关于库布忍耶学派的渊源，目前作者发现汉文最早记录在民国时期。1939年杨子伯在《中国回教的宗派》一文中记载：“中国的回教，内地各省多属阿伯哈乃斐宗派，仅新疆有少数的沙斐仪宗派而已。自隋朝传入后，很多年根本没有‘门宦’（就是派别的意思）和‘小门宦’发生。直到清乾隆46——49年，花寺太爷马来迟（临夏河州人）与关川太爷马明心（武都阶州人）因宣传伊斯兰（回教、天方教、清真教）教义，不相融洽，各主一端，遂分两派。后来相传日久，便形成了六个门宦：1.哲赫忍耶2.虎夫耶3.嘎德忍耶4.库布忍耶5.沙子林耶6.塞嗳落哦落丁耶（这六个门宦，现在统称旧教）。”1944年，吴明士认为：“据说回教的先知穆罕默德去世以后，他们的门徒，对于圣训及经堂的解释不同，分成四大派系。一为阿伯哈尼夫派，二为沙斐尔派，三为马利克派，四为韩伯力阿哈穆伍派。到中国传教为阿伯哈尼夫派。到乾隆时候，两北的回教徒又开始分化为两大派系，旋即成六大门宦。叫做哲赫忍耶、虎夫耶、嘎德忍耶、库布忍耶、沙子林耶、塞嗳落哦落丁耶。不过甘肃人回教徒均属于前四个门宦”。上述说法，在教派的形成历史上有不准确的方面，如把教派的分野的起因看做是乾隆年间花寺和哲赫忍耶的教争，忽略了教派的自身成长的历史渊源，但有两个方面是清楚的。一是中国的苏非派是阿伯哈尼夫派；二是中国苏非派有六大学派，在甘肃则有四个学派，库布忍耶成为这四个学派之一。
库布忍耶的学统，马通和勉维霖认为是库布拉维教团在中国的繁衍。马通说：“库布忍耶是阿拉伯文kubriyah的译音，原意为‘至大者’，源于中亚人纳吉姆丁·库布拉所创的库布拉维教团，教派属于逊尼派，教法上属哈乃斐学派。”勉维霖认为：“大致在这一时期（世纪下半叶），稍早或稍迟于阿帕克霍加到河湟传教之际，新疆的库布拉维耶苏非主义，也传入了甘宁青伊斯兰教中，形成了甘肃东乡地区库布忍耶张门门宦。”这一传承是否有内在合理性，我们先分析库布拉维教团的产生和演变。
第一节，库布拉维教团
一、库布拉维教团的兴起。12世纪中叶，中亚地区有五个王朝：塞尔柱王朝、伽色尼王朝、古尔王朝、辽西王朝、花剌子模王朝。各王朝为了争夺中亚地区的领导权，长期战争，国无宁日。到13世纪初，花剌子模王朝逐渐强盛起来。在这一王朝盛衰更迭中，苏非学派逐步成长起来。因此，着名伊斯兰教史学家吉布认为：“从12世纪以来，在有关各地区穆斯林社会的生活问题中，最显着的是苏非领袖及其教团的活动和影响。”早在10世纪至11世纪，苏非派在中亚草原地区的突厥人中广泛传播伊斯兰教，使许多突厥王公贵族皈依伊斯兰教，进而带动了大批突厥人改信伊斯兰教。到11世纪末期，呼罗珊地区已成为苏非派的活动中心。苏非们在哈纳卡接受导师的指导而进行苦行实践和精神修炼，宗教导师周围聚集了一批信徒而成为这个教团的教长。12世纪以来，有两件事对苏非主义学派产生很大影响：一是塞尔柱王朝初期，通过着名的神学家安萨里等人的努力，苏非派和正统派最终调和，苏非主义逐渐为正统派所接受，成为合法宗教。二是12世纪中后期，苏非团体中希尔希拉（silsila）的诞生。希尔希拉是该团体中所有教长名字的一系列精神“链条”，凭借这种“链条”，苏非成员可以与真主相连接，苏非团体有了世代承袭的道统，逐渐演化为组织严密的宗教团体。这是库布拉维教团形成的时代背景。
据张文德记载，库布拉维教团的创始人纳吉姆丁·库布拉生于1145年，先于花刺子模王朝。“库布拉”，意为“重大灾祸”，纳吉姆丁获此雅号，主要是其在辩论和布道时，雄辩的才能令对方敬畏的缘故。作为一名哈底斯和凯拉姆的学者，他广泛旅行于中亚和北非。在埃及，他成为苏非谢赫鲁兹比罕·瓦赞·米斯里的信徒。几年以后，他前往大不里土，在苏非巴巴（宗教导师）法拉吉·大不里土的劝告下，放弃对凯拉姆宗教科学的研究，而完全致力于苏非之路。以后，他和两个苏非教师阿尔本·雅西尔·比里西和易斯马仪·卡里斯一起待过一段时间，并从其中一人中接受了克尔卡，从而回到埃及的鲁兹比罕那里。鲁兹比罕认为库布拉已完全具有培训和传授信徒的权威，遂把他送回花刺子模。库布拉很快召集了一群信徒，大约60人，其中包括数量相当的苏非作家，库布拉因此被成为“吾力——图拉什”（圣徒们的造就者）。在他的信徒中，着名的有：马吉德丁·巴格达迪·纳吉姆丁·巴哈尔则等。库布拉和其信徒组成了库布拉维教团。
二、库布拉维教团与王朝关系的调适
（一）与花剌子模王朝的关系。库布拉时代正是中亚花刺子模的兴盛时期。《中亚塔吉克史》收藏了花刺子模沙（国王）捷克什（1172——1200年）的私人秘书巴霍乌丁·穆罕默德·巴格达吉所写的《学习公务通信的门径》中的一份文件，这份文件中是花刺子模沙捷克什给毡的总督的指示，上有：“应该送东西给苏非教徒们和归附他们的人，以便使他们能内心安静地为我们所向无敌的国家祈祷！”这表明了在花刺子模的兴盛时期，十分注意关心宗教，利用宗教为其统治服务。但到后期，关系出现了不和。张文德在《中亚苏非主义史》中，讲了这样一个例证。花刺子模沙摩诃末（1200—1220年）时期，因花刺子模沙与他母亲吐尔干可敦周围的突厥兵贵族不和，于1216年下令处死吐尔干可敦和亲信、库布拉的学生巴格达迪，引起了库布拉维教团的公愤。花刺子模沙想缓解这件事，在极力与突厥兵将领和平相处的同时，又派人送给这个教团一些金银宝石以谢罪，库布拉归还这些礼物说：“不是金银宝石，而是素丹的生命，我自己的生命，数千真正信仰者的生命将献出作为我们死去的圣徒的血祭。”这表明了库布拉维教团与花刺子模关系已经不可调和。
（二）与刚刚入侵的蒙古人的关系。在蒙古人征服中亚的过程中，库布拉选择了抵抗之路。《中亚苏非主义史》记载，当蒙古人将要到达花刺子模时，库布拉集中了他的信徒，其数量超过60人，吩咐他们赶快逃走。这样，一部分信徒逃往呼罗珊，一部分则留了下来。库布拉对留下的信徒说，以真主的名义起誓，让我们为真主的正义而战。然后穿上他的克尔卡，束紧胸部，在克尔卡的前胸两侧塞满了石头，手里拿着一只矛走了出来。当与异教徒面面相对时，他连续投掷了石头，直到掷完为止。异教徒向他连发弓箭，一支箭穿进他的胸部，他把它拔出来，扔了出去，他的灵魂随后离去。还传说库布拉在殉道的那个时刻抓住了一个异教徒的辫子，他死后，异教徒扳不开他的手，最后被迫砍掉他的手。这样，库布拉维教团出现了分崩离析的局面。尽管如此，其道统却维系了下来，据《中亚苏非主义史》记载，出现了3个支系。
1.巴哈尔则支系。巴哈尔则的学生布哈拉人不儿哈纳丁曾在忽必烈时代传道于汗八里。在巴哈尔则的哈纳卡中，金帐汗国的第三任统治者别儿哥（1257——1266年）宣布接受伊斯兰教。也许正是由于这一支系与别儿哥联盟的缘故，当别儿哥的总督们被其敌手逐出河中地区诸城时，巴哈尔则的儿子也被杀。巴哈尔则的信徒巴德尔丁·萨马尔肯迪旅行到印度，去那里建立了库布拉维教团的又一支系，并逐渐以菲尔达瓦希教团着称。
2.哈姆雅支系。库布拉的信徒赛义德·丁·哈姆雅逃到呼罗珊后，便在呼罗珊的巴赫拉巴德建立了一座哈纳卡（道堂）。他死后，这座哈纳卡由他的儿子萨德尔丁·易卜拉欣主持。
3.拉拉——萨姆纳尼支系。这是库布拉维教团存在时间最长、繁衍较多的支系。它由库布拉的弟子拉迪·丁·阿里·拉拉（卒于1244年）续传，到阿拉·达瓦拉·萨姆纳尼时，得到了进一步发展。此后，分裂为两小支。大部分成员接受库塔拉尼任命的穆罕默德·努尔巴克什领导，少数人则忠诚于阿布德·阿拉赫·巴尔齐沙巴派。两派都与什叶派信仰相结合。努尔巴克什派在伊朗一直存在到沙法维王朝时期，另一支逐渐获得了达哈布派的称号，在伊朗一直存在到今天，中心位于社拉子。
（三）力求延绵教统和争取蒙古人改变对伊斯兰教态度的行为。蒙古人入侵之初库布拉维教团的反抗，在双方都留下了阴影。“像库布拉这样着名苏非首领对蒙古人的抵抗，使得蒙古统治者对苏非教团非常担忧，因此，最初蒙古统治者采取了对敢于反抗的苏非进行镇压，对有一定势力的教团驱散，对其哈纳卡毁灭的政策。此外，蒙古人征服中亚时对穆斯林的残暴，一些苏非不愿与异教徒蒙古人合作等也是重要原因。”这样，“从13世纪起，河中地区的居民由于蒙古征服所带来的恐怖不能从现实中赶走，从而在精神上更狂热地热爱伊斯兰教。”
为了宗教的生存和发展，库布拉维教团对蒙古人的态度有所改变，对自身行为进行了适应性调整。在伊利汗国，“具有什叶派倾向的苏非教团如库布拉维教团积极活动。该教团的着名谢赫希姆纳尼（卒于1336年）曾把一部分时间花在为阿鲁浑宫廷的服务上……中亚库布拉维教团的成员赛义德·丁·哈姆雅在呼罗珊的巴赫拉巴德建立了一座哈纳卡。他死后，这座哈纳卡由他的儿子撒都鲁丁·易卜刺金指导。这位谢赫大部分时间在合赞汗身边。合赞汗经常请他讲述伊斯兰教的情况，询问、研讨伊斯兰教的奥妙和本质。如前所述，合赞汗正是在这位谢赫面前信仰了伊斯兰教。”合赞汗的皈依，使伊利汗国伊斯兰化。在金帐汗国，14世纪着名的阿拉伯史学家伊窦·哈勒敦描写别儿哥汗皈依伊斯兰教的经过：“（别儿哥）由涅只蔑丁·忽不刺（即纳吉姆丁·库布拉）的门徒之一舍本薜丁·巴哈儿昔接纳入教，……巴哈尔昔住在不花刺，派人劝告别儿哥入教。他（别儿哥）成了伊斯兰教徒，就派人颁发给他一张文书，准许他在其余领地内随意处置一切。但他（巴哈儿昔）辞绝了。别儿哥动身去会见他，他（巴哈儿昔）却不许他进去见他，直到他的亲近请求接见别儿哥时为止。他们为别儿哥求得了他的允诺（准他进去见他），他便进去了，又重复了一遍入教的誓约，司教责成他公开传（伊斯兰）教。他（别儿哥）在自己的全体人中间传播它，在自己的全部领地内建起清真寺与学校，亲近学者与法学家，与他们为友。”这就表明，在蒙古人统治的汗国里推广伊斯兰教，库布拉维教团的贡献是大的。
《中亚苏非主义史》介绍：“库布拉维教团以后的历史我们所知甚少。但很可能是从15世纪早期起，它逐渐被中亚另一个着名的苏非教团乃格什板迪教团所取代。此后，库布拉维教团基本上是以零星的小团体或个人的形式存在。例如，在17世纪早期，布哈拉附近的萨克塔里小镇仍是库布拉维教团的一个活动中心。一些成员从中亚向东传教到我国的新疆、甘肃、宁夏等地，形成了我国回族伊斯兰教的四大‘门宦’之一——库布忍耶”。
韩忠义《西域苏非主义研究》记载：“13世纪20年代，花刺子模人纳吉姆·库布拉（Naimal-Dinkubra，？-1221）创立了以姓氏称号命名的库布忍耶教团（Kubrawiyah）。蒙古军队攻入花刺子模时，纳吉姆本人因守卫花刺子模城而战死，至今他的墓还在库曼斯坦（Turkmani-stan）乌尔根奇（乌尔艮赤，Urgench）的孔亚镇（Konya），信徒尊称他为‘卡比尔·阿塔’（Kebir Ata）”。
王怀德、郭宝华《伊斯兰教史》记载：“在中亚地区，影响较大的有三个教团，它们是：花刺子模的库布拉维教团（Kubrawiyah），创始人为纳吉姆丁·库布拉（Naimad-Dinkubra，1145-1221年），突厥斯坦的雅萨维教团（Yasaviyah），创始人是雅而（Yasi）出生的艾赫默德·伊本·伊卜拉欣·伊本·阿里（Anmadibn Inrahimibn‘Ali，？-1166年）；布哈拉的乃格什板迪教团（Nagshbadiyah），创始人是穆罕默德·伊本·巴哈丁（muhammadibn M·Bahaad-Diu，1318-1389年）。”
三、库布拉维教团的教义。苏非派修行的最终目的是与主合一。作为学习研究教义学理论的库布拉，其对人主合一的状态的理解是独到的。《中亚苏非主义史》介绍，库布拉认为，寂灭有两种：一是人自己的属性寂灭在主的属性中（这是寂灭在“独一”中）；二是他的属性寂灭在他的本质中（这是寂灭在“一”中）。当本质显示在主的显现中时，他在极好的外衣下，完全如此。由此，旅行者被毁灭。他在毁灭中，但那时他心里说：“一！一”，此时，他寂灭在他的本质中，他存在他（指真主）中，活在他中。也就是说，库布拉的与主合一，是在一种外衣下，人的属性变成了神的属性，人的本质具有了神的本质，而达到这一状态时，正是神之时。
