一
对于扬州人乃至中国人来说，顺治二年（1645年）四月二十五日，是一张发黄而变脆的日历，却又是一页悲壮而沉重的历史。
这一天，扬州十日保卫战壮烈谢幕。南明最后一位兵部尚书、大学士史可法受命于危亡之秋，在率兵民死守十日孤城后，终未能阻挡清军铁流，城破身亡，血溅淮左名都，留下千古悲风。这一天，扬州十日屠城记惨烈上演，惨绝人寰的十日屠城，使一座历史名城顿时变成一座鬼城。然而在三百年明史的尾声中，史可法和扬州军民却写上了一个极其神圣和强悍的惊叹号，还原了一个民族凛凛不可犯的精神主体。
史可法的衣冠墓在扬州城北的梅花岭上，墓址是遵照他殉难前的遗言我死当葬于梅花岭上而选的。墓在初建时甚为简朴，墓碑上书明督师太子兼兵部尚书中极殿大学士史公墓承嗣男德威泣血立石。据说岭上的梅花原为白蕊，自史可法衣冠葬于此后，蕊红如血。史公陵园虽经历次修缮，但由于淮扬后人无力长期负担维修费用，英雄陵园逐渐变成了一块荒凉的墓地。英雄生前孤军血战，死后寂寞夜台，使得清朝前来拜谒的文人们心情沉重，感慨良多，写下了篇篇蕴涵着辛酸和悲愤之泪的诗文。
乾隆年间，一位因文字狱被治罪幸而免死的宁波学者全祖望，远道来到扬州。他寻访到广储门外，怀一腔虔诚去觐谒心仪已久的圣地；他站在史公墓前，以一片赤诚来祭奠光照日月的忠魂。梅花染血，衣冠留香，全祖望缅想当年，热泪盈眶，遂取雪虐风号愈凛然，花中气节最高坚的梅花形象，以《梅花岭记》为题，夹叙夹议，记叙英雄率众抗清、与城为殉的过程，抒发自己凭吊梅花岭上史公墓时的感情，表彰史可法的义薄云天之忠烈，也赞扬丹徒钱烈女和史可法八弟媳的杀身成仁之节烈。
顺治二年乙酉四月，江都围急。督相史忠烈公知势不可为……《梅花岭记》一开始，作者就将江南狼烟四起、清军兵临城下的激烈战事呈现在读者面前，把读者带到了扬州（江都）危如累卵、军民命悬一线的生死现场。史可法召集众将，表明自己将与城为殉的决心，其言铮铮，回响于危城上空。他希望有一个人在最后帮助他完成大节，副将史德威慨然任之，欣慰于后继有人，史可法当即认其为义子。此景慷慨悲壮，此情悲愤填膺，读之令人涕下。
二十五日，城陷，忠烈拔刀自裁，诸将果争前抱持之，忠烈大呼德威，德威流涕不能执刃。在终为清兵俘获后，史可法大骂而死。作者以诸将果争前抱持之、德威流涕不能执刃的寥寥数语，衬托史可法平日节操高洁，深得众将爱戴。又以忠烈乃瞠目、大骂而死的简练用词，正面阐述史公巍巍中华魂、凛凛不可犯的民族气节。
或曰：城之破也，有亲见忠烈青衣乌帽，乘白马，出天宁门投江死者，未尝殒于城中也。暞自有是言，大江南北遂谓忠烈未死。作者借忠烈未死的传闻、义军假托史可法名义抗清及孙兆奎与叛徒洪承畴口舌交锋三件事，集中表现史可法的英勇伟大形象已经深入人心，在人民心中成为民族魂的象征，虽死犹生，浩气长存。百年而后，予登岭上，与客述忠烈遗言，无不泪下如雨，想见当日围城光景……百年后作者登上梅花岭，与友人谈及史公遗言，无不泪下如雨，想象当年的围城情况，史公的高大形象仿佛又重现眼前。
在《梅花岭记》一文中，全祖望倾注了自己憎爱分明、嫉恶如仇的思想感情。他在其中记叙了孙兆奎同洪承畴的唇枪舌战，当高居上座的洪承畴惶恐地询问史可法果死耶，抑未死耶时，被执于阶下的孙兆奎拒不正面回答，反而辛辣地反唇相讥：松山殉难督师洪公果死耶，抑未死耶？当年任明朝辽总督的洪承畴，奉命与清军决战兵败松山，举朝大震，都以为他必死无疑，崇祯皇帝极为痛悼，辍朝三日，以王侯规格予祭十六坛，还御制悼洪经略文明昭天下。祭到第九坛时，消息传来：洪承畴降清了！孙兆奎这句尖锐的嘲讽话深深刺痛了洪承畴的伤疤。全祖望借此表明：史可法真殉国虽死犹生，浩气长存；洪承畴的假殉国虽生犹死，猪狗不如。
一篇《梅花岭记》，真切地抒写了史公与民同生死、与城同存亡的壮哉之气，真诚地抒发了作者凭吊史可法墓时的钦敬之忱，也真实地反映了所有具有爱国心和民族性的人们心灵之憾。文如其人，透过《梅花岭记》字里行间，可以望见一个富有民族意识和爱国精神的文人身影。
清朝学者、文学家全祖望（1705～1755年），字绍衣，号谢山，学者尊称为谢山先生，鄞州（今浙江宁波）人。全祖望出身于一个颇有民族气节的家庭，清兵南下时，他的曾祖、祖父曾率全家避入深山。在家族及前辈中，祖父全吾骐、父亲全书、母亲蒋氏以及家乡师长董次欧等的言传身教，都深刻影响着他的成长和思想感情。
据考证，全祖望的祖、父辈与浙东著名抗清爱国将领张苍水、钱肃乐都有亲缘或世交关系，他自小就从先辈那里听到过明、清之际众多民族志士的抗清斗争事迹，深受教育和震撼。小小年纪的他，对仁人志士充满了敬意，对不守节气、卖国求荣的小人则十分鄙视。在他14岁时，一次与诸生共谒学宫，看到乡贤祠中有谢太仆神主（谢三宾，明末献甬城降清的第一人）和张军门牌位（降清明将张杰，后出任清军的浙江提督），怒不可遏，厉声痛斥说：些反覆卖主之乱贼，奈何污宫墙也！遂捶碎二人神位，并投于泮池中。
耳濡目染，造就了全祖望强烈的民族情和爱国心，奠定了他高风亮节的性格基础，也确立了他日后要为众多殉难烈士树碑立传，让他们流芳千秋的愿望和行动。全祖望很早就注意收集抗清义士史料，撰写文章。当听说自己的堂伯母、明末民族英雄张苍水之女从黄岩来宁波时，他赶忙前去拜访，向这位八十余岁的白发阿婆了解张苍水的抗清事迹。他把调查所得，对证黄宗羲《张苍水墓志》、杨遴《张苍水纪》及莫农样《张苍水传》，补订了许多遗事，写成极为详尽的《明故权兵部尚书兼翰林侍讲学士鄞张公神道碑铭》，又称《张尚书神道第二碑》，并从中寄托自己的哀思和志向。
表彰民族气节，是全祖望史学的突出特点。他尽力搜集和悉心整理江南一带抗清志士的材料，其中有史可法、张苍水（煌言）、钱肃乐、王栩、华夏、施邦珍、魏耕、董志宁、朱永祜、夏子龙、周立懋等。他翔实可信地记述了清初学者的学术成就和精神风采，重新撰写了黄宗羲、顾炎武、傅山、李颙、万斯同、黄宗炎、邵以贯、李邺嗣、姜宸英、方苞、陆世仪等人的传记，热烈地对他们加以表彰；还发掘出一批以遗民身份拒不降清、坚守气节而误被世人认作是消极避世的历史人物，为我国史学宝库增添了不少珍贵的资料。
由于全祖望写的碑传文能广泛收集奇闻轶事，详加稽考，力求准确可靠，而且叙事清晰，文字清新流畅，所以一直享有盛誉，具有很高的文学价值。明清之际的慈溪人王翊，自清军入浙起从事抗清复明活动，兵败被捕。在受审时王诩志不可夺，清军刘帅拉开强弓向他射去，箭中肩；接着，清军田帅又向他射去一箭，中颊；王翊依然挺着胸，如同一根直木，不稍晃动。清兵无法，便残忍地将其气管割断，王翊从容就义，年仅三十六岁，死后他被枭首宁波城头示众。与王翊相继起义的鄞县人董志宁自刎就义，慈溪人冯京第也同时殉难。事后乡人扛回董的尸体、王的头、冯的臂，合葬于宁波北郊乡马公桥边，世称三忠墓。全祖望怀着深切的仰慕之情，在《明故兵部右侍郎兼都察院右佥都御史王公墓碑》一文中，对三位乡梓先贤作了如下细腻的叙述：
（顺治八年八月）十四日行刑，群帅愤其积年倔强，聚而射之，或中肩，或中颊，或中胁，公不稍动，如贯直木。洞胸有三，尚不仆；乃斧其首而下之，始仆。而从公者二人：一曰石心正，扬州人；一曰明知，余姚人。皆不肯跪。掠之使跪，则跪向公，并死公旁。大兵见之，有泣下者。
没有一颗忠义之心怎能生动深刻地写出忠义之士的心灵？没有一支如篆大笔何以能使民族英雄的形象栩栩如生地重现？能胜任和最终完成这一使命者，唯有全祖望！
二
临海傍水，河湖纵横，宁波城因水而美，宁波港因海而雄。古宁波有甬江、姚江、奉化江三条江，与鄞东的前塘河、中塘河、后塘河及鄞西的南塘河、中塘河、西塘河一起，构成了《鄞县志》所载三江六塘河。城内还有一湖居中央，此湖就是位于宁波西南隅老三区海曙之地的月湖。据载月湖形成于唐朝，其时有日月两湖，但日湖早已不知所向，独留宽处似满月、狭处似眉月的一泓月湖，成为宁波古城的记忆名片之一。月湖有十洲，即月湖十景，谓之：烟屿、竹屿、松岛、柳汀、雪汀、月岛、菊花洲、芳草洲、芙蓉洲和花屿。
在月湖西岸有一条甬城老街，名叫桂花井街，俗称大巷弄，因有桂花井而得名。桂花井名曰井却非水井，乃因明朝刑科给事陆懋龙宅第后花园的两株桂花树盘枝错节，连理如井圈状，被称为桂花井，街亦以花而名。尽管窄窄的老街今天已经沾染了现代化的习气，然而一座座黛瓦青墙的高堂大楼，还依旧神气地屹立在它的两侧，其中有徐宅烟雨楼、登科第、秦宅、师古堂等。在月湖的千年记忆里，应该有一座全天叙的进士旧宅，全天叙是全祖望的高祖。遗憾的是众里寻他千百度，却怎么也找不到那座旧宅了，而那里正是全祖望出生的地方。
月湖是全祖望勤奋好学的见证人。天资聪慧的全祖望，家学渊源，从小得祖辈熏陶，在父亲亲自教诲下，四岁便能理解《四书》、《五经》的章句，八岁能读《资治通鉴》，有神童之称。中秋佳节，月湖有秋社盛会，笙歌、锣鼓、画舫、灯火，吸引着全城百姓涌到这里来观赏。但是游人怎么也想不到，就在与月湖咫尺之隔的一个院宅内，一个名叫全祖望的小神童却目不旁顾地闭门读书。墙外的喧闹声一阵高过一阵，似乎要与他的读书声一比高下，于是他索性撕一块棉絮塞在耳内，两耳不闻窗外事，继续专心致志地朗读诗书。
全祖望的博学多识得力于博览群书，甬城的藏书楼是他常去的地方。他在青年时代就经常登藏书楼，凡遇稀有书本一定抄录，最常去之地有谢氏天赐阁、陈氏云在楼，尤其是近水楼台的范氏天一阁。毗邻月湖的天一阁，是明朝兵部右侍郎范钦的藏书楼。范钦在宦游各地时精心收集了各类书籍，藏书最多时达七万余卷。他依据古书中天一生水，地六成之的说法，取以水制火之义，将其所建藏书楼定名为天一阁，并在阁前凿一水池，蓄水防火。书楼为两层六开间，楼下六间，楼上无分间壁，为一统间，以合天一地六之意。其曾孙范文光后来又将天一阁改建成一座颇具江南园林特色的藏书楼。
对于求知若渴的全祖望来说，有了天一阁就如鱼得水。他在这座著名的藏书楼查阅旧籍，收集宋末及南明史料，广泛搜罗金石旧拓、乡邦文献。在翰林院散馆归里后，他又重登天一阁，编成《天一阁碑目》，撰写《天一阁藏书记》，并写有《久不登天一阁偶有感》一诗，诗曰：
历年二百书无恙，天下储藏独此家。为爱墨香长绕屋，只怜带草未开花。一瓻追溯风流旧，十载重惊霜鬓加。老我尚知孤竹路，谁来津逮共乘槎。
月湖也给全祖望留下了难忘的记忆，他留下了多首关于月湖的诗。在其撰写的《句余土音》一书中，有《同人泛舟西湖即赋湖上故迹》诗八首，其余还有《桃花堤》、《舒中丞园》、《十洲之一亭》、《双湖竹枝词》、《再叠双湖竹枝词》等诗词。在那首优美的《双湖竹枝词》中，全祖望记载了月湖的一个传奇故事，诗曰：
初元夹岸丽人行，莫是袁家女饭僧。
若到更深休恋恋，湖心怕遇牡丹灯。
这是一个关于人鬼恋的故事，书名为《牡丹灯记》，作者是明朝客居于月湖东岸的钱塘（杭州）人瞿佑。全祖望在诗中提到的袁家女，即南宋袁尚书的两个女儿，应该是故事中符丽卿和金莲的原型。《牡丹灯记》记叙元夕三更在明州（宁波），鳏居无聊的乔生倚门伫立，见一美女随一手挑双头牡丹灯笼的丫环经过，遂邀至家中行巫山云雨。邻居老翁窥墙，发现美女竟是粉骷髅，告知乔生。乔生去月湖桥寻访，在湖心寺发现题有故奉化符州判女丽卿之柩的棺木，棺前悬一盏双头牡丹灯笼，灯下立一个冥器牌子，背书金莲。他吓得毛发尽竖，赶紧找魏道师取来符咒贴在门上，逼走女鬼。过了一月，乔生醉后误过湖心寺，见金莲迎拜于前，于是停下，结果被丽卿拥着同入柩中而死。此后每当云阴月黑之夜，他们就携手出行，金莲挑灯前导，遇之者得重病，不祭祀他们者更会病死。居民大惧，拜求铁冠道人捉住三鬼，烧毁双明之灯，押赴九幽之狱。
小时候的全祖望也许不知多少次听过《牡丹灯记》的故事，恰如鲁迅在年幼时听长妈妈讲读书人与美女蛇的故事一样。全祖望也好，鲁迅也好，大文人翻晒儿时的故事，我想绝非因为故事多么精彩，而是寄托对家乡、对月湖或百草园的怀念之情，对童年生活的依恋之情。
三
从扶摇直上九万里（李白《上李邕》）到失势一落千丈强（韩愈《听颖师弹琴》），全祖望的仕途在短短几年间，经历了冰火两重天。
李白、白居易在出山之初分别幸遇贵人贺知章和顾况，在文坛传为佳话，而后辈全祖望比其先贤更为幸运。他在16岁应乡试时，以古文谒见编修、诗人查慎行，查慎行对其文章大加赞赏，认为日后可成为北宋史学家刘原父（刘敞）一类的人物。19岁时他由督学王兰生推选入京，向学坛泰斗侍郎方苞上了一篇《论丧乱或问》文章，方苞惊叹其博学，为之宣扬，从而声誉大起。雍正十年（1732年），他在顺天乡试中举，临川翰林李绂见其文章后赞赏道，这是黄震（宋史学家）、王应麟（南宋学者）以后第一个人才啊，并邀请他到自己家中同住。乾隆元年（1736年），他被推荐参加博学鸿词科，考试尚未进行就参加礼部春试，中了进士，选在翰林为庶吉士。
32岁的年轻进士，虽然较之同榜登进士第的柳宗元（21岁）和刘禹锡（22岁）来说，还是晚了十多年，但此一时彼一时，清朝的情况毕竟不同于唐朝。而令人感慨的是此后的事态发展，却把全祖望推到了与柳、刘相似的命运。全祖望在翰林院与李绂一起研究秘藏的《永乐大典》，关系甚是投契，岂料宦海多风波，无风也起浪，由于他不善奉迎结纳，更因大学士张廷玉与李绂交恶，殃及池水，使他遭忌。在两年散馆时，全祖望竟然被考核为下等，列为候选知县补缺。
又是一个始料不及的殊不知！性情耿直、负气忤俗的全祖望感到无比愤慨，不求五鼎食，断然拒绝了候选知县补缺。算起来，全祖望在翰林院任职，总共只有一年多时间，但对他来说，仍不失为一个难遇的学史良机。他与李绂共借读翰林院庋藏的《永乐大典》，每日读尽二十册，并从中抄录佚书，使不少史料得以保存。这种纂辑佚书的工作，对后来学术发展起了相当大的影响，使人们逐渐注意到《永乐大典》中保存着许多早已失传的史籍，而且实际上开了清朝辑佚学的先河。
全祖望于乾隆二年（1737年）九月回到家乡，结束了一生中短暂而坎坷的仕途，从此绝意仕进，立志著述。方苞惜才，想推荐他到三礼馆任职，也为他所拒。乾隆六年李绂典试江南，全祖望前往南京拜访。李绂动员他补官，他写五首诗以明志，表示自己不为一官半职向权贵屈服，其中说道：
申辕极罢董生黜，更复谁同汲直群。自分不求五鼎食，何妨平揖大将军。
友人问他原因，他作诗明志说：
野人家在鄞江上，但见山清而水寒。一行作吏少佳趣，十年读书多古欢。
也识敌贫如敌寇，其奈爱睡不爱官。况复头颅早颁白，那堪逐队争金幱。
回到故乡的全祖望，看到在月湖旁的旧宅竟被清军中营参将所占，成了马厩；又看到父母年老多病，家境极为困难，十分伤心。不过他甘愿清贫，守志读书，依然好学不倦，著作不辍。他广修《枌社掌故》、《桑海遗闻》；亲自抄录天一阁中所藏秘本；继李杲堂辑《甬上耆旧诗》之后，续辑《续甬上耆旧诗》凡八十卷，并补撰作者列传附于诗集内，为研究明州地方史留下了宝贵资料。
全祖望辞官回乡以后，以著述、授徒为业，虽然生活清苦，但对别人无端馈赠，一概谢绝。其间他曾数访扬州马曰琯，在马氏畬经堂写成《困学纪闻三笺》，又修订黄宗羲的《宋元儒学案》。扬州大盐商马曰琯好学博古，考校文艺，评骘史传，旁逮金石文字，与其弟马曰璐均为饱学好客之士，人称扬州二马。马氏的小玲珑山馆藏书十分丰富，既是著名的藏书馆，又是来自四方的文人聚饮、赋诗、观画、赏花的重要场所。
44岁那年，全祖望应绍兴太守杜甲之请，主讲于蕺山书院，教授生员经义、策问、诗、古文。会稽士子对这位宁波学者起初表现不服，有意出题难他，但不久就被他的真才博学所折服。一月后，从学者云集，学舍爆满。但由于杜甲礼遇稍逊，次年全祖望愤而辞职。当时绍兴府所属士子，包括肖山、余姚、山阴、会稽各县学生，公推代表蔡绍基等十余人，来甬恳聘先生回绍。他们说：现在书院已发展到五百多个学生，如果每个学生以六锱作为奉献给先生的束修，千金可立致。先生的酬劳，也不致太低了。结果受到全祖望的呵斥，他说：我是因太守失礼而辞职的，人的尊严是千金买得到的吗？
乾隆十七年（1752年），全祖望应粤制府请，赴肇庆端溪书院讲学，与诸生讲述学术流派，改定课文，考证地方故迹，游光孝寺、七星岩，登阅江楼，写下很多才气横溢的诗文。次年自觉病情转重，他决意辞归，当地官绅士子挽留再三，勉强又教授了几个月，才辞院归里。乾隆二十年（1755年），全祖望病情加重，遂命弟子们抓紧整理、抄录文稿，他口授旨意，将文稿删去7/10.七月，他终因贫病交迫，心力交瘁，病卒于青石街双韭山房，时年51岁。身后无以为葬，公议双韭山房藏书万余卷售与卢镐族人卢址抱经楼，兑得白银二百两，草草埋葬于南门外。
四
代有兴废，朝有盛衰。从甲申之变到康乾盛世，中国历史穿越了百余年的时间跨度；从天崩地裂到国泰民安，中国社会经历了大动荡的时代变迁。一个好端端的大明王朝在顷刻间轰然倒塌，在它的废墟中不知埋葬了多少无辜民众，其中不乏悲壮的殉葬者。可叹这些为反清复明而抛头颅洒热血的志士仁人，即使在九泉之下也没弄清红墙后面那些朱明不肖子孙的丑闻。
亲历了明亡清兴之际一系列历史变故，又目睹清朝统治者重新确立君主专制体制的政治大变动之后，浙江学人的学术研究异常繁荣，并以钱塘江为界，分为浙东（宁绍地区）和浙西（杭嘉湖地区）两学派。浙东、浙西学术同出于明朝最后一位儒学大师刘宗周，同以经世为目的，但浙西学术主要表现为表彰朱烹学术，尊朱以经世；而浙东学术则偏重于史学研究，治史以经史。对两者不同的学术取向，被称为浙东史学殿军的章学诚归纳为浙西尚博雅，浙东贵专家。
以黄宗羲为代表的一批富有创造精神又具有渊博学识的浙东学者，在研究经学的同时，对史学也进行了深入的研究，并取得了突出的成就。他们超越传统，质疑辨异，反思往事，总结历史，开展了新的学术研究，开创了新的思想、观念和学说。梁启超认为清朝史学开拓于黄宗羲、万斯同、全祖望、章学诚等人，并自成系统，堪称清朝史学界的楷模。
作为清朝浙东学派第三代的领军人，全祖望生当盛世。他上承黄宗羲、万斯同，下启邵晋涵、章学诚，为浙东史学薪火传递的关键人物，被誉为浙东史学大柱；他又上承晚明遗老之学，下启乾嘉考据之风，为清朝学术由宋学转向汉学时期的重要人物，在清朝学术史上占有独特的地位。他在学术上推崇黄宗羲，在史学上受万斯同影响，治学兼擅经学、史学、词科，而尤以史学见长，成就是多方面的。
全祖望在史学研究上有两个鲜明的特点：其一是他怀着极大的民族爱国主义热忱，尽己所能搜集整理许多明清易代之际抗清志士的材料事迹，为他们的民族气节树碑立传、歌功颂德。同时他还发掘出一批以遗民身份拒不降清、坚守气节的历史人物，此前这些人曾一直被世人误认作是消极遁世、逃避现实的。其二是他以学贵自得的思想、融会百家的学风和躬行实践的主张，翔实地记述了清初学者的风貌，比较准确地反映了清初的学术状况。由于他对黄宗羲、顾炎武、傅山、李颙、万斯同、陆世仪等人的传记重新做了撰写，使这些历史人物的学术成就和精神风采得以传世。
当代史学家仓修良说，有清一代的史学家中，有创见、有贡献、有作为、有影响的大家多出自浙东学派，而开浙东史学之先河者则是余姚大儒黄宗羲。全祖望折服于黄宗羲并成为他的私淑弟子，他的史学思想与黄宗羲有颇多共同点，如两人都主张经史并重，读经必兼读史；又都提倡经世致用，事功与学道应该统一并结合。他们在学风上都不做空疏不实之文，反对迂阔陈腐之议，坚持讲究求实考信、注重实地调查的治史态度。
对宋、元、明三个朝代理学发展史的清理和总结，是黄宗羲、全祖望的一大贡献。在他们努力下完成的总结性学术著作《明儒学案》和《宋元学案》，记载了明及宋元三代的学术流迁，梳理了各家各派的学术思想使之划分归类，在他们著作中还为理学家们立传并作一定的述评。尤其是全祖望以大量精力搜集理学家们的生平事迹，发掘了丰富的历史文献资料，是对正史的补充和修正。
全祖望继黄宗羲、黄百家（黄宗羲的三子）之后，用十年时间续修成了具有相当规模的学术史著作——《宋元学案》，其中约1/3篇幅是由他撰写的。学识十分渊博的全祖望，还对全书内容进行了修订、次订、补定，体例方面也较《明儒学案》有所创新。如除了对理学家作传和辑其著述之外，增加了附录和记载传授关系的材料；又在每一学案之前列表，表明案主的学术渊源和师承统系；还用附录代替师说，对全书进行概括，遂使学术史著作臻于完善。
一生清贫，晚年更是贫病交加，全祖望卒于51岁，真可谓盛年早逝，英雄气短！但他以惊人的毅力著述不辍，留下的著作多达三十余种四百余卷。他在37岁时三笺《困学纪闻》，42岁时补辑《宋元学案》，45岁至48岁的晚年仍朝夕不倦地七校《水经注》，临终前还自编文集。其著述还有《困学纪闻三笺》、《七校水经注》、《续甬上耆旧诗》、《经史问答》、《读易别录》、《汉书地理志稽疑》、《古今通史年表》、《钱忠介公文集》、《鲒埼亭集》等。
《鲒埼亭集》是最能体现全祖望治学精神的文集。在这部以记录明末清初学者、忠臣、义士事迹为主要内容的著作中，通过评、传、碑铭、论、记、跋等各种体裁文章，表彰了一大批明末忠节之士，翔实地记述了很多地方文献与掌故遗闻，同时还兼涉辨析学术源流、探讨史书编纂、考证历史事实等许多方面。所附《经史问答》十卷，则为答弟子董、卢、张等所提问的经史疑义而作。
在清朝学者中，全祖望的学识极为突出，他的著作为我国文化宝库增添了珍贵的遗产。清嘉庆、道光名臣、著名学者阮元评价全祖望说：经学、史才、词科三者，得一足以传，而鄞县全谢山先生兼之。
全祖望有一副很有名的楹联，挂在宁波白云庄正厅廊檐，白云庄是万斯同、万斯大故居，更是黄宗羲开设证人书院之处，乃盛极一时的清朝浙东学派的学术重地。联云：
倜傥指挥天下事，风骚驱使古人书。
倜傥指挥天下事，安邦治国，建功立业，曾是全祖望的伟大理想，也是其先师黄宗羲、万斯同的崇高愿望。但他们高洁傲岸的节操、安贫乐道的志趣，岂能为残酷而鄙俗的时代所容？理想再大，愿望再高，也只能被束之高阁，弃之野外。然而蛰居浙东一隅之地的高士们，志比天高，心如止水，他们宠辱不惊，闲看庭前花开花落；去留无意，漫随天外云卷云舒。天马行走于历史星空，名士著述于白云深处，他们风骚驱使古人书，成就卓著，影响深远。
失之东隅收之桑榆，时代曾使几位大儒备受委屈，而历史却让他们华丽转身，于是才有了中国思想启蒙之父黄宗羲名传千古，布衣修史万斯同流芳百世，史学大柱全祖望永垂不朽。又正是由于他们薪火相传，孜孜以求，皓首穷经，于是才有了独擅胜场并不断走到高峰的浙东史学。
浙东乡民对史学大柱、浙东史学派集大成者全祖望十分爱戴，为表彰和铭记他的功绩，特于嘉庆二十年（1815年）将其神位附祀于南城张苍水、钱肃乐二公祠后。清末，甬人建谢山先生祠于西郊。他死后葬在六世祖全少微、父全骐墓之南，墓呈横长方形，墓碑上刻全谢山太史墓。2006年6月，全祖望墓与黄宗羲墓、万斯同墓以及白云庄一并作为浙东学派史迹列入全国重点文物保护单位。
2008年底，在宁波月湖桂井巷口，出现了一位独步沉思的陌生老人，一手背拿着书稿，一手欲放还收。儿童相见不相识，笑问客从何处来？老人没有作答，只是轻轻地吟下一诗：
侬家日月湖头住，题过杨技又桔枝，惭愧庆封新乐府，谁叫传遍冶春词。
于是，人们顿时明白了，是他们祖辈敬仰的乡贤全祖望回来了！
从此，全祖望的铜像面对着生他、养他的月湖，也面对着后人对他的瞻仰，永远落地生根了。
