二月，河工成。先是，淮安有水患，河决入淮。淮势不敌，淮扬咸为巨浸，直逼泗洲，患近陵寝。上以问张居正，因上言：“故河道都御史潘季驯可使。”乃降玺书，即其家拜都御史，使持节治河。一切假以便宜久任，帑藏不问出入。诸奉行不及事者，下诏狱鞫治之。于是当事者日夜焦劳，盖俞年而堤成，转漕无患。
三月，上疹愈，征光禄寺十万金。张居正上言：“财赋有限，费用无穷。使积贮空虚，不幸有四方水旱之灾，疆场意外之变，可为寒心。此后望力加撙节，若再征金，臣等不敢奉诏矣。”时上渐备六宫，太仓所储，屡有宣进。居正上户部所进御览钱粮数目，请置之坐隅，时赐省览，量入为出。因言：“万历初年，所入四百三十五万有奇。六年，所入仅三百五十五万有奇，则已少八十余万矣。五年，岁出四百四十九万有奇，则已多四十余万矣。夫岁出则浮于前，岁入则损于前，此不可不留心也。《王制》量入为出，计三年之出，必有一年之余而后可。况财用止有此数，设法巧取，不能增多。惟加意撙节，则用自足。”上嘉纳之。
夏四月，上以内库缺钱，赏赉不足，命部铸大钱以进。张居正上言：“先朝铸钱呈式，非供上用也。万历二年，进钱一千万，其后岁半之，己非本意。若阙钱铸进，是以外府之储取供内府，大失旧制矣。”上从之，乃罢铸钱。
癸卯，张居正上《肃殿箴》，命书于御屏。
五月，封辽东总兵李成梁为宁远伯。张居正言：“成梁屡立战功，忠勇为一时冠，加以显秩，此鼓励将士之法也。”己而成梁使使馈以金，居正曰：“而主以百战得功勋，我受其金，是得罪高皇帝也。”却不受。
七月甲子，给事顾九思、王道成等以江南水灾，请罢浙、直织造内臣。上以示张居正，居正奏民重困，宜召还孙隆。上曰：“彼织币且完，当俟来春耳。”居正曰：“地方多一事，则有一事之扰；宽一分，则受一分之惠。灾地疲民，不堪催督，暂去之，俟稍稔可复也。”上从之。时给事中李涞请江南水灾，并言四事。上怒其讥讪。居正曰：“水灾请，亦言官之常。虽或触忤，恐伤圣度。”上意乃解。
冬十月，蓟辽总督梁梦龙报土蛮大举入寇。张居正奏言：“臣谕边臣，如敌骑入，勿轻战，坚壁清野。野无所掠，彼将自阻。请令梦龙驻永平，戚继光驻一片石。伺间邀击。”上善之。既而土蛮以四万骑犯前屯，梁梦龙、李成梁率兵御却之。
十二月，张居正服阕，召见于平台。八年春正月己未，先是，永丰梁汝元聚徒讲学，吉水罗巽亦与
之游。汝元扬言：“张居正****，当入都颂言逐之。”居正微闻其语，授指有司捕治之。己，湖广、贵州界获妖人曾光，窜入汝元、巽姓名，云谋不轨。汝元、巽俱先死，湖广守臣具爰书下法司讯之，并曾光亦非真也，第据律论罪。
三月，大学士张居正具疏乞休。再上，上慰留恳切。最后，手书传慈圣口谕：“张先生受先帝付托，岂忍言去！俟辅尔至三十，却再审处，让后人非晚也。”居正因复就职。
甲子，赐进士张懋修等三百人及第、出身有差。懋修兄敬修，亦成进士，得礼部主事。俱居正子。八月戊子，刑部侍郎刘一儒移书张居正曰：“窃闻论治功者贵精
明，论治体者尚浑厚。自明公辅政，立省成之典，复久任之规，申考宪之条，严迟限之罚。大小臣工，鳃鳃奉职，治功既精明矣。愚所过虑者：政严则苛，法密则扰。今综覆既详，弊端剔尽。而督责复急，人情不堪，非所以培元气而养敦浑之体也。昔皋陶以宽简赞帝舜，姬公以大告成王，沦洽当代，矩后世，愿明公法之。”居正得书不怿。
十一月戊寅，上以夜宴，惑于内侍孙海客等，挞二内使几毙。慈圣太后闻之，切责上，令取《霍光传》入览。上悔悟，降孙海客等。明日，上谕阁臣：“朕在冲年，自多过愆，惟藉诸先生力谏，使朕为尧、舜之君。”张居正因奏：“诸内臣老成廉慎者存之，谄佞放恣者汰之。皇上亦宜痛改，戒宴饮以重起居，专精神以广继嗣，节赏赉以省浮费，却玩好以定心志，亲万几以明庶政，勤讲学以资治理，端趋向以肃士风，则圣德愈光矣。”上深嘉纳之。
十二月甲辰，张居正请属儒臣，以累朝《宝训》、《实录》，分四十余则：曰创业艰难，曰励精图治，曰勤学，曰敬天，曰法祖，曰保民，曰谨祭祀，曰崇孝敬，曰端好尚，曰慎起居，曰戒游佚，曰正宫闱，曰教储贰，曰睦宗藩，曰亲贤臣，曰去好邪，曰纳谏，曰守法，曰敬戒，曰务实，曰正纪纲，曰审官，曰久任，曰重守令，曰驭近习，曰待外戚，曰重农，曰兴教化，曰明赏罚，曰信诏令，曰谨名分，曰却贡献，曰慎赏赉，曰甘节俭，曰慎刑狱，曰功德，曰屏异端，曰饬武备，曰御寇盗。仍敕次第进呈，俟明年开讲。其诸司章奏切要者，即讲毕面裁。时上留意翰墨，居正以为笔札小技，非君德治道所系，故有是请。上嘉纳之。
九年春正月，大学士张居正请令翰林分番入直，应和文章。或令侍上清燕，质问经义，陈说治理，如唐、宋故事。夏四月辛亥，上御文华殿，张居正以给事中傅作舟疏进览云：
“今江北淮、凤及江南苏、松连被灾伤，民多乏食，至以树皮充饥。或相聚为盗，大有可忧。”上曰：“淮、凤频年告灾，何也？”居正对曰：“此地从来多荒少熟，元末之乱，皆起于此，今当破格赈之。”上曰：“然。”居正极言：“今有司负职，如积谷一事，屡旨申饬，竟成虚文。”上作色曰：“有司忽民，宜重处之。”居正曰：“以后犯者当如圣谕。”又曰：“江南、北旱，河南风灾，畿内不雨，势将蠲赈。惟皇上量入为出，加意撙节。如宫费及服御，可减者减之，赏赉可裁者裁之。至若施舍缁黄，不如予吾赤子也。”上曰：“然。今宫费俱节，赏赉不溢。”居正曰：“皇上谓从旧，亦近例耳。如今年暂行，明年即为例，非祖制也。臣不敢远引，如皇祖用度最繁，然内帑尚有余积。隆庆初库贮尚有余万，今岁入百二十万，犹称乏。惟皇上省察。”上是之。
十一月，张居正一品考满，赐金币及酒{艹果}甚厚。手敕谕，有“精忠大勋，言不能尽，官不能酬”之语。加上柱国、太师，支伯爵俸。居正固辞，允之。
十年二月丁酉，大学士张居正上言：“安民之道，在察其疾苦。今尚有一事为民害者，带征税粮也。夫百姓财力有限，一岁之入，仅足供一岁。不幸岁歉，目前尚不能辨，岂复有余力更完累岁积逋乎！有司避责，往往将今年所征抵完旧逋。即今岁所欠，又为将来带征矣。况征输额绪繁多，年分淆杂，小民竭脂膏，胥吏饱溪壑。甚者，不肖有司因而渔猎。夫与其民以实奸贪之橐，孰若尽蠲以施旷荡之恩。乞谕户部，核万历七年以前积负，悉行蠲免。将见年正额，责令尽完。在百姓易办，在有司易征，是官民两利也。”上从之。诏下，中外大悦。
三月丁卯，张居正有疾，求私宅票拟。从之。六月甲午，居正以疾再乞休，不允。上以细务委张四维，大事即居正家平章。以辽左大捷，斩速把孩功，进张居正太师。
甲辰，上遣司礼太监赉手敕谕张居正曰：“闻先生糜饮不进，朕心忧虑。国家大事，当一一为朕言之。”居正力疾疏谢，并上密奏，荐礼部尚书潘晟、吏部左侍郎余有丁。明日，上即命二人入阁。丙午，大学士张居正卒。上震悼辍朝，遣司礼太监张诚监护丧事，赐赙甚厚。两宫太后及中宫，俱赐金币。赐祭十六坛，赠上柱国，谥文忠。
居正性深沈机警，多智数。为史官时，尝潜求国家典故，及时务之切要者者剖晰之，遇人多所咨询。及揽大政，登首辅，慨然有任天下之志。劝上力行祖宗法度，上亦悉心听纳。十年来海内肃清。用李成梁、戚继光，委以北边，壤地千里，荒外警南。蛮累世负固者，次第遣将削平之。力筹富国，太仓粟可支十年，ぁ寺积金，至四百余万。成君德，抑近幸，严考成，核名实，清邮传，核地亩，一时治绩炳然。惜其褊衷多忌，刚愎自用。初入政府，即以私憾废辽王。久直信任，奸佞好谀成风。六曹之长，咸唯唯听命。至章疏不敢斥名，第称元辅。始誉以伊、周，渐进以五臣，且谀之舜、禹，居正亦恬然居之。而中允高启愚至以“舜亦以命禹”题试士，当时目为劝进。居正卒，余威尚在，言官奏事，尚称先太师。方夺情时，威权震主。上虽虚己以听，而内顾不堪。身死未几，遂遭削夺，并籍其家，子孙皆不保云。初，上在讲筵，读《论语》“色勃如也”，误读作“背”字。居正忽从旁厉声曰：“当作‘勃‘字。”上悚然而惊，同列皆失色。上由此惮之。及居正卒后蒙祸，时比之霍氏之骖乘。
御史郭维贤疏荐吴中行等降调，然上意已渐移。御史杨寅秋劾王国光。罢之。发冯保南京闲住。吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝、王用汲、余懋学、朱鸿谟、赵应元、傅应祯、赵世卿、邹元标俱复官。会潞王昏礼，所需朱宝未备，太后间以为言。上曰：“办此不难，年来廷臣无耻，尽献张、冯二家耳。”太后曰：“已抄没矣，必可得。”上曰：“保黠猾，尽窃而逃。”自此内中“张先生”、“张太岳”称谓，绝以为讳。而籍没之举，亦胎于此。
十二年，上从辽府次妃王氏奏请，籍没张居正家，其产不及严嵩二十分之一。株连颇多，荆、川骚动。上曰：“辽府废革，既奉先帝宸断，又无应继之人，著推举亲枝，以本爵奉祀，仍准王归葬。原封抱养子述玺，准依亲居住，给兴庶粮二百石，本折中半支。王氏从厚，援徽府例赡养。张居正诬蔑亲藩，箝制言官，蔽塞朕聪。私占废辽地亩，假以丈量遮饰，骚动海内。专权乱政，罔上负恩，谋国不忠。本当斫棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法。伊属张居易、张嗣修、张顺、张书，俱令烟瘴地面充军。”
谷应泰曰：闻之《虞书》良弼，义取协恭；《秦誓》介臣，都无他技。盖下吏奉职，乃在才具，而端揆裁物，则在度量；卿贰奔奏，不越章程，而宰相坐论，必资道术也。矧承平之相，与创制异；冲人之相，与长君异。周公以大告成王，韩琦以才偏贬公著。凡以养蒙作圣，不专在于宣之综核，明之察察耳。世称张居正相业，誉者或许其干略，毁者仅恶其专恣。然予以皆非事实，真知居正者也。考居正大节，特倾危肖刻，忘生背死之徒耳。而其他缘饰以儒术，炫耀以智数，譬之杨子艾墙高基下，阳处父华而不实。求其论思密勿之地，表帅百寮之间，此实难矣。
方夫穆宗凭几，显帝冲龄，居正、拱、仪同受顾命，而内臣冯保窃丛于侧。斯时逐刁之议未行，吊让之谋潜固。卖交附，漏言市重。彼商鞅之因景监，相如之藉缪贤。揆之结主，固如是乎？卒之会极传宣，新郑被斥。而冯保以快已之怨者，即以酬次辅之恩。居正以去保之疾者，还以固纶扉之宠。鬻权夸毗，若互市然。及乎九龄远引，颐浩外徙，始乃宫府交通，更唱迭和。冯倚执政则言路无忧，张恃中涓即主恩罔替。以故扇殿清暑，铺毡御寒，居正所蒙，壹皆媚之力也。至于犯跸具狱，词连拱奴，谋发宰臣，风生内侍，苟非天变见于上，公议格于下，则上官黠诈，立碎奉车，易之飞文，赤诛魏氏。居正之包藏祸心，倾危同列，真狗彘不食其余矣。若夫父丧夺情，太阿不释，李幼孜倡之于外，冯保应之于内。而居正貌乞持服，心冀慰留，无鲁伯禽之东郊不启，蹈翟方进之脱衰视事。语云：“求忠于孝。”又云：“移孝作忠。”居正其无人心者乎？何相倍之戾也！矧乃三月归葬，六月还朝。宰我之意，惟在短丧；曹瞒之心，恐失兵柄。而且吴中行、赵用贤俱以星变陈言，艾穆、沈思孝、邹元标各以忘亲入告，乃复横被锁镣，咸加杖戍。又且论死刘台，瘦毙士期。锡爵以刎颈惊奔，张瀚以拊膺被斥。虽王巨君之芟除忤恨，梁将军之收拷太史，淫刑以逞，不是过也。又况懋修、敬修，非列巍科，则跻清秩。是岂向、歆之学冠于汉廷，抑亦京、绦之派相援宋室乎？盖至身死俞年，辽妃诉阙。而东园秘器，甫赐泉门；缇骑金吾，旋围府第。匪汉元亏师傅之恩，亦田贻灭族之衅也。
乃论者以居正之为相也，进《四书经解》而圣学修明，进《皇陵碑》、《帝鉴图》而治具克举，请词林入直而清燕无荒，请宫费裁省而国用以裕，任曾省吾、刘显而都蛮悉平，用李成梁、戚继光而边陲坐拓，厥罪虽彰，功亦不冫民焉然。予以居正救时似姚崇，褊敫则似赵普，****似霍光，刚鸷则类安石。假令天假之年，长辔获骋，则吏道杂而多端，治术疵而不醇。斯岂贞观之房、杜，而元佑之司马乎？更可异者，自居正以钱谷为考成，而神宗中叶大启矿税。居正以名法为科条，而神宗末造丛脞万几。呜呼！手实之祸，萌自催科，申、商之后，流为清静，则犹居正之贻患也。
