咸丰十一年（1861）五月，太平军李仁寿部占领永康，各乡民团拼命顽守，太平军时进时退。八月太平军数万人在天安萧大富率领下，占领县城，派出魏天福打馆芝英。太平军告示安民，全县各地“每家门首挂一门牌”，各乡每路设立兵卡，全县除方岩山及绝尘山均在太平军占领之下。
同治元年（1862）四月十一日，地方民团分几路攻打县城，隐蔽在东库一带的太平军乘民团立脚未稳之时，从敌背后和侧翼出击，打得民团措手不及，杀死杀伤民团无数，生擒者达万余人。翌日，萧大富率百数十名太平军战士，向李溪迎击民团，在牛筋岭山曲遭民团伏击，全部遇难。十四日民团合围县城，守城太平军英勇拼杀，坚守阵地，民团连攻三天不能前进半步。十七日，金华、武义数万太平军从桐琴增援永康，打得民团土崩互解。此后，县城由悯天义驻守，分踞于芝英的有朱、陆、龚三首领。此期间，忠王李秀成、首王范汝增等过往永康太平军将士“不知其几十万数，合邑乡村，此往彼来，无处不到。”十月十五日，太平军退至南宅，接着退至东阳湖头陆一带打馆。同治二年（1863）正月十三日，驻永太平军撤离永康，永康多为清闽军总兵林文察进占。
太平军”一称的产生，源于太平天囯从金田团营到定都后半载，其间长达3年时间里，一直以“太平”为号。初时没有国号，洪秀全称“太平王”，后虽改称“天王”，建国号“太平天囯”，但旗帜上写的始终有“太平”而无“天国”，见于记载者如“太平广西桂平黄旗”“太平水营”“太平左军主将”等等。太平天囯关于军队建制的红头文件-《太平军目》初刻版中对旗帜的规定也是书“太平”而不书“天囯”。（此系“太平”政权之“军目”而非“太平军”之目，如太平天囯早期刊刻的官方文书俱称“太平条规”“太平诏书”等）拥护他们的老百姓看到他们总是打着“太平”旗号，就把他们叫做“太平军”了。
1854年，太平军攻克庐州，打出了“太平天囯春官正丞相功勋加一等胡”的旗号，这是现有最早的“太平天囯”字样出现于旗号上的记载，从那以后，把太平天囯的军队叫“太平军”的就很少了，对其有好感者多称“天军”“圣兵”“西兵”“长毛”，敌对者则称“贼”称“匪”，只有在他们早年曾经活动过，且又颇得拥护的地区，才仍旧有“太平军”的称呼流传。这个称呼显然是自发自愿的，因为太平天囯统治者不会要求别人叫他们“太平军”，而投机讨好者也只会叫“天军”“圣兵”，故而这个称呼可以说包含了民众不带强制性地对“太平”政权的认可。
清末民初，革命党人以太平天囯事迹为反清号召，“太平军”这一称呼又被孙中山等两广籍的革命党人推而广之，及至张学良于1928年末宣布东北易帜，国民政府在形式上于1929年完成了“统一”，南京国民党中央宣传部即于次年就禁止诬蔑太平天囯案，函请内政部，教育部参考酌办，不久正式出台规定“嗣后如有记述太平史实者，禁止沿用粤贼诸称，而代以太平军或相应之名称”，从那时起，“太平军”才俨然成为了太平天国军队的正式名称，以致真伪莫辨长达半个多世纪，并为史学研究者们延用至今。
