这年十月十三日，岳飞到达杭州。秦桧听说岳飞已到，立即派人来接，说是：“请岳相公到朝廷，别听圣旨。”岳飞随即上轿，不久，下了轿子，他看到四周房屋全都挂着门帘，不见一人，一问是大理寺，不禁骇然。他立刻质问带路人：“你们怎么把我带到这里来了？我为国家出力半生，怎么竟然到了这里？”
没有人回答他，只有人催他快走。先到一处，看见了张宪，又到一处，看见了岳云，两人都是光头赤脚，颈上带着枷锁，手脚上了镣铐，满身血污，辗转呻吟。岳飞大吃一惊，心痛如绞。
这时有人告诉他：“何中丞在后面等你说话。”这个何中丞就是御史中丞何铸。何铸把岳飞引进庭中，请他坐下，想探问他这件“谋反”大案的经过。岳飞这才恍然大悟，知道自己遭人暗算，落进了大理寺的狱中。他一语不发，立刻冷静地脱掉上身的衣服，让何铸看他刺在背上的“尽忠报国”四个大字。何铸肃然起敬，再仔细阅读了王俊的“检举书”（即王雕儿的《告首状》和所附的“小帖子”），看来看去，全是一些捕风捉影的不实之词，没有一条罪名可以成立。何铸气愤填膺，连夜来见秦桧，直言奉上。秦桧听了他的话，一语不发，过了好一会儿，才很不高兴地说：“此上意也（是皇上叫我这么做的）！”
何铸立刻义正词严地说：“我的本心，绝无对岳飞进行袒护的意思。只是觉得现在大敌当前，我们这样无缘无故地就把一员大将置之死地，是不是会让天下将士寒心。从国家的长治久安着想，我看绝对不能这么做！”秦桧被说得张口结舌，无言对答。何铸也就拂袖而去，从此得罪了秦桧。
秦桧在何铸那里碰了钉子，事情办不下去，只有改用自己的死党万俟卨来办此案，并且交代：对于岳飞，必须处死。因为金国的统帅兀术已有“指示”，提出“必杀飞，始可和”的要求，既然如此，皇上也只好让我们这么做了。
换了万俟卨来审问，就变成胡搅蛮缠，什么章法也没有了。他完全采取黑社会中私刑逼供的那一套，把张俊、王俊（王雕儿）所写的许多诬陷材料一一摊在桌上，向岳飞大声呵斥：“国家有何亏负于你，你们父子为何要伙同张宪谋反？”岳飞气愤已极，也向他们怒吼起来：“我可以对天发誓，我从未辜负过国家！你们是主持国法的人，怎么能够如此陷害忠良？”说着指天画地，激动得浑身发抖。两旁的狱卒立即以杖敲地，大声呵斥说：“岳飞叉手正立！”狱卒这一喊，使岳飞顿时醒悟过来，自己曾经指挥过十万大军，官居一品，到今天居然受到小小狱卒的呵斥，真不知人间是非何以颠倒至此！由于万俟卨这种蛮不讲理的审问，岳飞明白自己已经落入汉奸卖国贼之手，万事皆休。从此，他就闭上眼睛，任随狱卒拷问，再也不说什么。
岳飞入狱后的表现，一是绝食，二是拒不自诬，拒绝招供。这充分说明他是一位铮铮铁汉。关于绝食，有史料说：“飞久不伏，因不食求死”，后来万俟卨只好让他的次子岳雷入侍，照顾饮食。关于拒不自诬，他入狱两个多月，拷问数十次，绝不违心招供，所以史料上说，他绝无狱辞（没有一个字的供词）。
眼看着就快到年底了，万俟卨与罗汝楫把所有的审讯人员都召集起来举行一次会议，来商定对岳飞等三人究竟如何判处。通过这次会议中的七嘴八舌，也就把这一冤案的内幕和盘托出。万俟卨虽然公开交代要处死岳飞等三人是皇上和秦桧已定之事，必须办到，但是案子既已交到大理寺了，总要办得像个样子，才能交差。“谋反”的罪名不能成立，王雕儿的“告首状”（检举书）中全是捕风捉影之词，没有一件事可以落实。秦桧已叫尚书省下了文给大理寺，说明岳飞曾经“逼留不进，不援淮西”，可是王雕儿的“告首状”中全未说到此事，而且在审问中，岳飞根据当时的事实一一反驳，此事在审讯中实际上已经查清，不能成立。岳飞入狱两个多月以来，到处罗织的罪名不过是以下这么几条：
一曰“自比太祖”（指岳飞自己说他与赵匡胤都是32岁封节度使）。
二曰“煽动部下，对朝廷不满”（指岳飞与部下谈了不满朝廷的话）。
三曰“鄙视友军”（指岳飞谈过看不起张俊与韩世忠的队伍的话）。
四曰“指斥乘舆”（指岳飞说过“官家又不修德”的话，批评了皇上）。
以上所说的这一些言语即使真是岳飞所说，也不过属于说话不慎重，发牢骚而已，没有一条谈得上犯罪。
这次会议争论得十分激烈，说明虽然有人阿附秦桧，畏惧万俟卨，也还有不少人正直敢言，所以争论不休，一直得不出一致的意见。大理寺卿周三畏、大理寺丞李若朴与何彦猷都认为说岳飞谋反的罪名绝对无法成立，如果按言行不检处理，只能给以很轻的处分，判刑两年。万俟卨与罗汝揖提出判死刑的想法，没有一个人同意。在争论中，周三畏愤然说：“当依法，三畏岂惜大理卿！”会议无结果而散，判决书也无法出炉。这次会议开砸了，说明公道自在人心。
万俟卨最后撇开周三畏李若朴何彦猷三人，霸气十足地擅自修改了判决意见，在一无证据二无口供的情况之下，只以“众证”（旁证）结案，退回大理寺重办。强逼大理寺盖印上报，由秦桧批准，判定岳飞犯“指斥乘舆”罪和“拥兵逼留”罪，处斩刑；张宪犯“谋叛”罪，处绞刑；岳云犯“致（唆使）张宪谋叛”罪，判三年徒刑。
赵构收到大理寺有关岳飞一案的文件后，当天批复：“岳飞特赐死，张宪、岳云并依军法施行，令杨沂中监斩”。赵构把岳飞的“斩刑”改为“赐死”，算是对岳飞的“宽大”。而把岳云的三年徒刑大大加重，改判死刑。由此可见：
一.赵构要杀岳飞，已经到了急疯了的程度，他急于用杀害岳飞的实际行动，来表示投降的诚意与对宗主国金国的忠心，所以急办、急报、急批、急杀。至于判决书，只有等以后再补办了。
二.赵构放手把此案交给秦桧去办，秦桧虽然痛恨岳家军，也不过只办到这种程度——岳飞判斩，张宪判绞，岳云判三年徒刑。但是赵构还嫌不够，一定要把岳云处死，说明赵构更恨岳家军，也说明秦桧对此案做不了主，一切最后决定都是由赵构作出来的。
三.你别相信赵构把岳飞的斩刑改为“赐死”，是对岳飞的“宽大”，因为岳飞等三个人究竟是怎么处死的，连赵构也难确知。只要是秘密处死了，就算完成了任务。也别相信赵构的批文“令杨沂中监斩，仍多差兵将防护”，是真正的大张旗鼓明正典刑。其实宋廷当时处死他们三个人，并非午时三刻开刀问斩，而是半夜三更悄悄谋杀。因为赵构、秦桧知道杀害岳飞一事太失人心，如果公开处决，就会激起大变。从1129年的苗、刘兵变开始，杭州城里爆发大乱的事已经一再发生，他们不敢把广大军民得罪得太厉害，只能像黑帮分子谋害好人那样，悄悄进行。
就在赵构批复处死岳飞的那天夜里，万俟卨等人最后一次提审岳飞。看到万俟卨等人在提审时手忙脚乱心神不宁的样子，岳飞心中有数，知道自己最后的时刻到了。他无限痛心地仰视天空，似乎听到了中原父老的呼喊，真是“南渡君臣轻社稷，中原父老望旌旗”！当万俟卨要他在供状上画押的时候，他接过狱卒递过来的那支笔，在供状上重重地写上了八个大字：“天日昭昭，天日昭昭！”（天晓得，天晓得！）然后把笔猛然一掷，表示自己的愤怒，大踏步走出门去！他们三人被处死后，抛尸在大理寺的后花园里。这真是千古奇冤，三位身经百战的民族英雄不能轰轰烈烈地死在铁马金戈的战场上，却悄悄地死在自己人的屠刀之下。
