在鲁克公司不断扩张海内外业务的同时，嗅觉敏锐的霍多尔科夫斯基也从中看到了商业机会。在叶利钦上台执政的第一年里，霍氏就成为了盖达尔政府能源部长的顾问，这一届政府执政的时间不到一年，石油行业的改革才刚刚开始，充满着许多不确定性。鉴于此，霍氏并不想离开缅纳泰普银行，因此在能源部的职位只是兼差，具体负责石油工业的投资融资等问题。但这个身份为霍氏了解俄罗斯的能源产业提供了一个绝好的机会；而且，在当时的俄罗斯，石油界是一个非常封闭的圈子，很多石油大亨处事低调，这个职位也让他有机会来与石油大亨打交道。霍氏发现自己在石油界的根基并不深，因此将目光锁定在了一个新成立的垂直一体化石油公司——“尤科斯”上。尤科斯石油公司是俄罗斯石油工业进行西方化改革的产物，1993年4月15日，俄政府发布第354号令成立尤科斯公司，它由两家国有公司合并而成，即尤甘斯克（Yuganskneftegas）和古比雪夫（Kuibyshevnefteorgsintez）公司，前者是一家石油开采公司，后者则是一家炼油厂。
在当时，霍多尔科夫斯基并不是在西伯利亚油田上寻找商业机会的唯一人选，很多外国投资者也非常渴望投资俄罗斯的石油公司。20世纪90年代，业界流行着这样一种说法：世界上开采石油和天然气成本最低的是俄罗斯证券市场，外国投资者根本不去管俄罗斯石油公司糟糕的管理、巨额的债务和低得可怜的价格就把钱扔了进去，很多人从来都没有见过自己曾经投资过的公司。石油这个最能够吸引人的因素Yuganskneftegas公司根本就不缺，它的股票已经在俄罗斯证券市场上公开交易，备受投资者追捧。但霍氏利用自己和政府的良好关系与缅纳泰普银行主持尤科斯公司拍卖的有利条件，很轻易地击败了其他的竞争者。
在获得“尤科斯”的控制权之后，为了巩固自己的地位，同时也为了给公司争取到更多的活动空间和资源，霍多尔科夫斯基巧取豪夺，咄咄逼人，表现出了强烈的进取心和进攻性。
1999年10月，联邦证券委员会主席瓦西列夫辞职。俄媒体说，这是因为他要加强对上市公司的监管触动了尤科斯公司的利益。霍多尔科夫斯基在市场上的名声并不好，因为中小股民的利益总是无法保障。最大的问题在于，虽然霍氏先后3次发行股票，却从来没有给股民分过红。
已被英国石油收购的阿莫科石油公司对霍多尔科夫斯基的计谋也有着切肤之痛。数年前，“阿莫科”对于西西伯利亚的一处名叫Priobskoye的油田很感兴趣。这个油田深藏于荒凉的湿地和北极植被之下，有大约35亿桶的储量，是“阿莫科”和“尤科斯”合作开采的。但在1998年，该油田即将开始大量出油的时候，“阿莫科”遇到了难题，它已经投入的1.3亿美元可能将血本无归，因为杜马通过的法案要求俄罗斯战略资源的外资投入比例不能超过10%，这意味着它和尤科斯公司在资金投入和分成上更难以达成一致。
果然，持续的谈判始终没有结果。《纽约时报》的文章说，尤科斯公司的具体的条款总是变来变去，“阿莫科”不得不自认倒霉。霍多尔科夫斯基则对《福布斯》辩解说“这是他们的犹豫造成的。‘阿莫科’在油田问题上享有独家的5年谈判权。可直到我接管‘尤科斯’时，还没有要求我们谈判的文件。”
（三）“尤科斯”的独裁者
接手“尤科斯”之后，霍多尔科夫斯基进行了大刀阔斧的改革，他用西方的企业标准重组了尤科斯公司，实行垂直管理体系，优化了财务管理，降低了生产成本，使尤科斯公司在不断的兼并中占尽优势。
在改革初期，霍多尔科夫斯基经常调换和解雇员工，曾一度导致劳资关系的紧张。在短短几个月内，霍多尔科夫斯基开除了数千名酗酒的工人，也为自己博得了“独裁者”的称号；那些受命做项目的工作小组会发现，总会有另一个小组在与他们做同样的工作。这种时刻存在的危机感，让劳动者感觉到在尤科斯工作简直是在做极限运动。
在霍多尔科夫斯基的铁腕管理之下，“尤科斯”的各个部门都在最短的时间内恢复了活力，再加上油价从1999年下半年开始持续高涨，“尤科斯”一跃成为俄罗斯油气领域里的一颗明珠。
（四）有了钱后，谁还需要赌场
霍多尔科夫斯基的脚步并没有停止。2000年6月，尤科斯按照美国通用会计准则公布财务报表，并且聘请着名的麦肯锡咨询公司作为尤科斯集团的顾问。2003年，尤科斯高管中的外籍人员超过了50多人，包括从美国PennzEnergy石油公司挖过来的CFO布鲁斯·米萨摩。
除了改善工作方法之外，“尤科斯”还改善了它对投资者的态度。霍多尔科夫斯基一改以前刻薄的做法，按照年报为国内外股东分红，并且对在缅纳泰普银行破产过程中受到损失的储户予以补偿。霍多尔科夫斯基还是俄罗斯第一个正式公布个人股份和合伙人股份的寡头。在霍多尔科夫斯基被捕的前5天，“尤科斯”发布的第二季度纯利润依然达到了9.55亿美元，比上年同期增长了26%。他的这些措施为自己赢得了西方的好感。
2000年不仅仅是普京巩固自己权力的开始，也是霍多尔科夫斯基重新塑造自己形象的开始。霍多尔科夫斯基似乎很适应新规则，他努力把自己从“强盗资本家”转变成俄罗斯资本主义的“代言人”。“有了钱之后，谁还需要赌场？”霍多尔科夫斯基一次在接受西方记者采访时这样说道。
“尤科斯”的网站这样介绍霍多尔科夫斯基：“他在1999年将‘尤科斯’成功地进行了重组，企业消除了苏联时期遗留下来的结构性问题，形成了西方式的垂直管理体系。改革后，每桶油的成本下降了67%，目前比任何俄罗斯的石油企业都要低。”
2003年4月，“尤科斯”同俄罗斯第五大石油公司西伯利亚石油公司宣布合并为尤科斯-西伯利亚石油公司。合并后的新公司一举越过鲁克石油公司，成为俄罗斯第一、世界第四大私营石油公司石油企业。“尤科斯”拥有俄罗斯全部490亿桶石油储量的140亿~210亿桶，原油加工能力在俄罗斯排名第一，石油日开采能力达230万桶，在整个俄罗斯共有10万名雇员为尤科斯工作。霍多尔科夫斯基本人也取代别列佐夫斯基，在俄罗斯的财富榜上排名首位，公司及其附属产业现在的市值是320亿美元，而大多数俄罗斯人认为“尤科斯”的实际价值更高。
有分析家告诉记者说，“严格地讲，不能仅把霍多尔科夫斯基看做寡头。
俄国人痛恨寡头，却对霍多尔科夫斯基的能力大加赞赏。”
三、天网恢恢——国家权力与经济新党的较量
（一）新“杀富济贫”戏缘何上演
霍多尔科夫斯基的被捕，在俄罗斯国内外引起了轩然大波。对于被捕的原因，各方也有着多种解读，一种主流的看法认为是包括旧克格勃在内的官僚权贵阶层同转轨时期崛起的新的政治力量的斗争。俄罗斯着名社会学家奥尔嘉·克鲁斯诺夫斯卡娅拿出一个数字：在最高权力阶层中，官僚贵族所占的比例从戈尔巴乔夫时期的4.8%增加到叶利钦时期的58.3%，这种现象是普京所不能容忍的。另外一种流传甚广的分析则认为这是普京巩固自己政治权力的努力。因为从2003年开始，霍多尔科夫斯基开始表示自己对政治的浓厚兴趣：支助反对党、评论国家事务，甚至包括一个改变俄罗斯政治体系在新体系中担任总理职务的秘密计划。该计划无法向霍多尔科夫斯基本人求证，但是这个说法却在媒体上流传。
问题在于，普京执政后曾经保证过，只要寡头们不再像叶利钦时代那样左右这个国家的内政外交，国家对私有化的结果将不再追究。霍多尔科夫斯基虽然表现出了一定的政治野心，但对民众支持率一直在80%以上的普京构成挑战的可能性近乎于零，对俄国政坛风向的影响也是微乎其微。那么，到底是什么原因促使普京导演了这样一场新的“杀富济贫”的俄罗斯戏剧呢？
恐怕还得从石油说起。
根据官方数字统计，俄罗斯石油日产量已从2000年的600万桶飙升至2006年的950万桶，创下后苏联时期的新纪录，可以与世界最大石油生产国沙特一争高下。据专家统计，目前，俄罗斯已探明的石油储量占世界第六位，天然气储量占世界第一位，能源产业作为国家经济支柱，对俄经济发展具有强劲拉动作用。现在，石油和天然气供应已占据了俄罗斯政府收入的40%，能源公司更代表着股票市场上75%~85%的资本。俄罗斯2006年的GDP增长率有望达到7.5%，石油在俄罗斯经济复苏中的作用可以说是至关重要。
但是石油产量的增加却并没有带来国库的充实。与沙特和其他石油出口国的石油工业都由国家控制不同，俄罗斯的石油工业在20世纪90年代沸沸扬扬的“私有化”运动中大部分卖给了私人，政府只控制着本国石油工业的7%。因此，当《俄罗斯新报》揭露出，2004年还未过半，俄罗斯的石油公司已经把近69亿美元的纯利润装进了自己的腰包，政府却被“晾”在了一边时，人们并不感到惊奇，因为这已经是十几年来公开的秘密。
普京显然早就认识到了这一问题的严重性。从第二任期起，莫斯科开始下大力气整合国内石油市场，争夺国家在石油产业上的“主导权”。普京在第一任期的最后一次国情咨文里强调，石油等自然资源是国家天然的竞争优势，要合理利用这一优势，加速俄经济发展模式的转型。2000年6月，俄政府重新修订了《俄联邦2020年能源发展战略》，在强调大幅增加能源生产和出口的同时，还特别指出要大力发展石油和天然气储运设施，改建和新建石油天然气运输管道，保持国家对运输管道的绝对控制权，并实现国家对外汇收入、国内石油市场和出口市场的有效调控。与此同时，普京还采取一系列行政手段来加强国家对能源产业的控制。
尤科斯案件公开后，政府紧急修补了尤科斯所钻的法律空子，提高了石油的生产税率，并通过增加赋税来有效地干预石油工业。2003年8月20日，俄杜马又批准了普京的一项新的管理方案，剥夺了地方州长控制当地能源资源的权力。
2004年6月17日，普京总统向媒体表示：“俄罗斯政府和经济管理部门无意让‘尤科斯’这样的公司破产。政府将尽最大努力防止尤科斯石油公司崩溃。”政府对“尤科斯”的策略是，既打击又不使其破产。就在各方态度日益明显的时候，负责审理“尤科斯”偷税案件的法官奥尔佳·米哈伊洛娃请求辞职，原因是心理压力太大，这使得事态更加扑朔迷离。本来无人否认，对尤科斯公司的清算是普京政府打击寡头行动的继续，而俄政府同寡头阶层的斗争实际上是两股政治力量争夺国家经济乃至政治控制权的斗争。尤其是石油工业的增长并未使国家收入增加，因此有人认为，普京总统希望通过资产重组，打破大公司的垄断地位，而“尤科斯”正是现成的靶子。
（二）从税收开始的打击
2004年7月1日，俄税务部门正式进入执行程序，勒令尤科斯公司必须在5天之内，缴纳其在2000年所欠的34亿美元税款。7月7日，霍多尔科夫斯基表示，“为了防止公司破产并避免损害尤科斯所有工人和持股人的利益，他愿意把他所持有尤科斯公司44%的股票全部交出，希望公司用出卖股票的钱来补交税款、还贷”。俄罗斯政府对此表示赞赏，并同意将尤科斯公司补交税款的期限向后推迟一天。
霍多尔科夫斯基与政府之间的较量远未停止。2004年9月20日，正当温家宝总理起程访问俄罗斯的前一天，尤科斯石油公司突然宣布，该公司没有经费来支付向中国出口石油的铁路运输费用，不得不决定暂时停止向中国出口石油的业务。受此消息影响，纽约市场的原油价格上涨到四周来的最高水平，每桶原油的10月份提货价格达46.35美元。
“尤科斯”的做法被视为是聪明的策略。俄罗斯总理弗拉德科夫星期五就要跟到访的中国总理会晤，这让克里姆林宫在一个关键时刻感到相当尴尬难堪。一名能源专家莱利维尔德被该报引述说，“‘尤科斯’这样做就是为了击中俄罗斯当局的软肋”。与此同时，对中国来说，俄罗斯是否是中国一个有信誉的可靠能源来源国也是个关键问题。专家们认为，“尤科斯”在与俄罗斯政府紧张博弈过程中，走出了一步高棋。能源专家莱利维尔德说，“现在俄罗斯政府不但需要在法庭上申诉尤科斯案，还需要在包括中国在内的外国面前做出解释”。
俗话说，“胳膊扭不过大腿”，尽管“尤科斯”困兽犹斗，但到了2004年11月中旬的时候，税务机关又一次指控尤科斯总公司及其子公司应支付给政府的拖欠税款，已经超过241亿美元。
