1.胃肠道反应：环磷酰胺有明显的胃肠道反应，如食欲不振，恶心呕吐等，可给予胃复安、吗叮啉等药物缓解症状。
2.血液系统：应用环磷酰胺能抑制骨髓造血，使白细胞减少、血小板减少，造成贫血。患者在使用环磷酰胺时要定期检查血象，如血常规中的白细胞低于4.0×109/L，一定要及时到医院复诊。
3.泌尿系统：患者使用环磷酰胺后有时会出现尿频、尿急、尿痛等症状，还可出现血尿，高浓度使用时，易造成出血性膀胱炎。为减少其副作用，可在静脉点滴环磷酰胺时增加液体量，并增加饮水量，以使药物浓度稀释，有利于排出体外。
4.增加肿瘤发病率：长期使用环磷酰胺可能诱发肿瘤。据观察环磷酰胺诱发肿瘤的机率与用药剂量、疗程长短成正比，采用低剂量、间歇给药疗法可以降低肿瘤的发生率。
5.其他：环磷酰胺能抑制性腺发育，影响生育，还可导致月经不调，暂时性脱发，皮肤、指甲色素沉着等副作用。
