这一发展，引起了教育界许多人士的反对。在他们看来，重视研究的负面结果是本科生教育受到忽视。研究院过分庞大，在大学中已经喧宾夺主。强调研究性，大学逐渐围绕着系来经营；教授一心做研究，把教学看做一个负担，不投入热情。更重要的是，学校规模的扩大，使师生的关系更加疏远，学生得不到必要的人生指导，只是学了一些具体的技艺，有知无德，难以承担领导社会之重任。所以，他们强调：大学的目的，不仅是传授专业知识，更重要的是“教育一个完整的人”（educating the whole man）。研究性大学正在腐蚀大学传统的人文价值。
在这一反对派中，有几位重量级选手特别值得一提。一个是伍德罗·威尔逊（Woodrow Wilson）。他先是在普林斯顿当教授，在1902年到1910年间出任普林斯顿的校长，后来当了新泽西的州长，并于1912年当选美国总统，又于1916年连任，是美国历史上罕见的“学而优则仕”的总统。他提出，大学的重要性不仅仅在于学，更在于“学的精神”。对于学生的个人发展而言，重要的是一个“完整的大学生活”（the totality of college life），而非仅仅是课堂教学。学生和老师课外的交流，和正式的教学一样重要。教师除了要对学术作出贡献外，还要和学生分享自己的生活经验。一句话，大学应该是一个使学生能够安居的“心灵的花园”（a garden of the mind）。
不过，威尔逊在普林斯顿校长的任上仅待了8年。1906年，他试图把普林斯顿本科生的餐饮俱乐部改革成住校制的本科生学院，引起校友的反对，未能成功，但由此赢得了改革者的名声，为将来从政挣来了政治资本。1902年，芝加哥大学校长威廉·雷尼·哈珀（William Rainey Harper）提出把芝加哥大学的本科生学院分为8个学院（quadrangle），师生共居。但他1905年去世，壮志未酬。
这里最值得一提的，还是哈佛的努力。早在19世纪90年代中期，一些哈佛的教授就提出把本科教育重新组合成几个小的本科生学院的建议，但以校长查尔斯·艾略特为首的校方未予理睬。艾略特可以说是哈佛历史上影响最大的校长，从1869年到1909年主政40年，正逢美国大学向研究性大学转型的关键时期。他属于当时美国的统治集团（盎格鲁-撒克逊白种清教徒）中的权贵。不过在思想上，他是这个集团中最自由派的一翼。
面对当时的移民狂潮和急剧城市化的进程，他主张哈佛要向全社会开放，从各个阶层吸收有才干的青年，而不是只为盎格鲁-撒克逊白种清教徒这一小统治集团服务。他声称：“最穷的学生和最富的学生同样受欢迎。”为了使穷困的优秀学生能进哈佛，他用奖学金制度，使哈佛的学生群体比起耶鲁、普林斯顿来更加多元化。他还推行了自由选课制，要求提高学校的学术品位，要把哈佛从一个富家子弟镀金的地方变成一个严肃的学府。他甚至要取消橄榄球比赛，因为这种运动太野蛮，而且橄榄球运动员一般功课都不好。在他任上，在常青藤三巨头哈佛、耶鲁和普林斯顿中，哈佛成了最向平民百姓开放的学校。许多公立学校出身的孩子，特别是犹太人，靠着自己的功课好挤进这个上流社会的预备班。同时，哈佛也越来越向研究性大学转型。
不过，向社会开放的另一结果是：一些平民子弟和富家子弟在一起读书，使校内的贫富分化变得格外刺眼。当时的学生，基本住在两个地方。来自贵族寄宿学校的富家子弟，住在芒特奥本街（Mount Auburn Street）上号称“金岸”（Gold Coast）的豪宅中。公立学校出身的平民学生，挤在哈佛院（Harvard Yard）中寒酸的宿舍里，有的甚至没有暖气和自来水。艾略特虽然将校门向平民百姓打开，对校内的贫富隔离却不上心。
艾略特的一系列措施，引起了保守派的强烈反对。其中的代表人物，有恩迪科特·皮博迪（Endicott Peabody）和A．劳伦斯·洛厄尔（A．Lawrence Lowell）。他们强调教育中的盎格鲁-撒克逊的传统，即对学生品格的培养。19世纪末大量欧洲移民进入美国，冲淡了盎格鲁-撒克逊在美国的种族优势。到了20世纪初，反移民的浪潮席卷美国。在大学中，捍卫盎格鲁-撒克逊的文化认同，也成为保守派的首要任务。面对大学的德国化，许多人开始从英国的传统中寻找源泉，来重塑美国的大学精神。
皮博迪在这方面无疑是领军人物。他在19世纪末20世纪初对美国教育界的影响，几乎与艾略特不相上下。他年轻时到英国著名的寄宿学校切尔腾纳姆公学（Cheltenham College）读书，后进入剑桥大学的三一学院（Trinity College）学习，对英国的寄宿制教育格外心仪。回国后于1884年在波士顿郊外40多英里的地方建立了一个叫“格罗顿”（Groton）的寄宿学校，自任校长。
除了格罗顿外，在1883年到1903年间，另有6所著名的精英寄宿学校成立：劳伦斯维尔（Lawrenceville，1883），霍奇基斯（Hotchkiss，1892），乔特（Choate，1896），圣乔治（St．George’s，1896），米德尔塞克斯（Middlesex，1901），肯特（Kent，1906）。这七大寄宿学校，成为塑造盎格鲁-撒克逊统治集团的文化品格的大本营。其中以格罗顿最为精英。其毕业生不仅是哈佛的骨干，而且进入美国社会各界的领导阶层。比如后来当了总统的富兰克林·罗斯福和他的阁僚、后来成为国务卿的迪安·艾奇逊（Dean Acheson）全是格罗顿出身。罗斯福一生都把皮博迪视为自己的精神导师。
19世纪末，当皮博迪通过格罗顿把英国的寄宿制教育变成美国教育界的样板时，英国寄宿制的公学毕业生进入牛津、剑桥，强化了那里的寄宿学院已经有的文化共同体的精神氛围。大学住校的经验，成为大学教育必不可少的一部分。牛津、剑桥的学院制施行师生共宿，教授和学生常常有一对一的授课；学生通过体育竞赛、共同的饮食起居，培养对学院这一共同体的认同。在许多美国人看来，这些都是培养学生的品格的必要手段。当时的著名记者埃德温·斯洛森（Edwin Slosson）严厉抨击德国化的研究型学者使师生之间形同路人，使美国大学失去了牛津、剑桥所代表的盎格鲁-撒克逊的文化精神。他认为，每一个大学生，在学期间要有至少一个教授作为他的密友。这个教授不仅了解他的学术训练和进程，而且知道他的家庭条件、他的生活和工作方式、他所追求的目标，以及他的能力和不足。不过，这样的呼声一直被强调大学的研究性、知识的创造性的压倒性诉求所淹没。
1906年，艾略特从哈佛校长的位置上退休，尽管他有自己看中的继任者，但最后成为哈佛校长的，是异常保守的洛厄尔。皮博迪对此异常振奋，希望艾略特的离任给哈佛带来新的精神氛围。
洛厄尔也出身于盎格鲁-撒克逊的豪门，是优秀的法学家。他对滚滚而至的移民，特别是从东欧等地而来的移民痛心疾首，认为美国的盎格鲁-撒克逊文化传统受到了威胁。他认为任何成功的民主，都是建立在种族、文化的同质性的基础之上。因此，在教育上，他信奉皮博迪的盎格鲁-撒克逊的理想，认为大学的目标是培养“全面的人格”（a well-rounded manhood），使学生在身体、灵魂和思想上都达到完美的境地。他引用亚里士多德的话说：“帝国的命运决定于年轻人的教育。”因此大学培养的精英必须在知识和社会层面都有强烈的凝聚力。盎格鲁-撒克逊民族的才能在于他们高度的自治的能力。这是其优越的政治传统之精华。当时牛津、剑桥还没有授予博士学位，在知识的创造上也处于相对落后的状态。这些对洛厄尔来说都无关紧要。对他来说最为重要的是：牛津和剑桥培养的学生受过广泛通才训练，社会技能纯熟，能够充当社会的领袖。
