为了保护用户的利益，腾讯公司发布的反盗号软件“QQ医生”等。随着2010年腾讯的QQ医生3.3升级版的悄然上线，很快人们就发现，这款原本只是用来查杀QQ盗号木马的防护软件，已经了包含云查杀木马、系统漏洞修补、实时防护、清理插件等多项安全防护功能，甚至还搭载了免费半年的诺顿杀毒。
“网上诈骗”
俗话说，“树大招风”，随着QQ用户的不断增多，腾讯却被一些犯罪盯上了，成为网络犯罪的最大受害者之一。马化腾表示：
我现在最担心的就是安全问题。
在腾讯2006年的年报中，提升用户安全被列为最优先处理的项目。
2007年，警方共接报网络诈骗案件2000多起，案值少则百余元，多则几千元。受骗者半数以上是20岁到30岁的年轻人，以职员和学生居多。
诈骗分子利用QQ等即时聊天工具，以一些知名公司或网站的名义发布虚假中奖信息，利用一些人贪小便宜或好奇心态、侥幸心理等，以“特等奖”、“幸运奖”、高额奖金和笔记本电脑或其他数码奖品为诱饵，借“公证费”、“手续费”、“保险费”等名目骗取网民的钱财。
山东德州的韩先生在上网时，看到自己的QQ号码弹出一条“腾讯QQ系统中奖信息”，说他在“腾讯公司和三星电子公司联合举办的抽奖活动”中了5.8万元和一台三星笔记本电脑。他随后拨打了网页上留下的客服电话，仅仅两个小时后，他辛苦攒下的6000多元就轻易地进入了骗子的腰包。
在汶川震后，甚至有假冒腾讯网慈善频道、标题为“腾讯公益慈善基金会联合中国红十字总会李连杰壹基金计划为‘5·12’四川地震紧急募捐”的网站，其实这是黑客建立的钓鱼网站，其公布的募捐账号也是假冒的。汶川震后的7天时间里，就有7起假冒腾讯以“公益”为名的诈骗案件。
2005年12月，马化腾在接受《中国新闻周刊》的采访时说道：
我觉得，从互联网整个的环境来看，整个社区肯定有好有坏。我们做了大量努力，但是像现实社会一样，还是会发生很多利用人性的弱点，比如获得信任之后去行骗。这不是技术的问题，而是人之间沟通的问题，反映了一个真实社会所会有的情况。
实际上，即时通信更像一个通信平台。可能有犯罪分子利用电话来犯罪，但这不是电话运营商能完全负担责任的。我们只是提供一个工具和平台。
就像邮件的运营商，邮件的内容并不是他能直接去监管的。只能用某些技术手段。比如邮件的供应商，对群发的邮件，垃圾邮件，以及对服务器有攻击的恶意行为，他可以限制。但对每一封Email的内容，他不能完全监管。
虽说腾讯不能对所有内容进行监控，但腾讯一直在不断地进行着对网民的教育工作。在QQ的界面和对话框的显著位置提醒网民谨防上当受骗。
腾讯还通过一系列的技术升级与服务优化，大幅度提升了QQ的安全性。2007年3月，马化腾在“网络与知识产权刑法保护”研讨会上说道：
计算机及网络领域的新型犯罪也接踵而来。在我们所接触到的一些网络犯罪行为，多以窃取用户“互联网服务使用账号”等手段来达到侵权目的，这些行为扰乱正常的网络秩序，给广大人民群众的现实生活带来诸多负面影响。然而，我们却明显地感受到这类违法犯罪频繁发生却难以控制，除了该类行为具有隐蔽性强等特征之外，还有社会环境、法律体系、技术、管理、教育等多方面的原因。例如，当前的法律对许多网络不法行为还难以定罪或者量刑过轻，起不到应有的惩戒与震慑作用。同时，网络道德标准没有确立，缺乏正确的教育引导，一些实施网络侵权行为的不法分子，如黑客、病毒制作者等反而被当成“技术天才”，使我们的社会评价体系发生了不应有的倾斜。
网络的违法犯罪行为给和谐社会、和谐网络的建设带来了严峻挑战。充分运用法律手段，加强网络管理，有效维护网络秩序已刻不容缓。2007年1月8日，为了遏制网络盗窃行为的危害，腾讯就联合网易、金山、盛大、九城等5家知名的网络服务商联合提出了成立“反网络盗窃联盟”的呼吁，希望打击网络盗窃的行为，维护用户网络财产的安全。未来，腾讯也希望与各方一起以积极的态度、创新的精神，同网络盗窃行为作坚决的斗争，把互联网建设好、利用好、管理好。
在运营上，我们将重点关注安全、稳定和网络质量三个方面：
在安全方面，腾讯一直与金山等国内一流的防病毒厂商开展深度合作，并共建QQ的安全中心，同时也一直和国家有关部门联合打击对用户利益侵害巨大的非法挂机网站、恶意广告网站；在稳定性维护方面，腾讯会有计划地对后台系统进行软硬件方面的优化，确保服务质量；并设立了7×24小时的值班中心，对异常现象做到快速反应。
为了满足用户使用QQ时的安全需求，帮助指导用户更好地去使用QQ安全防护措施，腾讯开发了《QQ安全自习课》。《QQ安全自习课》是一个在线学习课程的虚拟课堂，它针对多种安全领域提供个性化的在线学习课程，通过幽默直白的漫画向用户讲述和QQ相关的各个安全领域的问题以及处理方法。
上一堂QQ安全自习课，一方面能够教会你如何防止被骗和防毒；另一方面你还可以从中看到腾讯公司在保护QQ安全方面采取了哪些措施。
“黑客攻击”
除了盗号、网络诈骗等问题外，另一个让马化腾时刻不能掉以轻心的问题则是黑客攻击。
2005年，马化腾在QQ2005正式版的发布会上表示：
根据调查显示，随着即时通信各种数据业务应用的增多，用户对即时通信的安全性提出了更高的要求。ID被盗、隐私暴露、病毒入侵等烦恼一直困扰着用户。尤其是对企业用户来说，如果安全措施不可靠，企业将为即时通信漏洞付出巨大代价。毋庸置疑，安全已经成为未来即时通信保障基础应用的根本之道。由于整个行业尚未制定即时通信安全标准，目前很多流行的即时通信软件都是明文存储，明文传输，密码输入加密简单。对此，腾讯非常愿意与广大同业合作，共同携手制定即时通信安全标准，并将和今天到场的金山公司等国内信息安全方面的一流厂商一起提高即时通信的抗风险和防病毒能力。
2009年6月25日下午17点40分起，腾讯的上千台服务器全部受到来自世界各地巨大流量的黑客攻击。10月17日早上10时许，国内各地网民陆续发现自己的QQ出了问题，如QQ长时间收不到信息留言，QQ时断时续，弹出对话框提示“连接服务器超时，请检查网络”等。对此，腾讯方面发布公告表示：“这是网络设备出了问题，有关方面正在抢修之中，恢复时间另行通知。”这种疑似黑客事件在腾讯历史上并不少见。事实上，一部中国互联网的发展史，也是一部黑客们在堕落和奋发、保卫和侵犯之间相互摇摆的历史。
2009年3月，马化腾在接受《南方日报》采访时说道：
（黑客）这个问题对互联网来说是很致命的，这是一场战争，很多黑客都是有高学历高技术背景的，他们觉得好玩，觉得很英雄，所以只能利用技术手段去抗衡和抗争。
其实增值服务一多，都会遇上这样的问题。腾讯是对国内这种黑色产业链了解最多的一个公司。我们花了很大的精力，从法律和技术层面上去打击。我们还曾经要求一些电子商务的交易平台撤下相关QQ产品交易的页面，甚至由此还发生了一些不愉快的纠纷。
马化腾所说的电子商务的交易平台就是淘宝网，淘宝上也有Q币出售。腾讯Q币价格为1Q币1人民币，而淘宝上Q币价格可低达官方价格的6折到7折。淘宝上的折扣Q币长盛不衰，那些卖家如何赚钱呢？据知情人士透露，廉价Q币的来源，一是通过积累游戏币兑换（现在腾讯已经限制了该功能），二是通过偷盗他人所得。因此，淘宝和腾讯曾就Q币问题对簿公堂。
“非法外挂”
马化腾并非一边倒的赞誉。争议集中在：一是该不该把北京理工大学老师陈寿福送进监狱。据称，“珊瑚虫QQ案”一开始，业内大佬雷军、蔡文胜曾向马化腾求情，但马化腾态度坚决。
珊瑚虫QQ案
腾讯依靠众多用户快速崛起，吸引了一批技术人员的关注，大家竞相模仿和更改QQ程序，陈寿福就是其中一个。
陈寿福，1980年12月出生，2002年毕业于北京理工大学光学系，曾是该学校计算机中心主任。2001年，在技术开发上非常有研究的陈寿福（当时他还是学生）发现了QQ的许多不足之处，于是，他就对原版的QQ进行了诸多修改，去除了QQ的广告增加了探索IP的功能，那时候的珊瑚虫版还不是外挂形式。
2002年11月，腾讯公司找到了陈寿福，在双方交涉的过程中，陈寿福写下了保证书，据《IT时代周刊》的记载，在这份《保证书》中，陈寿福称：“自从2000年以来，一直使用着QQ。后来在网上发现了去掉广告并且能够提示好友IP的QQ版本，于是我便下载并使用。出于浓厚的学习兴趣，我对网上流行的版本加以修改，完善部分功能，并做成了自己的版本，后来我便把自己做的版本放到了个人主页上提供下载。在我不知情的情况下，有的站点也提供了该版本的下载服务。我主动于2002年11月在自己的网站上发表了声明，并从主页上删除了QQ修改版本。在这里本人作出保证，继续关闭本人网站上关于QQ软件该修改版本的下载服务，删除与该修改软件版本有关内容，并停止传播，今后不再对腾讯QQ软件作出任何修改。”当时，被腾讯公司以侵犯著作权为由找到的还有邹丹版本和木子版本，也都主动退出研发行列。
然而，也是在这一年，2003年，一种被业内俗称为“外挂”的开发技术逐渐成熟。对技术痴迷的陈寿福在经过了一段时间的研究之后，利用这种技术，在不修改任何腾讯QQ代码的前提下，实现了原来通过反汇编修改方式实现的全部功能，成功地开发出了新的“QQ珊瑚虫增强包”。他的这一创举，在当时水木清华等国内著名技术论坛中被传为佳话。当时的陈寿福一定认为，自己开发的增强包没有修改任何腾讯QQ的代码，也就没有违背自己的承诺。从一些网站的分析看，它甚至超过腾讯QQ本身的下载量。
忍无可忍的腾讯将陈寿福告上了法庭。2006年12月20日，北京海淀区人民法院做出审判：陈寿福未经腾讯公司许可在网站“珊瑚虫工作室”中设置涉案作品的下载服务行为显属侵权，故应立即停止侵权并依法承担侵权责任，腾讯公司称陈寿福在“珊瑚虫工作室”上设置外挂程序等行为构成不正当竞争，证据不足，不予采纳。
有人分析，从这纸判决当中不难看出另一种意味：只要不以营利为目的改版QQ就不构成侵权。就在很多人以为珊瑚虫可能就此谢幕之际，基于V5版增强包的珊瑚虫QQ2007悄然问世。珊瑚虫QQ的再次出现无疑惹怒了腾讯，也为陈寿福本人带来了灾难。
2006年9月，一纸民事诉讼将珊瑚虫送上法庭，陈寿福被判赔十万并公开道歉。
2007年，珊瑚虫案第二次开庭。庭上公诉方指出，经依法审查查明：2005年底至2007年1月间，陈寿福从腾讯公司的网站下载腾讯QQ软件后，未经腾讯公司许可对腾讯QQ软件进行修改，将腾讯QQ软件的广告、搜索功能进行删除，加上显示好友IP地址的功能，而这一功能在正版QQ上是要收费的。珊瑚虫还安装了北京智通无限科技有限公司、265网络技术（北京）有限公司、Google（中国）信息技术有限公司的商业插件，为这三家公司做广告。据电脑刊物Pchome称，珊瑚虫QQ的用户多达4060万。
