1月：
5日，西征蒙兵溃败，清廷命库克吉泰统领吉里兵迅速西征。
17日，曾国荃参劾官文贪婪骄横而且无能，朝廷命将官文撤职查办。
2月：
1日，议定福建船政（厂）章程。
9日，朝廷严厉责备给事中寻銮焯参劾失实，并谕命科道各官，慎言事。
11日，太平军东路军于湖北安陆府罗家集，歼灭湘军大将郭松林（福建陆师提督）中、左两军，并生俘郭松林，但因不知其为敌将又放走。
12日，因黄河北迁，清廷谕苏廷魁等勘察之，并会同直鲁豫三省筹办堤工。
因胡家玉受官文贿赂，罢其军机大臣职，仍留任。
16日，曾国藩复请开缺（免官），朝廷温旨慰留。
21日，清将雷正绾收复平凉，呼兰“匪”平定。
22日，援黔湘军剿办“苗匪”大捷。
30日，回众围攻庆阳，清提督周显丞战死。
31日，清军于陕西围攻捻军失败，总兵萧德阳等战死，捻军势盛，清廷诏命曾国藩等，广筹方略。
本月，朝鲜、琉球入贡；江苏等省大疫流行。
3月：
13日，京师流行疫病。
15日，清廷擢刘松山为广东陆路提督。
31日，命丁宝桢为山东巡抚。
本月，太平军西路军渡过渭河，与陕甘回民义军会师。东路军继于湖北蕲水县六神港歼曾国荃（湖北巡抚）湘军记名布政使（彭姓）十三营，并斩杀彭。
4月：
2日，云贵总督劳崇光卒，清廷命张凯松代之。
25日，清廷命倭仁在总理各国事务衙门行走，管理同文馆事务（该馆学习外国语言文字及天文、算学、造船、制器诸法）。倭仁不喜洋务，屡以疾辞，朝廷不允，倭仁即故意坠马，得免赴任。
5月：
2日，回众马占鳌等攻袭青海西宁。
7日，清廷允琉球国子弟入国子监读书。
16日，日斯巴尼亚公使来华换约。
22日，捻回于同州为刘松山所挫。损失惨重。
26日，命麟兴为乌里雅苏台将军，德克勒多尔病免。
27日，瞻对番头目大盖折布衣反清，被清廷处决。
本月，湘乡会党首领曾广八和浏阳会党发动反清起义。均失败。曾广八被杀。
6月：
13日，太平军东路军由郓城、梁山地方义军接应，突破山东戴庙运河防线，向登州、莱阳进军。李鸿章淮军防堵失败。
20日，清廷下令广购图书，并重刊御纂钦定经史，颁发各学馆。
23日，命曾国藩为大学士，骆秉章协办大学士。
28日，清廷以久旱不雨下诏清理监狱。
30日，清廷诏求直言，核减宫廷费用。
7月：
1日，清廷以“剿”捻不力严议丁宝桢。
5日，清廷以“剿贼”无功，摘曾国荃顶戴，下部严议；命李鸿章戴罪立功；京师地震。
17日，清廷下谕：本年自春至夏，雨泽延期，屡经设坛祈祷，昨又降旨清理监狱。连日阴云密布，惟尚未普降甘霖，这都是因为朝廷施政有不当之处。命在廷满汉言事诸臣，于时政得失，尽以献言，勿循故常，勿避忌讳，期于国计民生，两有裨益。关于宫廷费用，由总管内务府大臣随时查对，酌删减之，以崇节俭。
23日，总理各国事务衙门言：俄国窥伺新疆。朝廷命大学士、尚书、左都御史，会同总理衙门诸王、大臣妥议。
5日，申命禁止州县浮收漕粮。
13日，倭仁乞病罢职，仍以大学士值弘德殿。
19日，京师、河北久旱饥荒，清廷赈济之。
26日，自三月以来，不雨。本日雨。
本月，免陕西乾州等属被灾被扰地区赋额。
8月：
7日，夺丁宝桢职，仍留山东巡抚任。
9月：
3日，停奉天冬围（满清皇族冬季围猎活动）。
22日，日蚀。
26日，裁热河木税。
27日，创建福建船坞。
29日，清廷同意左宗棠调曹克忠赴陕。
10月：
3日，停山东例贡。
8日，安置额鲁特游牧于额尔齐斯河流域。
11日，总理各国事务衙门奏呈预筹修约事。朝廷要求曾国藩等，对此各抒所见。
16日，清廷命丁日昌赴上海办理意大利国换约事宜。
26日，命冯子材赴广东左江，专办军务。
30日，清廷谕各路统兵大臣，各督、抚，严申军律。
31日，察哈尔都统色尔固善卒，以库伦办事大臣文盛代之。
11月：
1日，清廷以张廷岳为库伦办事大臣。
9日，汪元方卒，清廷命沈桂芬在军机大臣上行走。
12日，曾国荃病免，清廷以郭柏荫为湖北巡抚；命苏凤文为广西巡抚。赈济山东水灾灾民。
21日，因英国前后与中国所立条约，皆以强力胁迫而致，清廷心甚不快，为了结好美国以为己助，特派美国前公使蒲安臣，代为中国赴各条约国，办理中外交涉事务。
26日，派道员志刚、郎中孙家谷前往有约各国，充当办理交涉事务大臣。
29日，以“枭匪”（武装走私者）蔓延，夺刘长佑直隶总督职，仍责效命，以官文代理直隶总督。
12月：
2日，清陕军与捻军作战中，回众忽然出现，清提督李祥和被击毙。
10日，清增设布伦托海办事大臣，以李云麟充任该职，以明瑶为帮办，福济为科布多帮办。
24日，太平军东路军在山东寿光县全军覆没。东路军于6月份突破戴庙运河防线后，李鸿章仍坚持采用曾氏划河圈地战略，待东路军渡过运河后，又将运河东岸长墙移置运河西岸，阻太平军东路军西渡，同时修筑沿胶莱河与潍河长墙，直达海边，为内圈防线，以运河长墙为外圈防线，将东路军围困于登州、莱阳之半岛牛角尖地区。8月中旬，东路军突破李鸿章之内圈防线；但对运河外圈防线，却无法突破，遂被困于运河东岸之苏鲁海角。12月，太平军西路军张宗禹自陕北宜川县强渡黄河，取道山西，进攻北京，以解东路军之围。但12月24日，东路军于山东寿光县弥河地区全军覆没。遵王赖文光杀出重围，只余战士数百人，于1868年1月5日夜，走至扬州，遭敌截击，力竭被执。
本年，天津机器制造局经崇厚奏请成立，后至1870年由李鸿章接办。
中亚浩罕国人阿古柏，于1864年应新疆土回金相印之请求，被其国王派来新疆，先后攻陷南疆各城。于本年自称“毕条勒特汗”。并自尊为圣道拥护者；继陷库车、叶尔羌，占有南疆八城，统治新疆南路，自立国家。
