4月10日指挥第二支队第三团、第四团各一部反击日军进攻的狸头桥战斗，毙伤俘日伪军70余名，所部安全突围。
7月中下旬出席在皖南云岭召开的中共新四军第一次代表大会。
7月在狸头桥欢迎来访的国际友人史沫特莱。
8月中旬经中共中央和中央军委批准，新四军军部决定，在张鼎丞作为中共第七次代表大会代表赴延安以后，第二支队暂归陈毅指挥，对外仍用两个支队名义。
8月底根据新四军军部决定，开始组建新四军江南指挥部。
10月1日日本政府决定在南京成立日本派遣军总司令部，统一指挥侵华日军。
10月4日指挥第二支队第四团一部在宁沪铁路上龙潭仓头之间的伏击战，歼敌120余名，炸毁火车1列。
11月7日在溧阳县水西村召开的十月革命纪念大会上，第一次对外宣布新四军江南指挥部成立，陈毅、粟裕分任正副指挥。江南指挥部统一指挥原第一支队和第二支队的第二团、新编第三团（原第三团已奉命调回皖南，归新四军军部指挥）、第四团、第六团，以及江南抗日义勇军、丹阳游击纵队和地方武装，开展长江南北游击战争。
11月8日与陈毅指挥第六团、第二团在延陵贺甲村与“扫荡”延陵地区的日军激战，击毙武村大尉以下168人，俘虏日军3人，缴获轻机枪4挺、步枪28支。
11月中旬与陈毅指令张道庸（后改名陶勇）、卢胜率第四团一部渡江北上，帮助国民党鲁苏皖边游击总指挥李明扬运送弹药，相机开辟苏皖边区抗日根据地。以后，该部与挺进纵队合编为新四军苏皖支队，在江北开展抗日游击战争。
12月上旬中共中央中原局书记刘少奇率领中原局领导机关抵达新四军江北指挥部驻地皖东定远县。根据中共中央决定，统一领导长江以北、陇海路以南河南、湖北、安徽、江苏一带党的工作。
1940年33岁
1月1日在上海出版的《申报》发表任重的《粟裕将军会见记》，引述粟裕对于江南敌后游击战的谈话。记者说，“粟司令不但是运筹帷幄之中，而且是制胜千里之外”，“他的深谋远虑是他的部下以及知道他的朋友所钦佩的”。他率领新四军先遣支队挺进南京、镇江沦陷区，并取得韦岗战斗胜利，“在最恶劣的地区中顽强地站住”。“不但是站住，而且是不断地向日人进攻，一直进攻到南京、镇江的外围日人的据点里”。
1月19日中共中央书记处致中共中央东南局电，进一步明确新四军的发展方针，指出：“新四军向北发展的方针，六中全会早已共同确定，后来周恩来到新四军时，又商得‘向南巩固，向东作战，向北发展’的一致意见”。“我们曾主张从江南再调一个到二个团来江北，以便大大地发展华中力量”。“江南陈毅同志处应努力向苏北发展”。根据中共中央指示精神，陈毅、粟裕决定派挺进纵队第一团、第四团渡江北上，向江都吴家桥地区发展。
2月7日（农历除夕）陈毅为粟裕题写对联：“轻裘缓带羊叔子，食少事繁诸葛公”，借羊祜、诸葛亮赞誉粟裕，同时劝他注意休息。
2月12日夜，在神塘圩战斗中，与陈毅派参谋协助后方医院越过封锁线，安全转移至郎溪、广德地区。
2月22日指挥“江抗”二团、教导大队和江南指挥部机关人员，击退偷袭江南指挥部驻地水西村之日伪军。
3月5日中共中央书记处电示新四军和中原局：应提出新四军江南部队北调，以对抗蒋介石要新四军江北部队南开之类的无理命令。“在目前阶段内，两党斗争问题即反磨擦问题上的战术，就是攻势防御，而决不可采取单纯防御”。
3月29日中共中央书记处来电指出：国民党顽固派制造磨擦的中心将由华北移至华中，“有可能利用其优势兵力向新四军军部地区进攻”。“因此军部及皖南部队应预先有所准备，以免遭袭击，万不得已时可向苏南陈（毅）支队靠拢，再向苏北转移”。陈毅部队应立即向苏北发展。
3月30日汪精卫的伪国民政府在南京成立。新四军将领通电声讨。
3月国民党第三战区调集5个师、1个旅和地方保安团队共约18个团兵力，主要部署在皖南、苏南一带，同时规定新四军苏南部队活动范围限制在南京、天王寺、秣陵关最长30公里的三角地带，勒令已在江北的第四支队、第五支队和叶飞、陶勇部队南调，企图切断新四军皖南与苏南的联系，造成围歼皖南、威逼苏南之势。他们认为，“叶（挺）项（英）在皖南，如瓮中之鳖，手到擒来；陈（毅）粟（裕）在苏南，如海滨之鱼，稍纵即逝”。
4月16日对准备渡江北进而集中整训的江南指挥部主力部队指挥员作《关于组织战斗》的报告。报告指出：“随着生产和科学技术的发展，新式武器不断产生出来，同时战争的性质、战争的范围和规模、战争的形态和手段，都在不断变化，于是军队的指挥关系也在不断演进”，目前已进入“组织战斗时期”。
“战争不仅是军事力量的对比，也是政治、经济力量的对比，是各种力量的总决赛。要保障战争的胜利，一定要把人力、物力、财力等各方面的力量组织好；战争的哪一方能多动员些力量，那一方就多一层胜利的保障”。
4月21日与陈毅、罗忠毅、邓振询联名发出致中共中央电，建议新四军军部及皖南部队东移苏南。他们认为，“皖南、苏南分则力弱，合作可以开展局面”。“国民党亦希望我们让出皖南，完全迫使我军进入平原。我们应该将计就计，以退为进”，“应先放弃皖南，集中全力发展苏南，直到海边”。中共中央于4月26日复电指出：“皖南军部以速移苏南为宜”。“在战争区域，特别是在敌人后方，我应放手发展武装，建立政权，建立根据地，在有理有利有节条件下，坚决打击阻碍我发展的反共顽固派”。
5月2日与陈毅联名发出致中共中央电，建议新四军主力力求集中。他们认为，“目前新四军的弱点是不集中，没有主力，因此也不能在自卫原则上争取主动”。“目前应力求集中主力”。“皖南部队企图在友方进攻时长征闽浙，这个企图是不可轻试的”。
5月4日中共中央电示中共中央东南局，指出：在一切日本占领区和战争区域，应不受国民党的限制，独立自主地放手扩大军队，坚决地建立根据地。由于国民党顽固派坚持执行防共反共限共政策，“我们应强调斗争，不应强调统一”。“在应付全国性的突然事变的问题上，也只有采取斗争的方针，才能使全党全军在精神上有所准备，工作上有所布置。否则，就将再犯一九二七年的错误”。并指示：“此指示，在皖南由项英同志传达，在苏南由陈毅同志传达”。此电，史称第二个“五四指示”。
5月5日中共中央电示项英、陈毅：一、“同意军部、后方机关及皖南主力移至苏南”，但请注意皖南阵地仍需坚持并发展。二、“新四军一、二、三支队主力的主要发展方向也不是在溧阳、溧水、郎溪、广德等靠近中央军之地区，而是在苏南、苏北广大敌人后方直至海边之数十个县，尤其是长江以北地区”。
三、应在吴淞口至南京之间及芜湖以西长江两岸控制多处渡口，务不使被切断渡江交通。四、“速令叶飞在北岸扩大部队，建立政权，不要顾虑顾祝同、韩德勤、李明扬之反对”。陈毅接到中共中央指示后，即于5月中旬召开团、县以上负责人会议，传达中共中央指示，作出向东发展的部署。
5月29日与陈毅联名发出致新四军军部并中原局、中共中央电，报告：
日本军队侵占苏北兴化，国民党军向东台等地撤退，“为我乘机随敌后前进发展之良机”，已令管文蔚、叶飞和陶勇各部向敌后发展，并对李明扬、李长江等地方实力派积极进行统战工作。
6月10日获悉国民党第三战区第二游击区副总指挥冷欣指挥的第六十三师、第四十师将形成对新四军苏南部队的包围，并公开进行反新四军宣传，陈毅、粟裕决定率领江南指挥部及所属部队向苏北转移。当天即将这一行动计划电告中共中央。6月15日，在率部北移途中再次电告中共中央：“决心布置移往苏北，并建议皖南军部方面速宜部署”。
6月18日指挥新四军苏南部队四个团发起西塔山反击战，击溃围追堵截的国民党军冷欣部两个团，为江南指挥部及所属部队渡江北上赢得了准备时间。
6月27日深夜得知国民党鲁苏皖边区游击军正副总指挥李明扬、李长江即将对位于郭村地区的新四军挺进纵队发起攻击，陈毅、粟裕立即命令陶勇率苏皖支队火速增援。28日，陈毅换便衣隐蔽渡江北上，亲临决策。30日，挺进纵队与苏皖支队发起反击，击溃李明扬、李长江部三个团，迫使两李部全线溃退。
7月8日率领新四军江南指挥部及第二团、新六团等部近2000人，摆脱国民党军的围追堵截，突破日伪军的几道封锁线，胜利北渡长江，到达苏北吴家桥、郭村地区，与挺进纵队、苏皖支队会合。
7月12日根据中共中央指示，新四军江南指挥部改为新四军苏北指挥部，陈毅任司令员兼政治委员，粟裕任副司令员。所属部队7000余人，分编为3个纵队，每个纵队3个团。第一纵队以叶飞为司令员兼政治委员。第二纵队以王必成为司令员，刘培善为政治委员。第三纵队以陶勇为司令员，刘先胜为政治委员。
7月中旬陈毅、粟裕召开苏北指挥部会议，讨论以何处为中心建设根据地问题。会前曾有三种议论：一是扼守扬州、泰州地区；二是北进兴化；三是进取黄桥。会议决定东进黄桥，在敌占区建立以黄桥为中心的根据地。7月14日，将这一决心报告新四军军部。新四军军部于15日转报中共中央。苏北指挥部随即发布政治动员令，提出“团结、抗战、反顽”口号，要求全体指战员做好打运动战、歼灭战的充分准备，严格执行纪律，宣传党的政策，开展群众工作。部队在扬州、泰州地区休整一周。
7月中旬在苏北指挥部参谋工作会议上作《战时参谋工作》报告，根据国内国外战争经验，对参谋机关的职能和战时参谋工作作全面论述。指出：“现代战争是双方各种力量的决赛。决定胜负的诸因素中，参谋机关的强弱、对战争指导的正确与错误，是重要因素之一”。要做好参谋工作，“首先应该认清我们所处的环境和依据情况所采取的作战方针。我们现在处于敌顽夹击中，两面作战。
我们必须在敌顽夹击中坚决战斗，以战斗胜利来求得生存发展。我们要依据我们的技术、物质条件和有生力量，区别不同作战对象，确定我们的作战方针。对日寇，因为它装备技术比我们强，还是同它打游击战。其规模大小，因地制宜”。
“对于正在准备向我们进攻的顽固派军队，因为他们除了数量多、装备好之外，其他方面都不如我们，完全可以而且必须采取主力战、歼灭战、运动战的自卫方针，集中几万人进行会战，在会战中消灭他”。
7月25日率领苏北指挥部及所属部队开始东进，通过李明扬部防区，先后击溃阻击我军前进的陈泰运部两个团，歼灭何克谦部近2000人，并争取何克谦部两个团起义，于7月29日进驻黄桥。随即向黄桥附近日军占领区进击，攻克孤山、西来镇等日伪军据点，分兵发动群众，扩大充实部队，建立抗日政权，准备反击日伪军“扫荡”。8月上旬，以黄桥为中心的根据地初具规模。
8月3日中共中央中原局书记刘少奇电示陈毅、粟裕并报中共中央军委：
“省韩（指江苏省政府主席韩德勤）集中20个团向你们进攻，望你们尽可能固守”。8月21日，韩德勤向所属部队下达向黄桥地区新四军部队进攻的命令。
8月20日新四军苏北指挥部与中共新四军苏北军分委联合发出《对于创建黄桥大根据地的指示》，指出：“目前的工作任务是积极充实主力，严格整训部队，努力民众运动，建立民主政权工作的基础，随时准备迎接反扫荡、反磨擦的胜利”。苏北指挥部政治部也发出《九月份政治工作方针的训令》，针对韩德勤即将发动的大规模进攻，明确提出“准备决战是中心”、“决战决定一切”的口号。
8月31日与陈毅联名发出致中共中央并中原局书记胡服（刘少奇）、新四军军长叶挺、副军长项英电，报告韩德勤已决定集中力量进攻新四军苏北指挥部所属部队，建议八路军部队迅速南下增援。胡服于9月1日复电指出：韩德勤亦有向北进攻八路军部队可能。如进攻你们，决令苏北各部不顾一切南下。如向北进攻苏支，你们亦当向东台、盐城北进增援。
9月3日得知韩德勤兵分两路向黄桥地区进攻，决定严守自卫立场，待敌军深入我军防区时，再集中兵力各个歼灭。9月6日，指挥营溪反击战，歼灭其先头部队保安第一旅两个团。为争取保安旅合作抗日或保持中立，战后主动释放其副团长以下被俘人员100余人。
9月13日指挥第二、第三两个纵队围攻姜堰。经一昼夜激战，胜利攻克姜堰，歼灭守军1000余人，缴获大量武器和军用物资。战后再次声明只求救国有份、抗战有地，呼吁韩德勤重开谈判，停止内战，团结抗日，合理解决纠纷。
得到各界人士同声响应。9月30日，主动退出姜堰，同时通知李明扬、陈泰运接防，又送给陈泰运100多条枪。
9月中旬根据中共中央中原局指示，在黄桥成立中共苏北区委员会，以陈毅、陈丕显为正副书记，粟裕等为委员。
9月30日韩德勤亲自指挥国民党军16个团3万余人南下，企图歼灭新四军苏北部队于黄桥地区。面对数倍于己的强敌进攻，陈毅、粟裕等立即召集各纵队领导干部开会，作出政治、军事等方面的应对措施。对党政军民进行深入动员，掀起声讨国民党顽固派破坏抗日的罪行、支援新四军反击作战的热潮。加强统一战线工作，争取李明扬、陈泰运中立，苏北各界绅士245人联名通电制止韩德勤的反共行动。在军事上，决定采取以黄桥为轴心诱敌深入各个击破的作战方针，选择战斗力最强的独立第六旅作为首歼对象。陈毅在黄桥附近的严徐庄掌握全局，粟裕在黄桥前线负责战场指挥。
10月3日毛泽东电告在重庆的周恩来：八路军黄克诚部将南下阜宁、盐城支援陈毅。“望先告何应钦停止韩（德勤）的行动，否则八路军不能坐视”。
我们的方针是：“韩不攻陈，黄不攻韩；韩若攻陈，黄必攻韩”。
10月4日黄桥决战开始。经三昼夜浴血奋战，全歼国民党军独立第六旅和第八十九军11万余人，并乘胜进占海安、东台等地。10月10日，进占东台的王必成第二纵队第二团与从盐城南下的八路军第五纵队胡炳云团在白驹镇地区会师。战后，粟裕在海安干部会议上作黄桥战役总结，指出：黄桥战役的胜利是新四军历史上空前的胜利，是新四军能否在苏北立足的关键。此战胜利并与八路军会师，使苏北的抗日民主根据地和华北的抗日民主根据地连成一片，不仅奠定了苏北抗日民主根据地的基础，而且使华中革命势力取得第一步的优势，也就是增加了中国革命胜利的条件。
