只有重新考虑，王允又设了一计。他引荐杨瓒为尚书，士孙瑞为仆射作为他自己的左右助手。这个时候正好碰上河南尹朱俊移守洛阳与山东诸将有交通，加之又有徐州刺史陶谦准备发兵助朱俊一齐讨伐董卓。王允得到这个消息后，即派人去郿坞报知董卓，请卓即日入朝，借此机会派杨瓒出征迎接董卓而诛之。恰恰卓又产生怀疑，他不入朝而遣他的亲信李催、郭汜去伐讨朱俊。至而，王允又想能望朱俊挫败李、郭率兵进亦自己好作内应，也可诛卓。偏朱俊战败而退，不能入京又无成。
司空荀爽本意除卓还没有行动就病故了。他的从孙荀攸少有智略，入拜黄门侍郎，暗地里与尚书郑泰长史何灏、侍中神辑等同谋刺卓。就是王允也曾从侧面听说过这消息，本来都准备得很充分了，又被董卓听到怀疑的声音，乃不放过当即收系何灏和荀攸，灏吓得自杀。苟攸却无惧色，在狱中且言论自如，卓查无实语，故得缓刑，惟郑泰却逃出关外，东奔袁术术举为扬州刺史，不意得病身亡，至此图卓事又告失败了。
惟王允日思除奸，但历久不能得志，累得形神憔悴，食不饱，睡不着，幸喜卓总疑他人不疑王允。卓见允面色消瘦，定道是为王操劳，还封王允为温侯食邑五千户哩！
初平三年（公元192年）春季霪雨至六十余日尚未睛霁。司徒王允与士孙瑞、杨瓒等登坛祈睛，几个人在一齐趁着有空隙的时间，因再提起谋卓之事。士孙瑞说：“太阳不照霖寸积旬，实恃严重，此时不除奸，后患无穷。”王允点头会意，回至府中踌躇多时，自思只好从董卓父子吕布开始着手，方好进步，乃取家藏珠宝馈送吕布。布当然拜谢，仅此就有了互相往来结成好友。一次吕布又来到王允家，王允照样用酒宴招待，两人喝至半酣，王允便向吕布提出了刺杀董卓的意见。开始，吕布有些惊惧，他回答王允说：“我与董卓的关系，实在太亲近了，我是他的义子，管他叫义父呢！”王允微笑着说：“太师姓董，将军姓吕，本非骨肉。”因有一次吕布为一桩小事违背了董卓的意图，那董卓就拔出手戟来投向吕布，幸亏吕布避开得快，才免祸。事后吕布又向董卓俯身请罪，才算作罢，所以王允此时又利用这一点便对吕布再说下去：“将军曾记否，追你掷戟时，它有父子情么？”这数语提醒了吕布。吕布奋身欲行，即想去杀董卓！还是王允把他拦住了，与他再语了多时，布一一应允，定约而行。
至孟夏四五月间献帝有疾好多日不起，经服药见效，疾已全愈。乃拟定亲自来至未央宫殿中召见君臣。太师董卓也预备入朝，先一日号召卫士临时保护复令吕布随行。布很快到了董卓面前，卓怕他汜着前嫌便好言抚慰了一番。布假意谢过，唯唯受教。次日清晨甲士毕集布亦全付武装，手持画戟，守候门前。骑都尉李肃带领着卫士秦谊、陈卫、李肃等入内侍命，吕布与李肃打了个照面，以目示意。肃早已会意，匆匆进入。不一会儿又对吕布说：“太师令啸等前驱在北门恭候驾到便了！”原来吕布与李肃是同郡人，交好如故，吕布此次有意引为诛卓助手。又阅多时这位恶贯满盈的董太师内穿铁甲，外罩朝服，大摇大摆地缓步走来，登车安辔驱马进行。两旁兵士紧跟在侧。吕布跨上了兔马紧紧随着直入北掖门。卫兵多在门外站住，吕布驱车急进，忽见李肃突出门旁描准董卓的脑袋持戟直搠。谁料董卓裹甲在身格不相入，肃连忙移戟往刺董卓颈项，卓慌忙用臂一遮腕上受伤，随倒车上，大呼吕布何在？布在后历声说：“有诏讨贼。”卓怒骂道：“庸狗也敢出此言么？”道言未绝，布戟已刺入咽喉。李肃复投一刀，枭取首级，布即从怀中取出诏书向众宣读：说是卓为大逆应该诛死，余皆不问，内外吏士们站立不动，齐呼万岁！原来诏书由士孙瑞早已写好，秘密地与吕布看过，由布临时取出宣告大众。大众都怨卓残忍狂暴，无人怜惜。还有一班百姓更恨卓入骨，闻得董卓已死，交相庆贺。司徒王允喜如所望。即使吕布抄卓家产，又令皇甫嵩率兵往郿坞。吕布跨马离去，驰入太师府中，所有董氏姬妾一概杀光，单剩一个美人儿貂婵载回私第。皇甫嵩到了郿坞攻入坞门，先将董文、董瑛剁死，再领兵杀将进去遇着一个白发苍苍的老妪携仗哀诉“乞恕我死”，嵩定眼睛一看乃是卓母，便偿她一刀分作两段。董氏亲戚不分男女，尽行处斩，卓所藏良家妇女一体释放。再将库中搜查得黄金二三万斤，金银八九万斤，珍奇罗纨积如邱山。当由皇甫嵩指挥军士一股脑儿搬入都中。时已天暮。百姓恨卓，将卓遗尸肚脐上通孔灌油用灯芯点燃烧焚尸拍手叫好。
献帝命司徒王允录尚书事，进吕布为奋威将军加封温侯共秉朝政。王允查究董卓党羽或黜或诛。左中郎将蔡邕在坐叹息，王允见状便怒叱道：“董卓逆贼扰乱汉室，今日伏诛你不表示高兴，还为他叹息么？”蔡邕直说：“诛卓不宜诛族故他有感叹。”王允闻言益怒，令左右把蔡邕下狱。这时有人提出蔡邕文学水平高，是否可留他写书作吏，以武帝对司马迁为例。王允不肯，他说邕作史会诽谤我等功劳，还是逼死狱中。
紧接着吕布使骑都尉李肃去击毙卓婿牛辅，辅出兵以战肃，肃竟败归。布责肃，肃说不满诛卓无赏，吕岂有此理不肯忍受，将肃杀死，自己亲率兵击牛辅。辅闻布至吓得夜逃，有赤儿贪财竟收牛辅杀死，献首长安吕布扫尽残兵即返。
王允生骄惹祸端
万恶的董卓被诛了。人民无不欢呼跳跃，王允、吕布无疑是这场斗争的首功英雄。汉献帝也照功行赏，委与他们来辅政。眼下最关键的是如何来整顿好秩序，巩固好那胜利的成果。可惜这在王允看来是不值得一提的事，他认为诛死了董卓，天下就太平了。头脑被胜利冲昏，完全低估了当时形势，导致形势急转直下。一场更大的战争仅时隔不到一月便又发生了。王允自己丧命，还连带了许多无辜的生命也与世长辞，真是可叹，可悲！
吕布在得到牛辅的首级后，立即与王允商量，传诏河南尽诛李傕、郭汜诸将，允怃然道：“这批人不是头儿，只要归顺朝廷，就不要办他们的罪。”布又请将董卓私财颁赐公卿将校，允又不从。王允认为吕布只不过是一介武夫，未理文事。所以国家政事往往独断专行，这样使其与吕布之间不免又产生了嫌隙。王允又与仆射、士孙瑞商议想赦免董卓一些部曲，过后又认为不应该轻赦等将来再说。接着又想罢李傕、郭记的军权或委以皇甫嵩出统各部，镇守浃州，一切王允都迟疑不决。
李傕郭汜部兵俱系凉州丁壮，当时有讹言传出说朝廷尽诛凉州人，因此他们派使者进京要求赦免，但王允不从，他们就只好发兵进攻长安了。说要为董卓报仇哩！王允闻警召入当时在长安的凉州弁目胡文才和王整修二人。表示很气愤地对他们说：“吴东那里些鼠子，果然还在搞什么名堂呢？你们俩人快去叫他们到这里来听从我的发落！”胡王虽受命东往，但心情也很是不平，到了傕等营内，反言王允、吕布有异心，劝他们不要怕，可以急行军，攻长安，李傕等胆子就越大起来了，他们还沿途收兵，所以牛辅部下诸散兵归附他部。还有董卓旧将樊稠、李蒙等亦同时会合约数十万余人，直抵长安，吕布登城拒守，相持八日，部下有说，有兵生变、潜开城门、纳入外兵。李傕纵兵四掠，全城鼎沸。吕布仗戟与战自晨至午，虽得刺死多人，怎奈乱兵欺众，并且拼死进去，前赴后继，越战越勇。吕布也坚持不住，部兵又多数散去，不得已杀开一条血路出走青琐门，使招王允同奔。允长叹道：“若蒙社稷威灵得安了。国家，乃允所素愿，万一无成，允惟有死以谢！”吕布得报乃将卓头悬诸乌下，带领残骑数百人投奔袁术去了。
李傕等轰走了吕布后，便率众围攻宫门。卫尉种拂愤然道：“为国大臣不能禁暴御暴，反使乱徒闯进宫廷来了，这如何是好哩？”说着即带着士卒出宫力战，终因寡不敌众捐躯。李傕和郭记突入南崔门，杀死太仆鲁旭，大鸿胪周奂，城门校尉崔烈、城骑校尉王欣，此外吏民尚死万人。王允扶献帝上宜平门楼俯瞰外兵，几如排墙相似，势甚汹汹，献帝对准李傕等大声说：“卿等放兵纵横究怀何意？”傕等望见帝容，还算尽礼即伏地叩头说：“董卓为陛下尽忠，乃为吕布所杀，臣等前来系是替卓报仇，非敢图逆，只待事成以后，当自去廷尉处受罪。”献帝又道：“布已出走，卿等怎么去执得布到，要捉拿他就去追吧，为什么要围攻宫门呢？”傕等又说：“司徒王允与布同谋请陛下遣现出来，由臣等面问底细！”允闻得此言，拼生下楼，向傕等说：“王允在此，你曹有什么话说？”傕等皆指责王允说：“太师何罪被你害死。”允张目道：“董卓罪不胜诛，长安市民一闻卓死无不称庆，你等独不闻么？”催等复说：“太师就便有罪与我等何干，何故不肯赦免？”允复叱道：“你等党逆害民，怎得说无罪，就如今天这样岂非大逆。”傕等不与多言了，竟挥兵将允揪去，且逼献帝大赦天下，并自署官职，表请下诏。献帝不得已下诏授李傕杨武将军，郭记杨烈将军，樊稠张乔等皆为中郎将。傕既得志，先令捕黄碗与允同系狱中处死，又继杀宋翼王弘。将允尸陈诸市曹，并杀允妻子及宗族数十余人，至此，这场祸端总告结束！
李傕郭汜又乱政，献帝受苦言无尽
李傕，郭汜在朝专政已越二年。献帝加行冠礼，改元兴平。元年（公元194年），四府三公换易数人。大尉迭更四次，乃是皇甫嵩、赵谦、朱俊、杨彪相继承受；司徒更迭三次，即用了赵谦、淳于嘉、赵温；司空更换了四次，先为淳于嘉，次为杨彪，又次为赵温，四为张喜是由卫尉升任的。这些大都无从建树，一切军国重权俱归李傕、郭记掌握。
李傕用重赏招抚马腾、韩遂。征令入朝，遂令任为镇西将军，遣还凉州。腾留屯郡县，腾虽得官爵，心尚未足，又向李傕索取钱财。李傕不答应，马腾亦与李傕有嫌了。还有一个种劭为故太常种佛子，因前次李傕等乱兵进京时，使佛遭害，种劭即欲报父仇，恨李傕甚深，且见得李傕等拥兵逼主为国大患，乃与中待中马宇、左中郎将刘范共同商议要马腾入都。马腾也同意并立即发兵。由种劭等遣的密使，往返于郡县与京都之间，被李傕察觉，即料有内应，故令在都中先行搜查。作贼心虚，种劭等闻风逃命出走，李傕便令樊稠、郭记及自己的哥哥的儿子李利领兵攻腾，马腾交战失利，奔走凉州。樊稠督兵追赶。惟李利既不力战，又不敢落后。樊稠很恼火，叱他致军前，并说：“我不敢斩你么？”利无奈只好谢罪随稠再进，至陈仓又碰上韩遂共同来援马腾，樊稠勒马相见，便与遂说：“我等所争并非私怨，不过为王室起见，我们都是同乡，何苦自相残杀。”韩遂听他说得有理，乐得息事，稠便与遂握手告别，还入都中，回到都李傕又令他进攻槐里，种劭、马宇、刘范并皆战死。
这下樊稠又有了战功，便进他为右将军，郭汜为左将军。樊稠又请赦免马腾，韩遂安定凉州，并自请效力，这样一来反使得李傕怀疑，这时李傕的侄子李利便记着先前讨马腾的路上被樊稠骂叱的仇与叔李傕说，近来樊稠与韩遂经常私语，恐怕想谋反不成，说得李傕恼羞成怒，便与李利商定计划，借会议军事为名，邀稠入室。樊稠还以为是李傕依了他的意见速去东略呢！谁知尚未坐稳，即由李傕呼出健卒持刀直前，把樊稠劈做二段，一面宣告樊罪。诸将与郭汜都感到不安，李傕知道郭汜是个重要人物，便交欢郭汜，屡请汜入室夜宴或留宿。这样一来郭汜的老婆有意见了，她劝郭汜说：“你经常去李傕家吃喝住宿，一山不容二虎，你小心他算计你性命！”郭说：“不会吧，我和李傕是一路走来的人呢！”郭汜的老婆又说：“到了上了当的时候倒是来不及了！”郭汜只好答应不去。李傕见郭汜与他疏远了，也怀疑他是对自己有隔阂。这样发展下去就不好了，恐怕要上他的当，于是又有心把郭汜骗了到家，还是宴请吃喝，在酒中加了药，吃得郭汜烂醉回到家里，已不像人了。他老婆忙问明情况，料定催下药，便弄些人屎调水逼郭喝下，吐了一大堆才免身亡。次日起床郭汜下决心要除李傕了，便检点部曲，下令进攻李傕。傕闻汜来犯，更怒不可遏也出兵拒战，居然大动干戈，又无法也无天了。
太尉杨彪慌忙跑去告诉献帝，这时献帝新立皇后伏氏。才是三天，便遭此变，急得无法可施。有李傕的兄弟李暹用了三部车来到宫殿逼迫献帝上车外出：一载献帝，一载伏后，一载催吏贾翊监押至李傕营。随即李暹纵兵入宫，尽掠妃妾、财物、金帛，搬至李傕营中，放起火来把宫阙一律毁去。
献帝到了李傕营中只好令太尉杨彪、司空张喜、尚书王隆、光禄勋邓彩、大司农朱俊等至郭汜营中讲知，汜不肯依议，反将那臣留住，逼令同攻李傕，杨彪目睹这样的情况，便无可奈何地说：“群臣共计一劫天子，一拘公卿究竟是什么意思呢？”郭汜听后起座拔剑指彪凶威可怖。彪却无惧色，正言答语道：“卿尚不念国家我亦何求生？”中郎将杨密忙上前劝止汜才罢手，但尚未肯放还群臣。
这时李傕却招羌胡数千人，分给御物令他们攻汜，并对这些羌人说，攻下郭汜后保有宫妇人赏。郭汜却阴贿傕党中部将张苞约为内应，自率众夜攻傕宫。李傕慌忙出拒，仓猝间闻有箭声，忽左耳已经上了一箭，忍痛拔去，料有图变，更觉惊慌，幸亏部将杨奉引兵援应，方将汜兵杀退，再查及营后，独不见张苞，才知苞阴通郭汜纵火未成投奔汜营去了。
这时李傕考虑到再在京城呆下去恐不能战胜郭汜，便想劫驾往池阳静待后机。这打算与献帝一讲，只见献帝低头无语，泪流满面。司徒赵温见献帝为傕所制，便以书信的形式写了两大张语多责备。李傕便要杀赵温，经傕弟李应劝解才罢。献帝复遣谒者皇甫郦往与和解。郦告至汜营。汜亦有意转至催处傕独不肯。他说“有讨吕布的大功，辅政四年为天下所共闻。郭汜率盗马虏，敢与我抗衡，且擅劫公卿，罪不赦，我定要加诛他。”皇甫郦只好趋出营中，皇甫郦与皇甫嵩同族，至今皇甫嵩已经病殁。皇甫郦也一贯从忠直闻名幸得不死。郦将情况还报献帝。献帝尚恐傕怀怒，特提李催为大司马，位重三公。李傕得封后，用金帛感谢为他行巫的人，独不感谢将士。他的部将杨奉至是诚不愿事傕，暗地里与军吏宋梁想谋杀李催奉还天子。不幸泄谋宋梁被李傕杀害。杨奉得逃杨定去了，指定是董卓部将。这时又可巧镇东将军张济引兵入都，他对献帝说可下诏李傕、郭汜和好。我准备与他俩一道保护皇上去弘农（地名），献帝自然乐从，经使臣往返至十次两下里才得言和。郭汜乃释放了被他拘住的那些大臣杨彪等，亦得告归。惟朱俊因愤成痛回家即死。这时便由张济护驾登程，择定兴平二年（公元195年）七月甲子启程就道。偏有羌胡数千人窥探得李傕要护驾离去，便一齐来到营前喧声杂呼：“李将军曾许我宫人，今可蒙颁给否！”献帝听着又是加忧。因此遣侍中刘艾去找贾诩商量。诩是由李催荐举拜为宣义将军。他俩奉命便去向羌酋帅许予封赏，叫他禁止虏掠就是了。
