几年之后（大概在九十年代前期），社会传媒开始关注变种人的存在，一些能力失控者造成的伤亡事故激起了一些零星的抵触运动。联邦调查局的特工弗雷德·邓肯奉命负责这些事件，查尔斯找到了他，透露了一些信息，指出保护变种人隐私并对他们培训的重要性，邓肯对此表示同意，支持他接手一些变种少年的监护任务。由此，查尔斯首先把年轻的斯科特·萨默斯从孤儿院接了出来，使他成为自己招募的第一个学生，但艾米利亚却表示她不相信这梦想会成功，要求查尔斯放弃，否则自己宁可离开。查尔斯说服未果，急切之下试图强行改变艾米利亚的思想，但马上就后悔了，而察觉到精神攻击的艾米利亚则愤愤地扬长而去。
随后查尔斯又找来了鲍比·德雷克、沃伦·沃辛顿三世和汉克·麦考伊，最后琴·格雷也入住学校。查尔斯向他们说明了自己的梦想和组建队伍的决心，请他们在这个避开外界敌视地方接受训练，掌握自己的异能，在不危及他人的情况下生活于这个社会，并与威胁到变种人和人类共存的各种威胁斗争。
年轻的学生们对未来充满美好的理想，赞同他的主张，穿上了他发给的黄黑二色蒙面制服，使用代号：镭射眼、冰人、天使、野兽、惊奇女孩。查尔斯把这支队伍称为X-Men（X战警），X代表单词extra（额外的），表示他们具有超出常人的天赋能力。他本人则代号ProfessorX（X教授）。
这支队伍在险情室进行着不间断的训练，查尔斯设计了层出不穷的机关考验队员的能力；就在成立后不久，他们与万磁王进行了正面交锋，并迫使其撤退；查尔斯原本一直通过精神联系指挥X战警，但在随后与兄弟会的会战中，他故意说自己受伤失去了能力，让队员们自主发挥，取得了良好效果，此后他仅在必要时进行指导。这一时期，除了对抗万磁王，X战警也对付了其他一些反派，有些是其他变种人，有些是其他类型的超级罪犯；查尔斯曾经对他们使用过洗脑术，让对方忘记犯罪念头，但这被证实只是暂时有效，而且他出于道德考虑，后来逐渐放弃了这一做法；有一段时期X战警全员失陷，查尔斯使用一套装在腿上的外骨骼自主行走，亲临战场，但这装备性能不佳，也没维持多久。
失踪多年的凯恩·马可终于从废墟里冲了出来，他已经被Cyttorak的力量改造成一个强壮如神的巨体，号称不可阻挡的Juggernaut（此词源于印度宗教仪式中载着大神塑像的巨型车）。他对查尔斯的仇恨越发炽烈，回到美国袭击了学校。在神奇四侠火炬人的帮助下，查尔斯抓住了Juggernaut不抗精神攻击的唯一弱点打败了他，但他此后仍然不断回来挑战；科学家玻利瓦尔·特拉斯克开发了捕捉变种人的哨兵机器人，查尔斯和他在电视访谈节目中进行了辩论，但哨兵已经出现了失控状况，认为需要代替人类接管世界才能消灭变种人；在欧洲调查卢西弗时，X战警与复仇者相遇，查尔斯请他们把仇敌交给自己对付，此后两次打退了卢西弗的侵略。
一个外星生物引发“因子三”事件，试图拉拢其他变种人，用核爆清除人类。此事件中的一个反派Changling（变形人）倒戈帮了X战警，此后他发现自己得了绝症，便找到查尔斯希望能用余生再做些事，查尔斯请他化装成自己的样子，他本人为了应对另一批外星人Z'noxx而转入地下工作。不久变形人在一场战斗中牺牲，除简已被告知真相，其他人都以为死的是查尔斯，悲痛地埋葬了他。
邓肯等特工打算把X战警招募成调查局的雇员分散到各地待命，但他们仍然保留在了队伍并招收了新成员。随着查尔斯归来，他们进行了又一次大规模会战，把全地球人的思想感情投射到不知情绪为何物的Z'noxx脑中，逼退了他们。查尔斯在此后对学生的态度更加严厉，甚至在不预先通知的情况下进行实战演习，令他们感到窘迫。在后来的一段时期，查尔斯积极与其他英雄合作，对付越来越强大的敌人。他帮助神奇四侠俘虏万磁王，与美国队长一起调查秘密帝国，请奇异博士的防卫者帮自己对抗万磁王的人造变种人。
在克里和斯克鲁尔两大外星种族的战争后，钢铁侠秘密联系几位代表着强大势力的英雄组成了一个暗中处理重大事件的光照会，查尔斯是其中之一，他的精神力为组织提供了很大方便，但在被斯克鲁尔俘虏期间，敌方从他身上窃取了有用的信息。
这些年里，莫拉与马克塔格特结了婚，继续着基因研究，并成为获得诺贝尔奖的世界级科学家，但马克塔格特却暴露了浪荡无赖的真面目，导致他们的婚姻破裂。而莫拉在这次婚姻中有了一个儿子，却不幸是个无法自控而极其危险的变种人，被安置在她建于苏格兰缪尔岛的研究中心。莫拉和查尔斯仍然保持着友好的关系并密切合作，但也不时对他的做法提出质疑；除了X战警外，他们也访问了一些变种人，有些不愿意加入他们的阵营（如爱玛·弗洛斯特），有些则被莫拉在泽维尔学校之外的地方监护。在这些少年中，查尔斯发现了镭射眼的弟弟伏尔坎。
当X战警在太平洋一个岛屿上失陷时，查尔斯情急之下把莫拉的四名学生拉来训练，仓促投入战场，却眼看他们丧生。唯一脱身的镭射眼伤心欲绝，查尔斯只得删除了他关于伏尔坎等人的记忆，这成为他心中又一份罪孽。
随后，查尔斯前往世界各地联系了一批经验更丰富的变种人，包括那个当年偷他钱包的白发黑人女孩（暴风）。这一次他们战胜了敌人，救出了队友，但被救的那些成员大部分决定离队。镭射眼留下带领新队伍，查尔斯继续提供教育，对外声称这些人是留学生。然而不久后，印第安裔队员雷鸟就阵亡了，查尔斯把他的尸体送回家乡，不得不面对其家人的悲愤，尤其雷鸟的弟弟詹姆斯已经认定他是导致哥哥丧命的罪魁，决心日后找他报仇。
查尔斯与老朋友天体物理学家卡伯尔博士出海度假，却遭到极端科学家斯蒂芬·朗派来的哨兵机器人追捕，和简等人被关在太空站里；卡伯尔带镭射眼等前来救了他们，回地球后，简在他们面前变成了凤凰。查尔斯开始不时产生幻觉，看到一个奇装异服的人在向自己求救；不久来自希阿帝国的特工袭击了X战警，而查尔斯幻觉中的人物也出现在他面前，居然是希阿皇帝德肯的妹妹利兰德拉·奈拉玛尼，因为德肯试图滥用宇宙大神器M'Kraan水晶，危及整个多元世界，她规劝不成反遭追杀，出逃时以心灵感应呼救，恰好与查尔斯建立了一条模糊的联系。X战警在前往希阿，废了德肯，让利兰德拉即位，而她与查尔斯产生了热烈的感情。
查尔斯有心去爱人的国家生活，但又放不下他的学生们，不料在之后与万磁王的战斗中镭射眼等六人生死不明，幸存的凤凰和野兽也认为他们死了，伤心的查尔斯与莫拉告别后离开地球去了希阿，然而他发现在这里自己成了个尴尬角色，因为这个帝国的人普遍比地球人高明，而官员们虽然尊重他作为女王配偶的地位，却不希望他干涉政治；他本人又不甘心与下层人混同，直到他与一个看似邋遢的工人一起出勤一番后，终于意识到了普通公民的智慧，开始与他们交朋友。
在他侨居期间，黑暗凤凰狂性发作，吞噬了希阿治下的一个星系。虽然查尔斯赶回地球协助制服了凤凰，但希阿方面坚决要求把凤凰处决，查尔斯和利兰德拉激烈争辩，谁也说服不了对方。随着凤凰自杀，查尔斯也决定回去继续办学，这个时期凯蒂·普莱德成为新学生。随着魔形女刺杀凯利议员未遂，加上有心人士的操纵，群众对变种人的态度急转直下，此时邓肯也离开了调查局的岗位，查尔斯判断形势后，设法把自己当初交给官府的资料销毁了。
他本人仍然以学者身份为变种人权益奔走，但也成为敌视者的目标，在某大学被人打得头破血流，还被传教士史崔克绑架和洗脑。
当X战警再次接触到希阿时，利兰德拉的姐姐死亡鸟勾结宇宙恶霸Brood族袭击了他们。虫形的Brood在X战警体内产卵，准备让他们成为幼虫的宿主。
只有查尔斯辗转回到地球，他以为学生们都已经死了，万念俱灰，准备放弃学校的事业。莫拉与他争论，带他一起解救了几个少年变种人，说服查尔斯继续教育他们，于是NewMutants（新变种人）队伍成立了。查尔斯并不想教这些孩子战斗，以免他们也遭受伤害，但他体内的卵却孵化了，逐渐取代了他的身心，从宇宙平安归来的X战警也无法解救。。。
4次元穿越待续——
