当袁政府偷偷摸摸地跟日本人举行卖国密谈的时候，全国人民对于日本强盗无不切齿痛恨，都愿抵抗强暴而死，不愿屈膝求和而生，不少民间团体或个人打电报给袁政府，质问会谈的内容，各省市迸发了反对卖国交涉和动员全国抗日救国的呼声。袁政府用“外交秘密”四个大字拒绝公布条件的内容和会谈的经过，同时严厉禁止人民群众举行抗日救国活动，讲什么“办理外交，政府自应负责，人民不得轻举妄动，以免影响外交进行”。
1915年春天，全国各大城市纷纷发起了抵制日货运动。这一运动立即在全国范围内开展，不用日本货，不坐日本船，不跟日本人往来，检查日货和处罚贩卖日货的奸商，成了爱国人民的行动公约。日本公使对袁政府施加压力，认为这是对日本不友好的行为。3月25日，袁下令严禁抵制日货。命令欺骗地说：“近有协议案件，外交部与驻京日使掬诚榷商，可望和平解决。”
上海人民首先发起救国储金运动，大家相约节食缩衣，每天积下一点钱来，以供抗战之用。这一运动很快也推及全国。不少华侨从海外汇款回国，要求政府早日宣布抗战救亡。救国储金运动中发现了不少可歌可泣的事情：工人、店员、穷学生、女用人、人力车夫纷纷把几个银角子或几块铜板送到经收机关，甚至在街头讨饭的人也参加献款，使经收人受到很大的感动。
此外，不少青年华侨自愿回国参军。留日学生组织回国请愿团，分往北京、上海及各大城市请愿抗日救亡，并建议召开国民大会讨论救亡大计。至于开会演说，断指写血书，发表救亡言论，全国到处风起云涌，形成一股气势磅礴的爱国主义高潮。袁非常讨厌这些活动，骂参加活动的人受了乱党的煽惑，到处兴风作浪，企图危害国家。他在命令中咬牙切齿地说：“倘有乱徒假托名目，扰乱治安，着即严拿惩办，以维大局。”他叫驻日公使陆宗舆解散中国留日学生总会，禁止学生开会，否则停止他们的公费，并且勒令回国，发交亲属看管。关于广东、湖南等省的留学生，则不分青红皂白，一律停止公费，其唯一理由是说这些省区的留学生都是乱党派送的。这几省的留学生因失学、断炊而被迫回国后，其中不少人因乱党嫌疑被捕入狱。
在全国人民热血沸腾的抗日救亡运动中，以冯国璋为首的十九省将军发了一个“请缨御侮”的电报。袁大为不满，命令他们只许对内，不许对外。命令说：“该将军等既属军职，自应致力于军事，越俎代谋，实非所宜……如有造谣生事者，仰该将军等协同地方官禁止，至要，勿误！”
4月26日，日本提出修正案后，抗日救亡运动进入最高潮。袁叫外交部通电全国：“全案确已修正，当可和平解决。外间谣言，统属无稽。”
5月9日，袁政府决定接受亡国条件后，电令各省军民长官说：“日本既有让步，无损主权，故决定由外交部即日答复。此案已结，中外敦睦，希饬属晓谕通知。”正由于此案“无损主权，中外敦睦”，所以贵州巡按使龙建章电贺“元首外交胜利”。可是，袁却不免做贼心虚，于5月10日发出密谕如下：
日本前在闭关时代，其学术政治与中国无殊。自明治维新，步武西法，四十年来所惨淡经营者，无非求达其“东亚大帝国”之政略。当合并朝鲜之时，现在首相大隈重信已自命为将来中国之统监……就其近年军事言之，征发陆军又达百万，海军战舰已逾六十万吨……国事初定，欧战发生，日本利欧洲列强之相持，乘中国新邦之初建，不顾公法，破坏我山东之中立，军队所至，四境骚然……我国受兹痛苦，方以退兵为抗议。彼不之省，又提出酷烈要求之条款，其中最为难堪者：曰切实保全中国领土，曰各项要政聘用日人为有力顾问，曰必要地方合办警察，曰军械定数向日本采买并合办械厂，用其工料。此四者直以亡韩视我，如允其一，国即不国……予誓以一息尚存，决不承诺，即不幸交涉决裂，予但有一枪一弹，亦断无听从之理……乃日本分遣陆军直趋奉天之沈阳，山东之济南，其海军亦时在渤海出没游弋……卒以最后通牒迫我承认。然将最烈四端，或全行消灭，或脱离此案，其他较重之损失，亦因再三讨论，得以减免，而统计已经损失权利颇多……日本既有极大政略，此后但有进行，断无中止……予老矣，舍身救国，天哀其志，或者稍缓须臾，不至亲见灭亡，而此林林之众齿少于予者，决不能免，而子孙更无论矣！……希望各省官吏日以亡国灭种四字悬诸心目，屏除私见，各尽职守。几百有司，其密志之！
这道“密谕”把日本侵略者的力量说得如何了不起，为自己的不抵抗政策作辩护；把日本抽出第五号要求、留待日后讨论，说成是自己誓死力争的效果；末尾一段，又把自己打扮为一个舍身救国的爱国英雄，真是无耻之尤，令人作呕三日！
7月22日，袁又以政事堂交片、徐世昌具名的形式，发表另一“密谕”如下：
《仲虺之诰》曰：“兼弱攻昧，取乱侮亡。”今欧人亦谓半开化之国，宜由文明人取而代治以为天职，每一念及，毛骨悚然。吾果无弱、昧、乱、亡之象，谁得而兼之、攻之、取之、侮之？然试闭目以思，军队之庞杂，吏治之废弛，水旱之灾荒，人思权利，罕有公心，厝火积薪，自谓已安、已治，其能知自己之实力，明世界之大势者几何人？其地方盗贼绝迹，官吏发愤为雄者几何处？不谓之弱与昧得乎？不谓之可乱可亡得乎？或谓广土众民，殆无亡理，不知朝鲜方里比三岛何如？近阅日本报纸谓：“支那虽成空前之大革命，而其内容之腐败堕落，实与前清无异，贿赂之公行，赌博之炽盛，真为可惊，新国气象，毫不存在。”局外观察，意在言外。试思甲午、庚子两役，何尝不言卧薪尝胆，而作伪日拙，以迄于亡。然清之亡也，乃亡朝而非亡国，今之灭国新法，乃亡其语言文字，并亡其人种，波兰、越南之史，不可不知。近自中日交涉，全国恐慌，若时过境迁，仍复泄沓，亡不旋踵，实可预言。彼东西列强，百事修明，何等气象，返观吾国，则芜秽不治，偷懒苟安，南满实权，所存无几，外力所至，卧榻鼾声，而犹上下恬嬉，不知亡之将至。予老矣！受诸前清而亡诸我躬，其甘心乎？救亡之道，惟有自责，苟有昧、弱、乱、亡之一点，必痛除之。勿谓可以御暴民者即可以对外国，勿以复前清末造之状况为已足，勿以保各国均势之局即安。《孟子》云：“生于忧患，死于安乐。”兵法云：“置诸死地而后生。”孤舟大海，非从容雅步之时也。昔楚庄王日讨国人而训之，告以民生之不易，祸至之无日，心所谓危，涕泣而道。其毋忘五月七日之事，去矜去惰，勇猛精进，以保我子孙黎民。《传》曰：“能知亡斯不亡”，愿共勉之！
袁不仅要用这些奇文妙论欺骗当世的人民，还想进一步欺骗千秋后代。他叫丁佛言写了一本《中日交涉失败史》，印五万册，寄存山东模范监狱中。这本书指黑为白，讳败言功，把他说成是个忍辱负重、能屈能伸的大丈夫。他对幕僚们说：“这是一部真实记录，目前虽不便发表，将来总有一天，我们抬起头来，这部书就可以公诸于世了。”
尽管袁政府千方百计地掩盖自己投降签约的罪行，但是事实摆得非常清楚，通国无人不知。因此，“不承认二十一条”、“出兵收复山东”、“诛卖国贼以谢国人”的呼声震撼全国。在全国人民的怒吼下，吓得陆征祥、曹汝霖二人都通电辞职。陆把交涉失败的责任推在曹的身上，他在电报中说：“曹次长误签四字，益费踌躇。”曹在通电中自己辩护说：“此案和平了结，一出于大总统之独断，一出于各部总长之公意……日使要求第五项尤力，经用电话请陆总长向主座请示后，方敢加注‘容日协商’。”这出狗咬狗的丑剧，使袁怒不可遏，他本已决定授曹勋三位以奖其卖国之功，因曹不肯代他受过，一怒而将此令取消。有人听到曹挨了一顿臭骂，认为这个卖国贼已经失宠了，就要下台了，于是纷纷打落水狗，肃政厅提出弹劾案，辫子军大帅张勋也电请“宣布曹贼越职侵权、误国害民之罪，明正典刑以谢天下”。这些建议都是隔靴搔痒，当然没有下文。相反，袁又不准他辞职，还加以“仪同特任”的特别待遇，以安其心。同时，福建巡按使许世英因代转福州人民坚决主张拒绝签约的一个电报，受到严词申斥。湖南巡按使刘心源因取缔抵制日货运动不力，引起日使抗议而被撤职。
5月26日，袁又下了一道申令，不许人民爱国。申令说：“倡乱之徒，诪张为幻，着各省文武长官认真查禁。对于借故暴动，散布传单，立即严拿惩办。”
6月16日，在日本公使的压力下，袁又下令严切制止抵制日货运动。
前文说过，袁对外虽然胆小如鼠，对内却又狠如虎狼。早在日本提出二十一条前，袁政府先后颁布过《治安警察条例》（1914年3月2日）、《报纸条例》（1914年4月2日）、《乱党自首条例》（1915年1月1日），在全国范围内实行暗无天日的恐怖统治和血腥屠杀。自从签订亡国条约以后，全国人民反对投降、反对卖国的声浪响彻云霄，袁不能公然宣布一条爱国有罪的法律，于是加爱国者一顶“乱党”的帽子，硬说爱国运动是国民党人所煽动的，目的在于颠覆民国政府，破坏全国秩序。他恶毒地散布一种谣言，诬蔑在东京进行反袁活动的孙中山，谣言说：“孙文正在勾结日本，以出卖祖国为他东山再起的条件。他向日本首相大隈建议，他取得政权后，中国与日本的关系应当仿照英国与印度、加拿大的关系，成为日本的一个自治领。日本打算封他一个王爵，不久即可发表。”根据这个谣言，他编印了《国贼孙文》一书，并于1915年6月16日颁布了《惩办国贼条例》，加强了对国民党人和爱国人士的暴力镇压。
此时国民党有“孙黄分家”之谣。此项谣言，起因于1913年宋案发生之后，其时，孙、黄二人在对付袁世凯的问题上，就有武力解决与政治解决的分歧。等到北洋军源源南下，国民党不得不起而应战，孙中山打算到南京策动独立，黄兴又怕他采取激烈行动，引起内部分裂，即自往南京宣布讨袁，请孙暂留上海，一俟局势稍定，再来迎接他到南京主持一切。黄到南京不久，即有南京将组织临时政府推举岑春煊为大元帅或临时总统之谣。这个谣言起自日本在野党分裂中国的阴谋，黄兴绝无此意，但有少数跟日本人有往来的国民党人，认为岑在前清末年久任督抚，两广军阀多其旧部，把他拉过来做名义上的领袖，可以扩大讨袁军的影响。这不过是一种拟议之词。于是有人挑拨说，黄兴打算脱离孙中山的领导而另起炉灶。讨袁军失败后，孙、黄二人均由上海到日本。孙有长函切责黄兴阻挠起兵讨袁，认为二次革命失败，“非由袁世凯兵力之强，实因党人涣散所致”，措词非常激烈。陈其美企图排斥黄兴而自为党中第二领袖，又从旁煽风点火，并且散布黄兴在南京卷款潜逃的谣言。孙中山主张改组国民党为中华革命党，所有党员以绝对服从领袖为第一要义，入党者均须重行登记，在志愿书上捺指模手印，宣誓效忠领袖。党员按入党先后分为首义党员、协助党员、普通党员三级；革命成功后，三级党员又分为元勋公民、有功公民、先进公民三种，所享权利有所不同。黄反对党员分级及以权利地位吸收党员的办法，特别反对捺指模手印，因此引起争论。黄为人忠诚老实，对孙崇拜备至，有话当面直陈，而孙对黄也一贯表示尊重，要求黄不要反对他的组党计划，并且建议以两年为期，让他单独领导三次革命。如果革命取得胜利，再请黄加入合作；否则，本人自愿退避三舍，而由黄来领导进行。
当时，在东京的国民党人绝大多数都是反对入党要捺指模手印的，特别是国民党军人几乎全部都反对改组国民党。如果黄继续留在日本，就将与孙唱对台戏，引起党的全部破裂。因此，黄于1914年6月30日由日赴美，以示并二次革命时期，熊希龄有俭电（1913年7月28日）揭露日本在野党分裂中国的阴谋。电报说：“报载四省独立，有在宁设立政府，推岑西林为总统之谣。前南北议和时，犬养毅等于前年（辛亥年）冬来华，运动南北分立。渠与希龄本属旧交，屡至沪寓密告希龄，谓袁如得志，中国可危，不如劝孙、黄公推岑为总统，与袁对抗，并要求希龄介绍往见。龄与张謇、汤寿潜、庄思缄、赵凤昌诸君与犬接谈数次，竭力反对。幸当时黄兴力主和议，岑亦病辞不见，犬乃回国。去年春间再到上海，乃不与龄接洽矣。此日本民党利用我南北分立之实在情形也。”
黄兴离南京时，第八师师长陈之骥等到江边送行，见黄身无半文，急找同来送行者凑银洋七十元交黄。黄乘日本煤船赴沪。
无与孙争夺领导权之意。同年7月8日，中华革命党在东京筑地精养轩宣告成立。新党恢复了总理制，推孙为总理，根据孙的提议，仍留协理一席以待黄兴。黄到美国后，绝口不谈与孙政见不同。美国华侨国民党支部也未改组为中华革命党，仍然接受孙、黄二人的共同领导。
是年8月，第一次世界大战爆发，未加入中华革命党的国民党军人程潜、熊克武、李烈钧、李根源、林虎、钮永建、张孝准、刘建藩、但懋辛、耿毅等在东京组织欧事研究会，以研究欧洲战争为宗旨，这虽是一个研究学术的团体，实际上却是中华革命党以外的另一派别组织。1915年1月，日本向袁政府提出二十一条后，孙中山估计袁政府必将执行卖国投降政策，如果不推翻他，中国就不可能成为一个独立自主的国家。因此，他所领导的中华革命党仍然坚持反袁斗争。但是，欧事研究会的成员们却另有一种看法，认为值此国难严重之秋，应当团结全国一切力量，共同抵抗日本，而不宜继续进行反袁斗争，把袁推向日本的怀抱。同年2月11日，林虎、熊克武、冷遹、张孝准、耿毅、章梓、程子楷、陈强、龚振鹏、程潜、李根源等发表联名通电称：“时事日非，大局益殆，西望祖国，弥切忧思。年来国内所传吾党消息，动失真相。”接着，他们力辟“效法平西以图一逞”、“要求当轴立誓投诚”之谣，声明：“吾人第一主见，乃先国外而后政治，先政治而后党派。”他们最后的结论是：“国苟不存，政于何有？政苟有成，何分于党？”这个电报力辟袁政府所散布的诬蔑国民党人的两种谣言：一种是说国民党人仿照明朝末年吴三桂乞援满洲人攻打李自成的先例，勾结日本，企图推翻北京政府；一种是说国民党人根据袁政府所颁布的《乱党自首条例》，已经纷纷宣誓自首，向袁投降。电报末段把国家、政治、党派分割为三，表示他们以国家为重，而将政治斗争、党派活动放在次要地位。
同年2月25日，黄兴、陈炯明，柏文蔚、钮永建、李烈钧联名发表通电，也力辟“乞援思逞”之谣，并且痛斥袁世凯采行“一人政治”，“只知有私而不知有国，致陷国家于危亡”。他们郑重声明，在国家空前危急时期，暂停反袁活动，使袁得以专心对外。这个电报的列名者都是二次革命时期的讨袁军重要将领，国民党在组织上的分裂进一步明朗化了。
中华革命党反袁斗争的主要方式是组织暗杀、暴动，运动军队、会党，而以湖南、广东两省为其主要目标。袁仿照清政府的先例，请求日本政府加以取缔，日本政府置之不理。于是袁派特务分子蒋士立等到东京与驻日公使陆宗舆配合行动，以回国做官引诱党员变节投降。此时东京党人生活异常艰苦，几个人共居一室，经常喝稀饭过日子，少数党人因为吃不起苦而变节投降，袁就利用他们作鹰犬，在国民党内部散布谣言，如说某人已经秘密自首，某人暗中接受政府津贴，使国民党人互相猜疑，然后进一步分化他们。值得注意的是：对于那些暂停反袁活动的国民党人，袁也一步不让，曾电请美国政府捕拿黄兴解回国内治罪。黄到美国后，曾要求谒见威尔逊总统，想说服他“仗义执言”，制止日本侵略中国，威尔逊拒而不见。当威尔逊接到袁政府这个电报的时候，一方面觉得引渡政治犯是违反国际通则的行动，另一方面却又公然承认派人监视黄兴的行动。同一时期，岑春煊也在槟榔屿作政治避难，国民党军人陈炯明等因黄兴远在美国，就把岑抬出来作为他们的临时领袖。这些人在南洋，因此有“南洋派”之称；而在东京活动的中华革命党人，则有“东洋派”之称。
袁战胜国民党后，北洋军源源开入长江各省，北洋巡警也源源调往那些被他征服的地方。北洋军杀人放火，奸淫抢劫，无恶不作，人民称之为披着军衣的活强盗。警察部门豢养大批流氓侦探，到处搜查乱党，大兴党狱。袁认为单靠军警还远远不够，于是辅之以特务统治，北京所设的军政执法处就是人所共知的中央特务机关，各省将军署所设的军法课就是它的分支机构。这些特务组织雇用了形形色色的特务，其名称有督察员、稽查员、调查员、侦探、密探等。侦探既无一定的名额，又无固定的薪金，破一案有一案的奖金，奖金多少视案情大小而定。这是一种杀人竞赛的制度，因此，捕风捉影，滥捕误杀，栽赃陷害，敲诈勒索，罗织成狱的案件经常发生。那时期，侦探成了一种可怕的名词，人人谈虎色变。北京茶楼酒店贴有“顾客光临，莫谈国事”的座右铭。袁政府和各省军阀不是不知道这些作恶多端的事情，但是，他们害怕影响这些鹰犬们杀人破案的积极性，一般都是置之不问的。
广东和湖南是孙、黄二人的故乡，国民党人较多，袁对这两省的暴力统治也特别加强。广东将军龙济光、湖南将军汤芗铭，是袁所特别赏识的两个大刽子手。1914年3月，龙命济军统领李嘉品在上淇、良教等村去“清乡”，这批吃人野兽一路上烧杀淫掳，人民逃避一空。广东人民团体派人到香港发电报，请旅京同乡梁启超等转达袁政府，制止这种暴行。这个电报在香港报上登出来，袁命龙济光查究其事。龙矢口否认，指为“受乱党利用，破坏济军名誉”。袁即下令嘉奖说：“该督忠勇诚朴，夙所倚重。务望搘拄艰危，悉心规画，以纾中央南顾之忧。”不久又封龙为一等郡王以奖其杀人之功。
1915年7月17日，龙出署访问乃兄龙觐光，走到半路上，中华革命党人钟明光抛出炸弹行刺，龙足部被弹片炸伤，刺客当场被捕，龙命处以寸磔之刑。这种骇人听闻的酷刑，引起全国舆论的严厉谴责。袁有电报查询虚实。龙也矢口否认，但又不打自招地说：“凶犯正法后，军民人等痛恨此种暴行，剖心食之，实所难免。”龙济光等人经常捏造党人“三次革命”和暴动、暗杀的假情报，似乎在他们的辖境内，到处刀光剑影，到处祸事重重，幸亏他们及时采取措施，才能转危为安，以此向袁政府报功。这些八面威风的大将军们，本来都是贪生畏死的胆小鬼，他们一方面自己制造恐怖气氛，一方面又为恐怖气氛所吓倒，于是盛陈兵卫，深居简出，偶然有必要出门，也得清道净街断绝行人交通，并且带上成千成百的武装卫队，把他团团围住，活像押解江洋大盗一样。龙济光在广州观音山建有豪华住宅，由住宅到将军署，上面通以天桥。上下山均有升降机。山上电灯备有专用发电机。如果步行上山，沿途备有保卫站28处，每站都有兵士把守。山上建有炮垒83座，配备十五生的大炮2尊，十二生的大炮6尊，马克辛炮4尊，其余都是七生的半大炮。在三元宫的要口上，配备十二生的大炮2尊。住宅附近建有水泥钢骨防空壕l所，四周布以铁丝网。另有高射炮楼台两座，瞭望镜、探照灯等工具应有尽有。山上共有军火库6所。此项工程费用达三千余万元，施工日期达三四年之久。龙济光吮吸了广东人民的大量血汗，建筑了这座攻不破的“龙王宫”，自以为万年不拔之基，可是全部工程尚未完成，他就被广东军民赶走，这且按下不表。
湖南将军汤芗铭的残忍嗜杀，更在广东“龙王”之上。他于1913年10月到湖南后，首先逮捕了内务司长萧仲祁、财政司长杨德邻、教育司长唐联璧、会计检查院长易宗羲、富训商业学校校长文经纬、筹饷局长伍任钧等。杨、伍、易、文四人均以“附乱”之名被枪毙。他又以召开军事会议为名，诱骗湘军军官赵恒惕、陈复初等到长沙，予以逮捕，解送北京治罪。袁政府叫他查办湖南首要国民党人，他开了一张43人的黑名单，由袁政府下令通缉，其中刘季和本是刘钦实的别号，名单上却写成了两个人；刘承烈曾任实业司司长，名单上却写成曾任教育司司长；王仆本是省议会议员，名单上却写成军人。这几个人虽然写得“鲁鱼亥豕”，但还是有名有姓的。更奇的是，名单上有众议院议员陈宏斋，但众议院并无其人。名单上有田凤丹，这是湘西镇守使田应诏的别号，田打电报来质问，汤急忙回电解释说，这是录写人写错了，“把王凤丹写成了田凤丹”，但湖南省并无王凤丹其人。这种张冠李戴、指鹿为马、无中生有的党狱，不仅湖南有之，其他各省亦皆有之。
汤芗铭有“汤屠户”之称，他的军法课长华世羲则有“活阎王”之称。华世羲经常用毒刑拷打政治犯人。有一种炮烙之刑，是用炭火烧红铁丝床，逼令犯人赤身睡在床上，把他烧得皮焦肉烂，所以犯人一见此床，就吓得魂飞魄散，立刻愿意“招供”，要招什么就招什么。此外还有敲牙割舌、断骨抽筋等刑。为了节省囚粮，这位阎王对于被捕犯人，往往不论案情轻重，一律判处死刑了事。长沙市民经常听到一种冲锋陷阵的号角声，吹一声号，喊一声杀，就有犯人在一批武装兵士的押解下，头插标签，双手反缚，赤身露体，推往浏阳门外识字岭枪决。有时一次处决政治犯达数十人之多，也不宣布罪状，而以藁葬了事。汤在湖南任职三年多，被他屠杀的人有案可稽者达一万七千余人。最使人触目惊心的是杨王鹏一案。1916年2月20日，杨王鹏率领一批中华革命党人在长沙举行暴动，他们凭血气之勇，并未侦察敌情，用手枪炸弹攻入照壁后将军公署。其时辕门内适有卫队营举行演习，即用机关枪扫射，党人42名除当场被打死者外，全部被捕，无一幸免。当天华世羲开庭审问，把他们打得骨断肤裂，就用箩筐抬往刑场行刑。杨王鹏被割舌挖心而死。
侦探满天飞，牢狱人满为患，浏阳门外杀人号声不绝，这是汤芗铭治理湖南的三大特色。有人向袁告状，汤芗铭杀人未免杀得太多了，用刑也未免用得太残忍了。哪里晓得，汤正因杀人杀得太多，用刑用得太残忍，而博得袁的宠爱。袁每次提到“中将汤”，就喜上眉梢，称赞他很有魄力，做得很好。
除了杀人而外，压制舆论，摧残教育，也是汤的拿手好戏。汤到湖南后，封闭《长沙日报》、《国民日报》；停发留学生经费，停办师范学校；湖南教育界名人陈润霖、胡元倓都被他逼走。邵阳中学教员李洞天出了一个提倡民权的作文题目，竟被指为乱党而遭枪决。
在袁政府的黑暗统治下，这种疯狂杀人的野蛮行为，不但湖南、广东两省有之，其他各省亦皆有之。正是：西山老虎也吃人，到处乌鸦一般黑。
