涿鹿之战后，轩辕黄帝获得了极高的赞誉，大家都认为是在轩辕黄帝的英明领导之下，人们赢得了战争的胜利，不但挽救了中原部落，还让中原部落成为最强大的部落。但是，原来神农炎帝的部下不服气，战胜蚩尤的是神农氏和轩辕氏的联军，凭什么功劳全被轩辕得到，而且神农氏族的损失更大。他们不停地在神农身边抱怨，甚至挑拨是非。神农终于忍不住叨扰，组织军队，发动战争。
这场中原部落间的内战在阪泉打响。神农炎帝的军队擅长用火，他们用火围攻轩辕城，火势浩大，灼人干渴；浓烟滚滚，伤人眼鼻。但很快，轩辕这边的应龙轻松地用水熄灭了大火。
轩辕反击，以熊、罴、貔、貅、貙、虎为前驱，以雕、鶡、鹰、鸢为旗帜，后面大军跟上，将神农的军队击退，并围困在阪泉的山谷里。神农及其部下组织多次突围，轩辕和风后采用九天玄女传授的兵法，一会列五行阵，一会列北斗七星阵，一会又是其它阵型，神农军队无法突围。就这样神农军队被围困了三年，神农不愿再看到杀戮，主动向轩辕投降。
神农前来投降，轩辕大喜，说愿意冰释前嫌，两人共同执掌部落联盟首领。但神农却拒绝了，他说：“领导人民过上幸福的日子，我不如你；我要让我的部落也接受您的领导。”
“那你怎么办？就不愿意和我一起带领人们过好日子吗？”轩辕问。
神农答道：“您身边已有许多能人辅佐，不再缺我一个。我年轻时曾立志辨识百草，对抗疾病。我要去完成我的心愿。”
就这样，神农只带了少数几个身边随从，到南方去了。神农部落的人，大多数人接受了轩辕黄帝的领导，只有少数人还在和轩辕作对。
