此次人口普查的推进激起了各地士绅的强烈反抗，幸好朱由校已经做好了充分的思想准备，除了让东厂和锦衣卫进行监视外，还调动皇家陆军到个别州府维稳。看着书案上诉苦的奏折，朱由校突然想到崇祯皇帝当年向大臣们募捐的场景，一个个说的比海瑞还清廉，可李自成入京后果断将他们抄家，光是明账就有数千万两白银。
好在朱由校此时并不想抄他们的家，对他们自私自利的言行并未放在心上。每每靠在椅子上休息的时候，他闭上眼睛就仿佛看到海洋上的波澜壮阔，以及欧洲人那冰冷的海炮和贪婪的笑容。可悲的是明朝的官僚正在为自己那一亩三分地的得失争吵不休，将来洋鬼子打进来肯定也是卖国求荣的玩意，想到这里朱由校认为需要适当的来一次权力的重组。
眼下明朝的疆域西起乌拉尔山和里海，西南以厄尔布兹山脉为界，北部濒临北冰洋，最南端为苏门答腊岛上的旧港宣慰司，成为当今世界最为庞大的帝国。虽然很多地方只是名义上的统一，蒙古草原、北疆和日本的藩属国林立，但随着中原人口的剧增明朝已经开始进行大规模的人口迁徙，一方面缓解内地的社会压力，另一方面巩固边疆地区的统治。在这种新的形势下，朱由校决定重新设置战区，为下一步的对外扩张做好准备工作。
北方战区以沈阳为中心，前沿为雅库斯克、海参崴、子卿城、叶尼塞河三卫。内部将上京改名为哈尔滨，作为黑龙江布政使的首府。改黄龙府（正是岳飞曾说的“直捣黄龙府，与诸军痛饮耳”中的黄龙）为长春，作为吉林布政使的首府，同时合并塔木卫、亦东河卫、木古河卫。将科尔沁部、插汉部、鄂尔多斯部以及长城往北四百里的草原合并为内蒙古宣慰司，首府为乌拉巴托。以上区域作为北方战区的管辖范围，其主要任务是维持内部的秩序，打击反叛的游牧部落，保护迁徙到境内的汉人的安全。
西部战区以成都为中心，除四川、甘肃、陕西、宁夏、青海外，还包括吐鲁番的哈密、南疆的乌鲁木齐，以及乌斯藏都司、朵甘都司。为了加强对西藏的管理，战区设立后立即派驻军队到拉萨和林芝，收回藏巴汗的军事指挥权。派驻流官到拉萨、林芝等地，结束高原上长期脱离内地文明的落后局面。
西部战区的主要任务是对外联合沙俄、波斯共同维护丝绸之路的畅通，阻止奥斯曼帝国向里海以东渗透。对内加强朝廷在中亚地区的影响力，迁徙人口前往拉萨、林芝、西宁、哈密、乌鲁木齐等地，同时开始测绘伊利、阿拉木图和里海东岸的地形，准备恢复唐朝时期的北庭、安西都护府的旧制。
南部战区以广州为中心，包含云南、贵州、两广、湖南、吕宋宣慰司、旧港宣慰司，另外增设海南布政司和南越宣慰司。由于南居益、洪承畴已经开始在新港和马六甲修建菱堡，控制了这片重要的战略海域，朝廷正式将马六甲海峡纳入疆土，并派派王景弘的八辈孙王延祚为马六甲巡抚，施二姐的后人施大宣任马六甲总兵。
南部战区的主要任务是遏制马六甲海峡，打击过往的走私船只，加强朝廷对海外贸易的控制力度和主导地位。与暹罗、老挝、高棉维持稳定的藩属关系，收集南越黎朝和占城、缅甸的情况，为下一步全面南下扫清障碍。
东部战区以南京为中心，统辖江苏、浙江、福建、江西、安徽，增设台湾宣慰司和琉球宣慰司，隶属福建省，另外还包括东瀛宣慰司和济州宣慰司。其主要任务是封锁日本列国与外界的联系，不断运送当地倭人迁往雅库斯克和叶尼塞河流域，持续削弱日本的国力。
中部战区以北京为中心，统辖北直隶、山东、河南、山西，负责京师的防护安全。辖区内的军队由皇帝直接指挥，防止其他战区的总督拥兵自重。
五大战区打破了原先各个卫所、土司各自为王的局面，因牵扯的利益甚广，再次引发了勋贵的不满。卫所以及下属的班军、民壮、乡兵虽然战斗力不高，但是人数庞大，强制专业势必会影响地方的治安，甚至会从中再出现一个类似驿卒李自成那样的狠人。
面对艰难险阻，朱由校选择迎风翱翔。他先是取消了明朝的军户制度，改为义务兵役制，然后挑选那些有战功的将士和军校毕业生到军中任职，不仅要训练传统的军事本领，还第一次引入政审，加强军队的思想教育。
如遇战事，各战区总督需提前向军机处汇报，经皇帝批准后下发作战命令，交由兵部负责传达，具体战役由战区自行指挥。这样既解决了总督拥兵自重的情况，又提高了作战的灵活性。
这次改革也是权力的一次重新洗牌，文官治军的传统被打破，从军校涌出的职业军人和经历过沙场洗礼的将士们成为军队的骨干。在明军的装备和战术无限接近近代化的同时，朱由校也期待着军人的作风和思想也能够与时俱进，将战斗力提升到一个新的高度。
为了保证改组战区平稳过渡，从天启七年末开始明朝全面停止了对外用兵，甚至对南越黎氏的入侵采取了默认的态度，这让朝野上下倍感诧异。要知道朱由校从登基开始就一直骑在马背上，尚武崇豪已经成为汉人的风气，如今他竟然能容忍黎氏的挑衅，可谓事出反常必有妖。
其实南越早就是朱由校的下一个作战目标，为此他在软禁了滇南阿迷洲土司普名声、武定土司吾必奎、王弄土司沙定洲以后，便派出大量的锦衣卫南下刺探情报，绘制当地的山川地貌，统计人口分布情况。袁崇焕到任广西以后，朱由校又在滇南设置南越宣慰司，以建设兵团的形式大量迁入内地人口，不断在当地拓宽道理，架设桥梁，这才引起了南越黎氏的警觉，不断派出小股部队进行骚扰，想借此试探明朝的战略意图。
