第一个遭殃的就是被称为“传媒大亨”的古辛斯基，他的“大桥”媒体控制着俄罗斯颇有影响的独立电视台、“莫斯科回声”电台、《今日报》和《总结报》
周刊。在普京执政时期，俄罗斯的经济逐渐回升，普京的声望也在老百姓中提高，但古辛斯基对普京的总统选举并不看好。此时的古辛斯基依然站在反对的立场上，利用自己控制的媒体向当局发难，指责俄罗斯当局在车臣问题上的政策，在报道车臣战争时经常突出消极面，暴露当局的失误。1999年，在莫斯科等地连续发生了数起恐怖爆炸案，有传闻说俄特工部门参与了这些爆炸事件，古氏手下的媒体对此进行大肆渲染，被西方反俄势力利用以攻击俄当局，使俄在车臣问题上陷入被动局面。
普京当选总统后，古辛斯基不改顽固不化的作风，继续和克里姆林宫唱反调，频频用手中的媒体对普京改革国家权力机构的措施大肆攻击，指责他加紧“复辟专制制度”、“压制言论自由”，并跑到西方国家游说西方媒体对俄采取各项内政外交政策施压，使总统普京难堪。
对于古辛斯基的反政府行为，普京是无法容忍的。普京这一次把古辛斯基作为打击的首选对象，通过手中掌握的大量证据，让检察机关追究“大桥”
媒体集团公司的金融诈骗行为。
2000年7月，联邦总检察院宣布查封古辛斯基的财产，但事后又因“证据不足”而不了了之。2000年8月，“库尔斯克”号核潜艇沉入海底，俄罗斯举国关注。古辛斯基等寡头感到报复普京的机会来了。从沉船事件发生的第一天，他们控制的电视台和报纸一下就成了遇险官兵的保护神，把这次事故的责任推到普京的身上。普京在2000年面临着经济、国际的压力，又遇上这次的“库尔斯克”号沉船，处境可谓是雪上加霜。这时的普京也在自己的讲话里表明了俄政府的意图。当寡头们要为遇难者捐钱时，普京一针见血地说：“对这种慈善行为我们赞同，最好先卖掉地中海的别墅。但接下来的问题是，他们从哪里搞到那么多的钱的？”
俄罗斯内务部和税警搜查了“大桥”集团的4个机构，包括古辛斯基的办公室。俄最高检察院以涉嫌非法获取3亿美元贷款和50亿卢布借款为由，批准逮捕古辛斯基。但因证据不足，古辛斯基在签署了不离境的保证书后被释放。
不过没多久，他突然神秘失踪了。之后，俄罗斯司法机关对他正式提出指控，指控“大桥”集团在获取俄罗斯天然气公司提供的2.6亿美元贷款时虚报公司资产，造成大笔贷款无法收回。2000年11月，国际刑警组织应俄罗斯司法机关的要求，对古辛斯基发出国际通缉令。世界各大媒体几乎同时注意到了发生在希腊雅典的一次刑事拘捕行动，因为被拘捕者是俄罗斯警方和国际刑警组织通缉多日的前俄罗斯媒体大亨弗拉基米尔·古辛斯基。不过，8天后，也就是8月29日，一向善于运作的古辛斯基，支付了10.8万美元获得保释，但依然没有行动自由，不得离开希腊。
2000年12月，古辛斯基在西班牙落网。但西班牙法院拒绝了俄罗斯的引渡请求，并将他释放。获释后的古辛斯基前往以色列定居。之后，深居简出，他的形象现在已经几乎在俄罗斯新闻媒体中绝迹。
（二）“克里姆林宫教父”流亡英国
对被称为“克里姆林宫教父”的别列佐夫斯基，普京采取了“渐进式”策略。
他先是解除或降低了在叶利钦时代与别氏过从甚密的人的职务。普京非常倚重的安全局也被素来对别氏心怀不满的前克格勃人员控制。在抛出政改方案前，普京甚至没有咨询过别氏。
2000年7月8日，在向全国发表讲话时，普京再次重申俄罗斯不能再容忍幕后集团们把钱转移到国外、自己组织武装力量、阻碍市场经济的发展等行为。
虽然没有直接点名，但大家都知道矛头已对准别列佐夫斯基。与此同时，俄罗斯检察官开始调查别氏控制的俄罗斯国家航空公司Aeroflot的国有资产流失问题。他们还声称，发现了与别氏有关的人员窃听克里姆林宫的证据。
普京对别氏的开战可谓一箭双雕：通过指责其腐败，能震慑其他寡头；通过摧毁其企业帝国，能把媒体这个利器收回国有。
别列佐夫斯基这位昔日的“无敌先生”终于坐不住了。在普京的7月讲话后，他宣布要建立一个反对党。同时，他也竞选杜马议员，并在11月当选。
这样，在没被剥夺议员资格的情况下，他享有免予起诉的权利。他还利用ORT电视网的宣传力量，试图引发大众对普京专政的恐惧。他更乐于向西方媒体——最好的听众——控诉普京，认为他正在破坏俄罗斯的民主制度，建立集权国家。
然而，在全俄上下渴望恢复法律和秩序、重建廉洁高效政府的大环境中，别氏已无力回天。2000年底，在俄罗斯联邦总检察院向其发出传讯后，别氏流亡到英国。2001年底，俄罗斯正式向英国提出引渡要求。
在国外，别列佐夫斯基并不甘寂寞。除了继续猛烈抨击普京，他还凭借其雄厚的财力，隔海操控俄罗斯的政党。他更发惊人语：俄政府指定安全机关上演“贼喊捉贼”的把戏，制造了“莫斯科察里津诺爆炸案”，以此作借口，发动第二次“车臣战争”；俄将军火改头换面卖给伊拉克等。
但他已不大可能再赢得俄罗斯人的信任了——2005年初的一项民意调查显示，只有0.2%的人表示相信他。更重要的是，随着一个新俄罗斯的涌现，无论别氏最终是否身陷囹圄，他所代表的那个寡头时代都一去不复返了。
普京在这场和寡头的斗争中始终占据着上风，虽然霍多尔科夫斯基的被捕引发了一些政治动荡，但是普京的支持率在选民中还是很高的。毕竟寡头们在俄罗斯民众的心目中还是很反感的。根据霍氏被捕后不久所进行的一场民意调查显示，只有42%的人听说了此事，而24%的人是在被问到此事时才知道的。可见，寡头在俄罗斯老百姓心中的地位并不高，他们认为寡头的钱并不是遵纪守法赚来的。
（三）目标：恢复俄罗斯的秩序
对于霍多尔科夫斯基的被捕，投资者最为关心的是叶利钦时代的私有化政策是否会逆转，普京在公开场合一再表示不会重新考虑这一问题。普京在意大利罗马记者招待会上谈及霍氏案时说：“一些人在短短五六年之内就赚到了数十亿美元，这是在任何一个西欧国家都不会发生的事情。赚了数十亿美元之后，就想用几千万，甚至几亿来消灾，以这些小钱捞到更多的钱。我们知道，他们把这些小钱花到了某些律师、媒体、公司和政治人士的身上。我们正对此事进行调查。”普京强调：“我们并不是想揪住一个具体的人不放，我们的目标只有一个，那就是恢复俄罗斯的秩序，让人民合法地生活、同腐败分子做斗争。这些腐败行为也在威胁着西方投资者在俄罗斯的利益。我们与腐败的斗争才刚刚开始。”
在当选总统之后，不管普京如何谨慎从事，他都回避不了寡头的问题。作为国家领袖，他的未来也取决于他是否有能力解决寡头的问题。而普京在他的第一任期里，对寡头采取了“打击、规制和利用”的政策。普京打击寡头的一个鲜明的特点就是“修理”那些干政、乱政的寡头，而修理的方式毫无例外地从“经济问题”入手。从“经济问题”入手来解决与寡头的“政治问题”，是普京整治寡头的一个重要特点。无论整治古辛斯基和别列佐夫斯基，还是整治霍多尔科夫斯基，普京都运用这一套手法。这表明普京对阻止寡头干政已经有一套比较成熟的想法。普京打击霍多尔科夫斯基，从战术上看实际上是政治上的“先发制人”，将未来的政治对手遏制在刚露头阶段，将未来的政治危险扼杀在萌芽状态。
普京在治理寡头过程中有一句名言是：任何人必须遵守法律。他强调，任何人必须遵守法律，任何触犯法律的行为将受到法律的制裁。“法律”是普京的整治寡头的一个重要的工具。然而普京在采取“打击”和“规制”政策的同时，还实行了“利用”的政策。普京并不是反对所有的寡头。对于那些不干政的寡头，普京采取了利用和安抚的政策。普京深知寡头对于俄罗斯政治、经济和社会都在产生着深刻的影响，他扶持那些支持现政权的金融集团。近几年来，受到普京支持的军工、能源和原材料部门的寡头得到了发展。普京力图利用支持现政权的金融工业集团来振兴俄罗斯。
（四）从“寡头政体”到“寡头资本主义”
霍多尔科夫斯基事件预示着普京的治国战略发生了很大的变化。如果说普京在其第一任期里没有放开手脚，还受到叶利钦及其“家族”一定程度的控制和影响，那么，他在第二任期内已经开始独立地实施自己的治国战略构想，并将其构思坚决地贯彻下去。可以预见，普京会不断加大贯彻自己治国力度，治国战略的实现方式要发生很大的变化。其中，如何对待寡头问题依然是普京未来政治议程中的重要难题。流亡在国外的别列佐夫斯基、古辛斯基和国内在押的霍多尔科夫斯基，还会继续与普京对抗，但是他们已经没有什么能量了，也掀不起什么大浪。无论他们联合起来还是单独行动，都不能对普京政府构成什么实质的威胁。
普京当政以后，“寡头政体”实际上已经结束了。无论寡头还是普京都公开承认这一点。别列佐夫斯基写道：“在过去的一年里，国家的当家人不再是那些认为国家是自己的不可分割的财产的寡头们。无论是1996年那样的寡头政治，即克里姆林宫在几个大的商业集团的利益之间搞平衡，还是1999年那样的寡头政治，即克里姆林宫与之相处友好的寡头一起联手反对那些不友好的寡头，都已不再存在。总之，通常意义上的寡头政治在普京任期内不再有机会发生。从寡头手中把国家抢回来所用的时间要比寡头们把国家搞到手所用的时间少得多。现在，大资本家已经不再是通过总统来管理国家，而是羞答答地建议总统领导他们这些资本家。”
2000年，普京在接受电视采访时说：“在我们国家，人们把那些躲在暗处、藏在幕后极力影响政治决策的大企业的代表称之为寡头，这样的集团不应当存在。但是，大企业的代表们、俄罗斯的大资本家们不仅有权存在，而且他们也有权指望国家的支持。”“寡头政体”终结了，但是“寡头资本主义”依然存在，这是普京想要解决的问题。
随着俄罗斯经济的逐渐好转，普京总统政治地位的提高，人民对寡头的所作所为也有了看法，这些都为普京收拾寡头创造了条件。霍多尔科夫斯基被捕后，寡头们在克里姆林宫前开始变得恭敬起来了。别列佐夫斯基和阿布拉莫维奇侨居在英国伦敦，古辛斯基则在以色列做起了默默无闻的寓公。俄罗斯国际控股公司的总裁波塔林也表现得非常谦恭，并一再向普京表示自己的忠诚。所有的这一切，都意味着一个道理：曾经翻云覆雨的寡头时代已经一去不复返了。
