织田信衡这些人虽然丑陋卑贱，但是打起仗来真是一点也不含糊，在明朝的支持下很快便聚集了两万家臣在高知县公开对抗德川幕府。此时德川秀忠刚刚平息了高山右近、内藤如安的叛乱，海军又遭到欧洲联军的重创，气的差点一命呜呼，军政要务只能交由德川家光负责。
对于德川幕府的权力更替，一直对将军位置野心勃勃的德川忠长非常不满。此前由于德川家光是其祖父德川家康钦点的继位人，德川忠长不敢有所不轨的行为。可是如今德川秀忠卧床不起，他认为这是篡位的一个绝佳机会，很快他便前往南京进谏朱由校，希望明朝能够支持他成为日本的三代将军。
“尊敬的明朝皇帝，家兄竹千代擅谄媚之言，这才得到我祖父的偏爱，将他定为继承人。可是他志大才疏，刚愎自用，还是左大臣时就对大明心存僭越之心，若让他顺利的掌管幕府，将来肯定会像丰臣秀吉那样入侵朝鲜。”
朱由校听完心想你说德川家光不好，难不成你就是什么好东西了？何况我手里已经握有织田信衡这张牌，没有足够的好处是不可能改变策略的。
德川忠长见明朝皇帝不为所动，突然跪地说道：
“陛下，如果你能支持我成为第三代将军，我会向你俯首称臣，并割让长崎作为两国通商的场地。除此之外我还保证不会再有海盗袭扰大明沿海，每年进贡五十万两白银。”
对于这个条件朱由校还是可以接受的，不过摆在德川忠长面前的问题是他一没兵，二没钱，回国以后根本成不了什么气候。为此朱由校暗自权衡了一下，这才开口说道：
“朕听日本商人说起过你的事，他们都认为你比你家兄优秀，更适合做新任的将军。今日一见果不其然，你比朕想象的还要出类拔萃，日本能有你主持大局是再好不过了。可你父亲既然已经让位给了德川家光，如今他手里握有军政大权，即便朕支持你，你又如何和他相争？”
德川忠长见明朝皇帝对自己有所期待，趁热打铁的说道：
“臣听闻陛下曾宴请过织田信衡，想必清楚他是个扶不起的阿斗，目前织田军队虽然占据了四国岛，但很快就会被家兄剿灭。届时江户幕府会乘胜追击，消灭九州岛的叛军，驱赶所有外国商人，全面推行禁商政策。”
德川忠长这个畜生虽然没有直接回答朱由校的问题，但间接的指出了德川家光执政后对明朝的排斥态度，这对于明朝想实施落日行动不是一个好的信号。为此朱由校决定支持德川忠长成为江户幕府的关白，让他率领朝鲜军队进入本州岛正面牵制德川家光的力量，然后命令织田信衡继续在四国岛清楚幕府的残余势力，稳定岛内的统治。
当然朱由校知道这种局面不会持续太久，德川忠长和织田信衡一旦羽翼丰满就会和明朝撕破脸，所以他一面派出使者调停日本的内战，一面积极调拨军队和辎重，寻找时机介入这场战争。
此时德川家光独揽大权，对于内部的叛乱非常懊恼，他虽然知道叛军的背后都有明朝的影子，但他自知现在还不能公然对抗明朝。为了尽快消灭这些叛军，他决定向明朝递交国书，表示愿意以大明为宗主国，定期到京师朝贡，同时要求明朝出兵牵制濑户内海的英格兰舰队。
对于德川家光的盛情邀请，朱由校当然不会放过这个千载难逢的机会，他不但派出海军精锐进入江户外海，还动员二十万大军分三路占领九州岛。
第一路由洪承畴、沈有容、郑芝龙指挥，率领商人武装、朝鲜军队共三万人从鹿儿岛登陆，然后由南向北推进。
第二路由袁可立、熊文灿、颜思齐指挥，率领明、台、吕宋将士六万人占领福冈，修筑工事防止本州岛的幕府军反扑。
第三路由南居益、蒋德璟、甘辉指挥，率明朝水师精锐十一万人直扑长崎，在李国助、杨天生等人的配合下稳定长崎城内的局势，然后兵分两路向鹿儿岛和福冈推进，在其他两路军队的配合下夹击岛内的反抗力量。
熊廷弼、商周祚、毛文龙负责远征军的后勤补给，确保从明朝境内和朝鲜运送的兵源、辎重能够顺利的进入九州岛。同时封锁台湾海峡，禁止外国船只出入，所有的海外贸易暂时在泉州和广州进行。
大军出征，浩浩荡荡，锦旗无数，遮天蔽日。朱由校检阅完三军后天色早已迟暮，当夜决定在沙滩上来一场别具一格的篝火盛宴，借此向主要将领摊牌。
当晚繁星点点，海风吹打着军旗响声瑟瑟，身后的海浪奋不顾身的拍碎在礁石上。朱由校与众将士合唱了几首军歌后，这才起身举杯说道：
“此番三路大军共计二十万人，加上预备队和后勤人员，总兵力超过一百万人。朝廷如此兴师动众目的只有一个，那就是消灭倭寇，将日本纳入明朝版图，彻底解决大洋争霸的后顾之忧。
兵法云‘将在外君命有所不受’，朕不会干预前线的作战指挥，你们尽情的放开了来打，打赢了朕给你们封侯授爵，打输了朕替你们抚恤家人。总之，这场远征只有一方可以活下来，那就是我们，正义必胜！”
说完，朱由校拔出宝剑劈向天空，剑锋划破夜幕，欲带给世人光明。此时众人早已沸腾起来，这些年朱由校带领他们追南逐北，建功无数，在将士们的心里他就是不败神话。此番征服日本，他不仅采用了分化的策略来减少敌人的阻力，而且出动百万大军确保万无一失，甚至放权给前线的将领自主寻觅战机，这就等于给百万猛虎解开绳索，兵锋之锐可想而知。
很快四周的人纷纷跪地叩首，山呼万岁，待喧嚣过后，朱由校抬手示意大家安静，然后继续说道：
“为了避免束缚将军们的手脚，朕不会过多的干预你们的作战计划，但是你们要清楚落日行动分为三个阶段。
第一步是占据长崎、福冈、鹿儿岛，以这三地为中心，互相配合，迅速平息九州岛内的抵抗，然后扶持当地几个亲华的藩主组建伪军，借助他们的力量在岛内建立牢固的统治秩序。
第二步是帮助织田信衡他们登陆本州岛，与德川忠长两线夹击幕府军队，待三方力战而竭时趁机突袭江户，一举俘获幕府和皇室的主要成员。
第三步是支持后水尾天皇主政，采取‘挟天子以令诸侯’的策略逐个消灭德川和织田家族的势力，最终将日本纳入大明的疆域。”
翌日拂晓，万舰齐发，声势之壮，旷古烁今。这是继郑和之后世界上规模最为庞大的一支舰队，幸运的是它的主人是中华民族。朱由校目视着南居益他们的旗舰慢慢消失在海平线上，这才起身返回南京，那里虽然没有炮火纷飞，但却是暗流涌动。
随着战争的进行，朝廷每天需要输送的辎重弹药等就达数百船，充盈的国库很快就将被搬运一空，甚至连内务府也要勒紧裤腰带。为了保证远征军不受后勤的牵制，朱由校祭出魏忠贤这张王牌，勒令他前往浙江、福建、安徽等地加征三饷。同时命韩熀、杨涟等人在内地设置关卡，向过往的商旅征税。
朱由校在后方忙着筹集粮饷，前往的将士们也在浴血奋战。初期的战役并不顺利，尤其是坚守长崎的松仓重政父子，面对装备精良的明军还是负隅顽抗，外城失守后依据内城的制高点又坚持了一个多月，准备与南居益他们玩命。
面对倭寇摆出拼命三郎的架势，南居益这才想起小皇帝的几句话，能用炮解决的不用枪，能用枪解决的不用剑，争取在每一次战役中都能集中优势兵力和火力，尽可能多的歼灭敌人的有生力量。
于是他果断的调集了数百门改良过的天启大炮，配上朱夔元在四川时研制的燃烧弹（古代四川出产石油），几轮齐射过后城内一片火海，到处都能听到倭寇鬼哭狼嚎般的惨叫。黑油燃烧时还附带浓烈的烟雾和有毒气体，堪称当时的化学武器，杀伤力不在炮弹之下。等到南居益命人打扫战场时，里面的尸体都已分辨不清，个个如那修罗地狱里的恶鬼。
