令罗伯特政府头疼的事，远不止克隆人起事的事。
人类社会演化到星天时代，以文官政府来管理社会并辖制军队或在一定程度上分解军权，武人不能专权已成为一定约定俗成的惯例，无论是在所谓民主制社会，还是在帝国这样的专制这样的集权社会都是如此。
所以，在联邦的原来的体制是军队名义上的最高的统治权归属大统领，大统领是民选的，并有任期，所以军队成为国家的军队，不是某个将军或任何个人的私人军队。大统领当然不会亲自指挥军队或管理军队的日常事务，所以联邦设立国防部长一职来具体管理上军队事务，而国防部长也是文职人员，由大统领任命，跟任命他的大统领一样的任期。
为了军队管理专业性和连续性，联邦组建了参谋长联席会议，由国防部长、副部长、联邦空天军（空天军总司令由大统领兼任）总参谋长、副总参谋长、联邦国民警备局局长等人组成，国防部长任主席，总参谋长任副主席。
这个机构主要是衔接大统领和军方实战部队之间关系的纽带，也是控制和管理军队的机构，其中国防部长和副部长属于文官体系，没有军衔，是有任期的，一般跟大统领共进退。但是，总参谋长、副总参谋长、国民警备局局长等职位属于军方人员，一旦任职，只有法定条件出现才会退职，没有任期限制。
联邦总参谋长一般需要联邦二级上将（联邦军制，上将分为特级、一级、二级、三级）以上才能担任。联邦的军人因为战功可以升到特级上将，但是军方的职位中权力最大的就是联邦空天军总参谋长一职了。这个是联邦军队的灵魂人物。
不巧的是，现任的联邦空天军总参谋长艾森将军跟罗伯特根本就不是一路人，在太平时节，由于文官制度的治国传统，艾森将军一直被罗伯特政府压制着，最多能给罗伯特添点乱，比如当初私下联络马尔斯，要他去替琼斯报仇，因为在平时，没有国会批准，没有大统领的命令，他是无法私调动任何一支舰队的。
然而，现在天下大乱的时候，平时的那套运作体系就有些失灵了。实战部队的一些将领，特别是那些平时看不惯“红毛鸡”所做所为的，就开始不听国防部长和参谋长联系会议的指令了，就拥戴起艾森将军个人起来。艾森将军是上一任大统领提名，经国会批准任命的，在军队日久，许多下面实战部队的司令官都是他以前的老下属，将军为人又清廉正直，所以很得“军心”。
艾森平时属于温和的中间派，并不十分歧视克隆人，因此，跟伊戈集团的马尔斯关系也不错，这就与非常歧视，对克隆人有偏见的这届罗伯特政府处的非常僵。国会通过的《强制退役法案》，他本就窝了一肚子火，因为这让军方流失很多有用的人才，比如现在成为救国军总司令的加西亚本就是军队的一员干将。
在当时，罗伯特政府从米涅瓦娜星系撤退时，艾森将军并没有跟他们一起跑到德萨星系去，而是跑到了他一手栽培起来的下属，靠近帝国方向的第二战区的总司令蒙哥将军那里。第二战区的司令部设在哈瓦星系，距离西贝星系非常的近。
因为特殊时期，有些星系就进入军管体制，当地的驻守舰队司令官往往就取代了文职政府，成为当地最高军事和行政最高长官，而有些司令官就直接抛弃罗伯特政府，表示只听命与艾森将军。本来属于温和派、中间派的艾森将军，就这样被“拥戴”成一方“军阀诸侯”。
就这样，本来强大统一的联邦政府，现在分为三大分裂势力。由罗伯特政府代表的原联邦政府，驻地在德萨星系，仍自称为“自由星系联邦共和国政府”，拥有三分一强的星系和舰队。由贾森、米歇尔领导的“自由星系联邦临时联合政府”（实质是个克隆人政权），驻地米涅瓦娜星系，拥有不到三分一的星系资源和星际舰队。以艾森将军为首的军人集团，暂时没有对外自称名号，暂且称为“联邦军人集团”，驻地哈瓦星系，拥有弱三分之一的星系和舰队的支持。其中，最强大的还是罗伯特政府，毕竟数百年的联邦传统，也总是有根基的，很多联邦人还是愿意追随当时的民选政府的，尽管这个政府表现的有点糟糕。
有一点，虽然艾森的军人集团事实上开始不听命联邦政府的调遣，但是名义上还是尊奉联邦政府为正统政府的，所以这也是其不自立旗号的原因所在，一旦自立了旗号，那不就是明着“背叛”联邦了吗？
