1979年中美刚刚建交，匡亚明率中国大学校长代表团访问美国。在访问霍普金斯大学时，匡亚明与校长史蒂文·穆勒会晤，初步讨论两校、两国的教育协作与学术交流。翌年夏天，霍大派物理系教授钱致榕来南大讲学，并探讨了建立合作关系的具体方案。1981年秋，穆勒校长率霍大代表团访向南大，匡亚明等与霍大代表团经过三天的深入研讨，签署了一个学术交流协议，决定“为了促进人类的教育、科学、经济、文化的发展，加强中美两国人民的友好关系……在南京大学建立一个永久性的学术研究中心，定名为南京大学——霍普金斯大学中美文化研究中心”。
这是中外教育交流模式的一大突破。办这样一个高层次的教学实体，由美国的教授给中国学生上课，中国的教授给美国学生上课，美方主任与中文主任共同主持中心日常工作……这在当时是被许多人视为匪夷所思的天方夜谭。但是，在匡亚明锲而不舍的努力下，奇迹居然出现了！教育部长蒋南翔、国务院副总理方毅先后接见了离宁赴京的霍大代表团，万里副总理也一再表示对建这样一个“中心”的支持。不久，国务院正式批准中美文化研究中心成立。1982年，当时任副总统的布什在白宫接见了访美的南大代表团。1985年，布什又给南大新任校长曲钦岳写信：“……对你们同霍普金斯大学在南京创办中美文化研究中心所取得的重大进展表示祝贺，它是美中两国正在进行的教育活动中最令人激动和最具开拓性的一页。”
1986年9月，中美文化研究中心开学。十多年来，中心培养了一大批较高水平的中美事务专门人才，在国内外产生了重要的影响。人们在回顾中心由酝酿、决策到成立、发展的过程时，无不佩服匡亚明的远见卓识和“敢为天下先”的胆略。有人形象地总结了匡亚明办学的一个特点：“任何事情一经匡亚明手总是办得有声有色；可在办的过程中，人们又为他捏一把汗，说他尽走‘险棋’……”
“835”建言
1983年5月15日，正在武汉出席全国高教工作会议的匡亚明（当时为南大名誉校长）与浙江大学名誉校长刘毋、天津大学名誉校长李曙森、大连理工学院名誉院长屈伯川在反复讨论的基础上，联名向中共中央书记处及国务院提出《关于将50所左右高等学校列为国家重大建设项目的建议》。建议指出，我国高校出现的“向综合化、多科性发展”的趋向，“是符合科学技术和高教发展规律的，应予肯定并加以提倡”，为了国家长远的发展，建议从全国七百余所高校中，遴选50所基础好、力量强、教学和科研水平高的院校，“作为高等教育建设的战略重点，列为国家重点建设项目，重点投资”。
5月19日，匡亚明又单独起草了一封给邓小平的信。信中直率指出：目前我国整个教育投资和经济建设投资很不适应，尤其是高等教育上不去，满足不了经济建设、文化建设对科学技术力量，特别是高级科技骨干力量的需要。这种情况如不采取紧急措施加以解决，到90年代势必更加突出。
匡亚明在信中重申了“像抓重点经济建设项目那样抓重点大学建设”的设想和建议，认为这一举措将“从根本上改变现在各大学经常不安定的状态，建立稳定的教学和科研秩序（两个中心），以带动整个高教战线稳步发展，培养后十年以至2000年后长期间经济和文化建设所需要的各类高级人才”。
四位老校长的“835建言”和匡亚明5月19日的信，受到邓小平及其他中央领导的高度重视。5月24日，邓小平作了批示：“这是一个很重要的问题。”他请当时主持国务院工作的赵紫阳考虑，“提出意见在书记处讨论”。在邓小平的亲自过问下，从上世纪80年代至90年代，重点学科的评审、国家重点实验室的遴选与建设，“七五”期间“重中之重”的建设，以及“211工程”等先后启动，1998年在江泽民总书记关心下，又启动了旨在建设若干所世界一流大学的“985”工程。
匡亚明等四位老校长高屋建瓴的“835建言”，与王大衍等四位院士联名建议形成“863计划”相映成辉，堪称中国上世纪80年代专家学者影响中央决策的“双璧”。
老矣伏骥志千里
1982年初，国务院同意匡亚明不再担任南大党委书记和校长职务的报告，任命他为南京大学名誉校长。匡亚明写了一首七绝《述怀》，抒发他的坦荡胸怀与进取雄心：疾风骤雨六十年，赢得眼前尧舜天。
老矣伏骥志千里，兴亡匹夫耻问田。
“从孔夫子到孙中山，我们应当给以总结，承继这一份珍贵的遗产。”这是毛泽东主席1938年在党的六届七中会会报告中的一段话。匡亚明当时就将领袖的倡导铭记在心。1942年延安整风时期，匡亚明有机会当面向毛泽东请教对孔子的评价，谈及孔子“其身正，不令而行；其身不正，虽令不从”的观点对整顿党风颇有针对性，谈及汲取中国传统文化中的精华问题……戎马生涯、建国创业、十年动乱……匡亚明不可能坐下来研究学术，总结遗产。但是，1982年主动辞去南大党委书记的校长职务以后，匡亚明立即着手把这一萦绕在心四十年的夙愿付诸实践。他提出一个宏大的文化思想建设规划，拟定了“从孔夫子到孙中山”跨越中国社会两千多年时空的260多位思想家，遴选全国优秀的学者通过写人物评传的形式，系统地总结、承继这一份宝贵的文化历史遗产。
他说：“我当然不可能全面地系统地去完成这一艰巨的任务，我只能力图做一个开端性的探索。”他率先垂范，在短短几年内撰写了三十余万字的《孔子评传》。他不顾年逾八旬的高龄，亲自登门，向中宣部、国家教委和江苏省委领导讲述自己的设想，呼吁重视和支持编撰《中国思想家评传丛书》。他奔波于全国各地，登门邀请知名学者专家共襄盛举。
耄耋之年的匡亚明全身心地投入这一浩大的文化工程。他有一种时不我待、只争朝夕的紧迫感，期望在“去见马克思、毛泽东之前，能完成这套丛书”；他更有一种“迫于使命”、“舍我其谁”的责任感，把这项学术研究工程，与中华民族的伟大复兴事业，与中国共产党人面临的挑战与历史使命联系起来。1993年他88岁时，突患严重肺炎，痊愈不久又突发胃穿孔，大出血，手术切除胃的四分之三，体重减了三十多斤，仍然奇迹般地战胜了死亡。大病初愈，匡亚明又投入丛书的审稿，目力不济，他就让夫人丁莹如教授逐字逐句念给他听，常常审稿到深夜。
1996年5月，匡亚明以90高龄、羸弱之躯，带着业已出版的《中国思想家评传丛书》50部赴京，在人民大会堂召开新闻发布会，见之者无不惊诧、钦佩。乔石欣然题词，祝贺丛书出版50部；丁关根、李铁映到住地看望匡亚明并设宴款待；吴阶平副委员长、钱伟长副主席亲临新闻发布会并发表热情洋溢的讲话。匡亚明壮心不已，他计划在1998年出版100部，到香港向海内外举行新闻发布会，争取在2000年前后出齐200部评传。匡亚明说：“我现在唯一的希望是，能够再活十年，让我能够亲自看到这套书出版。”
然而天不假以年，1996年12月16日，匡亚明溘然长逝。而在去世前一个月，他还风尘仆仆驱车数百公里，专程看望丛书的徐州作者。文化部长孙家正痛惜地说：“匡亚明是为《中国思想家评传丛书》耗尽了最后的心血。如果不是这套丛书，他的晚年也许会活得更安逸一点，更长久一点；然而，如果不是这套丛书，他的晚年也就不会如此充实，如此的有意义。”
吉林大学历史系教授金景芳年长匡亚明四岁，把匡亚明视为“这一辈子最知心、最令我佩服的朋友”。1991年他参加匡亚明主办的“中国传统思想文化与21世纪国际学术研讨会”时，曾与匡亚明“私下有约”：“我们要活到21世纪，你完成你的《中国思想家评传丛书》，我干完我的事情，不把事情做完不走。”当匡亚明病逝噩耗传至长春时，金景芳一直在执拗地想：“这不是真的！他怎么能爽约，不辞而别呢！”哀痛不已，金老拟就一副挽联，请吉大党委书记带赴南京：是老革命，早岁与恽代英邓中夏相交，九死一生，恨未睹中国腾飞二十一世纪。
亦大学者，终身共马列书孔孟文为伴，朝乾夕惕，已预见丛书耀眼百五十篇。
