第三，调整和增强部门职能。除外交部更换部长外，国防部、内务部、司法部、财政部、紧急情况部、经济发展和贸易部6个重点部门既未更换部长，也未进行大调整；而其他部或被撤销，或被合并。外交部、国防部、内务部、司法部、紧急情况部仍由总统直接领导，其他部归政府领导。各联邦局、署分别隶属总统、政府和各个部管辖。
外界认为，这种改革将有利于加强总统对国家政权的控制，理顺各级和各种权力机关之间的责权关系，减少国家对经济的不必要直接干预，提高政府工作效率，克服政府中的官僚主义现象，消除官员滥用职权和滋生腐败的客观条件，推动俄罗斯经济发展。
（五）面对西方强烈抨击，普京不为所动
普京强化中央权威的改革，特别是在“尤科斯事件”的处理和“别斯兰人质事件”后取消地方行政长官的直接选举及改变议会选举方式的做法，遭到反对派的指责并引起了西方的强烈不满和批评。在这种背景下，“民主同别斯兰儿童一道惨遭屠杀”成了西方媒体对俄罗斯报道的基调。美国《亚洲华尔街日报》2004年7月28日的一篇文章以《俄罗斯出现又一个“冰期”》为题，将普京与19世纪初期俄罗斯的独裁者尼古拉一世相比，认为普京领导下的俄罗斯不鼓励政治多元化，不健全法制，可能会使俄罗斯再次错失与欧洲共同发展的良机；美国着名学者布热津斯基在2004年9月20日的《华尔街日报》撰文，认为普京的集权是一种国家资本主义，并将普京比作墨索里尼；德国联邦政府顾问海因里希·福格尔在2004年12月20日的德国《世界报》发表题为《特洛伊木熊》的文章，质疑德国与俄罗斯建立战略伙伴关系，并指责俄罗斯权力机构过于集权，没有足够的民主，社会也如死水一潭；美国外交政策理事会副主席伯曼(HanBerman)在《华盛顿季刊》(2004-2005冬季号)一篇关于美俄在中亚和高加索战略竞争和冲突的文章中，将普京的外交政策定性为“强硬的新帝国主义外交政策”；其他诸如《俄罗斯经济感受寒意》(《华尔街日报》12月13日)、《俄罗斯渴望旧的世界秩序》(英国《每日电讯报》11月20日)、《普京控制司法的行为引起愤慨》(英国《泰晤士报》10月1日)、《普京的药方可能是俄罗斯的毒药》(英国《金融时报》9月17日)、《警察政权》(法国《解放报》9月8日社论)、《普京脚下的基础正在动摇》(纽约时报9月1日)等文章，都对普京的内政改革和外交进行了强烈的抨击。
除媒体外，欧美各国政府也提出了批评和指责。美国国务卿鲍威尔在接受路透社采访时称，俄罗斯总统普京建议对选举制度的修改是“部分民主改革的倒退”。针对西方的批评，俄罗斯外长拉夫罗夫表示，俄罗斯正在推行的改革进程是俄内部事务，美国无权将他们自己的民主模式强加给别人。2004年11月18日，普京在接受俄罗斯三大电视网采访时强调：改革的目的完全不是为了让他自己获得更大的权力；为了对付国际恐怖主义，必须进行这样的改革；俄罗斯需要一个保证国家和社会坚强稳固的政府体系。他说，“我对地方经济集团的影响力感到越来越大的担忧，地方选举已经变成不同经济集团争夺影响力和财富的战场。”普京多次强调，俄罗斯的民主是人民的选择，符合俄罗斯的现实。
2005年2月24日，普京与布什在斯洛伐克首都布拉迪斯拉发举行会谈。
会谈中，布什再次强调俄罗斯“民主”的重要性，普京则试图说服美国，民主也貌合神离：2005年2月24日，普京与布什在布拉迪斯拉发会晤要因地制宜。普京说，“14年前，俄罗斯在没有受到外界任何压力的情况下独立地为民主作出了自己的选择……我们不会回头……当然，所有现代的民主制度和原则必须适合俄罗斯发展的阶段、我们的历史和传统。”普京还将停止地方领导人直接选举的决定与美国选举人团选举总统进行对比，他说：“它不会被认为是不民主的，不是吗？”
但这种来自西方对俄罗斯民主和人权的批评和指责一直没有停止。2006年3月初，美国外交学会发表题为《俄罗斯错误的方向：美国能够和应该做什么》的报告，认为普京总统执政下的俄罗斯日益远离民主原则，“这将使美俄双方更加难以找到共同的立场，更加难以携手合作”；3月16日，美国《国家安全战略》报告，指责“克里姆林宫阻挠国内外的民主发展”；5月4日，美国副总统切尼又在立陶宛强烈谴责俄罗斯总统普京正在让民主倒退，并且正用能源武器“勒索”莫斯科的邻居。对此，在2006年5月10日发表的年度国情咨文中，普京把美国比喻为只知道吃而不听进言的狼，暗指美国对民主和人权的重视只是为本国利益服务，他说：“我们看到，就像谚语所说，大灰狼同志知道该吃谁，一旦吃起来，谁的话都不听。”这样，面对西方，主要是来自美国的批评，普京不为所动，坚决按照自己的设计稳步推进俄罗斯的政治改革进程。
在俄罗斯国内的反应主要有两种声音。莫斯科出版的《独立报》发表文章指出，加强总统权力的计划早已酝酿成形，大规模的恐怖袭击为其正式出台提供了契机。正在组建新党的右翼力量联盟前领导人田将这一政治改革称为旨在消灭联邦制的“政变”。中央选举委员会的“俄共”代表索洛维耶夫则认为，政治改革的最终目的是为普京结束第二个总统任期后继续执政铺平道路。据2004年9月17日出版的《莫斯科新闻周刊》消息，苏联最后一任总统戈尔巴乔夫以及俄罗斯首任总统叶利钦近日接受了该报的独家专访，两人就普京的俄罗斯选举制度改革建议发表了评论。戈尔巴乔夫表示：“我们共同的目标是，尽全力确保普京提出的法案不会具有法律效应，因为这一法案就其内容实质而言是一种民主的倒退。众所周知，我们现在拥有的民主自由并不是轻易得到的，所以我希望俄罗斯的政治家、选民以及普京总统本人都能为维护民主自由尽一份力。”在谈到选举制度改革时，叶利钦呼吁克里姆林宫不要破坏现有的宪法框架，尽管俄罗斯正面对严峻的反恐任务。他说：
“我们不能放弃法制的精神。最重要的是，我们不能仅仅因为恐怖分子十分猖獗就破坏1993年全民公决后生效的宪法主旨，从而导致民众不能充分享受自由，他们的民主权利也受到削弱。只有一个真正民主的国家，才能和世界其他国家一起，有效抵抗恐怖主义的袭击。”
另一种声音认为，普京胸怀“历史使命感”，正试图通过重组政权体系来应对国家面对的各种威胁。莫斯科卡内基中心舍夫佐娃认为，普京不相信俄罗斯在现有条件下能够建立起有效的民主政体，担心“放松缰绳”后将无法控制局势，只有通过强硬的手段才能实现国家的现代化。对此，具有很强官方色彩的《俄罗斯报》发表长篇评论，对普京的政治改革进行辩护。文章强调，很长一段时间以来，各联邦主体领导人如同金融寡头和有组织犯罪一样令中央感到头痛，因为地方政权虽然由选民直接选举产生，但是并没有以民主的方式执政；相反，在许多地区却形成了独断专行的政权机构，地区领导人已经成为俄罗斯民主进程的一个主要障碍。文章还指出，许多地方领导人甚至以本地区有可能出现分裂活动和族际冲突为筹码，威胁克里姆林宫，要求各种好处和便利。
所以，在克里姆林宫看来，对混乱的地方政权的整肃已经成为一项中心任务。
普京正按照自己的意志通过强力推动国家进步，重新走上了俄罗斯国家自上而下改革的传统道路。普京建立了强大的政权体系，并试图通过让强力派进入政权来建立一支能够推进改革的队伍。这种做法迎合了俄罗斯历史文化传统中广大民众希望由最勇敢和聪明的人来治理国家的观念。在全球化的条件下，从俄罗斯10多年的转型来看，民主制已不可逆转，而在俄罗斯这个具有长期专制传统的国家，为了避免民主制引发政治动荡和社会稳定，就必须对民主加以约束，实行“可控民主”。在俄罗斯政治、经济和社会的全面转型中，需要一个凌驾于民主之上的控制者来主导，当前这个主导者只能是拥有超强权力的总统。总体上，普京的“可控的民主”为经济发展创造了稳定的政治环境，这种权威主义在俄罗斯发展的现阶段是有其必要性的。“可控的民主”终究只是民主制度发展的一种过渡形态，随着以市场经济制度的完善、中产阶层的壮大和市民社会的出现，它最终将向制度化、法制化的民主制度转变。但从目前俄罗斯国内的现状看，其政治、经济及社会制度的改革和完善绝不是一朝一夕就可以完成的，所以，俄罗斯的“可控民主”制度在相当长的一段历史时期仍将发挥重要作用。
