正当南京会议发生争吵的时候，5月22日，四川陈宦宣布独立。这是对袁宣布独立的第七个省。陈宦宣布独立前，忧心忡忡，顾虑重重，其经过情况如下：
四川将军署和巡按使署都设在旧皇城里。陈每天晚餐后，照例要到督署后花园和几位秘书聊天。云南独立后，他在聊天时吐露真言：“蔡松坡一定会成功，袁世凯早晚必倒。”秘书邓文瑗问道：“时局既然如此，将军有何打算？”陈说：“蔡松坡有密电劝我响应独立。这不是一件轻而易举的事情。首先应当团结川军内部；其次要同冯华甫密切合作，才能立于不败之地。”
1916年2月，陈宦派秘书胡鄂公到南京打听冯国璋对袁的最后态度。不久，胡打来密电报告：袁、冯二人势成水火，今后决无合作之可能。但陈畏首畏尾，仍然下不了宣布独立的决心。
3月下旬，袁撤销了承认帝位案，并叫陈宦与蔡锷接洽四川停战问题。随后陈、蔡双方成立了停战协定。四月下旬，冯国璋的态度也更明朗了，公开打电报劝袁退位。陈宦步其后尘，也于5月3日电袁劝退说：“元首若先退位，其优待条件，当与各疆吏力争。”
段祺瑞根据陈宦等人的意见，拟定袁退位后的优待条件六条如下：一、往事不追；二、公权不褫夺；三、私产不没收；四、住居自由；五、全国人民予以适当之优礼；六、民国政府每年给以岁费十万元。袁阅后满不在乎地说：“我退位不成问题，但必须来清去白，你们哪一天商妥善后办法，我就哪一天搬到颐和园去。”
5月12日，陈宦第二次通电劝袁退位。但是，蔡锷一再劝他必须宣布独立，旗帜鲜明，才能取得护国军与全国人民的谅解。由于形势逼人，陈不得不叫秘书起草独立电报。他一连换了三个秘书，起了三份电稿，总认为措辞不甚妥当，迟迟不肯发出。5月21日，号称“四川十八路诸侯”的温、郫、崇、灌等县民军向成都城外青羊宫进攻，枪声彻夜不息。次日，陈才把邓文瑗秘书起草的一份电稿拿出来，亲笔加了一句，签名发出。电报说：“宦于江日径电项城恳其退位，为第一次忠告……乃复电传来，则以妥筹善后之言，为因循延宕之地……复于文日为第二次之忠告，谓退位为一事，善后为一事，二者不可混为一谈……嗣得复电，则谓已交由冯华甫在南京会议时提出。是项城所谓退位云者，决非出于诚意……项城先自绝于川，宦不能不代表川人与项城告绝。自今日始，四川省与袁氏个人断绝关系！”
这个电报前面尊称“项城”，后面直呼“袁氏”，语气颇不协调，而所举四川与袁脱离关系的理由，并非由于反对帝制，只是在退位问题上兜圈子。煞尾“自今日始”至“断绝关系”一语是陈亲笔加上去的，强调与袁个人断绝关系，暗示与北京政府并未断绝关系。这个电报被认为是袁的“送终汤”。袁接到电报后，眼前一片漆黑，突然晕倒过去。当他悠悠地醒转来的时候，脸上红得像炭火一样，两眼热泪盈眶，口中自言自语地说道：“人心大变！人心大变！”在那些日子里，这个倒台皇帝所受的精神上的刺激已经够多了，可是没有一次比这个电报更加刺痛他的心坎，这是因为他把陈宦当作一名忠实鹰犬，陈宦的背叛是他意料不到的事，而更加使他切齿痛恨的，就是“与袁氏个人断绝关系”的那句话。
当天他下了一道申令痛骂陈宦。申令说：“据陈宦通电称（略）……本大总统之职位，由于全国国民选举而来，其应行离职各节，约法定有专条，固非一部分军人所当要求……所请与个人断绝关系事，现属大总统地位，不能将予及大总统分而为二，亦犹之陈宦未经开缺前，亦不能将陈宦及将军分而为二也。予现仍属大总统职位，照约法代表中华民国。与予之个人断绝关系，此非巧弄文词所能掩其事实，蔑其法理……初六日接陈宦江电，当复以‘实获我心，但此间情形，必须布置善后，望速向政府密商办法，切盼’。嗣见陈宦初六日电称，‘拟俟征求各省意见，推由冯上将军折中办理’各等语。继据陈宦陈宦先命何积祜起草独立通电，因不合意，改命张轸起草，又不合意，最后命邓文瑗起草。稿成后摆在抽屉里未发出。21日，民军攻城甚急，枪声四起，陈彻夜不眠。22日，才亲自修改后发出。发电时陈咬牙切齿地向幕友们说道：“袁世凯这家伙是不好惹的，他的阴险毒辣，你们不会知道得比我更清楚。我将来无论在何处，都难逃他的毒手。”其畏袁如此。
青羊宫正殿有铜羊两具，因以得名。它是成都最大的道院，与最大的佛庙昭觉寺齐名。
十二日来电转述蔡锷电文，并请早日宣告，适冯国璋等在南京约同十五省代表讨论大计，陈宦曾请推由冯国璋折中办理，自应并交提议。乃复陈宦江电，令其‘速向政府密商办法，切盼’。而陈宦并不从速商办，反谓为因循延宕之地。陈宦自请折中于冯国璋，而又谓退位非出于诚意，矛盾其词，随意变化，遂借口断绝关系，殊不可解……各省征军，数逾十万，而沿江中外商侨，麇集杂处，在在均须防护；尚有多数省分意见参差，各持极端主张，险象四伏，原因复杂，若不妥筹善后，不顾而行，必至破坏分裂，恐扰乱倍屣于今日……十五日南京各省代表讨论大计，曾于是日电饬冯国璋等切实讨论，随时与政府会商妥善办法，各负责任，使国家得以安全，不至立见倾覆，迄今尚未接复……陈宦远在成都，情形隔膜，不知善后关系极重，殊为痛惜。已有令饬来京筹商善后，着即迅速启程，勿稍延缓。“同一天，他下令以重庆镇守使、川军第一师师长周骏为崇武将军、督理四川军务，曹锟督办四川防务；张敬尧加将军衔，帮办四川军务。袁的意见很明白，别人独立我没有办法，你陈宦怎么配用这套手腕来对付我呢？你叫我下台，我就先叫你滚蛋！他利用四川地方军人去赶走陈，而以在四川的北洋军为后盾，这也说明他决无放弃四川之意，同时也说明他对护国军的停战议和也是彻头彻尾的骗局。
但是，袁的最后挣扎终于不能挽救他的灭亡。5月29日，湖南将军汤芗铭继陈宦之后宣布独立。这是对袁独立的第八个省。
汤芗铭与陈宦均以非北洋派而为袁所重用。云南独立后，湖南人民反袁、驱汤的浪潮日益高涨。湘西民军纷起，地方守备队与之合流，使在湘西的北洋军受到很大的威胁。各县武装暴动此伏彼起，省城也经常发生恐怖暗杀事件。特别是1916年2月21日，中华革命党人公然组织敢死队冲入将军署，事虽未成，却使汤吓破了胆，从此盛陈兵卫，深居简出。3月广西独立后，陆荣廷电劝汤宣布独立，担保他的地位不动。汤的长兄汤化龙也从上海派友人陈裕时到长沙劝汤参加起义，倒戈一击，立功自赎。当陈裕时转达汤化龙意见的时候，汤一言不发，绕着客厅里的长方桌子打转转，两眼直视，脸上青一阵白一阵，神色好不难看。陈虽是他哥哥派来的一位密友，看了这个模样，也不由得不打起哆嗦来，马上打退堂鼓说：“铸新，我是传达令兄的意见，听不听由你。如果是不入耳之言，你就当作驴鸣狗叫何如。”这句话倒把汤逗得笑出声来。他平下脸色来说道：“元伯，这件事非同小可，请你再到上海和家兄仔细研究一下。”
这时候，全国形势日益不利于袁，眼见袁的江山朝夕难保，这些情况汤不是看不清楚。但他顾虑重重，首先怕湖南人民要讨还他的血债；其次，北洋军在湘西有四师之众，倪嗣冲的兄弟倪毓棻率领安武军十五营又已开驻岳州，他所能指挥的北洋军只有车震的一个混成旅，一旦宣布独立，长沙就守不住。4月中旬，广西护国军向湘边移动，永州镇守使望云亭首当其冲，向汤请示机宜，汤叫他“独立以求自保”。4月27日，望改称湖南护国军，宣布永州独立。
汤虽派代表参加冯国璋所召集的南京会议，但在总统问题上，又与冯有严重分岐。冯有自己做总统的野心，5月1日发表通电，认为总统、副总统的地位已因国体变更而同时消失，袁世凯如果退位，黎元洪没有资格以副总统代行总统的职权。汤在乃兄汤化龙的影响下，主张以黎元洪继任总统。冯的东电发表后，5月4日，他以支电表示不同的意见说：“……不能因大总统个人之行为，而将民国四年来之历史全行删去，转而根据清室交付原案，则理论上终为不通。故建议大总统宣告退职，以副总统继任，较为光明正大。”
5月上旬，广西护国军继续向衡州移动，湖南民军继续在湘西、湘南取得进展。汤一面向袁表示，必须撤退湖南境内的北洋军，首先撤退岳州的安武军，才能避免南北两军在湖南作战。湖南以中立姿态出现，可起缓冲作用，对北方有利。一面又向陆荣廷表示，一俟北洋军撤退，他即宣布独立，请勿进兵过速。同时，他派湖南绅士郭人漳以湖南矿务督办的名义，招募矿警五营，以扩充自己的实力。5月14日，郭人漳忽起野心，将所部矿警二营开入省城，欲取汤而代之，引起了一场巷战，市民颇有死伤，被北洋军车旅击散。20日，安武军倪毓棻部由岳州撤走。24日，湘军镇守使、镇筸军统领田应诏在凤凰宣布独立。
在此时期，汤化龙通过谭延闿的关系，与国民党军人派成立了促进湖南独立的协定如下：一、国民党人承认汤芗铭为湖南都督，保证不算旧账；二、介绍湘籍国民党军人曾继梧、赵恒惕、陈复初、刘建藩等回湘，协助汤收编民军，成立正规湘军。汤表示接受，即以陈复初、赵恒惕分任第一、第二两师师长，派曾继梧为军长，另派陶忠洵收编湘西民军成立第三师。布署既定，遂于5月29日宣布独立。他在独立通电中仍称袁为“钧座”、“我公”，说什么“感知遇之恩，捧诚上贡”云云。这种假独立、真拥袁的措辞，引起护国军的极大不满，他才补发一电，其中有“公即取消帝制，不免为国法之罪人，芗铭虽有知遇私情，不能忘国家之大义”等语。汤的电报一到，袁又一次气得几乎昏厥过去。在那些日子里，由于操劳过度和所受刺激过深，袁的脸色变得灰暗无神，眼皮下出现了深而黑的两个眼窝。湖南独立后，他就得病不能起床。但他没有看见棺材以前，兀自死不放手，每天召集有关人员举行“榻前会议”，处理一切问题。随后由于病势日益沉重，说话也上气不接下气了，才命袁克定代主持榻前会议。
6月5日，袁的精神越来越不济事，请法国医生打了一针强心针，神志才略略清醒点。他自知死期将至，传命把徐世昌、段祺瑞、王士珍和表弟张镇芳四人请到公府来做他的“顾命大臣”。当徐世昌最后赶到时，袁向他望了一眼说：“菊人来得正好，我已经是不中用的人了。”徐安慰他说：“总统不必心焦，静养几天自然会好的。”但又接下去说：“总统有话，早点安排出来也好。”
袁的嘴唇微微动弹了一下，弱如游丝地吐出“约法”两个字来，徐、段诸人都意识到他要讲的是继承总统的问题。但是，约法有新有旧，袁所讲的究竟是指哪一种约法？旧约法（《临时约法》）规定总统不能行使职权时，由副总统继承总统。这个约法是被袁用命令废止了的，而护国军坚持要恢复这个约法的效力。新约法是袁自己制造出来的，关于继承总统的人选，规定由现任总统提名三人，写下名单，不告知任何人，藏之金匮石屋，总统死后取出来，在三人中选定一人为总统。徐、段两人正待动问，守在榻旁的袁克定急忙代他的父亲回答说：“金匮石屋。”此时袁已噤不能言，把头微微动了一下，似乎表示同意。
随后又由法国医生打了一针强心针，袁由昏迷状态中再度苏醒过来。他用僵硬的舌头十分吃力地吐出了最后的四个字：“他害了我！”这个“他”指的是谁？是他的儿子，是朋友还是部下，这个问题永远没有人知道。
6月6日上午10时许，这个一代奸雄的袁世凯，抛弃了皇冠和总统，结束了复杂的一生，终年58岁。
袁死后，徐世昌、段祺瑞、王士珍、张镇芳四人立即打开金匮石屋，找到了袁所写的继承总统的名单，上面写着黎元洪、段祺瑞、徐世昌三人的名字。后来有人传出个中秘密，段祺瑞原来单上无名，写的是袁克定。直到几天以前，袁才瞒着儿子换上段祺瑞的名字。袁已意识到本人有生之日，尚且无法保全总统的地位，他死后，他的儿子更无继承总统的可能。与其留为话柄，不如消灭痕迹。可是，袁克定还做着黄粱大梦，幻想从金匮石屋中取得父死子继的根据。名单是找出来了，但是，究应选谁继任大总统，大家谁也不愿先开口，一致请年高望重的徐世昌发表意见。徐倒也不推辞，主张根据约法以副总统继任大总统。上面讲过，约法有新的、旧的两种，究应根据哪一种约法，徐也跟袁一样未作说明。这倒不是由于他细心不足，相反，正是这位“水晶球”处世圆通的表现。他在肚子里已经盘算过，新约法为南方护国军和全国人民所反对，旧约法又为北洋派所反对，不讲新旧，但讲约法，就可以平安无阻地滑过去，而无论根据哪一种约法，黎元洪继任大总统都没有问题。徐之所以主张选黎为总统，是为北洋派着想。首先，南方护国军已公开拥护黎元洪，如果不选黎而选别人，护国军就会通不过，南北和平就不能实现。其次，黎身在北京，不啻是北洋派手中的政治俘虏，利用这个政治俘虏来收拾残局，结束前方战争，利用他居总统之虚名，为北洋派的政治利益服务，这又有什么不可以呢？因此他把这个意见提出来。但他不晓得段的内心有何打算，便又回过脸来把眼睛盯着段说道：“这不过是我个人的意见，最好还是取决于总理。”段却绷着面孔不答腔，屋子里也就变得鸦雀无声。停了半晌，才听得段口中进出了两个大字：“很好！”于是总统问题就这么决定下来了。
接着，四位“顾命大臣”分头打电话邀请各部总次长和其他有关人员共约二十余人，到袁停放尸体的春藕斋，摆下了香烛祭品，向袁的遗体三鞠躬。
段在人堆中一眼看见了张国淦，就向前抓了他的手说道：“乾若，咱们同看副总统去！”
张国淦随着段上了车。段在车中就像哑巴一样，面容严肃，一言不发。张不知道他要看副总统有什么事，又不敢动问，只得也一声不响地坐着。车子很快开到东厂胡同黎宅停下来。张抢先一步跑进去报告说：“总理来了。”
黎像木头人一样，拖着笨重的脚步走到客厅里，在长方形台子的主位上坐下来，段、张二人分坐两边。段起立向黎一鞠躬，黎也欠身作答。他们二人谁也没有开口说过一句话。这幕哑巴戏做了老大一会儿，段才站起身来向黎半鞠躬告退，黎也站起身来送客。段临走叫张留下来，吩咐道：“副总统方面的事，请你招呼。”张问道：“国务院方面的事呢？”“有我！”段一边说一边把汽车门拉上，砰的一声，车子就开动走了。
6月6日下午，政府公报发表：“袁大总统于本日上午10时40分，以尿毒病薨逝，停柩居仁堂。遗令以副总统继位。”
同日发表袁的遗令。这个命令前面说了许多废话，吹嘘他自建国以来的许多功绩。接着写道：“各省秩序粗就安宁，列强邦交克臻辑洽。方期及时引退，得以休养林泉，遂吾初服，不期感疾，寖至弥留……依约法第二十九条，宣告以副总统黎元洪代行大总统职权。”命令后段叫文武百官“维持秩序，力保公安”。遗令中所讲的约法，是指袁自己所钦定的新约法。其实，以新约法为继承总统的法律根据，是完全站不住脚的。新约法是叛国者制造帝制的工具，帝制既被推翻，叛国者的工具怎么能够继续有效呢？而且，新约法所规定的“总统选举法”，大总统出缺时，暂由副总统代理，应在三天内启示前大总统所推荐的三人名单，组织总统选举会，在三人中推定一人为总统。袁世凯毙命的时候，国会已被解散，袁所私设的代行立法院“参政院”又已停止职权，既无选举机关，又怎么能够产生总统呢？
事实上，袁的遗令是由段代拟而公布出来的。黎元洪代行大总统职权，也是由段一言而决，并无任何法律根据。而且问题还不止此。政府公报虽已发出，各方意见尚有参差。
6月6日半夜，黎在东厂胡同私宅接到湖北同乡陆军次长蒋作宾打来电话说：“外边的情形很不好。”黎不晓得外边出了什么岔子，想来总是与总统问题有关。他提心吊胆地请留在他家中的张国淦打电话问段一下。那边听电话的是一个副官，回答说：“总理没工夫听电话。”随手就把听筒挂断了。黎站在旁边焦急地说：“你说有要紧的事。”张又一次接通了电话，照黎的话说了一遍。等了一下，那边回答说：“如果有要紧的事，总理请你当面来谈。”黎一叠连声地催促说：“你去！你去！请你告诉他，我不要当总统！”
张驱车到了国务院，虽在深更半夜，屋子里的灯火还是照得通明。总理办公室挤满了人，都是些帽子上有鸡毛掸帚和身穿制服的高级军官，他们正在嘁嘁喳喳地讨论些什么。段忙得满头大汗，他一眼看见了张，就撇开大众把张带进一间小屋子里。张说：“副总统叫我过来问问这边的情形。”段板起一副古铜色的面孔，傲慢地说：“这边的情形有我管！我姓段的说要姓黎的，我的话始终不会改变。无论有天大的事，我姓段的一力承担，与姓黎的不相干！”张想多知道一些情形，还没来得及开口，只见段用拳头在桌子上捶了一下，粗暴地说：“他要管就让他来管！”说罢，他头也不回就匆匆忙忙回到挤满了人的总理办公室去了。
张回到黎宅来，只提到段对总统问题负责到底，却隐瞒了他所碰到的那种生硬的态度和粗暴的言辞。黎就觉得这种情形很不妙，没有心思解衣就寝，就和张两人和衣坐在沙发上，闭目养神，等到天明，再叫张去打听消息。
张再到国务院来，知道了昨晚发生的事情。原来那些圆顶帽子上缀以鸡毛掸帚的北洋派将军们，奉令在此集合，段向他们宣布总统的人选。他们一定要推举总理或徐世昌为总统，反对那个北洋派以外的南方人为总统。段对他们再三解释，今后将由总统制改为内阁制，一切用人行政之权操之于内阁，他们兀自刺刺不休。一直纠缠了大半夜，他们才表示服从总理，唯唯诺诺而退。
段把已经拟就的内阁致各省军民长官的通电交张一阅。上面写道：“黎公优柔寡断，群小包围。东海（徐世昌）颇为各方推重。第以约法规定，大总统出缺时，应以副总统继任，故依法推黎公继任大总统。”张说：“做人情索性做到底，不要让人家看了不痛快。”于是段提起笔来，删去了那些使黎不痛快的词句。
6月7日，黎在东厂胡同私宅举行就职典礼。当天发表第一道命令说：“民国肇兴，由于辛亥之役。前大总统赞成共和，奠定大局，苦心擘画，昕夕勤劳。天不假年，遘疾长逝。追怀首绩，薄海同悲。本大总统患难周旋，尤深怆痛。所有丧葬典礼，应由国务院转饬办理人员参酌中外典礼，详加拟议，务极优隆，用副国家崇功报德之至意。”这道命令是由国务院拟就，送请总统盖印公布的。
6月7日，袁的遗体入殓时，头戴平天冠，身穿祭天礼服，俨然还是个“大行皇帝”的模样。同一天，国务院通令全国下半旗志哀，学校停课一天，全国人民停止娱乐一天，文武官吏停止宴会27天，俨然是君主时代办理“国丧”的排场。政府公致赙仪一百万元。同一天，全国人民皆大欢喜，西南各省悬旗志庆。6月23日举行政府公祭，内阁总理段祺瑞代表大总统为主祭人。28日，由居仁堂出殡时，舁柩的人由原定的32人增至80人。举柩时北京城内外各庙宇撞钟101下。黎在新华宫向袁柩行一鞠躬礼。执绋人员有内阁全体阁员、清室代表和各国顾问等，由新华门送至东安门；各国公使由东安门送至中华门。执绋人员文官均着大礼服，武官均着制服。沿途军警严密戒备，断绝交通。送柩专车由前门外车站出发时，鸣礼炮一百零一响。专车沿途停车受祭，直至29日才到彰德站。北洋军阀纷纷到彰德参加葬礼。因此外间有“灵前会议”的传说。袁柩出殡前，他的家属把居仁堂里一切搬得动的东西都搬走了，光是大箱子就有好几十口，所装财宝不计其数，均由拱卫军兵士押解到彰德去。接收人员到居仁堂时，只剩下空空四壁，像遭过一场兵燹的一样。
袁墓在彰德（安阳）北门外五里，由河南巡按使田文烈督修，历时两年半始告完成，用去一百五十余万元。墓前小溪环绕，朱垣雕墙，宛以当年洹上村养寿堂的情景。所有青狮白象，石人石马，均由精工雕琢。建有碑亭一座，写着“大总统袁公世凯之墓”九个字，系徐世昌的手笔。北京政府命王怀庆派兵二营长期守卫。
袁生前与他所一手培养的北洋军阀产生了深刻的矛盾，特别是袁、段之间的矛盾，几乎达到了破裂的边缘。为什么袁刚刚咽了气，他们的怨毒之气立即化归乌有，甚至还要对他表示极大的尊敬呢？这是因为，他们与袁的矛盾已经随着袁的死亡而不复存在，而段以袁的继承者自居，就要竭力保存虚伪的封建道德，以鼓励北洋派军人对他个人的效忠。袁、段二人有过一段不愉快的过程，他推崇袁也正如袁以前推崇清室一样，要把这段不愉快的过程掩盖起来，装得像“君臣和协，上下一体”，用以垂示后人。
袁死后，一直到7月14日，北京政府才下了一道“通而不缉”的命令，通缉帝制祸首杨度、孙毓筠、顾鳌、梁士诒、夏寿田、朱启钤、周自齐、薛大可八人。其实，参加帝制运动的首恶分子，文臣如雨，武将如云，段祺瑞跟他们大多有血肉相联的关系，本想存而不论。张勋还发表过一个反对惩办祸首的通电。只因护国军方面提出了“请诛十三太保”的名单，全国舆论也严加督促，段才迫不得已开出了一张祸首名单，找了几个手无寸铁的文人开刀。此令发表的前一天，北京政府还派人示意叫他们迅速离开北京，所以当时并无一人被捕，事后不久又一律明令赦免。在帝制祸首之中，杨度名列第一，后来他却走上了光明之路[4]，做了一些好事，这且按下不表。
北京新政府成立后，黎元洪虽然登上了总统的宝座，但他并无实权，成了段手中的一个盖印机器。段则继承了北洋头目的地位，也继承了袁世凯的以北洋派为中心的武力统一政策和卖国投降的外交政策。如果要找出袁、段二人有何不同之处，那就是：袁采取了总统制，后来还要由总统变皇帝；段则采取了内阁制，实质上就是个人独裁制，上面有一个无拳无勇的总统做他的工具。袁的一生主要是西方帝国主义的走狗，段则成了日本帝国主义的走狗。袁在后期虽然失去了统驭北洋派的权力，但在表面上北洋派还是一个整体；而段上台不久，北洋派分裂为直、皖两系，后来又添了奉系，演变为南北战争以外的北与北战更加混乱的局势。当时论者认为，袁世凯之死，只是死了一个袁世凯，还有不少的袁世凯活在人间。
