蓬莱水城又名“备倭城”。位于蓬莱城北丹崖山麓蓬莱阁下，与蓬莱阁连为一体，是一座设计新颖、精巧别致的古城。水城东连画河，西凭丹崖，负山控海，形势险要，是我国明清两代的重要海防军事要塞，也是国内现存最完整的古代水军基地，为全国重点文物保护单位。
明洪武九年（1376年）倭寇侵扰，遂将登州升格为府，并于刀鱼寨旧址修筑水城口，以石砌筑水城，总面积25万平方米。小海居城正中呈长方形，南北长655米，面积7万平方米，将水城分为东西两半，用于停泊船舰、操练水师。水门内外还分别建0头、平浪台、防波堤，用以消波阻沙，减冲缓流。蓬莱水城实为一处严密的海上军事防御体系。明清两代在此驻扎水师，停泊战舰，出哨巡洋，成为边防要塞，防御东至成山头，西至武定营大沽河，北至北隍城东北的辽阔海面。自2005年起，当地政府投资5.5亿元，修复了明代古城墙，对水城小海内古代沉船进行了发掘，按明代正二品官府规制恢复建设了备倭都司府，修复了三官庙、兵营及校场，新建古船博物馆、综合服务区等建筑共2万多平方米，设立了遗址保护区5处，最大限度地进行了文物保护。蓬莱水城在港址的选择、港湾的开辟及工程技术等方面，无不匠心独具，在我国海港建筑史上有重要地位。
