9月13日国民党军三个整编师（军）沿运河向两淮进攻。整编第七十四师占领泗阳，与华中野战军第九纵队、第十三旅在泗阳、淮阴之间激战。国民党军第七军占领众兴，与山东野战军主力当面对峙。
同日山野连发两电：一给第九纵队、华中军区，“决由谭组织指挥所，统一指挥十三旅十八团、五旅、九纵及淮宝部队，担任保卫两淮”。一给谭震林，说“我拟歼由众兴犯来安之敌，九纵、十八团应固守马头、杨庄一线”，“为防万一，请准备随时能炸破淮阴北大桥”。
9月15日谭震林、张致山野电，说反击和坚守均难完成任务，建议主力于王营、西坝待命。
同日华中军区于17时、18时连发两电给山野。17时电报告：已令十三旅、九纵坚守杨庄、马头，五旅将于16日7时抵达平桥以北。马头极端危险，请示：“军长有何退敌对策？”18时电提出保卫两淮作战方案，建议山东野战军除以一部阻止众兴之敌东进外，主力即移淮阴，以稳定两淮战局。
同日山野致华中军区、淮阴指挥所电：请考虑退守淮阴城垣。即令不幸敌突入淮阴，我军能固守淮安，待苏中主力赶到，局面仍可开展。说山野已与敌接触于来安、渔沟间，力求歼敌三个团，收复众兴、泗阳。
同日酉时，与张鼎丞、邓子恢、谭震林联名发出致陈毅并中共中央电，报告国民党军整编第七十四师已进至淮阴马头附近，我阻击部队的反击只能阻延敌军前进，而不能歼灭该敌，两淮仍有危险。认为“仅以山野各部解决由众兴向渔沟前进之敌，恐难解决战斗，且仍是一场恶战，对今后继续作战不利。因此，建议在一、六师未到前，山野主力即移淮阴附近，首先集中全力歼灭由朱家渡向马头前进之敌（该敌较七军弱）一个旅，然后再进行第二步作战”。
同日华中军区后方机关编为两个梯队，第一梯队准备转移到益林地区坚持工作，第二梯队准备向山东转移。
9月16日中共中央军委发出集中优势兵力各个歼灭敌人的指示，指出：
“集中优势兵力、各个歼灭敌人的作战方法，不但必须应用于战役的部署方面，而且必须应用于战术的部署方面。”在战役部署方面，“例如我粟谭军在如皋附近，八月十一、二十二日歼敌交通警察部队五千，八月二十六日又歼敌一个旅，八月二十七日又歼敌一个半旅”。又指出：“集中兵力各个歼敌的原则，以歼灭敌军有生力量为主要目标，不以保守或夺取地方为主要目标。”
同日未时，与张鼎丞、邓子恢、谭震林联名发出致陈毅、宋时轮并中共中央电，再次建议山东野战军主力南下参战。电报说：“我们始终认为山野不宜守待七军，而以转移主力，首先歼灭七十四师为宜。”
同日山野致山东野战军第一纵队、鲁南军区、山东军区电，指令：“一纵即南下新安镇”，“保证南北交通”。
同日与张鼎丞、邓子恢联名发出致山野电，报告华中野战军第五旅已经到达淮阴，第一、第六两师主力将于20日、26日先后到达两淮。
同日华中前指致山野电，报告敌军已占杨庄，“盐河老黄河大桥已被我烧毁”。
9月17日拂晓由淮安出发赶赴淮阴前线指挥所。
同日5时，华中前指连发两电给山野，报告“此间形势很坏”，建议山东野战军主力南下参战。电报说：“如你们不以主力出击进攻清江（即淮阴）之敌，则清江今日可能失守”。
同日9时，陈毅致粟裕、谭震林电，说：“我军包围桂敌于来安、渔沟间，今夜明日必经过恶战始能解决问题。你们尽量固守几日，否则按实情处理。后撤时，彻底破坏王营两座大桥。”同日12时，与谭震林联名复电：“望你们接受我建议，先打南面之敌”。
同日陈毅致张鼎丞、粟裕、邓子恢、谭震林电：“（一）据谭电告，敌已占杨庄、西坝，王营大桥已毁，山野南援路断。我淮阴部队能则守至王陶纵队赶到时即应力守；如不可能，应于消耗敌之后即机动转移新阵地，组织新抵抗，以待援兵，大举反攻。（二）你们对山野行动的意见均正确，同意办理。此次出毛病，没有估计到敌迅速南下，原想避开桂军，控制主力于（六塘）河北，不料蒋军又不来，未碰到他。（三）山野九日过六塘河，寒日（14日）又转回来，部署调整完毕，当面敌情未能分清楚，故丧南援时机。八时［师］即可转移，二纵转移不及，十五日桥又破坏，与桂系接触。总之，此次淮北作战，由于主观指导错误，遗［贻］误全局，五内如焚，力图挽救，当尊重兄等建议。（四）今后局势，力求会师，改变局面。会师突击方向，王陶纵宜在何处集结，淮东北地区钳制敌人之部署，部队运动道路，桥梁架设，粮草等，我不熟悉，请商定见告办理。”
同日13时，与谭震林连发两电给山野，“仍恳请山野主力早日南来”，集中兵力歼进攻淮阴之敌一个旅，“否则淮阴难保”。同时报告：五旅全部今晚可到淮阴。“王营南北大桥均已架好，可二路纵队通过。山野如南来，一部可在淮阴飞机场西北地区宿营，一部可在王营宿营。”
9月18日中共中央军委致陈毅、张鼎丞、邓子恢、粟裕、谭震林电，指出：“八师南下，如叶赖纵再南下，则鲁南全无保障。你们现在集中山野全军及一、六师，五旅，皮旅，如此大兵尚不能打开局面，即使叶赖南下亦将难起作用。你们不要只顾苏北，忘记山东。”
同日陈毅致粟裕、谭震林电：“决以韦国清率四、九两旅全部轻装，今晚赶到淮阴，明天参战。请你们无论如何坚持两天。韦到即指定驻地，分配出击任务。”
同日与谭震林联名发出致张鼎丞、邓子恢、陈毅、宋时轮并中共中央军委电：“淮阴危机，已屡祈救。念我六师一个旅今晨可到板闸墁，军长已决定派四、九两旅来援。因此我们明晚即可转入反攻，首先歼灭敌人之一个旅，尔后再歼灭其余部”。中共中央军委于9月19日7时复电指示：“击退多次进攻，并准备转入反攻，首先歼敌一旅，然后再歼其余，甚好甚慰。望鼓励士气，完成歼敌任务。”
同日陈毅致华中野战军电，说：“桂顽三个团猛攻渔沟，我各部遂加入战斗。现除守备渔沟之六十一团外，余均在战斗中。但仍尽可能一二个团今夜南下淮城，不知可能如何。明晚如能过河，则更多抽调。你们明日坚持一天即是伟大胜利。”
同日18时，陈毅致粟裕、谭震林、华中军区电：“决派十九旅五十六团明晓赶到王营，请接候。”收到此电，即派参谋张剑持给五十六团团长、政委的亲笔信，接送他们到淮阴城下，要他们接受第五旅旅长成钧、政委赵启民指挥。
9月19日3时半，陈毅致华中军区电：四、九旅无兵去两淮。
同日午时，发出致陈毅、宋时轮、张鼎丞、邓子恢并中共中央电：“昨晚得悉军长已派四、九旅南来增援，我们当已部署以一部兵力转入敌后，但四、九旅又停止南来，致使敌人乘隙于今晨突入淮阴城关，我们现正督部队决歼灭进城之敌”。“我现仍在淮阴城东三里之洪福庄，谭（震林）于今晨赴淮安督促六师先头部队北开”。
同日14时，华中军区致山野并报中共中央军委电，报告：“至今日二时许，预定山野二纵南来参战（部队重新调整部署），敌从空隙从西北方向袭进城两个连。”
同日申时，与谭震林联名发出致陈毅、宋时轮并中共中央军委电，报告：
“（甲）今晨突入淮阴之敌已达一个团以上，其后续部队正继续跟进。我军经一周之激战，已十分疲劳，且主力尚未赶到，故决定撤离淮阴。（乙）原驻王营之军区特务团与今上午赶来增援之五十六团，已令其开回王营，该两部今后行动请军部直接指示他们。（丙）我们各部均须休息，拟撤至两淮以东地区休整待机。”
同日，华中野战军部队撤出淮阴。9月22日，中共中央华中分局和华中军区机关撤出淮安。
同日18时，陈毅致华中野战军电：“我即率二纵全部赴王营、西坝”。
9月20日中共中央军委致陈毅、粟裕、谭震林并告张鼎丞、邓子恢电，指示：“我放弃淮阴后各部主力撤至距敌较远地区休整，以一部扰击敌人，待一、六师到达之后，待敌分散有机可乘之时，各个歼灭敌人。依苏中经验，敌分散占领我区利于我各个歼敌，人民亦可从战争中获得锻炼，惟军事工业须迁往安全地点。”
同日华中野战军发出休整部署命令。
同日22时，与张鼎丞、邓子恢、谭震林联名发出致中共中央并陈毅、宋时轮、张云逸、黎玉电，提出华中、山东两个野战军集中作战改变战局的建议。
电报说：“为了改变华中局势，我们建议以集中华中、山东两个野战军攻下宿迁，得手后再向西扩张战果，攻占睢宁、灵璧、泗县，并扫除陇海东段之曹八集、大许家等处敌人，以恢复淮北路东地区。第二步攻占津浦路，配合刘邓包围徐州。
这样李延年部必然东调，我可在其运动中求得逐步歼灭他之有生力量。”陈毅于9月21日午时致中共中央并张鼎丞、邓子恢、粟裕、谭震林、张云逸、黎玉电：
“我同意华中分局二十日夜建议，山野、华野集中由淮海区向西行动的办法，并主张两个野指合成一个。”张云逸、黎玉于9月21日复电，表示“完全同意张粟邓谭二十日电意见”。中共中央于9月22日复电，同意两个野战军集中行动，“统一指挥，向淮海行动打开战局，望即按此方针坚决执行”。23日再电指示：
“山野、华野两军集中行动，两个指挥部亦应合一。提议陈毅为司令员兼政委，粟裕为副司令员，谭震林为副政委。如同意请即公布（对内）执行。”
9月22日中共中央华中分局、华中军区发出关于淮阴撤退后时局与任务的指示。
9月24日华中野战军指挥机关准备西进。
9月25日在华中野战军干部大会上作苏中战役总结报告。报告指出，苏中战役胜利的原因，从军事上来讲，首先是由于我们没有机械地教条主义地运用战略指导原则。我们不轻易放弃一个战略支点，但我们也不死守一地。其次是执行了战略上以少胜多的原则，但在战术上则恰恰相反，采取了以多胜少的打法。
第三是采取了战役战斗的速决战。第四，各兵团协同动作是取得战斗胜利的决定条件之一。
同日对新华社记者发表谈话，指出：“我军的撤出两淮，绝对不是我们军事上的失败，而是对蒋军大规模歼灭战的开始”。“我们所进行的运动战，胜败不决定于一城一地之得失，而决定于有生力量的消长。如果我们的有生力量没有损失，则某些城市的暂时放弃，正可以分散敌人的兵力而造成有利于消灭敌人的条件”。
同日陈毅致张鼎丞、邓子恢、粟裕、谭震林、张云逸、黎玉并报中共中央军委电，提出两个野战军会合后的作战部署：力求陇海东段及淮海区之巩固，待主力集结后再行出击桂顽。
9月26日山野连发三电给华中军区、华中野战军，认为首先在运河以东打一二个胜仗才能打开局面，要华中野战军主力迅速北移至涟水陈师庵一带，集中21个团歼击桂系国民党军。
同日与张鼎丞、邓子恢、谭震林联名发出致山野电，建议“目前第一仗以打蒋军为宜”。“华野各部两个月之战斗未经休整，在目前不宜进行激烈之恶战；山野各部亦应先求小胜为宜”。因此建议“集中华野及二纵一部歼灭进犯涟水之七十四师，尔后再依据情况变化转移兵力歼灭桂军与六十九师，或乘胜攻取两淮”。
同日亥时，中共中央军委致粟裕、谭震林电，指示：“山野、华野会合后，第一仗必须打胜。你们对于当前战役意见如何？两军何时可在何地会合？你们两人是否应当早日去陈（毅）处共同计划一切？”9月27日午时，与谭震林联名复电，报告华中野战军已与山东野战军在涟水地区会合，他们拟于明后日与陈毅会合。“我们意见，两军会合，初战必须获全胜。华野全部经两月余之战斗，未得休整之前，不宜与桂顽进行恶战。山野部队亦应以先打较弱之敌，以提高士气为宜”。因此建议首先集中兵力解决由两淮进攻涟水之敌七十四师（可能有二十八师一部配合），而后再依战况发展集中全力歼灭六十九师或桂顽，如获全胜亦可乘胜收复两淮。
9月28日中共中央军委电示陈毅：“两军会合第一仗必须打胜。我们意见：（一）不要打桂系，先打中央系；（二）不要分兵打两个敌人，必须集中打一个敌人。你们部署如何，盼告。”同日午时，陈毅、张鼎丞、粟裕、谭震林复电报告：“陈已来华野，即以华野为统一指挥机关”。“我们集中二纵及华野全力，在沭阳、涟水之间集结，布置出击或去运东作战”。
9月29日蒋介石下令进攻晋察冀解放区首府张家口。
9月30日午时，与张鼎丞、邓子恢、谭震林、曾山联名发出致中共中央并华东局电，报告他们对华东战局的分析及对下一步作战的建议，认为我军必须在1946年冬至1947年春歼敌20个旅20万人，才能根本改变华东战局，而在淮海地区的作战是有决定意义的作战。“淮北战斗之胜败，不但关系华中及山东之安稳，而且对全局都有重要之作用”。提议将华中部队改编，将第七师和第九纵队分别编入第一师、第六师、第一纵队、第二纵队，使各师各纵队各有三个旅，以更有力地进行作战。10月1日，以此电内容再报山野、中共中央军委。中共中央军委于10月5日复电指示：“计划甚当”，“望即商得陈军长同意，迅速执行”。
同日中共中央军委致陈毅、粟裕、谭震林并告刘伯承、邓小平电，指示：
“你们须力争于三个月内外歼灭薛岳七个至十个旅，刘、邓则担任歼灭五军及十一师。总之，今后一时期内主要打击薛岳，转换战局。”
10月1日中共中央发出《对目前时局的分析与争取自卫战争胜利的指示》。
同日陈毅致中共中央并张云逸、黎玉、舒同、陈士榘、袁仲贤电，通报与华中分局商定的作战部署。电报说：集中山野、华野主力于宿迁、沭阳之间，如敌东进即歼敌于运河东岸，敌如不进即西渡运河恢复淮北，说明“此部署是着重集中主力出击，并确保和坚持华中地区为严重战争任务”。又说：“两次到分局会谈，他们战争方针很正确。但我至淮北，战局顾虑太多，决心不够，未能发挥山野力量，有负党与人民的付托。今后集结张、邓、粟在一起，军事上多由粟下决心，定可改变局面。”中共中央于10月3日复电指示：“酉东电悉。部署甚好，望坚决执行。”
10月2日山野致华野电，指令位于涟水地区的华野主力转移到六塘河以北。
10月5日侵占两淮之国民党军整编第七十四师企图攻占涟水，已有两部进至马厂、悦来集。
同日发出致陈毅电，报告“敌已知我主力北移，且知我有进攻宿迁企图”，侵占淮阴之敌已于前日乘机向涟水进攻。建议调整原定作战部署，华野第六师南返，配合第五旅、第十三旅、第九纵队，首先歼灭进攻涟水之敌，然后继续进行淮北行动。陈毅于10月7日复电指示：“同意你们南移作战计划，望即行动。”“目前趋势是分布南北作战，你们南下负责打南面，我在北面照顾。一切望机动处理，不必等待协商”。
