严肃地说：
“今后，像印章这样的东西，就算是亲近的近臣也不能允许他们使用。”
他一说完，在旁边聆听着的一个名叫加纳的少年，突然离开座位，立刻就切腹自尽了。《武藏烛谈》中写道，这是少年自己主动承担了印章保管疏忽的责任，以免波及赖宣。
赖宣的印章经由正雪之手流向了外部，这让尾张、水户两家，及井伊直孝、酒井忠胜、松平信纲、阿部忠秋等幕府重臣十分担忧。据说拿来该判物的人，大约也明白了事情的来龙去脉而暗自担心，因而惊惧不已。
尾张首先帮赖宣说了话，认为赖宣要起事的话也不会借助浪人的力量，所以这确实是伪造的文书。水户也同意这个说法。而赖宣被带来这里之后，一直从容不迫，十分冷静。
之后，从直孝开始，忠胜、信纲逐一说明了谋反的内容，阿部忠秋公布了印有赖宣印章的书信。
赖宣全部浏览了一遍，轻描淡写地开口说道：
“哎呀呀，真是可喜可贺啊。已经不必担心了。若那些朋党仿造外样大名的印章来实行计谋的话，我便会怀疑他们是不是真的忘记了神君以来三代将军的恩惠而企图谋反。既然是仿造了我的印章那就没问题了，这是天下安全之基。”
究竟赖宣是否真的这样说了，仍令人怀疑，总之这样一来事情就定了。至于印章是否为真品，不管是正雪、忠弥，还是熊谷三郎兵卫、金井半兵卫，其实都不在意。岂止如此，幕府计划的明朝出兵中止之后，说到底还是正雪一派来善后的。
说实在的，真正知道此事的人又有谁呢？
正雪在提到政道失衡时，特意举出酒井讃岐守的名字，是想让天下人知晓错并不在他由井正雪。但是，如此性质的“检举”，幕府又怎么可能公之于天下呢？或许对正雪而言，这是他一生中最大的讽刺吧。尽管如此，这之后的处理却是极为艰巨的任务。靠谎言来哄骗统治的幕府首脑、受他们摆布、父母兄弟皆成了牺牲品……不得不说，这实在是让人不忍目睹的惨烈之事。
德川家光再也不可得知后世如何变幻了，他已身赴日光到其祖父身边。葬于大黑山顶的，不再是三代将军，也不再是家光公，而是正一位太政大臣、孝心可嘉的大猷院殿下。
江户城的新主人德川家纲即将十岁，是征夷大将军、内大臣、右近卫大将、右马寮御监、淳和、奖学两院别当、源氏长者，被准许乘坐牛车，并被赐予随身兵仗。如今，天下已是家纲的天下了。
敕使今出川经季与飞鸟井雅音莅临江户城，赐家纲以宣旨，举行了将军宣下之礼。如此，于八月十八日，将军更替之礼全部结束。说到八月十八日，这也是丸桥忠弥与其同伴在铃森刑场行刑之日。彼日，生命如露珠般，消逝殆尽。
那也是金井半兵卫自尽之后第五天。距此八天之前，正雪与其余残党的尸首在江户进行游街之后，被带至刚建成的铃森刑场，处以磔刑。谋划了这样一出谋反剧目的幕府，于八月二十二日庆祝将军更替之时举行了猿乐表演，并允许江户市民随意观看。
然而，这样并非意味着由井正雪的阴谋事件就全部了结了。毕竟，这太平之世中，仍存在许多为追求飞黄腾达而利欲熏心的人，以传闻为垫脚石，小心翼翼地隐藏着的各族各党，固执地挑三拣四，开始抱怨申诉。之后，上峰官员又会夸大其词，大肆揭发一些莫须有的事件与罪名。
如此这般的地狱之景，愈发扩大。
八月二十二日还是可喜可贺的一日，幕府甚至让市民观赏了猿乐。九月十三日，就在铃森处理了剩下的所谓的“叛徒同党”总共二十三人。
天草之乱时，最后的善后也是由松平伊豆守完成的，并且可以说，松平对其处理结果极有自信，世间则开始称其为智囊伊豆。事实上他也曾拿起武器，救城池于危难之中，同时拯救过对抗而来的百姓、渔夫的生命，并使他们平安回村。
然而，这次却完全反过来了。
于九月十三日最后被处刑的二十三人，皆是全然没有恶意也没有叛意的无辜之人。非要说的话，也不过就是由丸桥忠弥这个缺乏经济知识又极不谨慎的浪人的欠债问题而引发的争端罢了。
对人类来说，与身份相称的经济生活是多么重要，这或许是一个很好的教训。并且，自七月二十六日以来，前后超过五百人被处刑或是自尽。这一系列的骚动中，究竟白白枉费了多少人力物力财力呢……
九月十三日处刑之时，松平伊豆守信纲闭门不出。
人类在计算利害中存活下去，绝不是件令人愉快的事。无奈的是，人类的天性总是促使人们通过妨害他人的幸福甚至生命，以来稳固自己的生活。这不就是推动现世地狱的恶业吗……
（而协助恶业发展的，不正是将军家光、大老酒井讃岐守和自己吗？）
松平伊豆守于九月十三日，即处刑的最后一天，称病而没有离开自己位于平河御门内的宅邸。
（难道这就是被赞为智囊伊豆的男人真正的价值吗……）
由井正雪曾说绝不会给纪州赖宣添麻烦，他也确实严格遵守了承诺而逝。正雪的意志在其死后也依然生生不息。幕府无论如何竭尽全力地四处奔走，不仅仅是正雪，负责大坂的金井半兵卫和负责京都的熊谷三郎兵卫都没有被污吏捕获，而是各自贯彻其武士精神，圆满地结束了他们布满错误的人生。
（那之后，逮捕了实际上毫不知情的血亲，并冷酷无情地处以极刑，幕府这种体面一边倒的处刑，是否真的合乎神佛之意呢？）
那个时候，正雪没有急于前往骏府。他明了，不管取道东北，还是北陆，最后或许都是殊途同归。正因察觉了这一点，他才能在幕府撒下的包围网之中长驱直入，直捣骏府之地。接着，首先证明了正雪与纪州赖宣并无关系，尔后即自戕。
此外，遗书中还举明了大老酒井讃岐守的名字并予以非难指责。确实，此事也有必要铭记在心。有不同观点云，将矛头直指大老酒井讃岐守，也可说是完全无视了所谓的“智囊伊豆”。
松平信纲匆忙点亮了佛坛上的明灯。今日遭处刑的人大部分都不是强壮的武士，半数以上是女人和孩子，可以说他们就是无辜而善良的平民百姓。
点上明灯和熏香之后，松平信纲不由得就合上双手开始念佛了。
微微闭上眼，虚空中浮现了由井正雪理着总发的脸。
（伊豆守大人，您与我，谁的行为才合乎武士之心呢……谁真正拥有武士道的智慧，您心中明了吗？）
“南无阿弥陀佛，南无阿弥陀佛……”
（不愧是纪州公。我所使用的谋反印章，如果和外样大名的印章很相似的话，日本国内定是疑心生暗鬼，出现大骚动了吧。哎呀，幸好用了我德川家的印章啊……哈哈哈……）
恰好此时，在铃森刑场，由政治迷茫所奏响的无辜的悲鸣，再次响起……
