细菌是单细胞植物，无真正的核，大多数不含叶绿素，细胞壁主要由蛋白质、类脂质和多糖复合物组成，一般不具纤维素壁。其中放线菌是抗生素的主要产生菌，已知抗生素中有三分之二是由放线菌产生的，如氯霉素、链霉素、金霉素、土霉素、四环素等。
真菌不同于细菌的是有细胞核，细胞壁大多具有几丁质成分，少数含有纤维素。真菌的营养体除少数原始种类是单细胞外，一般都是由多数分枝或不分枝，分隔或不分隔的菌丝交织在一起，组成菌丝体，菌丝一般为圆管状。菌丝组织有两种形式：疏丝组织和拟薄壁组织。储藏的营养物质是肝糖、油脂和菌蛋白，而不含淀粉。
菌类中药以真菌门为主，真菌类中药又以子囊菌纲和担子菌纲为最多。
（1）子囊菌的主要特征是在特殊的子囊中形成子囊孢子，如冬虫夏草、蝉花、竹黄等药用菌。
（2）担子菌的主要特征是不形成子囊，而依靠担子形成担孢子来繁殖，药用的部分主要是子实体（如马勃、灵芝等）和菌核体（如猪苓、茯苓。雷丸等）。
菌类常含多糖、氨基酸、生物碱、蛋白质、蛋白酶、甾醇和抗生素等成分。其中多糖类如灵芝多糖、茯苓多糖、猪苓多糖、银耳多糖、云芝多糖等有增强免疫及抗肿瘤作用。
菌类中药常见的名词术语有：
（1）菌丝组成真菌的每一根细丝或一个分枝叫菌丝。
（2）菌丝体组成一个真菌菌体的菌丝总称菌丝体。
（3）疏丝组织组成菌丝体的菌丝为长形细胞，且菌丝或多或少相互平行排列，这种菌丝组织称为疏丝组织。
（4）拟薄壁组织组成菌丝体的菌丝细胞为椭圆形或近圆形，或近于多角形，这种菌丝组织称为拟薄壁组织。
（5）菌核由疏丝组织和拟薄壁组织组成的坚硬团块，为抵抗外界不良环境的休眠体，当条件良好时能萌发产生子实体，如茯苓。
（6）子实体真菌（多是高等真菌）经过有性过程，形成能产生孢子的结构，称子实体。如灵芝。
（7）子座是容纳子实体的菌丝褥座。子座形成后，常在其上或其内产生子实体。
5.8.3地衣类
地衣是藻类和真菌共生的复合体，具有独特的形态、结构、生理和遗传等生物学特性。
地衣中共生的真菌绝大多数为子囊菌，少数为担子菌；藻类是蓝藻及绿藻。它们的形态分为壳状、叶状或枝状。构造也不相同。枝状地衣内部构造呈辐射状，具有致密的外皮层和薄的藻孢层及中轴型的髓，如松萝。
地衣具特有的地衣酸、地衣色素、地衣多糖、蒽醌类、地衣淀粉。最特殊的是地衣酸类，有的只存在于地衣体中。大约有50%的地衣类含有抗菌活性物质，如松萝酸。
冬虫夏草（Cordyceps）
【来源】为麦角菌科真菌冬虫夏草Cordyceps sinensis（Berk）Sacc．寄生在蝙蝠蛾科的昆虫幼虫上的子座及幼虫尸体的复合体。
【产地】主产于四川、青海、西藏等省区。甘肃、云南、贵州等省亦产。
【采收加工】夏初子座出土，孢子未发散时挖取，晒至6～7成干，除去似纤维状的附着物及杂质，晒干或低温干燥。
【性状鉴别】本品由虫体与从虫体头部长出的真菌子座相连而成。虫体形如蚕，长3～5cm，外表土黄色至黄棕色，偶见棕褐色，粗糙，环纹明显，共有20～30条环纹，近头部环纹较细；全身有足8对，近头部3对，中部4对，近尾部1对，以中部4对最明显；头部黄红色，尾如蚕尾。质脆，易折断，断面略平坦，淡黄白色。子座深棕色至棕褐色，细长，圆柱形，一般比虫体长，长4～7cm，粗约3mm，表面有细小纵向皱纹，上部稍膨大；质柔韧，折断面纤维状，类白色。气微腥，味微苦。以完整、虫体丰满肥大。外表色黄亮、内部色白、子座短者为佳。
【功能主治】补肺滋肾。用于久咳虚咳，劳咳咯血，阳痿遗精，腰膝酸痛。用量3～9g。
【贮存】贮干燥容器内，密闭，置通风干燥处。防潮。防蛀。
灵芝（Ganoderma）
【来源】为多孔菌科真菌赤芝 Ganoderma lucidum（Leyss．ex Fr.）Karst．或紫芝Ganoder-ma japonicum（Fr）Lloyd的干燥子实体。
【性状鉴别】
（1）赤芝菌盖半圆形、肾形或数个重叠或粘连而呈不规则形，直径5～10cm，偶可达30cm，表面红褐色，有光泽，环状棱纹明显，辐射状皱纹清楚或不清楚，中间厚，边缘薄而常向内卷；菌盖下表面菌肉白色至浅棕色，菌管呈棕褐色。菌柄侧生，扁圆柱形，常弯曲，长3～11cm，红褐色至紫褐色，有漆样光泽。气微，味苦。
（2）紫芝子实体形状与灵芝极相似。主要区别为：菌盖与菌柄表面紫黑色或黑色，有光泽，具明显的同心环沟，菌肉锈褐色。
【成分】灵芝含麦角甾醇（Epgosterol）0.3%～0.4%、真菌溶菌酶及酸性蛋白酶，在水提液中含有水溶性蛋白质、氨基酸、多肽、生物碱及多糖类等。
【功能主治】滋补强壮。用于神经衰弱，消化不良，冠心病，心绞痛。用量1.5～3g。
茯苓（Poria）
【来源】为多孔菌科真菌茯苓Poria（Schw）Wolf的干燥菌核。
【采收加工】多于7～9月采挖，挖出后除去泥沙，堆置“发汗”后，摊开陈放至表面干燥，再“发汗”，反复数次至现皱纹，内部水分大部散失后，阴干，称为“茯苓个”；或将鲜茯苓按不同部位切制，阴干，分别称为“茯苓皮”从“茯苓块”。
【性状鉴别】
（1）茯苓呈类球形、椭圆形或不规则的块状，大小不一。外皮薄而粗糙，棕褐色至黑褐色，有明显隆起的皱纹。体重，质坚实，不易破裂，断面不平坦，外层淡棕色，内部白色，显颗粒性，有的具裂隙，少数淡红色，有的中间抱有松根。无臭，味淡，嚼之粘牙。
以体重、坚实、外皮色棕褐、皮纹细、无裂隙、断面白色细腻、粘牙力强者为佳。
（2）茯苓皮为削下的茯苓外皮。形状大小不一。外面棕褐色至黑褐色，内面白色或淡棕色，体软质松，略具弹性。
（3）茯苓块为去皮后切制的茯苓，呈块片状，大小不一。白色、淡红色或淡棕色。
【功能主治】利尿渗湿、健脾安神。用于水肿尿少，痰饮眩悸，脾虚食少，心神不安，惊悸失眠。用量9～15g。
【处方】苓桂术甘汤：茯苓12g白术6g炙甘草6g桂枝9g。
【功效】温化痰饮，健脾利湿。
猪苓（Polyporus）
【来源】为多孔菌科真菌猪苓Polyporus umbellatus（pers.）Fries的干燥菌核。
【性状鉴别】呈不规则的块状、条形、类圆形或扁块状，有的有分枝。表面皱缩或有瘤状突起，灰黑色或棕黑色。质致密而体轻，能浮于水面，断面细腻，类白色或黄白色，略呈颗粒状。气微，味淡。
【功能主治】渗湿利尿。用于小便不利，水肿，泄泻，淋浊，带下。用量6～12g。
