于是郑成功率军途经澎湖停留，展开了收复台湾的伟大壮举。由于收复台湾的行动是正义的，所以得到海峡两岸人民的支持。郑成功的部队在台湾西部沿海与荷兰军队展开了许多场激战，最后将荷兰军队的据点热兰遮城包围起来，并在海上连续打跑了荷兰国内派来的援军。荷兰殖民者实在支持不住了，只得投降，撤出了台湾。
郑成功收复台湾后，将赤嵌城改为承天府，下设二县，北部为天兴县，南部为万年县，以台湾为“东都”，拒绝归复清朝。清朝对郑氏集团最初采取“循于招抚，不事轻剿”的政策，想通过谈判来实现国家统一。然而清朝三次劝降台湾郑氏集团，郑氏集团都无心归降，于是康熙决定用武力收复台湾。
康熙二十年（1681年）正月，郑成功的儿子郑经病死，台湾发生内乱，康熙抓住这次内乱机会下旨，令总督姚启圣、提督万正色等合力训练水兵准备进攻台湾，经过一年多的充分准备，康熙二十二年（1683年）6月，提督施琅率领战舰进军澎湖。6月22日两军展开激战，最后施琅舰队大败郑军军舰，澎湖之战以清军的大胜给了台湾郑氏集团重创，随后为避免武力进攻台湾，康熙令施琅接受郑经之子郑克塽归降。自此，台湾重新开始由中央政府管理，使中国实现了政治统一。清朝政府在台湾设立了台湾府和台湾、凤山、诸罗3个县，统归福建省管辖。
清朝政府收回台湾后实行移民政策。据统计，清朝统一台湾时，台湾的汉人只有10多万，但到了1877年，汉人已增加到300多万。移民进入台湾后大量开垦荒地，使台湾成为一个新兴的农业区域，并向大陆提供大量稻米和蔗糖，由大陆输入的日用消费品和建筑材料等，使台湾的经济得到相当程度的发展。这个时期，台湾与福建、广东的来往十分密切，中华文化更加全面地传入台湾。
汉族文化在高山族中进一步传播，文化交流更加丰富。清朝在原有“社学”的基础上，在许多新开发的地区设立学校，聘请汉人教育高山族儿童。雍正十二年（1734年），在凤山、诸罗县和淡水厅等地共设四十所“社学”。这些社学的兴办为传播汉族封建文化，对于改善高山族的文化落后面貌，提高高山族的文化生活水平都起了一定的积极作用。“各社番众，衣衫半如汉制，略晓汉语，肆业番童……诵诗读书，习课艺，应有司岁科试，锓锓乎礼教之乡矣。”同时，居住在平地的高山族，由于长期和汉族交错杂居，接触频繁，在经济文化上相互关系十分密切，一般都会说汉语和使用汉文。住在偏僻山区的，都说本民族的语言。在高山族语言中，也借入不少汉语词汇（闽南、客家等方言），更加丰富了高山族的语言。汉高两族人民在文化上的交流，彼此的了解，对于消除社会生活中的许多因文化差异而造成的障碍起到了巨大的作用。
同时，台湾广大的土地得到开发。汉族移民和原来的高山族渐渐地融入到了一起，在两族人民共同的辛勤劳动下，把台湾岛从南部到北部、东部地区等高山族聚居区都逐渐地开发出来。
东嘉朱先生在《台湾经济史研究》中认为：康熙年间台湾同大陆的贸易，主要是台湾商船单向驶向大陆。真正由大陆商船来台湾贸易，则是雍正年间前后的事。
“商务特盛，贸易之船充积港内”，货商往来很多。贸易范围很广，“北至津沽，南达岑峤”都与台湾发生交易关系。由于贸易的频繁，富商很多，“各拥巨资，以操胜算”。这时由内地去台湾的商船运去了大量的商货。“海船多漳、泉商家贸易，于漳则载丝线、漳纱、剪绒、纸料、烟布、草席、砖瓦、小杉料、鼎绉、雨伞、柑柚、青果、桔饼、柿饼，景德镇则载瓷器、纸张，兴化则载杉板、砖瓦，福州则载大小杉料、干、香菰，建宁则载茶。（从台湾）回来载米麦菽豆、黑白糖粉、番薯、鹿肉，售于厦门诸海口。”交易的商品种类繁多，各地商品都有其特色，商人往来贩运，都有不同商货。商业贸易的兴旺，把内地和台湾联结得更为紧密，使全国统一有了牢固的经济基础，台湾已经深深地植根于整个中国经济圈中。
（中华历史网《清朝统一台湾与台湾经济的发展》）“西藏与清朝的联系也开始于清朝入关之前。崛起于东北的清王朝深受藏传佛教的影响。1639年清朝经藏传佛教高僧伊拉古克三呼图克图的赴清联络，与西藏地方建立联系，并把利用藏传佛教格鲁派以笼络蒙藏人心作为一项战略。1652年（清顺治九年），五世达赖喇嘛应邀觐京，顺治帝待以殊礼，次年（1653年）正式册封他为”西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛“，颁发金册、金印，从此确立了历代西藏达赖喇嘛都必须经清朝册封的制度。同时，清朝还敕封统领西藏的顾实汗为‘遵行文义敏慧顾实汗’。”（冯智《清朝用兵驻兵西藏制度的形成、发展和影响》）顾实汗和五世达赖喇嘛去世后，和硕特部汗王（属于蒙古部落）和第巴的（属于西藏部落）发生冲突，蒙藏贵族争权夺利斗争激烈。为了加强对西藏的统治，在1709年特派侍郎赫寿入藏册封五世班禅罗桑益西为“班禅额尔德尼”。从此，历代班禅均受清朝册封也成为一项制度，同时清朝还确立了班禅在西藏政教中的地位。
西藏政局不安，给新疆的准噶尔部策妄阿喇布坦以乘机插手西藏地方事务机会，他联合青海蒙古部落与拉藏汗争夺政教权力。他请仓央嘉措去伊犁传教，但遭到了拒绝。他又煽动和利用拉萨的僧俗信众反对意西嘉措（六世达赖），并扬言将派兵护送灵童格桑嘉措入藏“坐床”（意思是登位大典）。1717年（康熙五十六年），策妄阿喇布坦派遣策零敦多布率军六千，从新疆叶尔羌入西藏阿里；另遣一队至青海取灵童格桑嘉措。策妄阿喇布坦侵藏严重威胁到清朝对西藏的统治，于是康熙五十八年（1719年），康熙帝命令大军进藏，并命皇太子允■为抚远大将军，统率六师，驻节西宁，调饷征兵，居中调度。策妄阿喇布坦部队与清朝的强大军队交战，屡战屡败后仅有一百多人逃回新疆。清解救了西藏人民，结束了蒙藏贵族在西藏围绕真假达赖喇嘛的权力之争。清军一度组织以延信为首的军事法庭（临时政权），奉旨将意西嘉措押京处理，稳定了格鲁派僧俗人心。清朝开始采取蒙藏分离和政教分离政策，排除企图继承西藏汗王的罗卜藏丹津一伙与青海和硕特部贵族的干扰和反对，彻底废除蒙古汗王与第巴制，选定在“逐准保藏”战争中有功的藏族官员康济鼐、阿尔布巴、隆布鼐、扎尔奈等4人为噶伦，组成西藏地方政府。从此，西藏地方实现了由蒙藏联合掌政向藏族官员单独执政的转变，标志着清朝对西藏实行从间接管理到直接治理的历史性转折。（冯智《清朝用兵驻兵西藏制度的形成、发展和影响》）清朝用兵西藏后即决定在西藏开始驻兵防守。进兵之前，议政大臣等曾议奏：“明年若送达赖喇嘛登禅榻，即令一千步兵前往看守。”（《清圣祖实录》）清朝自雍正时期加强对西藏的驻兵，使西藏“数年来安静无事”。乾隆十四年（1749年），为减少开支，将驻藏官兵大部分内撤，仅留百余名护卫驻藏大臣。这时珠尔默特那木札勒（颇罗鼐次子，1747年清朝封卿袭为郡王并执政）反叛的迹象日渐暴露。珠尔默特那木札勒的野心膨胀。他“耗费地方资财”，杀死其兄车布登全家，公开与达赖喇嘛为敌，无视驻藏大臣的权威。他甚至勾结准噶尔部，请求罢撤驻藏清军，阻绝交通，欲杀尽清朝驻藏官兵。1750年，驻藏大臣拉布敦、傅清先发制人，将其诱杀，但两位驻藏大臣也以身殉职，西藏地方陷入混乱之中。
清朝立即派遣四川总督策楞率军入藏平乱。此时，七世达赖喇嘛尽力保护驻藏官员家属，很快控制住了西藏的局势。清廷遂下令停止川军入藏，只派策楞赴藏办理善后事宜。清朝鉴于珠氏之乱，废除了郡王制，授权达赖喇嘛“亲政”，管理西藏地方政府；组建噶厦地方政府，设噶伦四人，三俗一僧，共同协商办理日常事务，遇有重大政务必须请示达赖喇嘛和驻藏大臣；噶伦由达赖喇嘛和驻藏大臣举荐，呈报清朝正式任命。此次对西藏行政体制的重大调整，一改以往的政教分离方式，而实行了政教合一的制度。这一做法更符合当时西藏社会的特点，这种制度一直延续到了清朝灭亡。（冯智《清“康乾盛世”册封达赖与治藏的阶段性特点评述》）1751年初，云南提督冶大雄奏请，“藏内仍照前安设重兵驻防”，“三年一换”。同年4月，四川总督策楞等亦奏：“藏内仍须驻兵五百，其沿途台站亦应照数安设妥协。现将所带进藏官兵内，照数挑选驻藏……兵一千名。”（注：《清高宗实录》卷387）清朝鉴于西藏之乱的严重教训，采纳此奏，恢复藏内仍驻兵500的旧制，另派兵千名驻守四川至西藏沿途所设军台、粮站。同时批准了策楞等拟定的《西藏善后章程》，该章程提高和巩固了达赖喇嘛的地位和职权，强调了驻藏大臣与达赖喇嘛地位平等。关于驻防军队事项规定：增设管理西藏地方军队的代本一名，加强防御。藏军的调遣，防御卡隘，“均应遵旨，听候达赖喇嘛并驻藏大臣印信文书遵行”。
此后，驻藏清军发挥了重要作用，对西藏长时期的稳定做出了贡献。但到18世纪末，西藏又陷入廓尔喀（清史作“巴勒布”）两次入侵的混乱局面，清朝再次大规模派遣部队入藏征剿。
乾隆五十四年（1789年），在廓尔喀第一次侵藏后，乾隆帝即派理藩院侍郎巴忠、成都将军鄂辉等率军入藏。清军抵藏后，廓尔喀求和，巴忠等人违反乾隆帝意旨，擅自议和，许给廓尔喀每年元宝三百个（合银九千六百两），作为“地租”赔偿，廓尔喀退兵。鄂辉等人谎奏“业经全行收复，边界廓清”。
乾隆五十五年（1790年），廓尔喀以向西藏索要议和所许赔款为借口，再次侵入西藏，占领聂拉木、济咙、定日等地，长驱直入，攻陷日喀则，大肆抢掠扎什伦布寺后退回至聂拉木。乾隆帝得奏后，首先对怯懦无能、胆小怕事的驻藏官员进行严惩。将保泰革职，巴忠则畏罪自杀。对受命率兵入藏的鄂辉、成德，也因“坐失机会，其错谬甚大”，将鄂辉革去总督职，赏给副都统衔；将成德革去将军职，赏给副都统衔。清朝严办了媚敌的萨迦寺喇嘛、预言不可敌的扎寺仔仲喇嘛、携资逃跑的仲巴呼图克图，以及勾敌入寇的沙玛尔活佛等罪人。但却称赞八世达赖喇嘛“毅然决断，甚有识见”。（《清高宗实录》）乾隆五十六年（1791年）初，清朝任命嘉勇公福康安为大将军，海兰察、奎林为参赞，率领清军入藏。在西藏人民的支持下，福康安率领清军迅速收复失地，逼近廓尔喀首府阳布（今加德满都）时，廓尔喀统治者不得不投降，并把从扎什伦布寺掠去的财物归还西藏。清军旋即而归，廓尔喀派人至北京认罪。清朝两次派军入藏，驱逐廓尔喀的入侵，保卫了西藏，巩固了边防，增强了汉藏等各族人民的爱国主义精神。
击退廓尔喀后，清朝鉴于西藏地方弊端繁多，导致战乱频繁，于是决定大力整顿，乾隆五十八年（1793年）清朝颁行《藏内善后章程》29条。规定驻藏大臣监督办理西藏事务，其地位与达赖和班禅相等。《藏内善后章程》的颁布实施，标志着清朝对西藏统治的各项制度的完善，确保了西藏成为中国领土的一部分。（此上均摘自冯智《清朝用兵驻兵西藏制度的形成、发展和影响》）
9.立军机处，强帝独裁
努尔哈赤起兵时实行的是军民合一的八旗制度，政治权力集中于王公贵族，重大决策由贵族共同讨论决定，是为满洲议政王大臣会议。后皇太极于天聪五年（公元1631年）仿明朝制度设立六部，试图逐渐削弱满洲贵族权力，实行中央集权。
顺治七年（公元1650年），顺治皇帝对八旗制度进行改革，由自己亲自掌握正黄、镶黄、正白三旗，形成了“上三旗”和“下五旗”，改变了以前八旗由不同王公掌握的局面，同时加强上三旗的实力，满洲议政王大臣会议的权力有所削弱。
清朝设六部（吏、户、礼、兵、刑、工），各部长官称尚书，副长官称侍郎，以前尚书均由满人担任，顺治元年（公元1644年）规定尚书及侍郎满、汉各一。在六部之外和六部并立的中央行政机构有：大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺、国子监、钦天监、翰林院、太医院、理藩院、宗人府、詹事府、内务府、都察院。清朝官员等级分“九品十八级”，每等有正从之别，不在十八级以内的叫做未入流，在级别上附于从九品。
