万历三十九年，江湖为天机社稷图（社稷图内藏天机）和纯钧剑（尊贵无双之剑）搅和的是血雨腥风，死伤无数。百姓也因此物扰的民不聊生，皇帝朱翊钧派兵平息江湖纷乱。
纯钧和天机社稷图不知所踪。最后这场浩劫也慢慢平息。
天启六年，两宝物重现江湖，不知何处消息。传闻两物皆在魏忠贤处，一时间江湖风云再起。
宝物涉及江湖机密，得知宝物重现，一时引起江湖不少豪杰抢夺，各路英雄好汉皆赴其处取之。
神秘少年侠偷林野奉师傅留书之命前往魏忠贤处取之，魏忠贤处因宝物失窃加之消息走漏对其追杀，林野途中遇到体察民情的信王和安乐公主遇难，于是顺手救了二人。
林野夺宝时遇到一女子为忠义山庄庄主义女孔玲珑，孔玲珑也是奉命盗宝，盗宝之时绿林人士众多，林野得手之后被忠义山庄义女夺取。
混战之中林野趁机取了两件宝物遁走，孔玲珑受伤。无奈放弃。但却记得林野相貌，开始了追夺之旅。
两人追夺许久，惺惺相惜之情悄然产生，两人追夺的同时，江湖各路人士也在抢夺此物。
林野受伤误入红尘酒楼，得一女子相救。怎料女子是剑星楼，楼主之女池莺阑。
万历三十九年剑星楼因两件宝物惨遭灭门，该女由其剑星楼楼主心腹仇千机抚养成人，为的是有朝一日报仇雪恨。纯钧剑本属剑星阁机密，后无意中泄露引起当年大祸事。
今仇千机得见，思其池莺阑身体孱弱不宜练武，而自己行木将枯加之身中剧毒无法运气，报仇即将无望，但是纯钧本是剑星楼之物，加之血海深仇，故强迫林野归于门下习剑法，保护楼主之女，有朝一日为其报仇雪恨！
林野喜爱轻功，武艺却差，无奈之下只得答应，且说林野师傅留书命其盗宝之后便不知所踪，伤好之后答应找寻机会为剑星楼楼主报仇，便离去寻找师傅。
林野师傅，其实是林野父母的义子端木昊，易容成年迈老翁教的其林野轻功武术，为的是万历三十九年那场浩劫中死去的林野双亲报仇。
林野是凌云阁阁主的儿子端木云，当年天机社稷图在其父母手中，消息泄漏遭到众人追杀。刚生完林野，其母身体孱弱，加之中毒，于是二人为端木昊掩护带着林野逃走。
剑指星辰，凌驾云端。剑星阁擅长武功剑法，凌云阁擅长内功轻功，楼阁交好，楼主和阁主结拜兄弟。
江湖闯荡之时救下了一对双胞胎少女名为花思思，花慕慕，花思思和阁主端木林，妹妹花慕慕和楼主池君龙几人情投意合喜结连理，更是亲上加亲。
江湖人士怕两个门派关系交好过密，担心独霸武林，其婚后不到一年，便有结派针对两个门派，起初担心被报复，行事倒还隐秘，后来纯钧和天机社稷图的消息暴露出去，绿林人士便因利益驱使，明面结党共同追杀，灭门两派，猖狂至极。
一时间林野为寻得师傅隐匿许久，在被追杀的途中偶遇年轻少年，这少年便是凌云阁夫妇义子端木昊。
林野的义兄早年端木家被杀，其端木的忠仆保护着年幼的二人逃走，后来忠仆为了报仇在端木昊明理之后告知一切，独自报仇而死。
于是端木昊伪装成老翁教给林野武功，见面后告知林野一切。
忠义山庄名为忠义，庄主擅长剑法，习承剑星阁，为原位剑星阁长老孔义伏，无意中得知天机社稷图和纯钧剑的机密，后来因为阁内争斗将消息散播出去。
孔义伏用计害死了楼主夫妇想夺得纯钧剑，但因武林各路人士皆在观望虽然害死了楼主却未曾得到纯钧。
流毒谷谷主弓音雀追杀阁主夫妇，将重伤的阁主夫妇逼迫至绝路，迫于身后武林人士追杀，为得个痛快的死法，便含恨跳下深渊，最终四人皆无活口。
但是这恩怨皆因江湖各路人士贪心而起，在他二人头上怎么算的尽呢？
林野得知之后不再轻松，立志报仇。端木昊告知当年凌云阁有人和忠义山庄庄主里应外合，在被追杀之时已然中毒，加之其母刚产子结束甚是虚弱，他父亲内力无法驱动故无法逃生。
所以说到底害死凌云阁阁主的罪魁祸首是流毒谷的谷主弓音雀，其他人士皆是帮凶。
林野前去找弓音雀报仇的时候得知了，弓音雀当年逼迫他父母的真相。
弓音雀当年还不是谷主，本倾慕于剑星阁阁主，弓音雀之父弓求欢又与其交好，可是落花有意流水无情，剑星楼楼主不喜欢弓音雀。
弓音雀于是和孔义伏交好为的是多多了解池君龙，弓音雀跟随弓求欢参与群雄会时因和池君龙产生了不愉快，失意之下喝了许多酒，不了中了孔义伏的计谋，醉了过去。孔义伏趁弓音雀醉时趁机玷污了她、
醒后弓音雀想杀了孔义伏，可惜她不善武力，只善于用毒。
她打不过孔义伏，孔义伏知她善于用毒，对她自然是防备有加，加之她爹爹弓求欢练毒遭到反噬，虽然江湖中人不曾知晓，但流毒谷的地位在江湖中已然岌岌可危，还需要她来撑起流毒谷，若此事传扬出去，不但流毒谷地位不保，她的清白名声也是毁了，又恐在剑星阁阁主眼里成了笑话。
念及弓求欢的身体状况，即使她把此事告知弓求欢，弓求欢亦是无能为力，甚至因此死去。故此她忍气吞声，只求得有朝一日凭自己的本事杀之后快。
结果几个月后却发现自己怀孕了，她本想打掉那个孔义伏的孩子，却又想自己清白已被玷污，以后必不会嫁人，加之孩子无辜。便生了下来。
当她父亲弓求欢得知此事，本就中毒遭到反噬，得知后更是气火攻心，一怒下气出一口脓血，不久就一命呜呼。但是他只有一个女儿，临终前弓求欢给弓音雀出了一个瞒天过海的法子，刀王武易天之子，长弓音雀一岁。
对弓音雀思慕已久，武易天曾多次与他提及此事，弓求欢知道弓音雀的心思，便以年幼尚不舍为名婉拒，未曾透漏半点弓音雀的心思。
前不久武易天的仇人用毒害他不成，误伤了他的孩子，武易天求医不成，如今在流毒谷中请他以毒攻毒为救其子性命，武易天之子的性命也是，回天乏力。命不足四月，毒已攻肾脏。为宽慰武易天，弓求欢只是道了平安告知尽力而为，未曾告知其子真实伤势。
弓求欢思量自己也是命不久矣，至他死去，让弓音雀告诉武易天，他临终前的遗愿便是希望弓音雀嫁给武易天的孩子，即日成婚。
这样既可瞒天过海，也无人知弓音雀肚里孩子的真实身份。加之武易天武功高强，弓音雀嫁给武易天的孩子，却又成了他亡子之妻，武易天必十分疼爱。待武易天之子去世，定以弓音雀肚里的孩子是他儿子的骨肉。有生之年定护弓音雀不被人欺凌。
弓求欢内心愧疚，弓音雀的母亲去的早，自己也没保护好弓音雀。他想是此事若是传扬出去，流毒谷倒是无谓，倒了也便罢了。是他自己对不起列祖列宗。但是弓音雀的清白却要遭人一辈子笑话。这是他临终前想到的唯一办法。
幼女谷主弓音雀哭泣，听从建议，立誓从此练毒习武，只为有朝一日报仇雪恨。按照他父亲的主意他告知武易天：“父母之命媒妁之言，必然从之。乃亡父遗愿必遵。即日成婚。”于是流毒谷中婚礼葬礼同时举行。随是红灯红烛却是一片哀鸣之意。
后来孔义伏因得罪了剑星楼即将成为亡命之徒，浑然不惧一切，故以当年之事胁迫流毒谷，让其参与此事让其毒伤凌云阁夫妇。这几年时间弓音雀虽无机会杀死孔义伏，弓音雀却也浑然不惧他的威胁。
可是弓音雀思及骨肉，若是流言蜚语传出，武易天起了疑心倒也不怕。弓音雀本不顾虑她和孔义伏的孩子，弓白长大她虽恨却又不舍，只是想来幼子无辜，毕竟是她自己生下的骨肉，她自幼丧母，父亲也死了，此生更是无法嫁人，世上唯她弓白一个亲人。
想来怕会连累了弓音雀的女儿弓白，流言蜚语当会使得一介女流一生清白遭辱。
无奈之下弓音雀被迫妥协。此事过后弓音雀担心孔义伏再次威胁，便寻机杀他，只乃何此事不可让旁人知，弓音雀虽为报仇一直习武，加之用毒却终于是打不过孔义伏，与其战个平手。
弓音雀本想与孔义伏同归于尽可是弓白尚年幼，加之流毒谷无人打理，便与孔义伏定好，日后至死不言不见，否则必然与他同归于尽。这才使孔义伏将此事烂在心里。
当年林野双亲坠崖后，弓音雀也曾派人寻觅二人尸首想将其厚葬，只可惜遍寻无果。
弓白已长大，弓音雀本想将流毒谷交付给你去寻孔义伏战上最后一次同归于尽。一来报仇雪耻，二来平了无辜害凌云阁的心结。
可是孔义伏已被林野杀死，终是她害了凌云阁夫妇，被其子杀死也是应得，想来她也未曾反抗。
林野最终原谅了流毒谷谷主，
（弓音雀的女儿弓白，她也可以是寻得了失忆的弓白谷主伴其终生，也可以是弓白死了谷主一人孤独终老，亦可以是谷主因为失去了一切亲人悲愤交加自杀了，可以是林野主动原谅，也可以是念及弓白的救命之恩原谅）
林野算得上是大仇得报故离开了流毒谷，决定一人浪迹天涯，和林野交好的皇帝，在男主报仇之后逢山河动荡，想重用他，只可惜男主心死，谢了恩典，浪迹天涯去了。皇帝念其友谊，谕旨钦赐，大明游侠。
林野曾在闯荡江湖的时候结识了一个以玉树临风，学富五车闻名的江秋帆，在林野决定一生孤苦行走天涯时追随一生。
林野虽然不愿意，但是江秋帆的轻功是他教的，和自己比也是有过之无不及，他不愿意却也是无可奈何。江秋帆一直跟随陪伴林野，直至终老死亡（林野在复仇的时候中过毒，活不过三十三岁）。
江秋帆在男主快死的时候陪着他一起在最爱的人坟墓前饮酒，林野死去，江秋帆也喝下毒酒和林野死在了一起。（江秋帆给林野的是无毒的酒，给自己的是有毒的酒）。
林野虽死却也是看遍山河湖海，星辰云天的景象，虽是一人浪迹天下，四海为家的结果，但是身边却一直有着江秋帆的陪伴。
纯钧剑和天机社稷图两个宝物被江湖争的是腥风血雨，天机社稷图的秘密被解开，众人知这终是一场空。纯钧剑随着男主浪迹天涯，不知所踪。
林野死的同年明朝灭亡，皇帝和安乐自杀，一群人的故事随着一代王朝的陨落也画上了句点。
《明侠风云录·全书完》
